闹市发生疯狂女食客无故杀人事件，冲锋队督察乔宝宝上前阻止却受伤……反恐特勤队同时遇上一疯狂男子，督察顾家强及时化解危机。警方怀疑事件是针对来港的药厂高层。宝宝见兄长乔带囡出洋相，想起带囡于数年前一次行动中被简曜洋射伤脚而残废，曜洋因此离开警队，宝宝对他恨之入骨。转职夜场的曜洋，捉拿被悬赏追捕的黑仔，却遇到同想带走黑仔的黑帮小头目大炮，曜洋逃跑时，宝宝赶至并举枪指着曜洋，曜洋情急下竟向宝宝开枪。

家强及时赶到拯救宝宝；带囡不相信曜洋会开枪射宝宝，二人为此口角。宝宝和家强回到案发现场，宝宝发觉事情或非原先所想。曜洋带着黑仔交予黑帮老大换悬赏，突然一批恐怖分子杀入……原来曜洋这两年只是与伙伴杜小婕执行卧底任务。曜洋继续调查毒品杀人案，与宝宝再次并肩上阵，仿佛回到当年感觉。曜洋正式回归隐形任务战略部队，带囡相约吃饭，竟同时约了宝宝和家强，二人与曜洋仍有芥蒂，并为带囡争执，最终不欢而散……

曜洋为伤及带囡的往事感烦恼，一直喜欢曜洋的小婕前来开解。西环码头发现女浮尸，开会期间带囡提出新论点，曜洋认定带囡适合隐形战队，诚邀加入，带囡为此犹疑，另边厢家强和宝宝却极力反对。带囡继续寻找外地恐怖分子资料，发现此事与活跃于暗网的神秘人有关，带囡跟踪可疑人物，惟发生意外入院。警方终凭着带囡搜集的证据，锁定目标人物。反恐特勤队将疑犯拘捕，曜洋伪装成功，令疑犯答应与警方合作。

隐形战队总警司方国希分析浮尸案凶徒是一群猎杀者，模仿外地恐怖分子手法行凶。宝宝重遇昔日学生郑嘉嘉，嘉嘉怀疑自己被跟踪。是夜，宝宝收到嘉嘉的求助电话……反恐特勤队有警员周大力和督察邢风新加入，大力以甲虫玩具作弄邢风，邢风忍不住呕吐在家强身上。反恐特勤队训练期间发现尸首，隐形战队推测是猎杀者所为。隐形战队借着宝宝提供的线索，锁定可疑人物二世祖朱浩，小婕被派往接近朱浩，并与曜洋假装情侣……

宝宝接报，惊见嘉嘉的父亲已自杀身亡，难掩悲伤。宝宝在嘉嘉家居收拾，找到嘉嘉的士上的行车纪录仪。小婕成功取得朱浩手机内的资料，有所发现。隐形战队和反恐特勤队联合行动，派小婕与邢风混入泳池派对，国希大为紧张，原来国希正是邢风的母亲。派对当日，小婕故意挑衅朱浩，但朱浩未有预期反应……宝宝与邢风被猎杀者捉走，二人成功逃跑，家强和邢风配合下击退其中一人。另一边厢，宝宝被围捕受伤，危机涌现。

曜洋及时出现击倒猎杀者，抱着宝宝离开……邢风和国希吃饭时发生争执，因为国希的丈夫邢学礼当年于执勤时殉职，故国希一直反对邢风参与危险行动。家强为邢风暗中捉甲虫，却被邢风误会是色狼。国希力邀宝宝加入隐形战队，宝宝却因曜洋的存在十分犹豫，带囡使用激将法成功让宝宝答允。宝宝上门斥责曜洋，一直为伤及带囡而失眠的曜洋意外地一夜酣睡。小婕刻意在宝宝面前「宣示主权」，队内暗涌浮现。

助理警务处长江志坚要反恐特勤队与隐形战队合作，两队总警司张克健与国希针锋相对。克健安排两队聚餐，带囡装醉为曜洋和宝宝制造机会，二人却吵架收场。邢风巡逻时被一名爱滋病毒犯人所伤，需等候血液检测报告，大力愿为邢风保密。家强前往展览场地检查保安，重遇昔日同僚凌毅。医疗展当日，曜洋发现一名男清洁工有可疑，过招期间男子成功逃跑，及后发现心脏外科医生林伟梁失踪……

