自从「一邪双姬三毒掌」消声匿迹后，「怒剑门」代之而起，威震武林。门主金万里之女楚楚(景黛音饰)刁蛮任性，常与二师兄于人杰（吴孟达饰)嘲讽大师兄云剑飞(于洋饰)貌丑，令云剑飞大感难堪。 在金万里六十大寿、大宴江湖朋友之时，宣布于人杰乃怒剑门主之继承人，并将楚楚下嫁于人杰。云剑飞闻悉师妹之婚讯，心中闷闷不乐。于人杰则暗里冷笑，到后园与灵蛇岛人会合，商量下毒暗害各人。 恰于此时，云剑飞独自漫步至厨房外，撞破于人杰的阴谋，但剑飞不忍见师弟堕入深渊，遂对他责以大义，希望他能悬崖勒马，只可惜于人杰一意孤行，剑飞为救师父及众宾客，只好出手刺杀灵蛇门徒。 于人杰乘著剑飞灵蛇搏斗之时，逃至大厅，将酒中下毒之事，嫁祸给云剑飞。金万里一时不察，将剑飞逐出门墙。

剑飞坠崖昏迷不醒，为猩猩救起，抱回山洞中。 剑飞醒来，发现自己被吊在半空中，身旁站著一名老人及一头猩猩。 老人原是六十年前的「一邪」火云狂魔古必邪，隐居于此绝缘洞内。他以为剑飞是天魔派来的奸细，将他痛打一顿，及后见剑飞耿直，便到溪涧捉鱼，供应粮食。 云每日在溪涧中捕鱼，练得一副敏捷身手。一日，当他返回洞内之时，见古必邪死在洞中，遗下武林秘笈及遗书。剑飞虽得武林秘岌，但并无起贪念，且表现得光明磊落。 古必邪其实并没有死，他只是利用死来试探云剑飞，现见到剑飞的表现，疑心尽去，遂对剑飞坦言双足残废，只有取得紫龙秘洞内之九转灵药才能复原。剑飞听了，自告奋勇，愿意到紫龙秘洞取药。

云剑飞见到了一老人与一少女裘玉兰被日月双煞袭击，出手相救，但只救得少女。双煞见剑飞坏其好事，乃尾随追杀他们。 云剑飞两人逃至悬崖，恰巧月亮光影直射在石壁上，秘洞石门大开，剑飞两人不及细想，齐齐跳入洞内，石门亦随即关闭。 剑飞与裘玉兰进入秘洞之内，遇上了毒魔教护法竺摩星，竺施展魔教邪法，与两人相斗。 剑飞两人来至满布骷髅之处，陷入骷髅阵中，幸好有惊无险。继续前行间，裘玉兰身陷浮沙，幸剑飞相救及时，才告无恙。 当三人战得难解难分之时，石壁门突开，竺摩星向内观望，发现了九转金兰，立即舍了两人扑入室内摘宝，仓猝间，误中机关，被毒箭射死。 剑飞与裘玉兰被保护九转金兰之毒蛇袭击，剑飞与蛇斜缠间，紧握蛇身，以致蛇血尽喷在面上，蛇死后，两人各取一棵金兰，离开秘洞。 当他们行近至洞门时，云发现在另一角落中放有一支夺龙令，顺手拿出，正欲详细观看，但地面急剧震动，碎石纷飞，两人急忙退出紫龙秘洞。

当云步出紫龙秘洞后，望见裘玉兰被九索飞龙拉走，只得独自返回绝缘洞，以九转金兰为古必邪治脚伤。 云回到洞内，见古被天山双怪围困，云上前阻止，不敌，古以口授武功招式指导云对抗恶魔，但双怪以武器敲打之声令云听不到古的说话，然后出手把他打伤。 古知云已受重伤，亦不愿见死不救，奋力使出如来神掌第一式佛光初现击毙敌人，并以全身功力替云疗伤，打通云全身七经八脉，云才醒转过来。 云伤愈，问及古之武功来历，古才说出自己是六十年前称雄江湖的火云狂魔古必邪。云遇得武林前辈，高兴不已，即将九转金兰替古治伤。 翌日，古双脚已恢复行动，当他正在练功之际，忽闻云大叫。

