警队授勋典礼举行在即，歹徒传来讯息要胁受勋者高逸泰裸跑，否则引爆炸弹。在飞虎队的协助下，最终救出高逸泰，可惜没能揪出主谋。高家俊调查黑帮社团鸿图时，发现他们将与泰国毒贩进行交易，行动时展开了激烈枪战。

高家俊插手飞虎的行动，高家朗挺身保护，最终疑犯逃脱，高家俊后因私自行动而被转为文职。Kenny接触社团老大可乐，指能替他找出卧底。Ｏ记聂宇航与卧底黄荣贤见面时被Kenny发现，可乐家法处置黄荣贤。

雷焯锋救出重伤的黄荣贤，然而他却在医院被Kenny杀害。雷焯锋拿到黄荣贤手机，听到他许多录音，对于自己多年来一直误解他深感愧疚。高家朗看到卢曼娜的摊子被毁，上前仗义帮助，又带她看医生和请她吃饭，二人关系要好

高家俊在拘捕可乐的行动中搜到新型毒品，推测杀卧底案涉及第三方势力。Kenny透过林梓尧传话，威逼利诱高逸泰在警方当卧底，高逸泰为了保密杀林梓尧灭口。高家朗根据书中暗藏的代码翻查报纸，发现是跟联运有关的新闻。

聂宇航去抓可乐，可乐却惨遭灭口，高逸泰下令结案，但聂宇航仍暗中调查，高家俊表示会全力配合。Kenny派人给聂宇航一个教训，高逸泰再次劝他别再调查。高家朗问起母亲自己出生的事，随后又问聂宇航自己是否收养的。

高家俊天天带队扫荡黑社会场子，令各社团老大不满，Kenny表示他自会处理。自父亲死后，威廉情绪一直不稳定，雷焯锋带他去看心理医生，自己也慢慢走出阴影。此时威廉却被Kenny绑架，并要求高家俊独自开车到观塘绕道

高家俊独自前往拯救威廉，却被反锁在车内。卢国斌威胁高逸泰答应协助，让俊脱险，泰最终答应，但到车上炸弹爆炸前十秒，俊为拯救威廉仍不肯离开…高家朗对自己身世感疑惑，潜入档案室，发现与当年一个卧底行动有关。

为了阻止间谍与黑帮U384交易，聂宇航带队行动，混乱之中抢得载有中情局机密的箱子而被歹徒追杀。为了夺回箱子，卢国斌要胁高逸泰配合，加上Kenny的伪造影片，使得所有人以为聂宇航与恐怖组织有联系，把他重重包围。

韩哲琛妻子被枪杀，高家朗为了帮聂宇航洗脱罪名违抗命令，二人一方面要找证据，另一方面要逃避警方的追捕和U384的追杀。三方在商场展开混战，飞虎队员阿豹于枪战中被杀。聂宇航成功取得影片，并找郑英豪协助…

聂宇航通知高家俊来抓Kenny，高逸泰先下手把人救走。高家朗称愿用Kenny手机交换一千万，而高逸泰竟销毁得手的假手机，聂宇航很震惊。警队全面戒备，誓要在72小时内找回箱子，以防资料落在恐怖分子手上。

高家俊提议把聂宇航的妻女送往安全屋，高逸泰坚决反对。高家朗协助聂宇航逃跑，与飞虎队发生冲突，被视为变节。高家俊发现最近的案子都跟高逸泰有间接关系，对他起了疑心，故接受聂宇航的提议，设局测试他是否内奸。

高家俊暗中支援聂宇航的行动。高逸泰胁持聂的妻女，威胁聂交出箱子。二人见面时高逸泰发现高家朗暗中协助，最终聂带走了箱子，并与恐怖分子展开追逐战。箱子辗转到了高逸朗手上，在恐袭发生前数分钟与恐怖分子对峙…

高逸泰被高家俊亲手抓住，并被定罪。然而由于二人的父子关系，警方亦视俊为嫌犯，多番对他进行内部调查，俊为证明自己清白，决意找出幕后黑手的真正身分。高家朗回归飞虎队，受到同僚欢迎，与戴以菲的感情也越来越好

一众飞虎队员跟踪高家朗与戴以菲约会期间，意外发现雷焯锋和心理治疗师张慧珊约会，二人大为尴尬。Kenny为了抢占毒品市场，向警方告发竞争对手运毒，Ｏ记根据线报赶到现场，与毒贩展开枪战，戴以菲在支援期间受伤。

高家俊继续以卧底身分调查富家子那边，文洛主动接近，对他似乎颇有兴趣。卢曼娜获取李英兰信任，两人关系日益亲密，与此同时，高家朗和戴以菲的感情也进一步发展。卢曼娜去探监，高逸泰惊讶之余，陈年往事浮现脑海。