隐形战队联同反恐特勤队展开调查，曜洋怀疑涉案的男子是退役警员凌毅，而家强是凌毅的好友，曜洋秉公要求调走家强，宝宝与家强对此不忿。家强重遇凌毅，要向他问清一切。伟梁成功逃走，却遭车撞陷入昏迷，曜洋和宝宝往医院探望时，发现有杀手欲杀伟梁……一番调查下，宝宝怀疑凌毅未婚妻蔡燕芬之死另有内情。警方突然接报富商周昌盛的女儿周晓悦被绑走，性命堪忧……

绑匪欲杀死晓悦报仇，家强出现力阻，绑匪却被突袭枪杀。曜洋从细节猜出枪手的身分。家强因失职接受调查，克健与国希一个维护，一个重责。宝宝误会曜洋针对家强，二人发生争执不欢而散。曜洋察觉出枪手的下一个目标，与家强联手前往阻止，却迟来一步，幸捕获枪手。幕后主脑打算逃离香港，却亲眼目睹一宗夺命意外……曜洋被自幼养育自己的林杏娇洗坏手机录音，引致再次失眠，曜洋唯有使计让宝宝发怒……

宝宝和带囡遭逼迁，杏娇得知后把单位租给二人，希望曜洋能近水楼台与宝宝和好。带囡欲向心仪女子表白，怎料对方已有男友，尴尬之际小婕为其解围，带囡感激。小婕被父亲纠缠索钱，对曜洋坦白童年悲惨遭遇。邢风等待爱滋感染报告期间无法参与训练，家强为她进行独自训练，邢风对家强加分不少。邢风解除危机，为国希亲自下厨并坦白一切，但国希已从旁人口中得知并感失望。有警员在街头截查两名男子后被重创，曜洋、宝宝随即追上……

隐形战队接获情报，外地恐怖分子巴翼与马雷来港，惟目的未明。调查一轮，战队确认二人是割颈凶手，推断来港是为阻止遣返恐怖分子韦以迅，隐形战队于是联同反恐特勤队展开行动。宝宝不满小婕视带囡为「兵」，二人一言不合，誓不两立。家强之母顾何淑珠逼令他戴上增爱情运的手链，不料被邢风勾破。押送以迅当日，军装警员的搜查惊动了恐怖分子，众恐怖分子分散进入福旅商场，而家强家人所开的茶餐厅正于商场内……

恐怖分子持枪挟持福旅商场内市民，并封锁商场各出入口。宝宝趁乱闯入商场视察环境，途中遇上一名恐怖分子，幸好曜洋及时出现解窘。二人混入人质堆中，向外汇报现场情况。家强和邢风与宝宝、曜洋配合击杀恐怖分子，成功解救人质，宝宝却察觉出异样……带囡因无法拯救同僚而自责，曜洋、宝宝、家强决定暂且放下一切恩怨，以安慰带囡。宝宝误会曜洋偷窥，二人的关系再陷僵局。

家强准备考试擢升警司，但商场人质事件被传媒负面报道，影响其升职；带囡更因此认定是国希有意阻拦，故意与她作对。小婕收到父亲来电，要求她出资让自己筹办再婚，小婕气愤同时亦怕父亲受骗。带囡得知后主动献计，成功令小婕父贪钱的未婚妻知难而退。淑珠约邢风到茶餐厅，邢风见家强一家和乐，羡慕不已。宝宝认识到一名少女辛芷瑶，后来才知她是同袍辛晓明的女儿。宝宝看到芷瑶与晓明父女争吵，上前劝架却不果。

晓明向曜洋坦白父女关系变差原因，曜洋建议晓明放下父亲尊严，以朋友方式与芷瑶相处。带囡故意向好友透露自己即将生日，各人却毫无表示。带囡失望之际，众人惊喜出现庆生。隐形战队从货柜少女案的生还者口中得到线索，宝宝深入惩教所接近嫌疑人协助「套料」。家强得悉外甥沈颖珊签下大笔卡数，颖珊不愿交代，邢风主动提出帮忙，得知颖珊是被模特儿公司所骗，二人合计成功取回钱财。晓明突然接到芷瑶的求救来电，惊惶失措。

芷瑶失踪，晓明报案后仍感不安。晓明独自调查，方知一直从没了解过芷瑶，后悔不已。晓明越界调查芷瑶失踪一案，被国希停职。带囡于暗网发现邢风相片，邢风估计与模特儿公司有关，曜洋提议邢风做卧底，遭国希反对。国希思前想后，忍痛同意邢风做卧底，曜洋亦提议小婕同行照应。邢风、小婕被带到失踪少女的所在处，当中竟有芷瑶，隐形战队与反恐特勤队则在外围戒备。邢风、小婕准备救人之时，遭匪徒发现，旋即引发一场警匪大战……