古双脚已恢复行动，忽闻云大叫，探问清楚下才知云因在紫龙秘洞内被蛇血喷于脸上，面上疤痕因而除去，高兴不已下才大叫。 古与云在谈及夺龙令的来历时，古提及悲惨往事。原来在六十年前，古乃「一邪双姬三毒掌」之首，武功是凌驾在众人之上。 一次，古在练功之时，双姬之一的孙翠环负伤而来，古不虞有诈，替她疗伤，突被翠环暗算，此时天魔裘天仞亦来到，二人欲合力把古除去。 古负伤逃出，但被天魔及翠环追至，三人大打出手。 古因受伤在先，再被翠环以银针射中眼部，天魔乘危以天绝掌伤他，古功力全失，未能使出如来神掌，终被打下山崖。 翠环在大笑之时，天仞从后暗算，翠环经脉被震断，武功尽失，从此天魔就成为武林盟主。古对云吐出当年之仇后，希望收得云为徒弟，但云因已拜金万里为师，不欲背叛师门。古见他是重义之人，改收云为义子，并授以如来神掌招式。

云与古结为义父子后，云勤于练功，学得三式如来神掌，功力大胜以前。 某日，当他在丛林间徘徊时，看见树上插著怒剑门的飞镖，接著见到师妹楚楚被灵蛇三鬼追杀，楚受伤，幸得云赶至，把众人击毙。楚认不出云，只告之师门叛徒于人杰带领灵蛇岛人围攻父亲，自己则从围困中闯出。 于人杰威胁金万里归降灵蛇教，并将他打伤，但金不允要求，于欲下杀手，被云阻止。云使出如来神掌，把各人打退。

剑飞与楚楚虽赶到金家，但万里已遭人杰杀害，临终前将楚楚交托于剑飞照顾。正当此时，东岛长眉卫一笑赶至，误会剑飞是杀害万里的凶手。 卫一笑不问情由，见而即与剑飞动武。楚楚立刻趋前劝止，将详情向卫一笑说个明白，还指出剑飞是第八代怒剑门掌门人。卫一笑听后，表示要试剑飞功夫，楚楚立刻以激将法迫使卫一笑与剑飞打赌，并谓若剑飞得胜，卫一笑要将七旋斩传给剑飞。 卫一笑果然中计，与剑飞比试。剑飞以两式如来神掌抗之，卫一笑愿赌服输，但剑飞却不愿领情。

与楚楚乘卫一笑不觉，离开金家，返回绝缘洞。 与此同时，武林上传出三毒掌重出江湖，还以狠辣手法杀害各门派掌门，激起公愤，古必邪得知仇人出现，留下火云战衣给剑飞，独自离开山洞，剑飞看过书信后，唯有与楚楚在江湖上流浪。 剑飞知道在八月十五日中秋之夜，三毒掌将在桃花岛举行武林大会，届时义父必会出现，于是与楚楚同赴桃花岛之会，在途中却遇上了当日在秘洞见过的裘玉兰。

在客栈内，裘玉兰与妹裘玉梅正在闲谈之际，三毒掌手下之琴画双怪到来，还杀害无辜，画怪见玉兰与玉梅美艳，色心顿起。 裘玉梅愤恨琴画双怪之淫言，出手向二人攻击，但不敌，裘玉兰为救玉梅，亦与双怪大打出手，以一敌二。 正当裘玉兰感到不支之时，剑飞出手相救，将双怪撃退，裘玉兰见剑飞而貌酷似当日在秘洞相遇的恩人，但仍不敢追问。楚楚见玉兰姊妹对师兄关怀，一时醋意大起，以冷言讥讽他们二人。 剑飞、楚楚、玉兰及玉梅四人在客栈住宿，双方均各自谈论对方底细。天魔等人又再出动，将昆仑派掌门铁如山打死，还派遣琴画双怪将其尸首抛在客栈内，向群雄示威。 双怪走后，剑飞送楚楚返回房内，然后离去。但当他行回自己房内时，却见楚楚步履不稳的行出来，似乎是受到一种奇异的琴音骚扰。

