道光十九年，钦差大臣林则徐感到鸦片烟流毒天下，祸国殃民，遂下令将二万箱鸦片焚于虎门。 奸臣琦善、耆英等勾结外夷，私营贩卖鸦片，致国势日衰。洋商不满被禁通商，乘机发动「鸦片战争」，致生灵涂炭。 耆英等极力主张议和，与英国签订「南京条约」，其中包括将香港割让予英国，而林则徐则被反指办事不力，贬往伊犁赎罪。 广东花县人洪秀全出身世代农家，自小热中功名，可惜屡考科举不第，但为不负父母所望，仍屡败屡试。 宣娇被安排嫁入富户陈家，以其聘金用作秀全去省城应试的盘川。宣娇本坚拒接受盲婚，但为成全秀全，终答应婚事，望他高中后助她退婚。 秀全赴省城途中，投身一客栈内，遇上东主翠娥之女杜惠贞，言谈间发现她对贪官污吏恨之刺骨，警惕秀全他日投效朝廷时，应洁身廉政，秀全对她投下深刻印象。 天地会罗大纲不值烟民再沉迷鸦片，大肆捣乱烟馆，被官兵追捕，终逃脱，其后他与田芳等遇上一洋教士传道，顿激发起他们对洋烟商愤恨之心，围殴教士出气，刚巧秀全在场，被官兵控以扰乱公安捉回县衙。

秀全被押上公堂，因不甘受县官勒索，枉被痛打一顿。刚巧冯云山应试路过，路见不平，欲替秀全求情，却被一并痛打。其后得洋教士出面，二人无罪释放。 教士向秀全与云山宣扬基督教要理，但二人深受孔孟之道影响，对洋教甚为抗拒，教士不强其所难，留下两本「劝世良言」予二人细读，但二人搁置不理，努力准备应试。 秀全半夜失眠，无意中听到罗大纲与惠贞等深觉耆英与洋人议和丧权辱国，计划乘他签约之前将他除去。天地会中人恐秀全走漏风声，暂将他扣押。 云山醒来不见秀全，追问惠贞，惠贞将他引至秀全被禁之地，一起将他捆绑。 天地会乘耆英到步，受众官设宴洗尘之时，大举攻入总督府行刺他，可惜未能成功，大纲等负伤而逃，伺机再图谋诛奸。 惠贞等被官兵追捕，匿藏于客栈内，迫于向翠娥承认为天地会中人。惠贞不理翠娥劝阻，挟持秀全与云山，跟随大纲等逃亡。

天地会逃亡途中，被清官赵崇年追捕。惠贞走避不及，被官兵捉回千岁府，严刑拷问同党下落，惠贞宁死不屈。翠娥求见崇年，坦言当年与他一夕风流后，自知身怀惠贞，迫于下嫁亡夫，令崇年大表惊愕，欲安顿二人作补偿。怎料惠贞志于反清复汉，拒认一满清鹰犬作父。翠娥不欲强爱女所难，连夜协助她潜出府外。 耆英下令崇年交出惠贞，崇年为保官位，迫于将翠娥顶替交差，并杀她灭口，讹称女刺客逃狱时已遭杀死。耆英信以为真，下令继续缉捕天地会余党。 惠贞念母心切，竟欲入省探望翠娥，被秀全劝止。 惠贞向他大吐冤屈，秀全好言慰解，二人感情突进。 耆英与洋人签订和约之日，下令将一批可疑叛徒斩头正法，借此阻吓反清之士，却激起民愤。大纲等乘机煽动人群造反，乘乱打杀官兵。 秀全眼见无辜惨死，直言天地会只顾反清而不理百姓死活，因而与大纲发生争执。

惠贞偷回客栈查探母亲下落，发现翠娥已遭不测，伤心欲绝，决向崇年报仇。 秀全与云山看榜，始知再度名落孙山，秀全大受刺激，决回乡再作努力。 全父受陈老爷催促，提早安排其子敬祖与宣娇的婚事，其后宣娇发现敬祖早已与一丫环小莲定情，极力安排二人私奔，以图解除婚约。 秀全回家后，饱受家人白眼，刺激过度神经失常，在祠堂内大吵大闹。刚巧敬祖私奔之事被揭发，陈老爷以为宣娇兄妹夹计骗婚，要洪家退还聘金。 秀全感到家无可恋，欲离乡另觅天地，怎料途中病倒，幸遇上云山，将他送往天地会聚集之地。 云山眼见满朝奸臣当道，致民不聊生，激愤之余，决加入天地会推翻清朝，抢救天下苍生，秀全一时未能接受。

天地会见「南京条约」签订后，烟禁尽除，耆英等更名正言顺进行鸦片贸易，对他更表痛恨，乘琦善南下游玩时行刺二人，不果，终能安然逃脱。 秀全养病期间，细读「劝世良言」，感慨良多，病情转剧，竟昏迷多日，加上梦中被上帝召见，乃自信以为天父之子，以伏妖降魔为己任。云山等以为他刺激过度致神志不清，劝他多作休养。 大纲见秀全日渐康复，劝他加入天地会，为反清复汉效力，但秀全感到明主不在乎种族，宣扬「天下一家」的理论，抗拒加入天地会。 天地会不断被清兵追捕，张钊等怀疑秀全与云山通风报讯。云山有口难辩，对天地会失去信心，宁跟随秀全离开天地会，惠贞大感依依不舍。

天地会不断被清兵追捕，张钊等怀疑秀全与云山通风报讯。云山有口难辩，对天地会失去信心，宁跟随秀全离开天地会。 秀全内心产生狂热的宗教思想，欲四出宣扬真理，可惜云山与他信仰分歧。秀全惟向云山辞别，独自流浪传道。 云山被朝廷通缉，走投无路之际，迫于藏身在教堂内，受到教士的收留与照顾，顿感到爱的真谛，决跟随秀全传道。秀全更替云山施洗礼，借此得到新生。 惠贞饱受生离死别，终日愁眉苦脸，大纲劝她放下儿女私情，化悲愤为力量。 天地会死守山洞内与清兵反抗，终体力与粮食不继，再加上各地兄弟均被朝廷勦灭，决潜返天地会发源地台湾，休养生息后伺机东山再起。 天地会众人途中被崇年发现行踪，布下陷阱伏击他们。大纲等千辛万苦杀出重围，但惠贞却被围困，终不敌昏倒，幸被村妇二姑救起，悉心料理其伤势。 秀全与云山四处传道，途中将一废庙改为礼拜堂，并将一些菩萨神像及祭神用品烧掉，令村民大为反感，欲请富户王作新出头赶走秀全。其后秀全设法令村民破除迷信，村民反对秀全产生信心。