高家俊认为上环尸体发现案跟渔船一案有关，所以找庄雅璇帮忙打听。透过中情局的Michelle，聂宇航得知香港成为恐怖分子集资的基地之一，而卢曼娜极有可能就是关键人物。凌文洛终于知道高家俊的身分，并答应找出庄家。

恐怖分子把黑市资金经过不同地区进行转换，再分散到各地的恐怖组织，卢曼娜被怀疑是香港区的关键人物，韩哲琛想高家朗做卧底去调查卢曼娜，但遭聂宇航反对…高家俊继续打击新型软性毒品案件，但调查手法受众人非议。

戴以菲从雷焯锋口中得知高家朗是擅自决定离开警队的，她四出寻找朗的下落，但朗为了任务只能忍痛不见她。卢曼娜锐意重振联运，并安排朗为下一任主事人，朗为了取得信任亦四出抢地盘，却在此时偶遇菲。

卢国斌逼高家朗杀死雷焯锋，朗为了保住锋的性命，事先通知聂宇航他的计划。另一方面，高家俊为了打击联运，扫荡了Kenny的制毒工场，令联运损失惨重，斌大怒，扬言要杀俊。朗去探望锋时遇戴以菲，朗向菲提出分手…

聂宇航提醒高家俊小心被利用，师徒矛盾愈加激烈。凌文洛终于向高家俊吐露心声，双方关系更进一步。高逸泰表示只要保证妻子安全，会全力协助警方。聂宇航要高家朗勿忘自己警察身分，高家朗想起往事，百般滋味。

卢国斌要Kenny杀了凌文洛，Kenny没有下手，反而要她带著载有毒气的行李箱进入警署。高家朗要联运跟星国开战，警察倾巢而出，伤亡才得以减少。卢国斌确信高家朗是卧底，为煽动高家俊，放出高家朗有份策划袭击的消息。

毒气事件后，聂宇航要求高家俊休假，并亲自负责调查工作。高家俊得悉雷焯锋中枪一事另有内情，遂向锋之心理治疗师张慧珊求证，珊怀疑俊患了躁郁症。Kenny继续怀疑高家朗是卧底，朗极力否认，并向卢曼娜表示不满。

聂宇航设局引出Kenny，却被高家俊破坏计划，Kenny被带到警局拘留。卢国斌无法与他取得联络，料想他应该出了事，同时卢曼娜提议让高家朗代替Kenny进行任务，斌对朗仍有所怀疑，竟提出绑架聂宇航之妻显示其忠诚。

卢国斌和高家朗绑架了余慧贞，要胁警方释放Kenny，聂宇航反对，高家俊却坚持要交换人质，结果Kenny遭航击毙，贞却遭朗枪伤，俊感自责。另外朗积极培训新血，终令斌释除疑虑。贞难以接受自己瘫痪一事，航加以开解。

红狼要卢曼娜做诱饵，转资十亿，吸引全世界注意，同时高家俊又死咬著联运不放，于是卢曼娜抓走李英兰，想趁机解决高家俊，高家朗知道后，焦急万分，急忙想办法救人。饱受心理折磨的戴以菲决定辞职，雷焯锋挽留不果。

高家俊透过监控镜头锁定U384的基地。聂宇航想在案子结束后让高家朗回归，但韩哲琛以要他接近红狼为由拒绝。Ｏ记与飞虎队展开联合行动捣破U384，一轮枪战后，卢国斌逃脱。在高家朗的游说下，卢曼娜投降并转为污点证人

高家朗为误击干妈而内疚，聂宇航安慰二人，但干妈对朗仍充满戒心。高家俊主动接触张慧珊处理自己的心理问题，珊为俊进行催眠，最终找出病因。卢国斌主动接触高家朗，威胁朗若不释放卢曼娜就会在市中心引爆毒气炸弹。

红狼在欧洲的基地被捣破，他们将目标转移到香港，准备发动袭击，卢国斌为救卢曼娜，答应与他们合作。警方为对付红狼，成立一支特别小组，由高家朗、高家俊、戴以菲三人担任队长，朗及俊兄弟俩的感情也变得越来越好。

高家俊要庄雅璇离开自己，却反被对方打动，俊向璇求婚，璇答应。红狼意图在香港多处发动袭击，为制止红狼，聂宇航和雷焯锋严密部署行动。另一方面，红狼藉狙击股市来搞垮香港经济，为稳住股市，航找来卢曼娜协助…

红狼逼卢国斌穿上装有炸弹的背心前往会场引开注意，实则真正目的是要去金管局抓卢曼娜。高家朗成功制服卢国斌，同时，高家俊猜到红狼真正意图，通知聂宇航。停车场内，卢曼娜受伤，高家兄弟一起联手与红狼展开枪战。