金国君主完颜亮忌才，视武功高强的贝子檀羽冲为心腹之患，华谷涵刺杀亮失败，亮遂指冲与涵谋害自己，要杀二人。耿照不满父耿仲变节降金，仲隐瞒苦衷。亮以檀氏九族性命威胁冲见自己，冲被迫喝下毒酒，为涵所救。

柳清瑶误会涵残杀村民，遭涵嘲讽。南宫造为出战金刀大会，杀掉玉珊瑚父亲，夺取玉剑门，却于大会上败给桑白虹，未能成为东三省武林盟主。瑶的师兄公孙奇觊觎桑家堡武功，与仇人之女白成亲，公孙隐与奇脱离父子关系。

隐把公孙家掌门之位传给瑶，授她毕生绝学。瑚的师兄孟钊得知玉剑门被造所灭，要往找瑚，桑青虹施计令他随己返回桑家堡。照终悉仲一直在金朝做内应，仲吩咐他带著宋室官员私通金人的名册及金兵屯兵地图到江南给宋帝。

金国郡主赫连清波布局让照以为表妹秦弄玉杀死照母及他自己杀死玉父，再骗取照的信任，伺机夺取名册，瑶与瑚、玳瑁偷听得波的计划，破坏其阴谋。瑶平定各地山贼，统一绿林，获蓬莱魔女的外号。

涵与青竹探望柳元宗，路上受辽人所托送信给赫连夫人。宗托涵寻找失散的女儿。涵与赫女儿赫连清云投契，结为兄妹。赫被金人追杀，死前要云找回亲姊及同门师兄弟，并请宗收云为徒。照南下得瑚护送，二人结为异姓兄妹。

照被桑家堡的人捉去，钊以为瑚已与照一起。青不满钊对瑚念念不忘，钊看穿她并非喜欢自己，只是想利用自己争堡主地位。瑚救照被擒，白要杀二人，钊替瑚求情，引发青与奇争执。白决把桑家武功传授奇；奇欲撮合钊及瑚。

白威胁瑚嫁钊，否则把照交给金国，瑚被迫答允，白遂放照离开桑家堡。照终得悉母非玉所杀。照险被金人所捉，为青所救，青把照带回桑家堡密室，用计强迫他学桑家堡武功。瑶到桑家堡参加瑚的婚礼，路经冲的字画档。

瑶发现冲深藏不露，武功不凡。照得悉青要利用自己夺取桑家堡，决定在办妥私事后自废武功，青软言安抚。瑶重遇冲，二人结为朋友。隐采药掉崖，为涵所救，隐发现涵是故人之子，托他找瑶父母的下落，并把瑶托付于他。

瑚偷走，奇给她服食软骨丹。瑚成亲之日，瑶、涵到贺，瑶觉瑚有异，到新房将其救走；照从密室逃脱；波不请自来，招揽群雄效忠金主，被下逐客令。瑚得瑶出头，与钊取消婚约，护送照渡江。涵送瑶锦盒，著她回寨后才看。

冲重伤，云带他找宗治疗，并因其貌俊，芳心暗许。宗查问冲的身分，意外发现其师傅竟是故友。造与东园望、北宫黝忌惮金国国师金超岳，遂靠拢波以一起对付他。造、黝找到冲，宗把二人击退。照遭毒蛇咬伤，被波捉去。

竹及涵救了照，照坦白名册之事，涵愿护送他渡江到金陵。瑚被造、黝所擒，遭囚于妓院，幸得玉救她离开。照找丞相帮忙引见宋帝后遇袭。玉送瑚抵金陵，得知她要找照。瑶看过涵的锦盒后找隐，不果。涵发现丞相与波勾结。

照、涵趁宋帝到太庙祭祖，向其呈上名册。玉卖唱被调戏，获涵解围，玉求涵替瑚驱毒。玉约照见面，欲为父报仇，却不忍下手。瑚说出玉父之死的真相，涵亦指波才是真凶，玉与照冰释前嫌。照因处于玉与瑚之间而苦恼。

云送玉珮给冲，冲婉言拒爱并坦承有意中人，但指不会与对方有结果。照在瑚与玉之间难于抉择，玉让爱，留书离开。宋帝封照为御前大将军，希望他帮忙消灭朝中奸臣。瑚离开照，并托涵保护他。波以郡马之位利诱奇。

