Ｏ记跟踪沛国军火商到演唱会进行交易，期间沛国流亡公主与同党企图抢夺怀疑装有军火的手提箱，并发生枪战，Ｏ记要求飞虎队支援；碰巧现场有阿轩等飞虎队成员被胁持做人质，范Sir要求阿轩等人里应外合，救出所有人质。

要放走很可能跟化武交易有密切关系的Pat先生，何家宝很不甘心。不断努力找证据，但上级还是命她护送Pat先生去机场回国。途中遇到一帮匪徒企图劫走Pat先生，与飞虎队展开激烈驳火，匪徒事败逃走。

子乐死里逃生，决定向晓欣表白，却被当众拒绝。国际反恐专家Andrew Scott来港与飞虎队进行演练，少锋和伟桦发现他正极力隐瞒自己与沛国之间的过去。恐怖组织瓦干布发动袭击，拉扯出该国皇室与Andrew的秘密…

飞虎队与恐怖分子展开枪战，双方猛烈驳火，范少锋与小鱼被夹攻，退到没有掩护的升降机里，最后被恐怖分子的火箭筒击中，范少锋不幸阵亡，小鱼亦昏迷不醒，嘉轩被子乐及部分队员质疑当时没有及时开枪击杀敌人。

张嘉轩和高子乐面对展Sir的高压训练，化干戈为玉帛，希望能带领整队兄弟留下来，不被赶出飞虎队；张嘉轩表面上虽然像没事人，但是警队心理学家希望他能处理好内在阴影，这样才会变得更强大。

阿乐和阿轩仍为飞虎队受重创一事耿耿于怀，伟桦和俊飞分别劝解他们要坚强地面对；三大毒枭全军覆没，俊飞认为跟瓦干布有关，于是从贩毒集团开始调查；博文召集警队各部门精英加入Ｓ小队，专责对付瓦干布。

家宝、嘉轩潜入财务公司主席罗智勇的办公室，想在他的电脑中找地下钱庄与瓦干布的交易资料，不料罗智勇突然折返，两人险些被发现，S小队也只好提前结束行动。许森到医药公司面试，却突然闯入了杜文彬的会议室…

俊飞和博文之间的关系仍然紧张，子乐出面试探，俊飞拒绝透露任何资讯。嘉轩和家宝潜入罗智勇家里举行的派对，家宝牺牲色相拖住罗智勇，嘉轩成功在他的电脑安装病毒程式，以便追踪交易详情。但此时二人身分曝光…

时间仓卒，警方仍未查到瓦干布的位置，但成功瘫痪伺服器，把罗智勇汇入瓦干布的资金拦截下来；家宝和嘉轩一起喝酒后发生了一夜情，两人强装镇定；罗智勇躲了起来，S小队决定监视他在香港的情妇，希望能找出他。

Leo希望杜文彬可以帮他制造DH2，但不得要领。一不做二不休之下绑架了杜以盈，却被高子乐目击；高子乐到医院探望小鱼，小鱼却已不认得他；子乐回忆起自己到飞虎队的首天，得到小鱼的鼓励的事。

S小队继续以O记名义调查以盈被绑架事件；Leo要求文彬到指定地方交出DH2，Leo得知文彬手中的DH2是假的，他胁迫文彬讲出真正的DH2在哪里；此时飞虎队攻入瓦干布藏匿的地方，并成功救出文彬和以盈，不过却让Leo和Renee逃脱。

俊飞开枪打伤了Renee，此时飞虎队赶到抓了Renee，Leo逃走，而俊飞逃离现场时被展博看到。被打了毒针的杜文彬住院几日后康复出院。S小队开始调查DH2究竟在不在杜文彬手上。嘉轩邀许森回家跟轩父母一起吃饭，不禁忆起往事。

沛国提出申请，要求把Renee引渡回国受审。曾在难民营与年幼的Renee有一面之缘的颂昕出面，希望能让Renee打开心扉透露资讯，以便抓住真正幕后主脑。文彬的抗毒剂有了重大突破，却在发布会当天被另一间公司抢先公布…

许森下班回家，发现有人跟踪，原来是洁怡希望约他做访问；Leo绑架了12名人质，威胁警方释放Renee；趁著博文等人受到误导而前往摩星岭的石屋，Leo就前往医院打算劫走Renee，同时阿宝亦受到指示准备把Renee转移到别处…

高子乐辞职，想用自己的方法调查瓦干布事件，他当上杜以盈的保镖；同时警方也没有放弃追查制造和贩卖化武的幕后黑手；董启超与杜文彬在一慈善活动上相遇，两人明争暗斗，董启超就是要趁人多时好好教训杜文彬。