惠贞获悉秀全消息，连忙追寻至，自愿跟随他四处流浪，秀全亦大表兴奋。 王作新利用村民的迷信心理，串同庙祝烧死一患病少女，意图杀一儆百，迫村民多签香油，据为己用。秀全不值其所为，抢救少女后将她治愈，令村民对迷信之言不攻自破。 教士见秀全自认为天父之子，有曲解真理、自欺欺人之意，劝他重新研究教义。秀全大表失望，以为教士存心离间他与天父的关系，因此婉拒其好意。 王作新乘王甘圣爷寿诞，借词铸造金像，派蒙得恩强抢民财。秀全在金像开光当天，带领群众与作新理论，混乱中竟推跌金像，发现内里只得泥像一个，众人顿识穿作新存心欺诈，令作新无地自容。 蒙得恩父子被作新利用向平民敛财成功后，随即被迫顶罪。得恩心有不甘，决将作新种种罪证向外和盘托出，并投奔秀全的「天父堂」。 作新被秀全接二连三破坏好事，欲托县官除去秀全，可惜县官未肯如愿。作新竟恶意中伤得恩父子独揽民财后，贿赂秀全收留他，煽动群众对付「天父堂」。

作新借词组团保护家园，派一身手不凡镖师萧朝贵统领，实则伺机对付「天父堂」。 作新获悉一寡母婆与情郎通奸，依照乡例将她「浸猪笼」，情郎立向秀全求助。秀全感到二人两情相悦，代向作新求情。作新不理一切，命朝贵以武制阻秀全，云山当场受伤，幸宣娇及时赶至，与朝贵比武一轮，终将朝贵打败，但朝贵已被其美态深深吸引。 秀全等为逃避作新进追捕，栖身在一村庄信徒家中。另一方面，秀全感到信徒日增，必须培植一个有抵抗外敌能力的组织，遂成立「拜上帝会」，将教义发扬光大。 朝贵受命捉拿秀全等人，途中遇上宣娇，欲与她寒暄，宣娇游说他抛弃名利加入「拜上帝会」，朝贵被其真诚所动，终答允加入。 众矿工见矿坑随时有倒塌的危险，推举工头杨秀清向县官邓大人谋求安全措施，可是邓大人不加理会，反迫矿工入坑工作，怎料矿坑突告倒塌，致死伤无数。杨秀清及秦日纲与邓大人理论，反被囚县衙内。 邓大人恐激起民愤，求作新等安抚民众，作新以歼灭「拜上帝会」为条件，邓大人无奈答应。

当朝贵欲向作新辞去团练之职时，发现他派兵勦灭「拜上帝会」，连忙向宣娇报讯。刚巧清兵大军涌至，宣娇误会朝贵出卖她，其后宣娇见朝贵不惜冒著生命危险保护她，才对他误会全消。 秀清眼见秀全等被围困，顿同仇敌忾，施计活埋清兵，令秀全等人安然脱险。 朝贵重回作新家作卧底，以图追查更多消息。一日，他因不堪被宣娇误解而借酒销愁，醉倒街头，被得恩捉回。 正当秀清等误会朝贵为奸细，欲将他刺杀之际，宣娇突出面替朝贵澄清，但秀清仍对他不信任。 朝贵偷听到作新为迫秀全露面，将「天父堂」信徒掳走，并下令通通处决，遂连夜将俘虏放走，并错手将作新之子杀掉。秀全见朝贵正义奋勇，欣然替他施洗礼。 秀清号召大批矿工加入「拜上帝会」，以图结集更强大的势力，对其领军的野心大有帮助。 作新遭逢丧子之痛，暗中勾结知县，封锁城中要道，誓要杀秀全等人。

天地会获悉耆英将大批鸦片烟膏运来广东，遂大举放火烧毁，令耆英大为震怒，派崇年将天地会铲平。 惠贞担心大纲安危，遂乔装四出调查其下落，师徒终能重逢。大纲发现惠贞违反天地会誓言，信奉异教，大为忿怒，迫她到台湾完成反清复汉的大业，令她大感矛盾。 宣娇看穿惠贞难舍对秀全之情，极力拉拢秀全向大纲提亲。大纲眼见二人真心一片，无奈答应婚事。 邓大人乘秀全与惠贞成亲之夜，派兵大举掩至，众仓惶逃亡，但云山却不幸被捕，令众兄弟担心不已。 云山被邓大人捉拿，以酷刑迫供谋反详情，云山宁死不屈。其后他得一矿工遗属彭材悉心照料，伤势稍愈。 作新欲乘亡子「尾七」之期，杀云山以慰其在天之灵。云山自知死期将至，著彭材赶向秀全求救。 朝贵带秀全等闯入王家，幸好赶及救出云山，令作新大为忿怒。

秀清对宣娇日久生情，常找机会亲近她，却未得她垂青，而宣娇独与朝贵谈笑风生，令秀清大表嫉妒。 崇年奉命南下捉拿钦犯，发现天地会与拜上帝会谋反作乱，还借助邓大人与作新的力量，合力歼灭二会。 秀全等逃亡途中，一直被官兵追杀，决跟随日纲退居广西，留下得恩父子在广东召集失散的信徒。 秀全等投靠惠贞亲戚韦昌辉。昌辉发现秀全等被官府通缉，恐受牵连，遂安排一干人等匿藏在一粮仓内。 昌辉获悉崇年为追捕秀全等来到广西，并悬红缉拿钦犯，遂不惜卖亲求荣，向他告密秀全等下落。怎料被其管家捷足先登，反诬告昌辉勾结乱党，将昌辉押返衙门。 陈县官派兵到韦家搜捕钦犯，乘机强抢韦家财宝，其后更勒索昌辉，迫他变卖所有田产，令昌辉大叹倒霉。 秀全等以为昌辉被连累，闯入衙门抢救他。昌辉恐陈县官识穿其卑鄙行为，乘机杀他灭口，令秀清大感愕然。 作新重遇秀全，欲杀他为子报仇，不敌，终死于秀全刀下。

