患有「人格解离」的叶劲峰是贪财好色的卧底，他拖延上司江政勋收网，同时阻止社团老大尹彪犯案，想舔尽两边好处。副人格朱玑善良体弱，是一名笔迹专家，他以「榨菜诈弹」阻止尹彪犯案，引来拆弹专家游雁星调查，对她一见倾心……杨碧芯离家多年，因思念女儿叶朗晴偷偷回港，竟发现儿子劲峰替她立了龛位。雁星拆解汽车炸弹，救出正在幽会的劲峰和社团大嫂莫希欣。劲峰收到朗晴被血字杀手袭击受创的消息，此时第二个炸弹爆炸……

朱玑被雁星误当「双重炸弹案」主谋，又发现政勋与希欣关系暧昧，遂向精神科医生韦睿杰求助。睿杰获邀到医院助朗晴录口供，他诊断朗晴患上「余光恐惧症」。睿杰推断劲峰因内疚才躲起来，朱玑唯有装成劲峰，去说服雁星，并指政勋才是炸弹案疑凶。政勋抓捕朱玑，劲峰及时出现，但为救雁星受伤昏迷。碧芯为照顾朗晴，到精神病院工作，惜女儿认不出她。碧芯见院友马咏骚扰朗晴，便警告她远离朗晴。朱玑探望朗晴，遇到碧芯……

朱玑知道劲峰和碧芯的心结难解，唯有诱导朗晴回想「血字案」细节，查到凶手左眼是绿色。朗晴意外打破单面镜，始知哥哥对她隐瞒警察暗中窥看，崩溃晕倒。朱玑为追求雁星，以破案利诱政勋，联同睿杰组成四人专案小组。朗晴回复稳定，但碧芯阻止朱玑见她。朱玑想帮劲峰与母亲破冰，怎料主动拥抱碧芯时，劲峰竟重夺身体主导权，母子不欢而散。希欣突然堕楼身亡，尸体更被神秘偷走焚毁。及后，劲峰被雁星突然怒掴……

政勋争取成立特案组，邀请睿杰等专家调查奇案。劲峰扮作笔迹专家想吸引法医人类学家方菀芊，差点被雁星识破，幸好朱玑及时出现，准确分析血字。马咏非礼朗晴，碧芯盛怒下与她爆发冲突……劲峰意外吻上雁星，引出朱玑求雁星接受有限期的爱情，雁星方知朱玑的存在。睿杰建议为朗晴进行家庭治疗，碧芯唯有暂时与儿子和解，终令朗晴认出她是母亲。菀芊汇报焦尸极似希欣，但仍未能定断。马咏陈尸于度假屋附近，似是血字杀手所杀。

碧芯坦承马咏曾来骚扰朗晴，但不知马咏被她驱赶离开后惨遭毒手，政勋对此存疑。劲峰与碧芯透过保护朗晴，彻底和解，但朱玑因而灰飞烟灭。劲峰骤失兄弟，痛心错愕，雁星也感哀伤惘然。贴心的朱玑早已安排劲峰学习字迹分析要点，取信政勋，但政勋查出劲峰与碧芯竟是母子，以包庇为由拘捕劲峰，并将矛头再次指向碧芯。不过，朗晴的口供，加上雁星的追查所得，以及菀芊的验尸报告，都似乎对洗脱碧芯的嫌疑有利……

马咏死后，碧芯开始看见她的幻象。原来碧芯曾患精神分裂，受幻象唆使才想毒杀子女和自己，她多年来都在马来西亚治病。朗晴康复回家，劲峰邀碧芯回来一家团聚。碧芯发现马咏的死亡时间有异，开始怀疑睿杰。睿杰以碧芯有被逼害妄想症为由，说服她相信自己……尹彪落网，坚称没有放炸弹及谋杀希欣。菀芊经额窦比对，发现焦尸不是希欣。劲峰认为政勋最有可疑，请雁星查他的手机，自己则犯险走进内在世界寻找朱玑，怎料却被困……

