方世玉与童千斤两人多番比武，不分高下。千斤决定往少林拜师学武，途中遇上武功了得的洪熙官。千斤欲结识熙官，于是助他劫狱后逃走，却令刘裕德无辜受牵连。千斤希望获熙官引廌往少林，熙官则要他向裕德坦白其过错。

世玉得知千斤往少林学艺，不理苗翠花反对出走，途中尼姑五枚被人欺负，世玉出手相助，但事后五枚强行带世玉回方家，原来五枚是翠花的师伯。千斤与裕德通过考验终成为少林弟子。雷老虎偕同妻子李小环到金陵的武馆踢。

老虎为父报仇大肆破坏多间苏州武馆，教头们计划行刺老虎却失败。老虎设下擂台挑战一众广东教头，并口出狂言侮辱广东人，世玉看不过眼，终获方德许可出战擂台。世玉使出浑身解数将老虎打死，小环不忿要求与世玉再战。

方德为怕世玉不敌小环，将世玉藏于货物箱中运回杭州，小环怀疑世玉逃走，扬言决战日若不见世玉则会滥杀无辜。胡惠干得悉事件始末后，暗中放走世玉。世玉赶回来应战，小环使出暗器将世玉重创命危，翠花赶来医治世玉。

翠花发现小环使用暗器重创世玉，遂为世玉设假丧礼引来小环，并打断其腿。西禅寺和尚涉嫌触犯戒条，熙官受至善所托查探真相。熙官发现至虚大师勾结清廷，并派人强抢民女以服侍达官贵人，熙官追捕时中下圈套身陷险境。

至虚决定用熙官来威胁至善。千斤挑战木人巷失败，三德却不负众望成功闯关。小环求巴山为老虎报仇，期间小环小产晕倒。翠花主动向巴山请罪，巴山竟表示不再追究。神秘人欲杀世玉，翠花及时阻止，并揭发他乃巴山手下。

巴山故意使出移花接木之计，让翠花当众向他叩首认错，并伺机伏击翠花却失败。小环设擂台挑战翠花，比武时她竟使计诬陷翠花暗箭伤人，幸三德赶来调解。翠花随三德往找至善途中，遭巴山父女伏击，二人无奈将巴山杀死。

千斤使计成功与杏隐大师、惠干往营救熙官。杏隐先独自往西禅寺与至虚交涉，可是却遭至虚囚禁。惠干假扮黄花闺女诱骗至虚的手下将他捉拿，千斤则扮作智障青年要求西禅寺收留，二人里应外合终救出杏隐、熙官及李巧儿。

熙官与至虚交手，至虚失足堕崖。李二环被流氓调戏，其父李德宗让她杀掉流氓泄忿。至虚大难不死，要与熙官了断恩怨，期间至虚遭德宗杀害。二环一直监视童府，千斤怀疑她有所企图。其后二环闯入童府要胁童母转让发钗。

千斤侮辱二环令她泪洒当场，于是千斤购买胭脂水粉作赔罪，却害她被德宗责罚。熙官欲以至虚身上的玉块引出凶手，二环竟然向熙官讨玉块，让熙官对她有所怀疑。德宗推测熙官追查杀至虚的凶手，遂将童家灭门以引出熙官。

德宗不敌熙官被拿下，二环救出父亲却被千斤发现，千斤亲自手刃德宗。小环向堂妹二环提议往武当请求师伯冯道德出手相助。道德往湖南接收密旨，时小环与二环来到武当，小环告知其子雷大鹏世玉杀了老虎，大鹏矢志报仇。

大鹏偷偷下山找世玉报仇，并放火烧毁方家。翠花欲化解两家仇怨不果，大鹏师兄魏兴洪要求翠花往武当交代事件，翠花答允后，大鹏却暗中找世玉私斗，世玉将他打至重伤。翠花到西禅寺向熙官求助，此时有人送来五副棺木。

西禅寺接连有弟子死亡，三德等人心知事件与道德有关却苦无证据。道德声称命案乃冤魂作崇，熙官答应做法事超度亡灵。法事期间，小环与二环端出老虎与巴山之灵牌，并要众人为亡魂叩首谢罪，道德更要熙官以命来抵偿。

熙官等人为避道德逃入密室等待其师来救。道德徒孙张锦雄任锦纶堂新教头，并率机纺弟子到处生事。熙官等人面临粮食短缺，翠花想出声东击西妙计让世玉趁机下山向五枚求助。世玉假扮武当弟子而成功逃脱，惜寻五枚不果。

五枚答允营救翠花，并指将有一场雷雨可助他们逃生。道德多名弟子挖掘秘道时遭雷电击毙，翠花、熙官、三德却因大雨而获得粮水，但雨水令秘道入口外露，道德以浓烟逼出三人，时五枚赶到，道德提出与她在梅花桩上决斗。

