时珍一直都想弃文从医，惜父亲却要时珍考取功名，但时珍却暗中学习医术。某日，言闻为患肺病的村民诊治时，被时珍在旁偷听，令他深感古老民间偏方可医此病，于是决定上山找寻药材。 时珍在上山的途中，巧见老妇因久患便秘却没钱求医而求拜「药仙」。时珍听后决定夜访为老妇诊治，却见一神秘女子出现并放下药包，时珍以为遇见「药仙」，大喜追出向她讨教，神秘女子告之药方后便消失踪影。翌日，时珍未经言闻准许便以该药方救人，令言闻大怒，但却发现病人真的痊愈。 时珍在路上惊见一具棺材溢出血水，时珍觉事有可疑，与慕榕施计吓走送殡队伍，将尸体带回家中，最后经言闻诊后证实，该「尸体」仍未死去，两父子决定救人。这时，官兵与群众突然来到家中要捉拿时珍。

言闻要时珍投考科举而弄得不欢而散；及后时珍从时果口中得悉，言闻为保护时珍，竟不惜向荆王下跪道歉，于是决心投考科举答谢言闻心意。言闻即安排他于阳明书院跟名儒顾日岩学习，顾日岩甚欣赏时珍不肯行贿考官的气节。 时珍入住阳明学院后，不单无心向学，还串通顾日岩终日四处游玩。一日在渡头巧遇欲投河自尽的渔夫金水，原来金水因感染食肉菌而令脚部溃烂，而城中大夫均要他切足保命，时珍决隐瞒言闻找冬青救人。而冬青深感身为女儿身难以成名，决心要医治奇难杂症打响名堂，决定接手医治金水怪病。不过冬青与时珍对药理了解大相迳庭，决分头寻找药方。最后，时珍从庞宪手上的《集验坊》得到灵感，最终能对症下药，救回金水双脚。 慕蓉为在朝会中抢得状元笔，而巧遇庞宪，庞宪甫见慕榕便惊为天人，最终状元笔落入农夫丰收手上，慕榕为得状元笔，竟答应替丰收犁田，终中暑晕倒，幸得时珍路过救回。而时珍对冬青已萌生爱意，对慕榕却只感无以为报。

慕榕为时珍求笔染病，时珍无以为报，决定上山捉蛤蚧替慕榕解暑，却巧遇冬青，二人渐生情愫，令有婚约在身的时珍心烦。及后果珍巧遇冬青，果珍即对冬青萌生爱意。当晚，果珍谈及意中人，茫不知正是时珍爱上的「药仙姐姐」。 时珍鼓励果珍争取意中人，果珍依言向冬青大献恩勤，冬青亦从果珍之口证实时珍心意，视果珍的恩勤为时珍所指示，芳心大喜。适逢考期将至，时珍要到武昌应考，冬青立即送上冬青叶表明心迹，时珍也决定考取功名后，与荆王退婚迎娶冬青。恰巧，果珍误会冬青鼓励他表白，向时珍请教，时珍将玉佩送给果珍，要果珍用作为订情信物，但却被冬青误会时珍著果珍提亲，大喜下答应。但冬青赶到渡头送别时珍时，却又交诸交臂。 时珍到武昌应考，途见女婢小花被冤枉与人通奸成孕；时珍诊断后发现小花肚内生虫，而小花主人正是考官陈大人。陈大人公报私仇，反将揭发严世藩作弊的时珍赶离考场，时珍又被赶出客栈，冬青赶到武昌却在街上惊见病倒街头的时珍。

慕榕瞒著家人到武昌找时珍，途中却误上贼车，幸得庞宪所救。另一方面，冬青衣不解带照料时珍，但时珍病情未见好转，决定上街寻父亲小地藏往救时珍，却巧遇小地藏卷入「救人变杀人」的案件中。 小地藏与冬青回到客栈，竟发现时珍经已离开，大急之下四处寻找。原来慕榕终寻获时珍，由于时珍病得不省人事，决定带他出城寻找大夫，病重的时珍眼看慕蓉细心照顾，大表感动。及后，时珍愈病愈重，慕榕立即带时珍回乡找言闻医治，终治好顽疾。而众家人终得知时珍在考场的待遇，气愤下联想到荆王将借此解除婚约，令众人大感苦恼，而时珍亦因此多了一番心事，深感辜负了父亲的期望之余，亦不知如何回应慕榕的爱意。 时珍病愈，果珍即带他往见「未来大嫂」，却让时珍发现「未来阿嫂」正是冬青，心灰若死决定让爱。荆王终要求解除婚约，慕榕听后大受打击，决定落发为尼，时珍追至听到慕榕的一番情深说话，竟冲口而出说要迎娶她。