琴怪利用迷异大法令楚楚、玉兰、玉梅三人神智不定，使她们向著琴音处而行。剑飞听见琴音怪异，知事有跷蹊，以如来神掌第一式破坏琴音，救回三人，玉兰见他拿出当日留在洞外的手帕而认出剑飞是当日在洞中相遇的恩人。 琴画双怪向三毒掌报告在客栈所发生的事，三魔怀疑剑飞的掌法是如来神掌，遂叫双怪继续追查他的武功来历。天魔又听到有一对姓裘的姊妹，心内若有所思。 深夜时分，黑影潜入玉兰、王梅房内，玉兰醒觉，与玉梅追出至丛林内，但黑影似无恶意，只叫她们快些回家，免生事端，剑飞与楚楚追至，见二人无恙，便一同返客栈。

剑飞等四人离开客栈，赶赴桃花岛之会，途中谈及黑衣人来历，但仍大惑不解。 一路谈论，不经不觉间来到海边，突然一人飞至，阻止四人渡海。原来是三毒掌的手下，奉命在海滨迎敌。 剑飞、玉兰与玉梅往赴桃花岛三毒宴，当来到东海海滨时，被三毒掌门下战士阻路，剑飞出手以技艺胜他，与众英雄渡海赴会。

众人到达了桃花岛，岛上机关满布，而书画琴棋四怪又从旁偷袭，伤了数名高手，最后经过重重险阻，来到了望月坪，与武富、昆仑派会台。正当众人议论应付之策时，三毒掌亦出现了。 白驼双怪与峨眉四子为报师仇，急不及待的与三魔拼命，白驼双怪抵不住三魔厉害，命丧望月坪，而峨嵋四子本可与三魔打个平手，但突觉体内中毒，被三魔赔算丧命。 各英雄被无形毒气所袭受伤，唯剑飞因被怪之蛇血喷在脸上，自此不受毒气所侵，以一人之力对抗三毒掌。

剑飞使出一笑所授的七旋斩招式与三人对打，渐感不支，于是再使出三式如来神掌，天、地、人三魔得知他乃古必邪义子，更大施压力，要将他击毙。 剑飞被三魔夹撃受伤，天魔正下杀手之际，一笑赶至，以烈阳神珠避开三魔，将剑飞与玉兰带走，希望能逃离桃花岛。 另一方面，玉梅却被三魔擒获，原来三魔是由他的父亲七索飞龙、二叔八索飞龙及三叔九索飞龙假扮，目的是引出真的三毒掌出现，铲除三人后再雄霸武林。 剑飞等人在岸边寻得木筏，正准备离开，却后有追兵，为避免在海里丧身，把木筏撑回岸边，与敌人一战。

上岸后，于人杰出现暗算三人，欲将他们一网成擒，在灵蛇派面前炫耀，三人不敌，逃至岸边，跳下海里。 三人被海浪抛回岸边，死里逃生，但剑飞却被海滩上的百毒黑蟒咬伤，支持不住晕倒。

一笑苦思疗毒之法，想出以毒攻毒的解毒法，在百毒黑蟒出现的地方寻找万毒海胆。 谁知于人杰与灵蛇岛人早已埋伏在岸边草丛之中，伏击一笑，再追到山洞中，见三人同在，一起出现上前围攻。 一笑与玉兰为保剑飞安全，离开山洞，引开众人追击，待众人出得洞外，一笑以掌力震碎山石把洞口封闭，好待剑飞留在洞内养伤。玉兰见他得保安全，心头如放下大石，拼著命的向人杰进攻。 剑飞在洞内呻吟，埋怨未能替玉兰解去灾难，而洞外的玉兰与一笑却敌不过众人围攻，只待人杰号令一下，两人便会命丧于此。 玉兰正处危急之际，忽见剑飞由山洞出，大喜。灵蛇岛教主得知剑飞乃古必邪的义子，还晓得如来神掌掌法，遂向他挑战。 一笑到此时才知剑飞的武功来历，兴奋之余，竟向敌人直说剑飞所学的三式掌法已足够应付，灵蛇教主见他所学的仅只三式，遂不将剑飞放在眼内。 剑飞以三式如来神掌掌法与灵蛇教主之灵蛇阴阳掌对抗，却节节败退，情况十分危急，遂使出刚从洞中学晓的第四、五式掌法应战，可惜仍非灵蛇教主之敌手。 一笑见剑飞抵挡不住，立刻奋不顾身的替剑飞顶住，让剑飞稍作休息。