子乐利用以盈进去文彬的公司调查DH2；董先生想把许森挖角，但被婉拒，许森更利用洁怡去调查董先生；嘉轩和家宝跟踪金先生，家宝却遭金先生袭击；金先生再跟文彬见面，但文彬再表明单凭自己难以造出金先生需要的东西。

杜文彬对抗毒剂研究进展缓慢很不满，许森提出只要有过往的资料和数据，进展会大大加快。于是杜文彬带许森前往P3实验室，说起当年发生的事和已下落不明的蔡肇培。小鱼病情突然恶化离世，令子乐大受打击。

许森曝露出自己是董启超私生子的身分，提出与他合作找出蔡肇培的下落，并利用杜文彬来做掩饰，成为两人的替罪羊。蔡肇培在医馆接受治疗期间被JJ派出的人找到，惊险之际张嘉轩出现，把他带回警署…

许森趁机向张嘉轩套话，得知警方正在调查杜文彬的事。保安局在压力下答应将蔡肇培移交给国际反恐组织，但俊飞并没有按照惯例把他带回总部。文彬赶去和金智海见面，嘉轩和家宝一直跟踪，文彬发现后拚命甩掉他们…

高子乐发现杜以盈乘坐的车上有血迹，觉得可疑，却在许森的举报下，拿不到行车记录仪的纪录；嘉轩回忆起与许森一起长大的故事，许的神秘面纱慢慢揭开；Mike发现有人跟踪他，跟踪者还很快被灭口，一切矛头指向Mike。

Mike涉嫌一宗谋杀案而被通缉，Mike向Don坚称被陷害；博文问敏莉有否见过Mike，她称没有；素筠向敏莉表示自己患有渐冻症，希望她不要告诉博文；嘉轩和家宝调查许森的背景，发现收养他的济群会有问题，于是再深入调查。

许森假意送李惠兰和蔡肇培离开，途中惠兰被杀手杀害，肇培大受打击。在许森劝说下，蔡肇培终于答应制作DH2。杜文彬将股份转给妹妹，使她成为裕天董事会主席。杜以盈请高子乐购买窃听器来监听杜文彬的一举一动。

伟桦执意要证明俊飞清白，不仅令他与博文的友情出现裂痕，甚至与芷倩的夫妻关系也备受挑战。董启超和Alden Pat正要交易，S小队突袭行动，Alden Pat被JJ枪杀，董启超亦身受重伤。此时许森才向垂死的他道出一切…

董启超的尸体被警方找到，S小队审问JJ，她声称对工作的事毫不知情；洁怡发现JJ在许森家里，立即质问他是否故意借自己来对付董启超再跟JJ在一起；S小队被要求解散，博文只争取到两星期的时间继续调查化武的事情。

Mike跟踪Taylor，险中他的圈套，幸好Don和博文先后赶至，大家才能化险为夷；博文得知妻子患了不治之症，为自己对她的忽略内疚不已；蔡肇培越研究DH2就越于心不安；Taylor得不到自己组织的信任，赶到医院想对Mike下毒手。

Tyler自杀后，众人发现他身上也有组织纹身；轩觉得森的出现不是巧合，决定去试探，之后终于证实森也有此纹身；Mike与文等人冰释前嫌，并协助他们查案；盈不想再查文彬在背后做什么，但意外发现乐跟轩瞒著她继续调查。

许森知道嘉轩已经发现他的身分，于是假装愿意跟警方配合。许森和嘉轩被同样想得到DH2的东欧黑帮头目伊万捉住，对他们严刑逼供。后来他们找到机会负伤逃走，伊万等人穷追不舍，两人无路可逃一起跳进大海。

许森用最后一口气把嘉轩推到岸边，却从此下落不明。蔡肇培成功研制出DH2，挣扎著到底什么才是正确的决定。JJ指责George和组织无心搜救许森，二人争执之际警方出现，JJ被捕，George成功逃走。此时特工金先生即将抵港…

杜文彬在蔡肇培帮助下取得DH2去交易，金智海验货后同意让筱玥离开，但要求文彬留下协助量产DH2，筱玥与文彬拚命逃跑，警方亦同时来到；金智海带著DH2离开的途中，车子出问题发生相撞，随后赶到的嘉轩发现车内的DH2泄漏…

警方收到消息，人迹罕至的蓝州，有可疑人士在岛上活动，S小队赶到蓝州，发现许森就在岛上做实验；双方展开了激烈的搏斗…半年后，一众人士又来到浩园，在已牺牲的警察面前，大家誓言要继续保护香港这个深爱的城市。