时珍在庵堂中当众答应迎娶慕榕，遭荆王激烈反对，但慕榕却表示出非时珍不嫁的决心，令荆王一怒而去。最终慕榕叛出家门，只身嫁进李家；但在新婚翌日，冬青到来找寻时珍，发觉时珍竟迎娶他人，一切皆是误会，冬青一怒而去。 时珍成家立室，众家人即要时珍为前途作打算，时珍决定行医救人，但又恐遭言闻反对，结果时珍以小草明志，向言闻游说他不以功名衡量成就，但言闻始终觉得行医绝对吃力不讨好的工作，坚决反对。幸得慕榕从旁开解。结果，言闻决定退休将医芦交予时珍。 另一方面，张娇对新媳妇展开「教导」，不停吩咐慕榕处理家务，可惜慕榕自幼娇生惯养，在处理家事上错漏百出，让李家上下都叫苦连天。 林知县抱恙派下人来找言闻，言闻即引荐时珍，时珍唯有代父应诊；林知县服药后突然病危，时珍即被捕下狱。后来经时珍后发现是由荆王管理的惠民药局的药物出现问题，最终无罪释放，时珍回家后，竟发现慕榕面上出现黑斑。

慕榕面上突然出现黑斑，始发现慕榕因家事引致精神紧张而成。时珍父子虽然出尽方法，仍未能改善病况。荆王闻讯赶至，终不欢而散；荆王更扬言要时珍医芦结业，时珍唯有更用心钻研医理，冷落了慕榕而不自知。 时珍为救妻而终日茶饭不思，在山上巧见一对青年男女将药仙石改名为地藏石，细闻下始知原来该少女同样患上色斑症，幸得怪医小地藏才将病医好，时珍闻得消息后即往找寻，结果发现小地藏，更被他多番气弄，原来小地藏早知时珍与冬青关系，故意气弄，但时珍契而不舍的态度却得小地藏欣赏。及后，时珍终得悉小地藏的身分，并且再次重遇冬青，但冬青怀恨在心，竟拒绝说出医治色斑症的秘方，结果，时珍无奈而去。 时珍自责未能救妻，再去找小地藏，冬青再次断言拒绝。小地藏要时珍服毒，才肯说出秘方，冬青立即出面阻止后一怒而去，时珍无奈回家，回家途上再遇冬青，时珍道出以往种种，更晓之大义，令冬青终肯答应医治慕榕。

时珍带冬青到家为慕榕医病，慕榕热情招待。冬青要求慕榕用布蔽眼才和她医病后，原来慕榕是以水蛭放面吸出瘀血；及后慕榕知道疗伤之法后，吓至晕倒当场。疗程完成后，慕榕不肯照镜，最后才发现回复容貌。 时珍对小地藏的医术心感佩服。得父亲肯首后，特意向小地藏拜师学艺；几番努力下，终可与冬青成为师姐弟。时珍带慕榕回荆王府探亲，荆王见慕榕康复，承认二人关系，并答应不封时珍医馆。张娇怕慕榕旧病复发，不许她再做家事，但见慕榕频频外出又感不快。冬青到时珍医馆帮忙，却被病人嘲她为「神棍」；幸得时珍支持。病人突然增多，时珍认为可能会有瘟疫出现，小地藏亦认同时珍看法，后来他们发现病源，可能来自邻村。 时珍欲找荆王增加医药拨款，却被借故推搪；时珍与父亲自发设检疫站，却因此引起骚动，被拉回衙门。高官庞百川之子庞宪来到镇上，荆王争相奉承。庞宪向荆王等建议可将患病居民隔离，怎知荆王竟误会而将病患者捉上山等死。

