武当弟子耿绍南受师兄卓一航所托，护送其祖父云贵总督卓仲廉告老还乡，途中被女贼玉罗刹练霓裳截劫，南出言不逊遭裳刺伤脸，自此裳与武当结怨。东厂头领魏忠贤怂恿二皇子常洵叛变，却事败，贤即倒戈投靠大太子常洛。

航救太子有功，受洛器重。航父被诬害后，航带父骨灰回乡安葬，途中航与裳邂逅，二人互生情愫；航参予剿玉罗刹行动，方知玉罗刹是裳感错愕，混战中航发现满州内奸，但被裳杀死。岳鸣珂托贞乾道长将天山剑谱带回天山。

云燕平被东厂总管慕容冲灭口，珂断了查内奸线索。钦差往卓家传旨追封航父，途中被贤鹰犬金独异暗算中了毒掌，至卓家宣旨后毒发，贤手下石浩借词以杀害钦差罪名拘捕航。浩至狱中游说航投靠贤，航这才得知贤勾结满州。

异与浩怕裳劫狱，连夜押航上京受审，裳识破二人暗渡陈仓之计，救出航并告知航其祖父已被奸臣所杀及家园烧毁。裳接铁珊瑚战书，二人对打时，裳发现瑚偷学天山剑法，即向瑚追讨剑谱。航坚持上京洗脱冤情，裳劝说不果。

珂找平子兴邦助查朝廷内奸，邦受冲唆使杀珂，幸熊廷弼派人救走珂。航遭异和浩袭击，瑚父铁飞龙相救，可是异和浩以瑚来要胁龙交换航，航答应。裳救航后找瑚要剑谱，因而让龙得知继室穆九娘与瑚盗剑谱，逐二人出家门。

异和浩抢得剑谱后内讧，异打伤浩夺走剑谱。南遇上瑚，对其大表好感。南觊觎武当掌门之位，试探航意愿并告知其师临终前属意航继任掌门；南得知航私会裳，告知师父白石道长，石遂与航、南一起找裳算帐，要她血债血偿。

裳为免航左右做人难，决避走不与石正面冲突；裳与航河边相见，却被南得知，更欲使计杀裳，反被对方所伤，于是南告知石航与裳有私情。裳与龙惺惺相惜，裳提出结谊父女。珂暗查满州密使，被浩捉拿的瑚误会珂是浩同党。

珂、瑚被围捕时，珂发现冲勾结满州，而瑚则受伤，二人乘乱逃走。珂为瑚疗伤，瑚对珂改观。裳欲对付异取回剑谱，却被异妻红花鬼母毒掌所伤。贤截取其通番卖国证据并胁迫洛召珂入宫，珂不虞有诈喝下毒酒，幸为瑚救走。

弼被调任辽东，赴任前著珂上少林寺借《龙泉百炼诀》以铸炼武器。航推辞继任掌门，石劝航勿痴恋裳。航得知裳中了毒掌，将她带至秘密地方疗伤，却让南发现率众欲擒裳，幸裳早已离去。冲上武当拉拢航效力朝廷被石拒绝。

黄叶道长指责裳勾引航，裳怒言要杀叶为航规劝离开，南借机指航无资格任掌门，叶等人却维护航，南气愤，冲乘机以助他成为掌门诱南合作，叶发现二人勾结被冲杀死。石陪同航上京洗刷寃情途中，石欲撮合女儿何萼华与航。

裳醋意大发将华吊于树上为航所救。珂成功闯关至藏经阁取《龙泉百炼诀》，却发现异盗取易筋经，珂打伤异抢回经书。异逃走遇瑚追讨剑谱，母出手阻止，珂为救瑚被母毒掌伤。珂伤愈与瑚上京找杨涟，得知皇上驾崩洛登位。

洛继帝位，缠绵病榻，服食李可灼之红丸后好转，即召航入宫为航洗脱罪名，并共商对付贤之策。灼遵贤吩咐将假红丸呈给皇上服用后，洛驾崩。南迷晕瑚，冲使计让珂发现南对瑚企图不轨，二人大打出手，异、母乘机掳走瑚。

珂救瑚失败，冲赶至从母手上带走瑚及珂。冲被母突袭，中了毒掌跌下崖。瑚与珂假意争执，惊动狱卒并打伤他们，带同成坤越狱。航与裳冰释前嫌，二人对饮。南见航醉酒回来施计让航进入华房，并迷晕华令她以为失节于航。

南通知裳航与华同床共枕，裳见之伤心怒走。皇上乳娘客氏之女娉婷四处打探其师冲之下落，遭异调戏为裳、龙所救。瑚外出觅食时遇龙，父女相对无言，各自离开。航捉了灼要他指证贤谋害先皇，南却放走灼并要他向贤报讯。

贤派浩捉拿航，南趁双方混战放飞镖暗算航，幸石赶至捉了浩，南阻止石杀浩。冲伤愈回宫，贤命冲假传圣旨捉拿弼，幸航、珂等及时相救。裳假装取回剑谱令龙父女和好，瑚与珂两情相悦，但珂不满裳咄咄相逼，气言不娶瑚。

瑚闻珂不想娶她之言，心伤透与珂分手并离去，裳追瑚不果却遇异替母向她下战书，解决剑谱之事。坤感珂相救赠百毒不侵之手套，航向珂借手套给裳对付母。皇上听从客氏摆布，罢弼官职，航对朝廷心灰意冷向裳辞行回武当。

南在饭菜下毒，令航、石无招架之力，让冲有机可乘杀航，裳赶至相救。南抱走华并告知是他夺其贞操，华羞愤寻死，裳相劝，华决遁入空门，石误会裳逼华为尼，恨怨加深。母再盗易筋经失手，镜明大师要母交出剑谱才放行。

裳上少林寺取回剑谱，瑚不想见珂拒同往。冲捉了弼，珂欲救弼，弼却要珂将《辽东论》交予可托付重任之人。贤请旨将弼就地正法。珂刺杀贤失败，为瑚、裳所救，珂向瑚道歉，二人和好。南欲夺掌门之位，故挑战航却不敌。

珂遭冲伏击受伤逃至清虚观找航，冲追至逼航交出珂，裳相助击退冲。冲以瑚要胁珂自断一臂，瑚用计吹笛求救，裳与航闻笛声赶至前，瑚为阻珂自残，被冲杀死，珂伤心不已打算归隐天山。冲与南合谋血洗明月寨，裳杀了南。

（大结局）裳受珂所托将《辽东论》交予袁崇焕，时满州密使向焕招降遭拒，密使欲杀焕，幸裳相救。龙挟持浩假扮密使杀贤未遂，追杀冲为瑚报仇。航为救石伤裳，裳伤心欲绝离去，航终于找到满头白发的裳，求裳原谅不果。