秀全等为逃避官府追捕，继续分批上路潜往广西。昌辉自知死罪难免，勉强跟随拜上帝会逃亡。 崇年受耆英威迫，限定一个月内将秀全等人处斩。崇年将狱中无辜俘虏逐一处决，以图迫秀全等露面。秀全等不为所骗，利用崎岖小路出城，以逃避官兵耳目。 秀清为讨好宣娇，竟身入虎穴行刺崇年，反被官府制服，幸朝贵及宣娇等及时赶至，清、贵轻易逃命，但宣娇却被崇年苦苦缠打，终被崇年击堕崖下，幸被天地会救起，伺机与秀全会合。 秀全等以为宣娇被崇年囚禁，将她押返广州定罪，欲乘其不备，集体劫狱。惠贞感到过于冒险，提出藉著与崇年的关系，以自己的性命换取宣娇的自由。 崇年见惠贞自投罗网，竟不理父女恩情，要将她交予清廷，换取升官发财的机会，并以严刑迫供，惠贞宁死不屈。 崇年将计就计，向外宣扬日内押解宣娇与惠贞回广州正法，引秀全等劫狱。 秀全等不虞有诈，果中崇年圈套，被大批清兵围困，怎料宣娇领大批天地会众杀至，令清兵节节败退，但惠贞却性命不保。

秀全饱受丧妻之痛，但仍强忍悲伤，鼓励众弟兄振作，奋发干一番事业。 秀全受天父托梦，被封为「天国第一天将」，专司斩妖除魔之职。翌日，他召集众信徒，传天父的圣旨，呼唤信徒联手除去抢去汉人天下的满洲鞑子，为老百姓除害。 秀全乘崇年上路述职之时；召集众信徒浩浩荡荡包围他，与官兵混战，终将崇年杀死，官兵死伤无数。 耆英见拜上帝会势力日渐扩大，并向广西进发，遂下令广西巡抚郑祖琛全速剿匪。 祖琛欲推卸责任，著幕僚左宗棠写下「匪情咨文」，上报拜上帝会去向不定，一时难于追缉。怎料宗棠生性耿直，直言祖琛失职之处，令祖琛大为忿怒。 秀全等逃至金田村，发现地势优良，决结集为根据地，不断招兵买马，广收信徒，一方面养精蓄锐。

秀全结识一乡民石达开，极为赏识其文才武略与浩翰宏志，顿惺惺相惜，再三邀请他入会。达开亦被其「天下一家」的思想所动，决助秀全起义共灭清朝，以拯救苍生。 达开精通孙子兵法，发现其兵器太过粗劣，在战场上不堪一击，著秀全派秀清等铸冶锋利兵器。 耆英再迫祖琛缉拿乱党。祖琛因忌秀全勇猛，但为向朝廷交待，派兵大举冲往金田，然后胡乱捉拿三数老弱妇孺冒充拜上帝会信徒。宗棠看不过眼，直斥祖琛自欺欺人，终被他辞去职务。宣娇练武之时，遇上打铁舖老板赖忠之女淑娟，二人志同道合。宣娇游说她入会，并请她为其铸造兵器。 达开见村民一直受地主欺压，强交大笔田租，遂煽动群情，将租金转交拜上帝会，因而得罪了大地主龙启瑞。 启瑞不惜聘请以铸剑驰名于世的赖忠铸造兵器，供其自组团练对抗拜上帝会。赖忠坚拒所请，父女二人终被囚于府内。 清廷忠臣曾国藩获悉秀全等在金田一带建立势力，派其弟国荃向启瑞打探匪情。国荃在龙府内邂逅淑娟，洞悉地主欺压贫农之事，对启瑞之所为大感不值，答允代淑娟向秀全求助。

达开施计救出赖忠父女。赖忠大为感动，答允加入拜上帝会，为除满清效力。 祖琛见未如期收到田租，下令启瑞迫压农民交出。启瑞施计借刀杀人，著手下假扮上帝会中人，放火烧祖琛的鸦片烟仓。 祖琛信以为真，派兵攻打金田村，与秀全等火并，最后秀全等将祖琛杀掉，村民大表雀跃。 秀全发现启瑞施毒计嫁祸拜上帝会，并从中渔利，遂合力制服启瑞，让村民可分回启瑞所刮的民脂。 国荃在秀全等讨伐启瑞时，被无辜推下山坑，身受重伤。其后得淑娟救起，掩护他逃走。 道光皇帝虽忧心国民，无奈病情每况愈下，有心无力，只好轻信奸臣琦善与奕山等，致民变四起，内忧外患。其后获悉广西匪情严重，下令召回林则徐接替耆英之职。

秀全获悉道光皇帝派林则徐歼灭拜上帝会，遂积极加强军纪，巩固军心，与天地会齐心对抗外敌。 大纲深信林则徐为官清廉，甚有爱国为民之心，志同道合，提议与则徐议和，众大表赞同，惟独秀清为显示个人实力，主张与则徐火并，以图事成可独霸拜上帝会。 秀清只身擅自行刺则徐，则徐不敌，幸达开与大纲赶至制止秀清，将病重的则徐接回拜上帝会休养。 朝贵等悉心照料则徐，欲与他化敌为友，游说他加入共谋反清，可惜则徐尽忠清廷，拒绝归顺，秀全一怒之下将他囚禁。其后大纲佩服则徐为一好汉，暗地将他放走。 秀清因意见不同而被孤立，深深不忿，乘日蚀雷轰之时，假装天父借其身显灵，指责秀全放则徐，并乘机鞭打秀全泄愤。秀全深信无疑，但宣娇与达开冷眼旁观，怀疑秀清居心。 秀清怀恨大纲放走则徐，再假借天父的旨意迫走他，大纲知难而退。