时珍号召大夫上山联手抗病，庞宪亦主动协助；时珍与冬青通宵达旦一起遍查药方医书，感情更增。慕榕连夜做香包，因时珍曾向她曾说过用药料可退疫症；而且慕榕更为众人预备八宝饭，张娇此时才知媳妇出外是学习厨艺。 慕榕等到山上替众人打气；冬青不欲吃醋与一姐离开。庞宪决意下山，众人对他责骂，但原来他下山是为了募捐筹款救人。小地藏突然出现，在吃饭以醋点馒头，更笑说未染病可能是多「呷醋」有关。疫症日益猖狂，令时珍父亲言闻患病也不愿意离开病人下山休养，最后被小地藏打晕强带下山；时珍得启示，以醋烟为家居消毒，并与父亲在街上派抗疫单张。时珍身体开始出现异状，但仍坚持救垂危病人陈伯，并要冬青不可告诉其他人。 慕榕在街上听到时珍患病消息，深感惶恐又不敢告诉家人；慕榕苦思下想独自上山找时珍，被冬青劝解后留下。小地藏在路上巧遇垂死病者，误打误撞喂了他食地鼠，翌日病者情况竟转好。但当小地藏回山上告知各人，庞宪不信。

众人对地鼠汤仍抱怀疑态度，时珍决定以身试药；晚上病情反复，冬青整夜倍伴在侧。翌晨时珍病好，证明此汤有效；众人决以此汤救病人。时珍终成抗病英雄，并得到英雄式欢迎；庞宪向荆王打听慕榕消息，却未能相见。 中秋夜，时珍与慕榕月下度过；冬青自觉孤身一人，黯然神伤。时珍与慕榕品茗，遇上一郎中写错药方让人受苦，令时珍修药书之心更为坚定。时珍往找荆王，想他帮助修书之事；荆王了解事情后反劝说因要花长时间及斥巨资而坚拒。时珍将修书大纲交予庞宪，希望他代为上表。时珍发现楚王孙儿面色不佳。张娇希望早日抱孙，教慕榕煲补汤及按穴位取悦丈夫，慕榕担心时珍将来为修书而忙，想生小孩也没时间，时珍为之气结。 荆王因遇鬼受惊，请时珍代为诊治。时珍等人发现「鬼魂」，将之捉住才知此鬼竟是楚王的孙儿。原来因小孩「生积」才会扮鬼吃灯芯。时珍为他开药后病情转好；楚王要给时珍赏赐，时珍婉拒，明言只想重修草本。

楚王向时珍解释，要有官职或德望者才可入太医院；为完成时珍心愿，楚王邀请他往武昌楚王府任职，让时珍任此公职后，成为他日后为入太医院踏脚石。慕榕为让时珍放心，特意送上挂画及写满地址的信封。 众人到达武昌后，时珍遇上楚王大儿子发酒疯后嘴歪；楚王认为儿子撞邪，但时珍认为他是中风。冬青女扮男装来到武昌；当她知道大王子之事，主动请缨为他医治。大王子看见冬青后欲有所图，故带她回楚王府，更与时珍相遇；冬青留在王府，要时珍替她在沐浴时把风。因大王子不吃药，冬青唯有将药放入粥同煮。大王子在街上紧握冬青手，时珍见到立即带冬青走，警告大王子可能有龙阳之辟。大王子亦向冬青说出自己偏好男色的因由。 大王子终发现冬青是女子，楚王欲赶走冬青，时珍要楚王安排云嫦与大王子见面，令他回复正常。冬青借酒浇愁，时珍鼓励她以医药与菜肴结合，冬青翌晨制出多款药肴食物。楚王安排时珍到太医院考试，冬青决定跟时珍同往京城。

应考的时珍与庞宪同分，于是要面试分高下；庞宪回答得体，反之时珍对提问充满疑惑，令考官史许绅留下印象。严嵩出现欲阻挠结果，后得知时珍是楚王推荐让时珍得到第一，而第二名的庞宪成为后补。 时珍告知冬青结果，二人忘我相拥；冬青更买下店舖欲在此地长居。时珍给慕榕修家书，说要接大家上京，更提及冬青已到此地开店之事。因一姐已带同儿子赴京投靠，于是顺理成章协助冬青开店。时珍与庞宪第一次应诊便遇上严世藩，因不想被世藩认出，时珍让庞宪为世藩应诊；原来世藩患痔，最后由庞宪为他施手术。时珍带冬青回家研究药食膳，因夜深冬青留宿一宵。翌日，冬青为时珍执拾家居，并弄了一台早点，令时珍不知所措。 时珍与庞宪遇到严嵩被恶狗咬；庞宪为严嵩医治时，被世藩认出时珍。严嵩恐世藩染上疯狗症向许绅时珍等人问罪，若他有事，定必治三人的罪。众医同意时珍见解，利用该头疯狗制药。众人捉狗时，时珍却被狗咬著不放。