雁星发现政勋想入侵菀芊电脑销毁焦尸的验尸证据，马上拘捕他，但政勋坚称自己无辜。实验室遭炸弹袭击，菀芊和劲峰险死还生。劲峰认为这次也是双重炸弹，警署内还有另一炸弹。劲峰想拯救同僚时，遇到逃犯尹彪，竭力追捕。政勋接报指尹彪逃到枪房，与劲峰一同赶至，却找到一个不能停下的走珠炸弹。雁星负责拆弹，但饱受创伤后遗症困扰，生死一线间，一个对她最重要的人出现了……炸弹案主谋以炸弹背心胁持拆弹组探员，威胁政勋自残。

朱玑从笔迹分析出姜耀坤只想扬名，其实怕死，与雁星、政勋成功制伏他。碧芯害怕朗晴爱上睿杰，想带女儿转看另一位精神科医生。碧芯质问睿杰是否绿眼杀手，睿杰否认，反指碧芯歧视瞳孔异色患者。碧芯偷走睿杰的手机调查，在资料被遥控删除前，仅得到睿杰的结婚照，以及三张风景照。朱玑与睿杰推断绿眼杀手将再次行凶，曾经暂缓杀人或因得到爱情，睿杰不禁想起亡妻……碧芯凭风景照寻至郊外，特案组也在附近发现四具血字女尸……

碧芯长留幽闭问话室，濒临崩溃，睿杰以心理暗示令她精神病发。朱玑分析出绿眼杀手的心理变化，睿杰见朱玑接近真相，更觉刺激。朱玑从朗晴手机壳上的合照，勘破杀手因认识自己而放过她，马上找睿杰对质。睿杰露出真面目，想扼死朱玑，却见劲峰冲了出来；睿杰反指朱玑令碧芯患上精神病，更想霸占劲峰的身体。碧芯再见马咏幻象，劲峰赶至却见碧芯正在扼着自己。劲峰随着闪电不停与朱玑转换人格，非但不能安抚碧芯，更令她崩溃晕倒。

碧芯醒来，见劲峰累极仍紧握她的手，遂决意治好精神病。劲峰误信睿杰，把朱玑当成母亲的精神病源，竟「赶走」朱玑。政勋以为雁星回心转意，谁知雁星坚决分手，请他搬离居所。睿杰失去劲敌朱玑后，索然无味，偶遇朗晴，竟觉她有亡妻的影子。特案组从四具女尸的特点，发现绿眼杀手犯案手法不仅不再高调，更像是要隐藏一切，劲峰对血字分析也有突破。劲峰请菀芊回家见碧芯，雁星难抵思念，逼令劲峰让朱玑出来却不果，心痛不已……

碧芯突然找雁星自首，坦白杀了马咏，原来她决心治好精神病，是想令供词可信……朗晴担心碧芯精神病发出事，急着找睿杰，谁知睿杰带她到天台边缘，并自揭是绿眼杀手……劲峰与菀芊来到，见精神病人阿超堕楼。劲峰认为睿杰想将所有罪名嫁祸给自己的病人，惟朗晴推翻口供，否认血字凶手有绿眼，阿超居所亦找出罪证。劲峰冒险找睿杰帮忙寻回朱玑，但他再次醒来竟变成馋嘴捣蛋的14岁少年Matt……

碧芯得知儿子患有人格解离，终明白他为何性格反复无常。新人格Matt最爱跟碧芯对着干，菀芊为免碧芯抓狂，便带Matt吃东西，谁知二人被希欣掳走，并绑上「镜子炸弹」。在囚的耀坤承认是炸弹设计者，借机到现场解释炸弹结构时逃走，还想枪杀尹彪……雁星成功为劲峰和菀芊拆弹，但另一隐藏炸弹随即爆炸……「刑侦之父」聂山获警务处长邀请回港调查跨国「幽灵断脚案」，想不到某断脚上的球鞋，竟似是自己失踪的妻子所有。