则徐上路履职途中，心力交瘁，终告病故。道光获悉忧伤过度，旧病复发。 道光两子奕「言宁」与奕䜣见其父为忧心国务，致操劳过度，再加上清廷腐败，内忧外患，欲向父建议一套周详的计策，先安内后对外，但恐该朝奸臣奕山、琦善之流诸多阻挠。 奕「言宁」与奕䜣应邀参观满汉族踢球比赛。汉队先拔头筹，满队大感不满，在球场茅招尽出，加上球证存心偏袒，令汉队反胜为败。奕「言宁」不值清队所为，判胜方归于汉队。奕䜣为安抚满族，宣判双方和局，兄弟间开始意见分歧。 奕山、琦善感到奕「言宁」为人正直，但道光向偏爱他，感有朝传位予他时，二人无立足之地，遂刻意讨好奕「言宁」，但奕谭不为所动。 湖南提督向荣垂涎广西提督之职，买通奕山与琦善，终得接补则徐病殁后的空缺，奉命歼灭拜上帝会。 秀全以为放走则徐之事激怒天父，恐被天父入遗弃，致精神恍惚，令部分信徒对其信心动摇。

秀清借词挽救众人信念危机，立召开一传道大会，收揽人心，欲乘虚先夺秀全之权，再取其位。怎料秀全临急受天父鼓励，在传道时满怀信心，令秀清大感气结。 秀全在失意之时，受到淑娟悉心照顾与鼓励，彼此发生感情，终娶她为妻。 秀全获悉向荣率兵南下，沿途歼灭天地会数个堂口，遂加紧戒备，推行团营计划，由云山、达开与秀清负责统领三组，并颁下一些严格制度与军律，以图令万众一心，早日铲除清廷。 秀清自觉长此下去不能超越秀全地位，欲暗中拉拢朝贵加入其阵营，加上朝贵负责训练军士，可助他招兵买马，尽揽人才，扩张势力，但朝贵对秀全忠心不移，令秀清大表失望。 田芳与张钊因偷窥苏凤出浴而犯了军法，被秀全严刑惩罚，二人心存不服，决离会出走。 宣娇为加强阵营势力，决公开招募女兵，鼓励众村妇抛弃所谓「三从四德」的迂腐礼教，奋发自强，效法男儿持枪上阵杀敌，结果效果奇佳。

田芳与张钊出走后，改投向荣军营。向荣利用二人做先锋，发兵进攻金田村。怎料当两军交战时，向荣初尝敌军勇猛气势，锐不可挡，令清军大败而回。 秀清不理同志劝阻，私自带兵攻打向荣，终获全胜，令秀清洋洋得意。 秀全等高奏凯歌，信心大增，为名正言顺高举反清义旗，正式成立「太平天国」，自封为天主，并封赏秀清、朝贵等为主将。 道光获悉秀全据地称王，大受刺激，当场病发垂危，临终前立谕传位予奕「言宁」，令奕䜣大失所望。 奕「言宁」继位后，改元咸丰，著力励精图治。另一方面，他依从先皇遗训，尽快歼灭反清之士，欲以汉人平乱争取民心，可惜未有理想人选。 刚巧曾国藩上疏咸丰，力陈国务不善之处，咸丰对他大为赏识，命他组织团练对付太平军。

云山见秀清不断拉拢将相为心腹，自立势力，劝秀全为免除后患，早削其军权。秀全恐影响军心，不敢有所行动。 国荃深感太平军毕竟为整顿朝政，令民生安乐而作乱，劝国藩向秀全招安。国藩虽对太平军同情，但为报咸丰知遇之恩，决意与太平军对抗到底。 太平军乘向荣发兵进攻金田村时，故意弃城空群而出，然后绕道偷袭向荣的大本营，清军大败，向荣慌忙而逃。 太平军攻陷城后，秀清自恃功高，自作主张分发米粮予百姓，然后将降兵收为自己的部属，以建立自己的威望与势力。 达开劝秀全藉向百姓讲道，显露其权力威信。秀清大感不值，故意弄权封锁粮仓。达开为息事宁人，劝秀全封赏秀清。 秀全恐对众臣厚此薄彼，实行论功行赏，秀清不满受赏之位，大发脾气。其后秀全依从众臣之见，依次封秀清为东王、云山为南王、朝贵为西王、昌辉为北王及达开为翼王。

秀清拉拢朝贵两军合营，朝贵不肯。秀清以为云山从中作梗，对他怀恨于心，伺机向他报仇。 秀清故意著朝贵管理粮仓，并以其名义向饥民派米，以图令众人相信朝贵已被他收买为心腹。宣娇果然中计，不由分说痛骂朝贵一顿，朝贵有口难辩。 云山冷眼旁观，替朝贵向宣娇解释，宣娇误会全消，彼此间感情更进一步。秀全见二人情投意合，撮合二人婚事。 秀清未能娶得宣娇，暗自落寞，乘朝贵与宣娇婚宴之时，借酒闹事，乘机侮辱秀全，令场面尴尬不堪。 国藩受命成立审案局，专门缉捕流散各地拜上帝会弟子，劝其退出反清行列，并将强顽者处决，令太平军对他恨之刺骨。 向荣为雪前耻，决派大军全面围攻永安城，太平军坚守城内，可惜粮食不继，朝贵与云山乘机声东击西，深入敌阵抢粮，不幸惊动田芳与张钊，功亏一篑。 太平军感到不能死守永安城内，决施计突围城外，退走桂林。