时珍用计顺利捉了疯狗，却吓坏了冬青。严嵩康复后欲拉拢他，特意问时珍对炼丹看法；时珍坦言认为炼丹只有百害而无一利，因此惹怒严嵩父子。冬青为时珍安排干花及风铃粉饰家居，却不小心扭伤脚，时珍更特意揹她回家。 时珍用小地藏从云南带回药材「田七」为冬青医脚；此举令小地藏开始思考，如何将田七制成药膳。小地藏劝说冬青重视自己感觉，但冬青说不想与别人分享丈夫。锦衣卫副刀统庞百川与子庞宪到严嵩家作客，百川为救严嵩而身受重伤；庞宪坚持以自己方法治父。百川夜深痛楚难熬，时珍以田七医之，二人决定隐瞒宪免伤其自尊。庞宪后被父点化终承认时珍决定，更建议以田七作为宫廷药材。不断研究田七食材的小地藏，亦医治了月讯有问题女子，后得时珍点化终创出田七鸡汤。 时珍协助冬青在风雪中搬牌扁，亦因此得知冬青以「珍膳美」作为药膳店名字；冬青趁时珍替他治手部冻伤之际，问时珍对她的感觉。突然慕榕出现；原来李家已举家已迁到京师与时珍重聚。慕榕看到冬青为时珍粉饰家居，感叹自己不及冬青般细心。

慕榕见家中干花及风铃，内疚未能好好照顾丈夫，更羡慕冬青无论多忙也神采飞扬；张娇问慕榕会否为冬青及时珍关系感不快，慕榕只怪自己未能好好帮助丈夫。果珍劝弟弟应疼钖太太，时珍明言自己已有家室，冬青只是她红颜知己。 时珍修书需要人画本草图，却因自己不擅功笔画而被取笑。慕榕欲协助父君想拜师学画，因老师不收妇人学生，慕榕唯为以少女打扮，并得庞宪协助终能习画。 「珍膳美」开张，田七气锅鸡成招牌菜；果珍与一姐亦同时兴起以运药作为生意点子。慕榕因洗碗弄致双手干裂，冬青教之用猪油涂抹，却弄得家中油渍处处。慕榕鼓励时珍找冬青修书，而亦暗中努力练画。时珍在山上见众宫女采桑取甘露，怀疑与太医院有关。后追查下竟见有宫女神秘死亡，深感不妙。 庞宪跟随慕榕同去学画，并教慕榕花草药用等知识。冬青与时珍一起修书，慕榕将自制鹅毛坐垫交予冬青，好让她与时珍在晚上使用。时珍庞宪查探制药房，又见宫女被擡出，且手上有血痕。二人上山查探后得知主谋是邵元节。

张娇见慕榕不时外出，渐生不满；慕榕除画功大进外，亦努力向庞宪询问有关花草药知识。张娇在街上竟见到少女打扮的慕榕与一男子在街上走过，回家后向媳妇兴师问罪；慕榕得见喜帮助，才顺利混骗过去。 皇帝脾气日差，召许绅应诊，时珍暗感不妙；庞宪亦劝时珍勿再查下去。 冬青见到慕榕与庞宪一起，不敢向时珍言明。慕榕与庞宪相约上山，不知时珍跟随在后；庞宠为保护慕榕而被蜜蜂针伤，慕榕为他涂药时被时珍看见。 时珍在太医院向庞宪旁敲侧击，才知他一直喜欢的心上人，就是妻子慕榕。时珍卖醉，并向冬青诉说慕榕与庞宪之事，更怪自己没好好关心妻子。 冬青劝时回家解决问题；时珍与慕榕倾谈，终了解所有真相，夫妻感情更增。冬青询问慕榕为何仍作少女打扮，慕榕笑说事情已曝光，以后可做自己想做的事情。时珍与庞宪从公公处查探皇上药品时，惊闻宫女受害原因。