两年前，聂山因公忘私失约于妻子梁日思，日思留下字条出走，不知所踪。聂山现时担心「断脚案」的球鞋属于日思，劲峰即联络菀芊列印脚骨查验，但二人的越洋恋若即若离。朗晴答应了碧芯和特案组合作，要将睿杰绳之于法……聂山找劲峰分析日思字条上的笔迹，朱玑发现日思看似决绝离开，实则希望丈夫找她，聂山又悔又急。碧芯在医院遇到聂山，竟装作扭伤，坐上他的车子，原来想看清楚其手机套上的照片……

《血谜图》小说上架后，获得热烈反应。朗晴回到大学，被同学Jenny私下欺凌。Jenny陈尸校园，死法竟与血谜图小说一样。碧芯偷换了聂山车上的充电宝，令他的手机和日思的照片一同焚毁。聂山施计唤出朱玑和Matt的人格，证实劲峰患有人格解离，岂料政勋怀疑Matt是小说杀手，拘捕了他，幸而碧芯唤出朱玑解困。碧芯母子在追查小说杀手时险些丧命，劲峰发现网站编辑海蓝中毒昏迷，救她时亦中了毒；睿杰突然现身……

法医昆虫学家张晓蔓验证A17脚骨有新发现，聂山接获菀芊报讯……聂山锲而不舍，获医生通融检查旧物，竟找到印有日思照片的刊物，日思身旁赫然是碧芯……碧芯主动找聂山，要他反省自己错在哪里。聂山回想昔日因公事忽略了日思，他及后在攀山时跌下山坡，尝到日思当日的绝望无助。聂山被碧芯救起，哀求能见日思作出补偿……政勋认定睿杰是小说杀手，睿杰为证清白，提出用脑区沟通法向昏迷的海蓝问话，她竟回应凶手是一男一女……

海蓝醒来后却推翻口供，令「小说杀手案」徒添变数。聂山邀请睿杰做特案组顾问，睿杰却要求先见朱玑及病人苏国城。朱玑透过血字，剖绘出睿杰如何走上连环杀手之路。睿杰受刺激下大反击，揭出劲峰只是人格，又唤出Matt，以汉堡包利诱他助自己逃狱。Matt装作朱玑成功骗过聂山，国城以手机造成「大塞车」假象逼使囚车改道，又驾车撞停囚车……特案组想以脑区沟通法唤醒雁星，可惜不果……

朗晴向睿杰道歉，表白会等他出狱，睿杰语带深意说必定与朗晴重聚。马来西亚沙滩再现新的断脚，聂山协助当地刑警Parker调查，差点发现碧芯在日思故居清除证据。碧芯为阻止聂山追查下去，便向他道出日思的消息……菀芊追问下，朱玑说出劲峰因不堪自己只是副人格而躲起来。警司陈笑安密谋重返重案组，决以身作饵，要海蓝配合他假扮《血谜图》作者，诱捕小说杀手。雁星听着朱玑录播的小说，梦见与他的甜蜜点滴，终于苏醒……

笑安找政勋结盟，欲向聂山夺权；政勋得知雁星醒来即不顾而去，可惜雁星心中只有朱玑。朱玑收到雁星来电，决定马上回港，但临行前见菀芊似有异状。菀芊独自深潜寻找断脚案线索却遇险，幸劲峰及时赶到救援……雁星不见朱玑，不禁失望，政勋乘机劝她放弃朱玑。碧芯为让聂山放下往事，带他到日思旧居。Matt装作朱玑回港，见笑安逼虚弱的雁星为警队拍宣传片，想替雁星解围，怎料反令她晕倒。朱玑内疚，与劲峰和Matt发生内讧……

晓蔓分析断脚案部份残肢来自非法人体农场，但日思的断脚来源仍然未明。海蓝到特案组协助调查，聂山和睿杰发现Matt假扮朱玑，且和海蓝有联系……碧芯认得小说《同行》的插画是Matt当年所绘，聂山让她调查Matt以证儿子清白。碧芯拆穿Matt假扮朱玑，并告诉朗晴他患有解离症。母子交心，碧芯答应不再叫朱玑和劲峰出来，但待Matt熟睡后却唤朱玑出来，让他找雁星修好。雁星与朱玑相依静看星辰后，忍痛提出分手。