当太平军到达桂林城外，赖忠父女乔装入城门打探军情，被人识穿身份，被敌军追捕，幸得李秀成掩护逃脱。 原来秀成生于一爆竹店老字号，多年前其父被朝廷强征生产炮弹，其父不忍祖业毁于一旦，拒绝效力朝廷，因而开罪了官府，以莫须有罪名被囚禁，后死于狱中，令秀成从此对朝廷切齿痛恨，故当他知道赖忠身份后，答允加入太平军。 秀全得秀成传送军情，获悉城内官兵兵器缺乏，遂托秀成炸开城墙，以迅雷不及掩耳攻入，成功占据桂林城。 秀成立下大功，受到秀全的重视，即被封为将军。秀清求材若渴，立刻将秀成收归旗下。 咸丰获悉向荣率兵无功，急召国藩组织团练对付太平军。另一方面，咸丰立志改革朝纲、整顿吏治，著国藩深入探知民情，尽量招揽奇才异士。 国藩、国荃在路上被土匪「鹰鹏双杰」打劫，被夺去官印，幸得威信镖局总镖头江忠源出面相助，终抢回官印。国藩见忠源身手非凡，保举他为朝廷效力。

忠源受咸丰封为广西知府，奉命与向荣共剿太平军。秀全自觉得与清兵苦战后，元气未复，宜死守桂林城保存实力。另一方面派云山与达开北上招兵买马，巩固军力。 向荣欲乘忠源大军到桂林前，抢先派兵剿灭太平军而邀功，可惜清兵因连日赶路，过于疲乏，终敌不过太平军勇猛，惟暂退兵。 向荣忌忠源才智，恐反被他控制兵权，拒绝与他联手攻城。 忠源深明知己知彼之道，游说「膺鹏双杰」为朝廷效力。鹰、鹏假意不甘受朝廷迫害，带同手下投靠太平军，借此打探军情，秀全向赏识二人轻功卓越，大表欢迎。 秀全为试探鹰、鹏诚意，下令他领手下突袭清兵。鹰、鹏果如命，大挫清兵锐气，途中更故意放下字条，向忠源通报城内军情。最后鹰、鹏立功而归，受到秀全器重。

秀清见清军不堪一击，立出兵乘胜追击。怎料忠源早有布局，在野外埋伏，将太平军大败，再加上鹰、鹏暗在城内放大火烧粮仓，令太平军损失惨重。秀清怀疑鹰、鹏为奸细，但苦无证据，著昌辉试探二人，果将其诡计拆穿，但暗将此消息掩住，伺机利用二人。 国荃担心太平军与清军的战况，向忠源打探，发现他残杀战俘逼秀全弃城投降，并准备硬攻入桂林城内大肆屠城，尽除太平军。国荃不值其所为。 云山与赖忠北游回归途中，遇到国荃，国荃告知其有关忠源大举进攻桂林城的计划，劝太平军尽早弃城逃亡，二人向秀全报讯。 秀清欲乘乱独揽大权，诬称国荃利用云山引太平军放弃桂林城，主张死守孤城。秀全终附和其意见。 秀全见太平军自被清兵大败后，将士信心开始动摇，遂派云山重新调配整顿军纪。秀清恐其兵权被削，遂乘云山突围而出招请援兵时，利用鹰、鹏向忠源报讯，借此消灭云山。

忠源接获报讯后，大派清兵围袭云山。云山寡不敌众，终惨死沙场。 秀全接获云山噩耗后，加上忠源派兵围攻桂林城，令他大受刺激，当场病倒。宣娇欲出城迎敌，无奈身怀六甲，被朝贵等劝止。 秀清见大患已除，宁推举宣娇统筹大局，而自己在幕后伺机夺取大权。另一方面，他暗中派日纲突围请援兵，计划顽抗清军。 秀全得天父在梦中开解，明白到云山在天堂正享万福，他日等秀全在凡间的苦难试炼结束后，可共享荣耀，令秀全重新振作，决意拯救天下黎民。 咸丰见向荣有勇无谋，将其兵权转予忠源，并派国藩领团练协助剿灭太平军。田芳与张钊趁风转舵投靠忠源。 桂林城内粮草不足，朝贵下令所有军士粮饷一律减半，令民情鼓噪。秀全赞成擒贼先擒王，派秀成先杀忠源，可惜不敌，秀全得一将兵冒死掩护逃亡。 秀清欲将云山被害的责任推在鹰、鹏身上，再假装天父上身，向秀全声称二人为奸细，秀全果然信其言，施计试探鹰、鹏，二人不虞有诈，秀全一怒之下处决二人。

朝贵自责因误信奸细，累太平军未能突围而出，遂甘愿让出主帅之位予秀清，秀清暗自欢喜。 忠源屡挫太平军，受到咸丰赏识，加封进爵，并派向荣协助他，以大炮攻破桂林城，杀其措手不及。 日纲受秀清所命，突围请援，终带达开而归。达开眼见太平军死守桂林如坐以待毙，提议秀全率大军迁往益阳，联合得恩父子再图起义。 当太平军整装待发时，忠源领大军攻至，双方混乱之时，宣娇腹痛不敌，朝贵护妻而受重伤。 赖忠自动请缨出关替朝贵找山草药，却被清兵捉拿，交予国荃处理。赖忠恳求国荃协助太平军出关，国荃愿意忍辱相助，假意被赖忠挟持。 国藩担心国荃安危，立领兵包围太平军，秀清等以国荃的性命威胁。国藩暂退兵城外。 秀清见清兵败退，欲杀国荃免除后患，被众劝止。淑娟不忍国荃再受折磨，私自放走他。 太平军连日被清兵追杀，疲于奔命，终被清兵以大炮包围。朝贵见自己伤重难愈，竟身缠火药，点著自己引爆敌方火炮，壮烈牺牲。