冬青终得知慕榕画画原因；庞宪亦为慕榕忽冷忽热态度而感奇怪。时珍与慕榕夫妻彻夜画画，夫妇感情日增。时珍从冬青口中得知，有未曾见过的植物，二人相约上山搜寻。楚王父子上京，和时珍见面互道近况。 冬青见时珍夫妻恩爱，心中不快。时珍夫妇到玉石店看饰物，慕榕不想丈夫花钱而放弃买玉颈链，其实时珍暗里已买下。时珍上山采药，后被人告知曾发生山崩；时珍因找不到一直不肯下山的冬青，心急如焚。可幸二人最终也能相逢，因彷如隔世两人不禁相拥，冬青更说出自己的感觉。时珍为冬青料理伤口时掉下颈链，冬青误会是送给她。兄弟二人倾谈，果珍劝时珍往后要好好对待慕榕。慕榕再到店舖才知丈夫已购下颈链，心中暗喜；但看到冬青戴此颈链，还掩饰说是父亲送赠而感难过。 时珍私入制药房一事被发现；嵩本欲斩杀时珍，碍于楚王，只撤了时珍职。被眨成宫女的妃子与宫女密谋杀皇上，虽事败但皇上昏迷不醒；时珍得庞宪众人协助终得入宫，最后得皇后首肯，成功救了皇上，终被升为御医。

慕榕因丈夫情况而紧张，庞宪却误会她是为自己而担心。慕榕与家人打算秘密为时珍庆祝，却呆等至午夜仍未见他回，原来时珍在街上遇上冬青，被拉去庆祝而饮酒至午夜才回。慕榕更以连理枝画暗喻二人间感情转淡。 翌日时珍带慕榕到玉石店，原来他早已打制了一对玉戒指，打算夫妻二人配戴，亦言明了送玉颈链一事只是误会。一姐小儿得风疹，果珍细心地照顾他。皇后因错斩端妃，日夜睡不安宁，更召邵元节为她开坛；时珍却认为她有病，请求大王子带往见皇后，经诊断她是被心魔缠绕。庞宪以红豆向慕榕暗示爱意，令慕榕决带时珍往见刘老师言明一切；庞宪回来得知慕榕已停学，追出又失去踪影，难过不已。因照顾一姐儿子，令果珍也同染上风疹，因祸得福，与一姐感情更佳。 严嵩要时珍在修本草时加重炼丹方面，时珍拒绝而激怒严嵩；时珍在太医院内被排斥，甚至要他为皇上爱猫诊治。庞宪看不过眼与父商量，并决定拜时珍为师。当庞宪来到时珍家拜师，正当时珍首肯，惊见他日夜思念的慕榕出现。

庞宪惊见慕榕竟是时珍的妻子！但在众人面前，庞宪也不得不向这「师母」跪拜斟茶。 庞宪失意醉酒，冬青安慰他时不慎泄露时珍早知此事；言谈间二人共感天涯沦落之惜，庞宪更谓如有人为他缝一件皮草便好了。 庞宪与时珍见面仍感尴尬；冬青购入皮草欲制衣给时珍，庞宪却误会是为他造。一姐幼儿已戒奶但她尚未发觉，果珍竟私自将粥给他，却将母乳饮下。冬青以怕时珍冷坏为理由，以毛衣相赠。时珍与庞宪在炼丹房外偷窥，进一步获知更多秘密。 时珍以冬青毛衣转让给庞宪，冬青知后大怒要取回毛衣；慕榕看见以为二人关系密切。庞宪向冬青表示，明白暗恋感受，冬青叮嘱他勿多言。一姐终得知果珍以朱砂诈病，果珍才知他饮的是一姐母乳，发誓再不饮奶。 皇帝感精力不及从前，严嵩乘机劝说要「炼金丹」，皇帝应允；严嵩怕金丹出问题，与邵元节合谋以真人来作试验。皇后向时珍赏赐银両，时珍转赠太医院众人；但当时珍准备离开时，严嵩突然派人以受贿罪名捉拿他。

严嵩欲以时珍未经批准便应诊之事问罪，幸大王子带同皇后来解围才得以脱险。庞宪跟时珍回家吃饭，二人促膝详谈，隔膜尽除。庞宪往找小地藏「拔罐」减压，冬青自荐为他动手，却被慕榕看见。 慕榕回家后对众人说庞宪与冬青相衬，却被时珍喝骂。果珍得知一姐如不能买屋定居，便要回乡，于是决心为她筹钱。庞宪见炼丹房搬物件上山，暗随之下惊见发生爆炸；于是偷偷将爆炸物带给时珍，终发现他们欲练「金丹」。时珍为冬青受小伤而慌张，庞宪私下提示冬青应避忌，又劝时珍不应再找冬青修书。慕榕约冬青去花卉展，亦分别约了庞宪及时珍；时珍见庞宪与冬青玩得愉快，心感不快。果珍发现波斯人高薪要人试药，为让一姐定居终于答应，为隐瞒家人更以凉茶减口气。 慕榕与冬青同浸温泉，二人终可独处互诉心事。冬青意图解释颈链事件，为免慕榕再生误会，宁让慕榕以为她与庞宪发展。二人在酒寮对饮，冬青慨叹宁愿自己辛苦，令时珍等两个人幸褔又何妨。