邢风、小婕带领着少女们且战且走。芷瑶于逃命时险象横生，幸得晓明及时赶到，可是……曜洋、家强于行动期间都受了伤，小婕送汤到医院探望曜洋，曜洋坦白对小婕只是拍档情谊；小婕伤心离开，找带囡陪伴发泄。邢风感激家强相救，约大力挑选礼物，却引起误会。茶餐厅内，沈永基助晨丽解决难题，晨丽对他萌生好感。杏娇锲而不舍为曜洋、宝宝制造独处机会，曜洋饭后送宝宝回家，宝宝在路上却突然遇上爆炸……

曜洋紧张奔往爆炸现场，幸发现宝宝无恙。因爆炸案炸死者涉及社团话事人，警方进行联合调查。晨丽到永基家做家访，永基却接到社团头目火屎来电……爆炸案再次发生，宝宝发现两案的现场都留下德文诗文，来自某本心理学书籍。宝宝、带囡、曜洋到监狱找该书作者匡胜天查探线索，胜天却不合作，言谈更针对带囡，众人无功而还，带囡更因此频发恶梦。隐形战队监听到火屎有行动，发现他被人带至某地，曜洋、宝宝前往调查，险被匪徒发现……

火屎身上遭装了炸弹，被送到市中心引爆，现场出现第二句德文诗。隐形战队尽力保护涉案社团最后一位话事人生番，再有爆炸案发生，生番的手机内有第三句德文诗的讯息。宝宝往见胜天，胜天继续故弄玄虚。晨丽再次到永基家探访，想趁机认识永基之母……家强随后收到晨丽的短讯，称其与永基赴澳门游玩。隐形战队查到爆炸案疑犯行踪，惜来迟一步人去楼空。宝宝将所有线索融会贯通，估计疑犯打算在某医院放炸弹……

爆炸案疑犯与同伙在医院各处安装炸弹，隐形战队与反恐特勤队赶到医院，找寻炸弹时遇上重火力还击，双方恶战连场。疑犯被重重包围，宝宝向其走近，尝试瓦解爆炸危机……国希怀疑胜天牵涉爆炸案，往狱中见胜天，二人火花四溅。邢风为运动会的长跑项目努力准备，怎料赛前患上急性阑尾炎，被迫退出。家强自揭秘密糗事作安慰，邢风倍感窝心。曜洋发现宝宝自从见了胜天，情绪起伏不定，二人关系再次僵化，而带囡的恶梦亦越发严重……

宝宝和带囡一同请假，往见精神科医生，医生指带囡疑似患上创伤后遗症而失忆，同时指出宝宝也有压力。邢风搬往与宝宝同住，并向她查问家强心意。带囡再梦见意外发生的情景，偏偏想不起最关键一刻。小婕为带囡按摩舒缓，但带囡知道小婕是受曜洋所托，即晦气离去。曜洋追上解释，带囡突然恢复当日记忆，当众剖白真相，更因此萌生辞职念头……曜洋、宝宝、家强合力劝解，最终四人冰释前嫌。事件弄清后，曜洋觉得宝宝似存心逃避他……

宝宝发现曜洋保留了载着二人回忆的音乐盒，甚为感动，宝宝对曜洋的态度却突然转淡。大力被邢风拒绝后，重遇中学师妹马诗婷。国希主动约见家强谈及他与邢风的未来，家强承诺待升职后才与邢风发展。邢风有感家强若即若离，心情忐忑。曜洋不甘被宝宝冷待，打算采取行动，怎料……隐形战队接到法官骆定锦自杀案，同时宝宝又收到胜天约见的消息，国希反对宝宝往见胜天。曜洋和宝宝当众晒恩爱，小婕心底受伤……

带囡知小婕为情所伤，前来安慰，成功让小婕笑颜再现。大力和诗婷冲破障碍，感情突飞猛进。隐形战队继续调查定锦一案，发现其妻赵可凝出轨，但可凝坚持没有杀害丈夫。宝宝查得定锦死前接受过治疗师许素妍的心理辅导，而素妍是幸福学会创办人。宝宝发现幸福学会与当年的苓雅行社很相像，而行社的创办人是胜天。家强认识了大力的女友诗婷，却记起见过她的另一个样子。诗婷原来亦是幸福学会的会员，她向素妍提出退会……