宣娇亲眼见到朝贵牺牲，悲痛欲绝，一时冲动，欲持刀行刺敌军，途中体力不支晕倒山头，当她被救回家时，发现腹中块肉夭折，令她再受打击。 达开恐惹起官兵注意，建议秀清与昌辉等率先启程往益阳，而宣娇则有待康复后，才与秀全赶上共商谋反。 达开途经白水镇，遇上一歌女韩宝英在茶楼卖唱，被一公子哥儿调戏。宝英凭其机智与不凡武功，将该富家子弟炮制，达开暗对她佩服。 达开被国藩手下左宗棠发现行踪，立派兵大举围捕。韩二叔仗义掩护他逃脱，终命丧清兵手下。达开大为感动，眼见宝英孤苦无依，立认她为义女，替二叔照顾她。 达、英二人被官兵追踪至丛林内，遇上孤儿陈玉成，惺惺相惜。玉成盛意拳拳，邀请二人留下暂避风头，达开感上路为重，婉拒其好意。

秀清与秀成等路经花桥镇，眼见镇内一片萧条冷落，投栈无门，迫于借宿傅家。当夜，傅家又接到山贼通知，要其尽献财宝，秀清等轻易将其制服，将其头目收纳在太平军旗下。 傅家千金善祥见秀清智勇双全，对他渐生倾慕，但其父傅老爷精通相法，预言秀清只不过为一乱世枭雄，且不得善终，劝善祥勿惹祸上身，善祥暗觉不服。 山贼不服傅老爷向外求援，绑架他勒索巨款，幸得秀清奋勇相救，傅老爷无恙脱险。 秀清察觉善祥钟情于他，顿心如鹿撞，借词在镇内招兵买马，拖延行程，耐心等候善祥答应与他双宿双栖。 秀全与宣娇等赶路途中，盘川已尽，迫于向施员外求助。其后发现与他政见不同，发生争执，终不欢而散。 施员外不甘受辱，向县官诬告秀全登门敲诈，派兵追捕一干人等，秀全等艰辛逃脱。 秀全见淑娟体力日渐不继，几经探问下，始知她身怀骨肉，令他雀跃不已。

善祥经不起秀清甜言蜜语，终与他发生关系，并答允与他成亲。秀清亦乐得在山寨结集新势力，拒绝上路会合秀全。秀成不值他独霸一方的雄心，黯然离群独去。 秀成趁著与太平军会合途中，发现达开被官府通缉的告示，转眼被玉成撕下。秀成顿对其身份大表疑惑，连夜暗查真相，被玉成误以为官府中人，二人大打出手。 秀成依随太平军的记号，终与达开会合。当二人把酒话别时，刚巧玉成在外与人发生争执。秀成不理因由再与玉成大打出手，终得达开调解，二人误会全消。玉成更答允加入太平军。 咸丰见太平军自桂林一役失利后，虽星散各地，但估计其养精蓄锐一轮后，会卷土重来作乱，遂著国藩加紧操练湘军，并派湖南提督赵广威辅助他，伺机剿灭太平军。 奕山利用奕䜣不服咸丰登位，藉咸丰重用汉人之事，鼓励他联同八旗弟子与咸丰作对，并乘机刺杀赵广成示威，令咸丰大怒。 咸丰恐众怒难平，著奕䜣往他地暂避风头，奕䜣大感不值。奕山等乘机游说他作反夺位，终告事败，奕䜣惟顺从咸丰意暂居他地。

当秀全等抵达益阳与太平军会合时，发现咸丰下令四处捕捉八旗造反余党，但官兵沿途抢劫，令百姓无端蒙受池鱼之殃，遂乘机汇集不平之士，重新建立势力。 秀清独霸山寨一段时间，发现粮草不足。部份手下不甘忍耐，在花桥镇内强抢民财，傅老爷亦惨被劫杀，令善祥大表痛悲。另一方面，秀清见不宜长守山寨，决领手下往益阳与秀全等会合。 张员外恐官兵查出其祖先曾为八旗军服务，嘱护院李昭寿烧掉有关文件。昭寿如命，其中发现一张秘藏洋炮的地图，立据为己有。 正黄旗主被官兵追杀至员外家，连累张员外一家被杀，财物尽失。昭寿乔装清兵逃生，巧遇秀清，被误当为官兵，后得他解释下，误会全消，终答允加入秀清旗下。 秀清等按宝图索骥，果然在一山坑内掘出大批枪炮，令众大喜。与此同时，淑娟十月怀胎后，产下男婴，秀全雀跃不已，取名洪天贵福。

秀清见得到大批鎗炮后，违抗军令，擅自带兵东征南京。秀全恐其势孤力弱，会无端损兵折将，惟出兵营救，战场上差点被箭射死，幸得将兵周锡能奋勇相救，最后终将清军大败。 秀全等与日纲重遇，决化解以往误会，合力炮攻入城内，终成功地占据南京城，定为天京，并将总督府修葺为天王府。 奕山见国藩等多年来灭逆无功，乘机向咸丰挑拨离间，咸丰被其蒙蔽，果下旨命琦善与向荣组织大军出击围攻太平军。 国藩恐失去咸丰的信任，立召学生李鸿章会合忠源与左宗棠，伺机挥军南攻，向咸丰显示实力。 秀全在戏棚看戏时，邂逅了戏子叶苓，被其美貌所吸引。叶苓欲乘机攀权附贵，故意熟读圣经讨好秀全，彼此甚为投契。 仁发与仁达自双亲去世后，立投靠秀全，常藉其威名到处生事。

英、美两国使者与太平天国建邦交为名，要在国内贩卖鸦片图利，秀全大力反对，因而与来使结怨。 秀清为安排心腹于朝廷内，提出开科取士，并争取设立男榜、女榜，故意安排善祥高中状元。善祥试前已感状元之名乃囊中物，事前已向同考者耀武扬威。 宝英不忿名落孙山，怀疑有人从中舞弊，向玉成诉苦。玉成立向秀清大事质问，惹起秀清忿怒，下令将他收监，听候处决。 宝英恐玉成会招杀身之祸，向秀成求助，终于秀全下令查卷，怎料秀清已事先毁灭证据，并坚决维持科举三甲，令秀全大为忿怒。 叶苓与贵福在郊野玩耍时，遇上地动山摇，二人滚下斜坡。叶苓以身护贵福，令他无恙而归。秀全夫妇为报其救命之恩，招待她在天王府长住，叶苓求之不得。 秀全以为天父惩罚其过错，致令天京地震，满目苍痍，内疚不堪。秀清借此为秀全立下诏书，使他当众向天父忏悔，令他失去民心。