慕榕开始担心冬青暗恋时珍；一姐笑果珍变得满脸须根，连果珍也未知自己身体开始变化，更兴高采烈将所得酬金给一姐买屋。庞宪来冬青处前吃了柿子，再吃了她们的蟹粉小笼包而产生敏感。一姐对果珍为她筹钱买屋而烦恼。 费尽心思，「金丹」终于炼成；但事实证明服用者会出现中毒情况。但严嵩想利用金丹控制皇帝，一意孤行将药献上。皇后劝皇帝放弃金丹不果，唯有要严嵩一同服食，但严嵩竟以为是时珍幕后促使此事。时珍发现少了修草本草稿，要果珍代他去取回；冬青见果珍来取不禁大怒，在盛怒下更亲自将草稿交予时珍。二人僵持时被慕榕窥见，她终忍不住上前询问原由；冬青只好借词往找庞宪，回家痛哭。另一方面，慕榕在街上呆滞游荡，冬青遇上她，终说是自己暗恋时珍，慕榕为自己令她这么难堪而感难过。 当慕榕回家，时珍说要对她坦白，但慕榕说出已知道冬青暗恋他；时珍为冬青独自承担而愣住。冬青上山时见庞宪持花等候，了解他是想鼓励自己。时珍狂吃「十全大补餐」发泄后，见庞宪与冬青投契，更感不是味儿。

一姐发现果珍不单甩头发，且出现幻象，更以为一姐是他死去的妻子。时珍见庞宪与冬青有亲密接触，时珍心头一紧。果珍与一起试药的阿炳发现身体出问题，果珍带他回去找父把脉时，阿炳突然暴毙，言闻发现他已中毒。 果珍说出自己也有试药一事，言闻即时为他去毒；一姐为果珍以身犯险而边哭边骂，二人感情再增。庞百川与时珍等人一同搜查波斯店，但该处早已人去楼空；因为时珍多次查探，严嵩决定要除去时珍。幸时珍被暗杀时，刚巧因庞宪在旁而救了他一命。 时珍等人亲向皇上劝谏，但可惜皇帝坚拒不信金丹有问题。庞宪送花给冬青，却令她难过，时珍因此有所悟，决回家陪慕榕；二人更亲密地往看戏，怎料却没有留意在一旁的冬青及庞宪。 庞宪要冬青忘却时珍，冬青忍痛离开。时珍偶遇冬青，冬青忘情激动地上前拥抱时珍，却被慕榕看见。时珍追赶慕榕，冬青却突然晕倒。庞宪陪冬青回家途中，冬青却发现自己视力出问题。

因为慕榕出走寄居刘老师家，李家度过了一次冷清的年夜饭；众人鼓励时珍追回妻子，而冬青则独自困在房中。时珍在太医院询问庞宪有关慕榕情况，庞宪亦好言相劝。皇后急召时珍入宫，时珍等到入宫后惊见皇帝危坐栏杆上。 皇帝虽然被时珍被救回，但仍不信是丹药出了问题；被救后竟认为严嵩及邵元节有功，更与时珍一同获赏。小地藏与时珍找到秘密练功散毒的严嵩，小地藏更救了严嵩一命。冬青病情加剧，时珍却以为冬青刻意不理会自己。冬青在酒寮独自斟酌，被人调戏时竟得严世藩解围。小地藏与时珍合谋要查严嵩炼丹事，特意当众决裂，小地藏更成功任严家医师。慕榕从一姐口中得知，原来时珍冬青相爱在先，自己竟是第三者。慕榕往找冬青，但冬青错当成她为一姐说出心事，慕榕才知冬青盲了。 冬青视力衰退惹来茶客滋扰；慕榕突然以出现，更以老板娘姿态为冬青解围。众人以为慕榕特意回来夺权令冬青难堪；但当二女独处时，慕榕始说为了协助冬青守护店舖，更说不会说出她患上暴盲一事。

