一九七四年发生的“跑马地纸盒藏尸案”，成为本港第一宗以科学鑑证定罪的案件，电视电影《箱尸奇案》改编自这宗真实案件。案件当中疑点重重，究竟谁是凶手？被判死刑的主角又是否真凶？

死者卞玉燕(陈锐饰)被发现藏尸于纸盒之内，弃置于一间宠物诊所对出行人路，警方经过多月调查，发现女死者指甲内有两条衣物纤维，与雪糕店兼职职员司徒永祥(廖伟雄饰)的衣服吻合，遂将其拘捕检控，永祥其后被法庭定罪，判以死刑。

永祥妻子李惠珍(商天娥饰)不服判决，多番为丈夫奔走上诉，更上诉至伦敦枢密院，惜最后都未能成功翻案，但永祥获改判终身监禁。永祥入狱十九年后，仍声声呼冤，究竟事实的真相是怎样，谁主公允？

监狱之中，一众囚犯讨论谁是凶手，三位囚犯各自道出所知的不同版本，但多个版本都不乏疑点，到底哪个才是真相？或是另有真相？