朱玑看着漫天飘絮，想出办法，向雁星承诺能解决三人四角恋的困局……碧芯带Matt到游戏中心，诱他说出与海蓝的秘密。聂山想再见妻子幻象，向睿杰求助却遭出卖，指他的躁郁症未愈，令特案组被助理处长程孝辉强行接管。碧芯密晤聂山，对睿杰是否小说杀手持不同意见；又提到当年幻觉下见Matt被撞死，竟会松口气……Matt在暗处偷听后，欲上天台自杀，幸被海蓝劝阻。Matt煮可乐煲姜给碧芯，碧芯喝后猛然吐出一口鲜血。

碧芯吐血原来只是Matt的想像，他根本不忍心伤害母亲。碧芯趁Matt熟睡，又偷偷唤出朱玑。朱玑教雁星与菀芊随时唤出朱玑和劲峰人格的方法，成功破解三人四角恋的困局。碧芯受聂山所托监视Matt，她反遭当面揭破曾想毒杀子女，碧芯大为震栗，不只被Matt逃去，自己更被幻象缠扰……聂山和菀芊追踪到Matt，成功唤出劲峰，三人赶往营救失联的笑安却不成功。笑安被小说杀手胁持，点名要曾欺凌耀坤的政勋同行赴死……

雁星从小说中猜到杀手会用颈环炸弹行凶，并得知能制造颈环炸弹的人只有耀坤亡父，遂要求狱中的希欣提供线索却不果。聂山从录影中放大笑安的瞳孔，发现疑凶的身影。另边厢，笑安违拗症发作，疑凶向他开枪，生死未卜……孝辉突然拘捕劲峰，并即时接管特案组，聂山顿失查案权力。聂山想找碧芯唤出Matt来查明真相，但见碧芯被幻象困扰，只好另谋他法。碧芯回想当日与好友高敏一同照顾日思，而高敏就是一直缠扰她的贵妇幻象……

孝辉逼劲峰吃汉堡，但无法诱出Matt。碧芯含泪恳求劲峰和朱玑永远消失，好让Matt现身，劲峰、朱玑万般不舍，但终向菀芊和雁星道别，在内在世界静待灰飞烟灭……Matt终于出现，碧芯诉说当年煮毒汤是被精神分裂的幻象唆使，并为免悲剧发生，忍痛离开香港十七年。Matt原谅了碧芯，即交代笑安被绑架所知的事情，令政勋找到另一个颈环炸弹。聂山循线索救出笑安，但颈环炸弹已开始倒数，雁星拆弹时创伤后遗症发作……

雁星幸得朱玑幻象鼓励，回复冷静拆弹。Matt从小说猜出救人方法，不理阻拦戴上另一颈环炸弹，笑安颈上炸弹果然松开。Matt怕伤及他人，跑到无人海边，聂山追上。Matt以视像向警方自首，承担一切罪责……聂山道出Matt无故昏迷前，曾留言向碧芯道歉，指碧芯最爱全家福中的儿子并不是他。碧芯因错认儿子令Matt伤心沉睡，痛苦自责，被幻象困扰更甚。菀芊验出日思坟墓泥土有异，聂山怀疑碧芯隐瞒日思死因……

(大结局)聂山在日思故居找到蛛丝马迹，晓蔓亦验出日思骸骨另有异常，应是被谋杀。Parker查出关键证据，并发现疑凶牵涉多宗老人院命案，即随聂山回港追捕。Matt在医院醒来偷走，行为古怪，睿杰判断这是新人格Michael。碧芯受刺激病发，上天台寻死。众人叫Michael假扮Matt劝止碧芯，危急之际……聂山及后赶至，终于解开日思遇害之谜……