《壹号皇庭II》为十五集之单元连续剧。故事中之人物关系比上一辑更为丰富，诉讼范围更为广泛其中包括极为震撼，极具争论性的刑事罪行，以及市民生活息息相关之民事诉讼。剧中人在法庭内为真理，为公正而激烈抗辨，与此同时，在法庭中，则面对错综复杂的感情纠纷。

承接上一辑，高级检察官丁柔与大律师余在春感情稳定，二人在工作上偶有冲突，但两人并未因此而影响感情，相反，春更有意与柔结婚，可惜被柔婉拒，引起春的不快，此时恰让新进检察官张家贤乘虚而入。贤对柔展开追求，除了出于对柔的倾慕，同时也视之为向上爬的手段；柔对贤却毫无私人感情，反而春却甚介意，两口子生活因而平添波澜。

事务律师周志辉从英国进修回来后，业务蒸蒸日上，遗憾的是方家琪已移民加拿大，二人感情无疾而终，此际辉因公事认识了检察官唐毓文，两人互相了解后，感情亦开始发展。

唐毓文与好友关静同住，静亦为事务律师，与辉不时有公事接触；静对辉一直有好感，碍于辉与文感情已开始发展，静亦知难而退，后来因误会文勾搭对自己有好感的男士，竟把心一横，决意勾搭辉作为报复。

另一方面，沙展周文彬与大律师江承宙的感情亦出现危机。无论在思想上、生活习惯上，二人的差距根本难以拉近，勉强迁就反而使双方都感到不快；此时，宙的身边出现了另一位追求者：后为失聪大律师周少聪。

聪虽为失聪人士，但毫不自卑，对宙展开积极追求。宙初时只视之为朋友，然而彬却发觉聪比自己更适合宙，便毅然向宙提出分手。

彬的上司林学宜富正义感，但为人执著，与彬时有冲突！宜遭色魔强暴，竟能勇敢地面对各方压力，令彬对宜之关怀令二人感情得以发展，无奈宜因被奸一事，感到自卑，对彬的态度始终有所保留；后来率为彬的诚意打动，此际宜的旧男友却再度出现，要求与之重拾旧欢。

那边厢，自命情场杀手的「师爷」江承宇于业务上认识了斯文美艳能干的汤芷珊，惊为天人，决意认真追求。后来竟发现珊是夜总会公关，一时间觉啼笑皆非，母亲江李颂云对珊的职业亦甚有微言，当宇摒开一切世俗观念决意向珊展开追求之际，却得知珊竟是同性恋者！宇造梦也估不到自己的情敌竟然是一个女孩子。

以上种种纠缠的关系，贯穿著十五宗震撼的刑事罪行及多宗民事诉讼，无论在庭内庭外，同样引人入胜，未到宣判一刻，仍未知结果为何！