杨戬琼花兄妹随剧团至莲莱镇，二人常遭小生花旦欺凌，但为维生计，二人唯有强忍。 琼花遭严一凡调戏，刘彦昌路见不平，加以援手，二人互留印象，彦昌更告知琼花镇上发生命案，劝琼花小心。 瑶池查出戏班中有一女叫琼花，遂前往狙杀，幸琼花临时被换角，以致瑶池杀错人。 一凡买通小生花旦合作，欲迷奸琼花，杨戬及时赶至阻止，错手杀死一凡，杨戬琼花唯有落荒而逃。彦昌发现琼花二人匿藏于破庙，答允照顾二人饮食，琼花感激不已。

官兵跟踪彦昌发现杨戬琼花兄妹匿藏于破庙，杨戬琼花于逃亡时不慎跌落山崖，为太极仙翁所救。仙翁收二人为徒，教二人成仙。 琼花杨戬为吸取日月精华，分别变成石头与琼花树在崖边练功，时彦昌前往拜祭二人，并发现琼花所化身成的琼花树，时彦亦决定每日探望该琼花树。

一日，行雷闪电，彦昌为保护琼花，遭雷劈中。彦昌被雷击中受重伤，琼花救他返回山治，不惜以真气相救，以致自己亦晕倒。 仙翁救醒琼花，谓彦昌阳寿已尽，必死无疑，只有祁连山之水晶云母可救，但若强违天意救彦昌，必遭天谴。琼花却甘愿冒险，誓要救回彦昌。 琼花带彦昌回家，赠昌母一花以维持彦昌性命，但此花必须维持湿润。 琼花进入祁连山，遇树怪布下树阵阻拦，琼花几经辛苦才能破阵离去，再遇龟妖留难，琼花再凭机智过关。

琼花终于找到水晶云母，正欲摘取，却遇雌雄蝙蝠怪袭击。 琼花与蝙蝠怪比武，打斗激烈中，琼花冒险救回小蝙蝠一命，蝙蝠怪大为感激，遂让琼花取水晶云母离去。 琼花携水昌云母返刘家，救回彦昌一命，但自己身体亦已十分虚弱。在彦昌诚意挽留下，琼花遂于彦昌家中休养。

瑶池得大魔神知会，知圣母前身之琼花仍未死，大为愤怒，遂继续四出寻找。 琼花与彦昌朝夕相对，感情日深，琼花更鼓励彦昌发奋读书。 杨戬往劝琼花重返仙洞修炼，琼花不肯。杨戬遂假扮和尚，讹称替刘家除妖，利用刘母使琼花食下现形丸，变回一棵琼花，刘母及彦昌大惊失色。 琼花见刘母及彦昌害怕之貌，大感难过，唯随杨戬返回仙洞。刘母受惊过度而病倒，琼花每夜摘下身上花瓣暗中送往刘家给刘母疗病。

彦昌伺机捉住琼花，获悉真相，大为感动，刘母亦因而答应二人婚事。 琼花与彦昌成亲当日，杨戬闻迅赶至，故意出一难题留难二人，但二人以真情过关，杨戬无法，唯有任由二人成亲。彦昌与琼花一起游玩，无意中被瑶池发现琼花。 瑶池打探到琼花之居处，决伺机杀死琼花。而琼花亦在梦中梦到自己被瑶池所杀，大为惶恐，彦昌加以安慰。 圣母测出自己之前身琼花面临险境，遂征得童子同意，以轮回仙法送他返回五百年前拯救琼花，但童子亦因而要受轮回之苦。

琼花再次梦到被瑶池追杀，但为童子挺身相救。琼花对此梦大感疑惑。翌晨，琼花与彦昌等进食早餐时，突感不支晕倒。琼花获悉怀孕，一家人兴奋不已。 琼花送午饭上山予彦昌途中，瑶池突然出现，痛下杀手，但琼花神光护身，瑶池无功而退。 大魔神测出琼花因有胎气护身，遂命瑶池先将琼花之胎气除去，才能杀琼花。 一小贩与一术士发生争执，彦昌路过，加以解围，术士感激之余，赠彦昌一道符。 瑶池施法，使鸡群向琼花袭击。彦昌刚巧回家，无意中以灵符破解瑶池之法术。 昌母往庙替琼花祈福，瑶池以镇长之女身份，假装好意地赠昌母一安胎药，昌母不虞有诈，将安胎药给琼花服下，琼花立即肚痛。 瑶池混于药材之中，潜进琼花体内，击退琼花体内之抗体群，然后欲除去胎儿。