秀清命锡能铸造一「除魔剑」，钖能声言只有天主才可拥有此剑，拒绝其所命。秀清自觉受辱，因而对他怀恨于心。 忠源派一手下李湘入城打探太平军军情，却被锡能捉拿交予秀全。秀清再假装天父附身，诬告锡能为奸细，秀全信以为真，下令将锡能处决。 玉成深信钖能清白，带他向秀全解释，可惜秀全坚拒接受。锡能欲自杀以表清白，仍未能改变秀全的想法，令他对太平军产生离心。 锡能被玉成与秀成放走，旋即被清兵捉拿。国藩赏识其性格，欲挽留他在军中。钖能虽对太平军绝望，但不忿为清廷效力，宁自杀报恩。 叶苓乘秀全独自上山静修之时，故意亲近他，向他施美人计，但秀全无动于中。叶苓深深不忿，施计离间秀全与淑娟间感情。秀全渐对叶苓产生好感。

国藩决择日出击太平军，国荃本大表反对，但眼见南京城自大地震后，太平军非但未能替百姓重修家园，还一律将其财产没收，内心戚然不安。 国荃乘淑娟上山静修时，知会她清军将至，劝她跟他逃走，纠缠间被秀全撞至，以为二人暗存私情，下令将国荃收监。 叶苓乔装放走国荃，然后嫁祸于淑娟，秀全信以为真，下令将淑娟打入冷宫。叶苓乘机挑拨离间二人感情，并自动提出代替淑娟照顾贵福。秀全被其蒙蔽，决册封叶苓为贵妃。 国荃逃脱后，深入民间体察民情，终发现太平军为害百姓之处，决赶回国藩帅营内，助其剿灭秀全等。 秀全洞房之夜，国藩率兵迫近南京。秀清发号施令派日纲与秀成等出师迎战，终将清军大败，忠源自知大势已去，决自刎殉国。

国藩见清兵全军覆灭，愧受皇恩，欲投江自尽，幸得国荃及时制止，劝他暂且忍辱负重，暂退守驻扎武昌为根据地，休养生息后，再图反击。 鸿章见武昌城池坚固，决仿国藩的湘军，在安徽一带练习乡勇，组成淮军，伺机助国藩再起。 日纲在战场上捉拿田芳与张钊，见二人仍执迷不悟，遂将其押至天地会总舵主灵位前，怒杀二人祭列位在天之灵。 秀成欲以火药炸开武昌城墙，怎料国藩料有此一著，派清兵向城墙脚灌水，令秀成全功尽废，大表沮丧。宝英睹状好言相劝，二人间感情更进一步。 玉成向钟情于宝英，为博取宝英欢心，私自突击国藩，终告失败，负伤而回。宝英虽明白其用心，可惜心有所属，坦言婉拒其感情，玉成亦甚表谅解。

秀全为灌输子民有关天父的真理，决将著作「太平昭书」印行。秀清为争取民心，托善祥写书，与秀全争长短，叶苓看穿其用意，下令停印秀清的书，因而彼此结怨。 其实叶苓向有踏足朝廷的野心，先向秀清施下马威，然后著手巩固自己的势力，招揽人才为心腹，再伺机一举消灭敌人。 叶苓迷惑秀全废去淑娟皇后之位，但秀全不忍负情。叶苓著好友芙蓉向仁发与仁达献媚，施计令二人游说秀全封叶苓为皇后，可惜未能成功。 秀清对叶苓怀恨于心，冒其名假意杀淑娟父女，然后命昌辉将其救起，另行放火烧尸，向外散谣言为叶苓所为。另一方面，秀清安顿赖忠父女，以图有机会利用二人。 叶苓亦早计划将秀清斩草除根，色诱李昭寿为其心腹，派他放火烧死淑娟。其实淑娟已被救走，叶苓以为奸计得逞，暗自得意。

咸丰见国藩剿太平军不成，对汉人失去信心，决另派江南、江北两大营军增援，接收国藩兵权。怎料向荣为争先立功，不理琦善军营，独力出师武昌。 达开等被向荣与国藩两军夹攻，粮食不继，派玉成求秀清放粮，却遭他诸多推搪，欲借此除去宣娇与达开等大患。 昌辉见为秀清立下不少功劳，提出兴建自己的府邸。秀清无奈应承，开始对他产生提防之心。 秀全乘叶苓寿辰之日，册封她为正宫。秀清安排淑娟父女重现大殿，当众指证叶苓罪状。怎料淑娟父女事前被叶苓发现行踪，暗杀二人灭口。 玉成再向秀全求助。叶苓乘机下诏书放粮，以讨好达开等，却被秀清驳回。叶苓含恨于心，当众侮辱善祥，彼此交恶更深。 玉成索粮不成，以火药炸退清兵，终将向荣军队大败，但大纲却壮烈牺牲。 达开自朝贵殉国后，对宣娇重燃爱意。宣娇本明白其心意，碍于大敌当前，惟将儿女私情抛诸脑后。

昌辉渐失去秀清信任，竟出卖他改投叶苓。秀清大为震怒，以其私藏财宝之罪逮捕他，昌辉畏罪潜逃。 秀清与叶苓明争暗斗日趋严重，双方各持权力，找机会攻击对方。秀清再假装天父附身，要秀全封他为九千岁。秀全虽大表怀疑，奈何要顾全百姓对天父的信念，不敢拆穿其奸计。 叶苓游说秀全密召各将军联合各方势力，逼秀清交还兵权。怎料秀清已暗中收买秀全的部将，预早布局造反，并将秀全与叶苓软禁，令二人大为忿怒。 昌辉潜逃至达开军营，陈述秀全天京事变之事。刚巧奕喜派兵围攻军营，宣娇与玉成等突围而逃，赶回天京。 宣娇为避耳目，只身入天王府查探情况，遇上秀全，洞悉秀清卑鄙所为，决联合群众力量，誓死与秀清对抗到底。