道德与五枚在梅花桩上决斗，最终五枚获胜。安福偶遇燕儿顿起色心，遂设局引她到锦纶堂，将她奸污。五枚亲自上门劝喻道德放弃向少林报复，道德拒绝。二环不满道德终日躲于房内，决往峨嵋请求白眉道长相助，小环同往。

道德指西禅寺内少林弟子为乱党，怂恿广东提督出兵铲除。提督部队攻打期间，钦差送来收兵圣旨。道德与兴洪下棋时，悟出进攻少林策略。世玉要求到少林学武，翠花答允。安福再向燕儿施暴却被胡父揭发，安福竟杀死胡父。

惠干为父设灵，安福派人破坏灵堂恐吓众人。惠干向知府告状，知府收取安福贿款后反指惠干诬陷安福。燕儿求安福放过惠干并献身作交换。云来居遭捣乱，燕儿不堪受辱上吊自尽，惠干找安福寻仇却不敌，更被折磨至晕倒。

熙官找五枚救惠干，五枚拒绝，并指惠干的性命关乎少林与武当的浩劫。世玉竟以自己的血让惠干续命，五枚感是天意，决定救他。高天赐到访峨嵋山，他试探白眉对效忠朝廷的意向。小环请求白眉助她向少林复仇，白眉拒绝。

世玉随熙官上少林，至善答允收他为入室弟子。小环与二环擒获惠干，更以他威迫世玉、千斤自刎，至善及时制止。惠干复仇心切，于是请求至善收他为徒，熙官阻止。天赐为促使道德与至善交手，遂往找道德，从中挑拨离间。

道德不敌至善，决定闭关修练并著弟子离开武当。天赐往大漠寻奇人异士对付至善。至善最终收了惠干为徒，熙官不解，至善告知熙官为明朝后人的真实身份，以及其反清复明大计。惠干不理至善反对，竟冒充世玉挑战木人巷。

惠干擅自闯木人巷却力有不逮，至善允许世玉闯关救人。惠干爬狗洞逃出少林并回家乡找安福报仇，期间遇上巡府为他翻案。安福找人顶罪而获释，惠干不忿欲伺机暗杀安福。兴洪陪二环到江南访寻高手，期间巧遇熙官与千斤。

熙官与千斤寻惠干下落，兴洪成功让二人避过与二环相见。安福出狱后被惠干捉拿，师爷吉带人来救走安福。熙官与千斤力劝惠干回少林，惠干宁死不从。惠干追杀安福至崖边，安福一跃而下竟大难不死，惠干却以为大仇已报。

高进忠到来向道德贺寿，竟口出狂言能为道德复仇。二环设下的擂台被封，并得悉乾隆皇微服出巡，于是她卖身于青楼，成功使计确认天赐便是乾隆。二环请求天赐为她报仇，天赐未有答允。天赐赏识进忠欲拉拢他助二环不果。

进忠潜入客栈查探天赐身份却被捉拿，更被判死刑，幸行刑前乾隆释放进忠，进忠因而得知天赐的身份，并表明效忠乾隆。惠干虽向至善请罪，但他自知犯下门规惟有主动离开少林。乾隆撮合进忠与二环之婚事，白眉无奈答允。

道德送来喜帖，至善派熙官赴宴。兴洪遇上小偷李翠屏，翠屏要求兴洪收留她。翠屏原来是北少林情报弟子，并与熙官暗中通讯。乾隆派人将熙官带来的玉佛掉包。熙官送上贺礼后离开，道德发现贺礼竟是两名武当弟子的头颅。

安福向道德讹称杀害武当弟子之人是惠干，道德欲借此攻打少林，进忠使计让惠干杀死安福，并以少林弟子杀害朝廷命官为由促使乾隆出兵。提督大人带兵上少林寺要至善交出惠干，此时惠干现身承担一切，最终死于乱箭之下。

武当与少林展开厮杀，翠屏误杀二环。进忠、道德得知乾隆利用武当、峨嵋铲除反清势力。乾隆约见道德、进忠，并借象棋暗示其意向，二人遂决定效忠乾隆。兴洪与熙官等人里应外合救出翠屏，可是被大鹏发现兴洪背叛武当。

世玉将大鹏刺至重伤，大鹏死前向小环道出兴洪背叛武当。翠屏将反清名册藏于二环尸首，至善决定往峨嵋取回名册。进忠欲暗杀峨嵋弟子嫁祸至善，幸兴洪暗中破坏。熙官等人挖掘二环坟墓取回名册，时白眉、至善等人到来。

（大结局）白眉要熙官、千斤、世玉为掘坟一事自断一臂，千斤以死平息纠纷。乾隆命进忠挑拨白眉与至善的仇恨，并伪造战书交予白眉，白眉决定应战。白眉与道德杀上少林，至善、世玉、熙官败走，道德竟放火烧毁少林寺。