剑飞记起战衣上所写的其他招式，便著一笑进洞内取战衣，自己则再与灵蛇教主过招。 一笑取得火云战衣，将战衣上的掌法要诀读给剑飞听，剑飞依其所言，运功出招，果然发挥了无穷威力，并以第七式「天佛降世」掌法击毙灵蛇岛主，擒获人杰。人杰见事败，以楚楚之性命来威胁剑飞。结果三人为救楚楚，遂命人杰带路至烟霞山庄救人。

剑飞等人跟随人杰来到烟霞山庄，剑飞见庄园太大，正思量如何找寻再世牢的位置。玉兰本是山庄中人，知悉各处通道，但她不欲剑飞发现她的真正身份，乃以误打误撞的计策领众人混入再世牢。 与此同时，九索飞龙刚外游回庄，往后园向母亲孙翠环及阿姨孙翠玲报告，三毒掌并未重现江湖的消息。 古重出江湖，欲找双姬三毒掌报仇，但却遇著智慧师，大师引导他皈依佛门，令古大彻大悟，以佛学悟出如来神掌第九式「万佛朝宗」。

翠环与翠玲知道三毒掌仍未重出江湖，著九索飞龙加紧打探消息，二人则继续闭关修练上乘武功，准备对付天、地、人三魔。 九索飞龙从山洞出来，突见家丁回报，谓在庄园门上发现三个掌印，刻有「凡出烟霞山庄三步者死！三毒掌令！」七索飞龙及八索飞龙得知三毒掌重出江湖，欲向娘亲禀告，但为九索飞龙所阻。原来翠环与翠玲正闭关练功至紧要关头，不能受到骚扰，唯有暂时将三毒掌之事保密，加强山庄内外戒备。 烟霞山庄经九索飞龙兄弟严密安排后，防范森严，上下人等不得随意进出庄门。此时地怪等已悄然来到庄外丛林，准备攻入山庄。

天、地、人三魔以凌厉掌力分别击毙山庄弟子后，现身向七、八、九索飞龙质问冒名杀害各大门派之事，及后得知他们乃双姬后人，下手时更毫不留情，直杀入庄内。 翠环与翠玲在石室内练功至紧要关头，不能出关牵制敌人，而在山庄厅内，七、八、九索飞龙使出全力与三魔周旋，但由于功力所限，七、八索飞龙被三毒掌打中，吐血而死，九索飞龙亦受重伤，忙奔到石室内向娘亲求援。 三魔冲入石室，刚巧双姬功成，破关而出，翠环从九索飞龙口中知悉七、八索飞龙的死讯，大斥天魔不是，竟把亲生儿子杀害。 天魔不明其中之意，翠环坦言说出六十年前暗害古必邪后，天魔将她打伤，欲杀人灭口，但终于手下留情，那时的翠环曾说过已身怀天魔骨肉，惜他仍无动于衷。天魔虽知自己杀死二子，面上却不露悔恨之色，还誓言要杀尽山庄中人。 翠环见天魔毫无感情，想起当日被断经脉之恨，加上今天丧子之仇，再也顾不得夫妻情份，与翠玲合力对付三魔。

