医学世家．弃儒从医

李时珍(林文龙饰)三代行医，自少对医药耳濡目染，著迷于草药研究，但为遵父命投考科举，结果三次落第，遂决心弃儒从医。时珍以服务百姓为主，对穷人赠医施药，甚得人心。他拜奇医小地藏（廖启智饰）为师，发明了「蒸气消毒化」、「冷敷法」、「疯狗症疗法」等等，闯出名堂，奠定他日后成为药王的基础。瘟疫期间，官方药局执错药、奸商卖假药的事件层出不穷，时珍遂立志重修历代本草，让世人以辨真伪。

权贵打压．逃亡隐世

行医成名的时珍，进入太医院。在此期间，他得以博览藏书，丰富了他修订本草的资料。他又接触到针灸铜人，得以深入研究奇经八脉，并发表「脑为元神之府」学说。时珍欲向皇上自廌重修本草，把药医纳入正途。可是，他因力谏丹毒之害，受到权臣严嵩（罗乐林饰）打压。严嵩不惜罗织罪名，欲毁时珍手稿。于是，时珍逃离太医院，展开逃亡生涯。

隐世行医．撰写巨著

被通辑期间，他仍冒险四出行医救人，为了医治妻子吴慕榕（李诗韵饰），更用曼陀罗花成功研制成全身麻醉药。不幸，时珍最后被捕；却在行刑之日，皇上终于查明真相，时珍幸免于难，从此隐世行医，并与徒弟合力撰成《本草纲目》。

红颜知己．错配鸳鸯

在时珍生命中，有两个重要的女人，一个是婚配之妻吴慕榕，一个是红颜知己冬青（叶璇饰）。冬青懂得医药，跟时珍在医药救人经历中惺惺相惜而产生情愫。不料兄长果珍（艾威饰）亦喜欢冬青，时珍兄弟情深，于是让爱，并依婚约娶了慕榕为妻。时珍成亲后，才发现冬青所爱之人是自己，却已恨错难返。一个是婚配之妻，一个是红颜知己，时珍在情义之间陷于两难，他如何自处？