秀全藉建国纪念日庆典之时，向子民传扬真理，借此重建天威，却被秀清恶意破坏，令秀全当众出丑。 玉成等不值秀清所为，乔装刺杀他为民除害，不成，幸被宣娇掩护下逃脱。秀清发现一干人等计谋，向宣娇提出警告。 宣娇忍气吞声求秀清发兵，援助达开逃出清兵围困。秀清借词推搪，反派宣娇另行出兵北伐。 秀全灵机一触，著宣娇等将计就计假装带兵向北进发，中途折回赶往营救达开，双方会合后，立刻返回天京对付秀清。 秀全恐宣娇大军去后，势孤力弱，宁施缓兵之计，封秀清为万岁，令他被功禄冲昏，疏于防范。另一方面，他派昭寿在秀清军中作卧底，同时更大封诸王，收买人心，有待宣娇等归来团结，里应外合抗敌。

叶苓借词参加朝贵忌辰追思会，联络各诸王对付秀清。秀清获悉后，竟亦下诏大封顺从他的官将，同时更下令建立「东王纪念碑」，增加自己的声威。 咸丰饱受内忧外患刺激，病情日益严重。懿责妃慈禧趁机独揽朝中大权。时值英法联军早已直击京师，火烧圆明圆，咸丰逃命热河。奕䜣奉命与英、法两使订立「北京条约」，包括割让九龙半岛予英为管辖地。 昌辉跟随宣娇与达开重回天京，冒险打探苏凤下落，发现她已被秀清折磨得不似人形，悲愤莫名，誓死杀秀清报仇。 秀全为削弱秀清势力，假意笼络日纲归附他，日纲一口拒绝，却惹起秀清对他产生疑心。 日纲未能如期建成纪念碑，托善祥代求宽限期。秀清顿怀疑二人间有暧味关系，再加上秀全暗中收买善祥近身如意，安排二人会面，被秀清撞见，断定二人偷情，将日纲处死。

秀全以心腹齐集，合力围攻秀清，混战一轮，秀清不敌，当场被秀全刺死。 善祥接获秀清死讯后，顿失理性，冲往刺杀叶苓报仇，被秀全等及时制止，将她收监。叶苓深深不忿，使尽毒招折磨她。善祥不甘受辱，自尽而死。 昌辉备受秀全重用，官运亨通，但苏凤已失去当年娇艳之色，昌辉对她渐生烦厌，遂另挑大批佳丽尽享温柔。 叶苓见大敌已除，串同昭寿以慢性毒药陷害秀全，令他身体日渐衰弱，疏于政事。叶苓乘机夺权。 昌辉恐秀清旧有亲信会图谋造反，遂派手下施计斩草除根，并大量招揽贤能者，声威大壮。

咸丰病重垂危，临死前命人写下遗诏，立大阿哥载淳继位，并选定八大功臣辅政，奕䜣发现自己未被挑选，内心不是味儿。 慈禧自咸丰驾崩后，独揽朝中大权，命国藩即日发兵剿灭太平天国，国藩应命。 昌辉与叶苓朋比为奸，乘秀全病重时，歪曲圣旨以操纵大权，向百姓横征暴敛，中饱私囊，令民生困苦。 达开恐昌辉会重蹈秀清覆辙，欲向秀全启奏其罪状，被叶苓从中阻止，并在秀全面前反告达开有反心，游说他将达开降爵削权，秀全亦被其蒙蔽答应。 宣娇义忿难平，独自带兵刺杀昌辉，事败，终跟随达开到四川暂避锋头。 宝英要与达开共同进退，却不舍离开秀成，二人难舍别离情。 昌辉见自达开带兵出走后，军心浮动，欲向叶苓自荐为万岁爷，以统领三军。叶苓暂时敷衍他，暗派昭寿刺杀昌辉夫妇。

秀全从一宫女口中，得知宣娇与达开离京，顿仿似如梦初醒，向叶苓查问。叶苓编说借口瞒过他。 叶苓下令改革官职封赏的制度，受到朝中一些大臣反对，立将异己者除去。 秀全见叶苓无端调换一批宫婢，开始对她产生疑心，立停止服药，果然回复昔日清醒头脑，微服出巡市集，从百姓口中得知叶苓所为，令民不聊生，悲痛万分之际，更发现叶苓与昭寿的奸情，倍感凄凉。 百姓不满天国朝政，联群往天王府请愿。叶苓乘机将责任推在秀全身上。秀全凭其对万民的爱心，终令众信服，停止鼓噪，令叶苓不服。 秀成与玉成获悉国藩大军即将迫近，求秀全派兵迎战。叶苓欲乘机借刀杀人，假传圣旨命二人带兵。秀全早有此一著，施计阻止叶苓行事。

秀全被叶苓软禁，假装病重垂危，传贵福见他最后一面，然后教他送一密诏予秀成等，著其速起兵诛灭叶苓一干人等。 叶苓获悉秀成果发动兵变诛杀昭寿，大表悲愤，欲向秀全诬陷秀成谋反。秀全拆穿其阴谋，叶苓羞愤之余，与秀全苦搏一轮，终不敌被杀。 国藩乘天国军心未定，派湘军与淮军先攻安庆，但秀全因重新掌政，士气大增，遂收买天国叛将苗沛霖，重混入太平军内探军情。 宣娇与达开等进攻成都之时，接获天京求救消息，立赶回营救，途中与苗族发生争执，被其出卖，困在山谷内。 鸿章派兵围攻宣娇等，并施计打击太平军士气，然后展开大战，令太平军溃不成军，宣娇与达开亦战死。

宝英负伤赶回天京，向秀全报告太平军惨败消息后，含恨而逝。玉成与秀成大表伤心，决化悲愤为力量，为宝英报仇。 秀全惊闻属下一一死去，悲痛莫名，意志大为消沉。玉成与秀成自告奋勇举兵反攻清兵，却被沛霖出卖，令太平军死伤无数，玉成亦战死沙场。 秀成见天京被清兵围困，主张弃城渡江，在江北重组势力，但秀全坚决死守天京，秀成无奈应命。