三魔经过六十年来的苦修，功力亦比前大进，天绝掌、地灭掌及雷电掌威力大增。正当五人斗得难解虽分之际，一名弟子突然冲入，向双姬禀告剑飞等已闯进再世牢救人。翠环闻言，不动声色，翠玲则著令九索飞龙带领弟子阻截家人，三魔便由她二人应付。 剑飞、玉兰等在再世牢内击退守卫，救出木道人、楚楚及其他门派弟子。众人由再世牢出，被困于机关内。此时，九索飞龙带著弟子入，见众人被困，复见玉兰亦在敌人群内，大斥女儿不是，剑飞才获知玉兰的真正身份。 剑飞以如来神掌及夺龙令破坏机关，与敌人大战，众人退至山庄大厅之上。在大厅上，剑飞再被千年蚕网困著，幸有夺龙令在手，才得破网而出，木道人为雪当日被缚之辱，先向九索飞龙攻击，拚命的向敌人厮杀。与此同时，山庄的后园内，玉梅被人杰所俘，玉梅凭机智逃出，两人一前一后的追至大厅内。 剑飞见木道人并非九索飞龙敌手，上前替他解围。玉兰望著两人对打，一边是严父，一边是爱人，正感六神无主、徬徨无策之际，玉梅突然冲入，走向剑飞身边，欲告知于人杰的阴谋。此时，九索飞龙刚发出暗器打剑飞，玉梅闪避不及，正中要害。九索飞龙眼见女儿惨死，不顾身上重伤，疯狂似的扑向剑飞站立之处。 在烟霞山庄的石室内，九索飞龙向翠环及翠玲汇报七索飞龙及八索飞龙的死讯，而天、地、人三魔亦追至石室之外，向双姬挑战，翠环带著新仇旧恨，誓要将三魔杀死。 三魔知双姬经闭关修练后功力大增，不敢轻敌，三人合力使出由当年成名绝技「天绝掌」、「地灭掌」及「雷电掌」变化而成的「乾坤四合掌」，对抗双姬之飞环、飞铃攻击。 九索飞龙因错手将玉梅击毙，精神大受刺激，不断向剑飞猛攻。 剑飞的功力实在九索飞龙之上，所以形势占优，剑飞还一掌将九索飞龙打在地上。

剑飞一掌将九索飞龙打在地上，正欲下杀手之际，却被玉环所阻，霎时间被九索飞龙翻身一击受伤。 正当五人斗得激烈之际，突然传来火云狂魔古必邪的声音。原来当日狂魔离开绝绿洞后，便追寻三魔留下的线索而至烟霞山庄，见双姬等人均在，欲一举把众人消灭。 当古必邪等六人在石室门外大打出手之时，一家丁向九索飞龙禀告古必邪与双姬等人剧斗之事，剑飞闻得义父赶至，又恐义父不敌，不理厅中众人，飞身跑至石室。 人杰已于此时闪身伏于角落之处，拔出藏于纸扇上之扇骨，欲出其不意向古必邪袭击，古必邪因而伤重。 楚楚看见人杰偷袭剑飞，便奋不顾身扑向人杰偷袭，惜被暗器打中要害而死，人杰亦因此被击毙。双姬及三魔欲乘机铲除狂魔，突然传来一声「东岛长眉」，一笑赶至石室之外。

剑飞、一笑及玉兰逃至土地庙内，此时九索飞龙追随而至，玉兰为救剑飞，迫不得已与父为敌，一笑则走出庙外迎战紧随后至的三魔，让剑飞留在庙内参悟「万佛朝宗」掌法。 玉兰与一笑渐感不支，天魔猛下杀手，幸剑飞及时负伤杀出，救回二人性命。

剑飞得知义父已死在烟霞山庄之内，心如刀割，誓要替义父报仇，施展第九式如来神掌，「万佛朝宗」一经使出，立时雷电交加、天昏地裂，三魔等被雷电所击，痛苦挣扎，终倒地死去。 三魔铲除，剑飞与玉兰相抱，喜极而泣。突然，玉兰一声惨叫，剑飞才发现玉兰被飞来之暗器击中，而暗器竟是发自双姬之手。

双姬咄咄迫人，声言要置剑飞于死地。剑飞忍无可忍，迫得出手，使出如来神掌第七式「天佛降世」及第八式「佛度慈航」。 双姬视剑飞如无物，只需以轻轻掌力便将如来神掌化解。 剑飞见掌力并不威猛，未能制住双姬的凌厉掌势，遂被迫再次使出第九式如来神掌「万佛朝宗」，希望消除武林祸患，替已死的义父及玉兰报仇。 怎料双姬闭关六十年后，已苦练出三式飞仙大法，其威力更有甚于九式如来神掌，以掌力把手上飞环及飞玲不断向剑飞打去，使他挡避不及。 恰于此时，在绝缘洞内的猩猩火奴行近至大树旁，看见朋友被袭，欲上前阻止这场恶斗。 猩猩火奴敌不住双姬合掌，被打至重伤，跌倒地上，没有还手之力，剑飞却在生死关头大彻大悟，终悟出神掌第九式真正威力，击败双姬。