奇串通波杀害白，还抢去两部毒功秘笈，刚好瑶到访，白临终前托瑶把秘笈找回并将其毁灭，以免遗祸武林，还要她在找到青前，支撑著桑家堡。青赶返桑家堡，瑶说出白的吩咐，青誓言会为白报仇。

钊遇到瑚，假意忏悔，骗得瑚原谅。瑁向瑚揭穿钊的谎言，钊偷听得二人说话。云往桑家堡找同门师兄弟，路上被瑶误会是波，二人不打不相识。青邀云暂住堡中，并要钊打理桑家堡，钊在堡中看见云，被威胁带她见波。

波与云相认，并要云把二人的关系保密。瑚被钊奸污，因想到父仇未报而放弃寻死。青布局为白报仇，向奇谎称查明是瑶杀白，请他重掌桑家堡。柳元甲发现瑶是亲姪女，依奇、钊提议冒认是她生父，瑶上当。青主动向奇献身。

奇完全对青放下戒心，青给他逆筋心法。甲游说瑶向金人投诚不遂，动之以情，瑶动摇。涵得知瑶见回生父，感疑惑，甲听到二人说话，先下手为强，向瑶下毒，涵救走瑶。波欲利用云引冲出来，被云识破，遂软禁云并假扮她。

波假扮云骗冲，伺机行刺，冲发现破绽，捉住波。涵替瑶驱毒，岳围捕二人，竹牺牲自己，让二人逃至庵堂。冲潜入波府第救云被擒，云逃脱，宗要岳以冲交换波。涵替瑶完全驱毒，但元气大伤。宗、岳交换人质，奇伺机杀冲。

奇杀冲不成，反误杀波；元和云把冲带到庵堂，元替冲疗伤。涵得知冲亦喜欢瑶，留书离去，成全二人。宗与瑶父女相认，宗关心瑶感情，瑶在涵与冲之间决选择涵，并与宗回山寨。冲被金兵追捕，云不离不弃，随他浪迹天涯。

瑚遇到落魄的涵，涵因之前耗尽内力救瑶，弄得疯疯癫癫，时而神智不清，终日酗酒。奇因青所给的假逆筋心法而慢慢走火入魔。瑚眼看涵自暴自弃，劝他找瑶弄清楚感情事，涵拒绝，瑚告知瑶一切，瑶往找涵，但涵被钊捉去。

青欲打掉与奇的骨肉，被手下劝止。青得悉涵被捉及瑶约奇见面，写信著瑶拖延奇，让瑚趁机救涵。瑚救出涵，之后杀钊报仇。冲在云母坟前立誓与云长相厮守。冲、云遇玉，冲得玉当头棒喝，决与云上瑶山寨，加入抗金行动。

玉要杀亮，顶替民女上京选妃，路上遇照，却避见。照喝闷酒，偶遇西门义，义慨叹师兄弟：望、造、黝降金，而照决上山寨助瑶抗金。涵得宗帮助而恢复功力，并获隐收为义子。奇得悉青害自己走火入魔，对她加以折磨。

玉凭美色得到亮宠幸。造等人向岳引见业，岳要他们四师兄弟杀宗，宗双眼瞎掉，业故意让其逃去。业奉命保护玉拜祭先父，玉误会业降金，出言讥讽。玉重遇瑚，瑚得知玉要杀亮，劝她到山寨与瑶一起对付对方，玉拒绝。

岳遭亮设计而被炸死。青诞子，托人带信给瑶，向她解释一切计划，希望她救儿子离开及把另一封信转交照。照阅信后得知青情意，与云营救青母子，奇抢走儿子并向亲儿下毒，以迫青交出逆筋心法，照抢回青子，复被甲夺去。

（大结局）奇杀掉甲，照等趁机逃走。青求隐收养儿子不成，死前向照托孤。奇要抢回儿子，隐阻止，奇悔过自尽。亮要攻宋，玉通知瑶并毒杀亮，事败牺牲。瑶等人阻截亮的大军，却不敌亮，照、业引爆炸药，与亮同归于尽。