元宵夜，慕榕回家替张娇预备补汤，却避见时珍而遁走；时珍追出却未能相遇。时珍往找慕榕更刻意送上礼物，却被慕榕打破。慕榕向时珍质问如何处理与冬青关系，不想他为了责任而与她一起。 慕榕并交还戒指及要时珍在休书上签字，令时珍与庞宪为她的柔弱外表与坚强内心而惊讶不已；最后时珍坚决不肯签名。果珍与一姐倾谈此事时却被冬青听见，冬青找慕榕详谈，但反被慕榕劝她要自爱，要专心治病。时珍在街市遇上替失婚妇人抱不平的慕榕，知道她病了，特意带药探望却被拒。言闻等以为时珍要休妻，最后才知是慕榕的执著。小地藏从严嵩处得到丹药，终于知道他们以水银制丹药。 世藩始终怀疑小地藏是奸细，欲测试他以一网成擒。时珍邀慕榕看戏，但慕榕却发现不见冬青，与时珍努力往寻冬青；慕榕见时珍紧张带冬青离开，心感难过。时珍虽有感欠了冬青，终明白慕榕写休书目的。

冬青终让庞宪替她医治眼疾，更暗示希望重新过新生活，庞宪明白冬青只是为了让时珍等安心而作出此决定，心感难过。时珍想求楚王代他告御状，却得知他已身身患恶疾。有方士中毒，得小地藏医治，争取了严嵩父子的信任。 庞宪成功治好冬青双眼，却知她欲离开他而心神不定。此事却被一旁的慕榕得知；慕榕公开说要回乡找荆王，而慕榕与冬青亦分别向对方隐喻将会让爱。 时珍偷听到严嵩的密谋，本欲找皇后劝皇帝，却碰上皇帝突然晕倒。时珍救醒重帝，劝他停服丹药，更说出这一切乃严嵩父子奸计。皇帝与时珍到炼丹房，反被严嵩以时珍毒害皇帝而收监。原来严嵩父子设局令皇帝认为时珍谋杀他，要将时珍收监候斩。 严嵩将时珍家人收监，冬青假扮有眼疾骗过世藩让小地藏离开。慕榕携时珍手稿逃走，在山崖前被世藩追到，慕榕被逼一跃而下；最后世藩发现手稿只是副本。时珍与家人在狱中，感叹能死在一起，也没甚可怕。

堕海的慕榕幸运地被渔民所救。楚王父子及百川为时珍家人求情，庞宪见父甘愿退职也要救时珍家人而感动。冬青与庞宪因收到慕榕传来的暗号，大家终能相见；但大王子却带来时珍将被斩消息。 庞宪努力安排时珍家人逃走回乡；冬青却不愿离去，而且为了营救时珍，更主动往找世藩。世藩向冬青表白，冬青利用这机会向他说要待父脱罪才再作打算，更欺骗世藩说自愿到囚房查问本草下落。冬青在囚房中，趁世藩往见楚王时，用计救出时珍，并与门外的大王子会合，一同往见慕榕及庞宪。四人兵分二路逃走躲避世藩追捕。冬青暴盲症复发，幸得庞宪悉心照顾。 时珍在途中见被蛇咬患者，因而放弃逃命与慕榕上山寻草药，却为救慕榕而被蛇咬；在慕榕尽心照顾下而转好的时珍，却不知行踪已败露。时珍将慕榕带回荆王府，更交出休书，怕再连次累慕榕。

慕榕往找时珍，坚持要跟他一同去修书；可惜世藩百川等人也寻至。时珍等幸得曾被时珍救过的渔、樵、耕、猎四人相助逃脱。但世藩眼见时珍等人快逃走，竟以箭射向众人，慕榕中箭倒下。 时珍等人终成功逃到冬青家，为救重伤的慕榕，时珍决为她开刀取箭；但因寻不到适合的麻醉药，最后决定采用万陀罗花一试，并以身试药而晕倒。时珍刚成功为慕榕拔去箭头之时，百川及世藩寻觅而至；时珍将本草资料交给庞宪要他带走，自己主动向世藩自首，冬青则留下照顾慕榕。冬青以木头车，载著慕榕往法场见时珍最后一面。时珍与慕榕彷如隔世，而世藩亦质问冬青为何要骗他。 在行刑前的一刻，大王子带同圣旨及时赶到。原来皇上见楚王服食丹药而死，明白了事情因果，免了时珍一死。庞宪决定跟时珍四处游历修书，冬青与慕榕亦找寻自己生活。当时珍与庞宪在途中，各自遇上生命中重要的人。