酒店房间内有一男子死亡，死者是银行高层游国堃，隐形战队接手调查案件。诗婷失踪，大力一直联络不上她，导致焦躁不安，影响工作。邢风看穿家强刻意回避她，家强无奈。邢风跟踪大力，途中差点遇车祸，幸得家强相救。调查发现国堃与定锦均是幸福学会成员，曜洋再次请素妍问话，素妍否认一切。国希留意到素妍长期戴手套，让曜洋和宝宝获得调查方向……大力终找到诗婷，过了浪漫一晚后，一帮人马持枪寻至……

反恐特勤队众队员都联络不上大力，令人担心不已。国希有望升职，邢风替她高兴，国希却有口难言。特勤队员岑浩斌与隐形战队探员刘美欣感情一日千里，确定彼此。大力沉沦于悲痛中，决定辞职。特勤队攻入素妍与同党阮华硕的匿藏地点，大力枪指华硕，意欲报仇……素妍被捕后守口如瓶，警方继续搜证。邢风为克服甲虫恐惧，深夜上山，家强担心，上山寻找邢风。邢风看到萤火虫并克服恐惧，高兴得主动亲吻家强……

家强获邢风主动亲吻后，竟将邢风推开，二人不欢而散。鉴证报告显示素妍被捕时手上的枪械，为当年射杀卧底詹筱柔的凶器，国希坚信一切是胜天幕后操纵。素妍在拘留所自杀，并承认所有罪名。国希得悉素妍的儿子在外地被杀后，与胜天于狱中会面，胜天直指会为自己翻案。庭上，国希被指责妨碍司法公正，将要停职接受调查，众人心情低落……胜天胜诉高调出狱，并当面向国希宣战！

胜天出狱后高调演讲，要求警方与国希公开道歉。宝宝和曜洋发觉浩斌打算与胜天会面，怀疑浩斌是内鬼。美欣觉得浩斌只是利用自己，悲伤不已。浩斌失踪，宝宝、曜洋和美欣上门调查浩斌家，发现浩斌与胜天曾以书信联络……带囡送哨子给小婕，小婕感动收下，却坚持与他划清界线。羁留病房有假护士带走囚犯，隐形战队接报调查……家强突然被国希要求上门吃饭，邢风得悉后大感不妙；家强鼓起勇气在国希面前坦白，正跟邢风交往。

家强和邢风牵手散步，甜蜜浪漫。带囡收回对小婕的专宠，小婕纵如愿却感不快。邢风健身后遭突袭及掳走，同时小婕亦在停车场遇袭后失联，警方成立专案小组全力寻找二人下落。曜洋、宝宝向胜天问话，但胜天一脸无辜。家强终发现线索，成功救出邢风。邢风被送到医院，一直昏迷不醒，家强、国希担心不已。警方全力追查小婕下落却苦无收获，带囡极为紧张；小婕生死存亡一瞬间……

带囡凭声找到小婕所在地，终及时将她救出。小婕醒来，却对带囡异常冷淡。曜洋接到线报，指施虐者会逃亡，该人及后却遭突如其来的冷枪射杀。同时，国希被击晕，醒来后被发现车尾藏有杀人凶器，邢风醒来惊悉母亲被捕。胜天到羁留所探望国希，二人位置调换，胜天更告诉她一件震撼事情。一具男尸被发现，而尸体上有杀人的证据；警方观看片段后，全力追捕疑犯……

曜洋领部下追赶到码头，与疑犯激烈枪战，疑犯乘快艇逃离追捕；带囡与小婕感情无疾而终。家强、邢风探望国希，国希依稀记得被电晕前的小细节，隐形战队即循此方向调查，找到可证明国希清白的证据持有人，此时疑犯的团伙亦追至……疑犯策划在隐形战队与反恐特勤队会参与的庄严场合放炸弹，幸带囡及时识破，减低伤亡。曜洋回家发现地上一滩血迹，得悉宝宝被捉走，怒不可遏……

(大结局)国希激励众人抖擞精神，回复士气。隐形战队接报全港各区持续发生爆炸事件，队内电脑被黑客攻击，疑犯亦提出交换条件。对于连串事件，国希推断疑犯的实际图谋……曜洋从宝宝影片留下的暗示拆解其被困所在，联同家强终找到疑犯，并与他连场苦战。曜洋找到宝宝，但现场装置的炸弹已被启动，曜洋及时抱着宝宝跳海避过一劫。宝宝醒后，曜洋不知所踪……