童子及时现身，死守胎儿，与瑶池大斗法。 另一方面，彦昌母子见琼花肚痛大作，用尽方法都未能使琼花康复，昌母遂到处祈福，无意中遇上杨戬，杨戬闻迅，立即探望琼花。杨戬见琼花病危，遂赶找千年灵芝替琼花治病。 瑶池以奸计诱童子离开胎儿，将他打伤。时杨戬找来千年灵芝给琼花服下，童子得灵芝之助，仍不敌瑶池，琼花岌岌可危。 瑶池杀死童子，正欲下手除去胎儿，童子以元婴换体法重生，再与瑶池搏斗，瑶池唯以无极寒冰大法欲将童子冰封。 杨戬见琼花危急，忙向太极仙翁求助，仙翁测出有妖魔在琼花体内作祟，要派人入琼花体内击退妖魔，彦昌自告奋勇。

仙翁赐彦昌护体神甲及神弓神箭，才施法送彦昌入琼花体内。彦昌以神箭射瑶池，助童子破除无极寒冰大法，二人携手对付瑶池，而仙翁亦以五雷金针助二人对敌。 瑶池被困于五雷金针阵下，童子欲下杀手之际，琼花胎气大动，临盆在即，仙翁为琼花安全著想，唯放瑶池离开琼花体内逃去，瑶池临走将彦昌击晕于琼花体内，仙翁见势危，运功将彦昌逼出琼花体外。 琼花产下一男婴名为沉香，瑶池乘机杀琼花，为仙翁所击退，大魔神限瑶池三日内杀琼花。 沉香不能发出声音，仙翁谓只有能言鸟能治，遂于刘家布下五雷金针阵，才与彦昌和杨戬往找能言鸟。 瑶池施计诱琼花出屋欲加杀手，但原来此琼花乃仙翁所扮，目的乃捕杀瑶池，仙翁欲以真火消灭瑶池，杨戬赶至反而令瑶池借机逃去。 仙翁治好沉香之病，上下大为欢喜。另一方面，大魔神亦练功完毕，破关而出。 仙翁因拯救琼花而损耗元气，需回仙岛修练，并劝琼花等人另觅居所，以避瑶池追杀。瑶池被仙翁之真火烧伤，求大魔神接返五百年后，大魔神不肯。

琼花、杨戬送别仙翁路过，瑶池向琼花说出事件真相，说出天地人俱有异象时，大魔神便会前来追杀，著琼花避往华山，语毕，瑶池便伤重死去。 一日，琼花、彦昌遇铁咀道人，铁咀见琼花印堂发黑，欲替她算命，但突遭天谴，以至受内伤，铁咀再不敢泄露天机，慌忙逃去。 此时，皇帝忽然被杀，琼花认为应验了瑶池所说之「人上无君」之异象。琼花正为异象出现而担心之际，突然日蚀，琼花认为是「天上无日」之异象。

黄河泛滥，琼花认为是「地上无土」之异象，因言自信命不久矣，大为忧心。 仙翁知琼花大难临头，往与琼花商对策，二人终决定琼花偷避入华山，以免连累彦昌及沉香。 琼花离别在即，因不敢向彦昌明真相，唯有于言词之间吩咐彦昌好好照顾沉香。 夜半，琼花趁著各人熟睡，黯然离家出走。彦昌发现琼花留书出走，大为伤心，忙向杨戬追问琼花下落，但杨戬全不知情。

琼花至华山，得华山土地及山神指引，得至华山深处，等待天机指引。 彦昌等向仙翁追问琼花行踪，仙翁坚决不肯吐露，昌母施计灌醉仙翁，使仙翁说出琼花藏身于华山，彦昌誓死前往寻找。 彦昌抱沉香，与杨戬一起到华山寻琼花，遭土地及山神阻止，彦昌见琼花坚决不肯露面，投湖自尽，终引得琼花现身相救。大魔神练功完毕，立即施展乾坤大挪移法重返五百年前追杀琼花。 仙翁赶至，劝琼花以大事为重，时天地变色，仙翁知大魔神将至，彦昌誓与琼花生死与共，托杨戬将沉香带走，杨戬见势危，无奈答允。大魔神出现。

大魔神出现，仙翁命琼花进入乾坤洞，并率领众仙拚死阻挡。仙翁与众仙被大魔神打晕，大魔神更追赶琼花至洞内尽头，无路可逃之际魔神欲下杀手，洞内的宝莲灯打伤大魔神，大魔神被击出至门外后，将山洞封闭，欲困住琼花。 杨戬折返乾坤洞，见山洞被封，以为琼花已死，大为伤心，救彦昌离去。 此时华山圣母正修炼完宝莲灯，突走火入魔晕倒，玉帝急召众仙商讨对策。另一方面，大魔神遭宝莲灯所伤，冰封全身经脉疗伤。 彦昌以为琼花已死，欲殉情不遂，终日在华山凭吊，杨戬劝彦昌应发奋做人后，回山修炼。昌母为免彦昌触景伤情，另觅新居，但彦昌仍终日借酒销愁。 昌母病危，临终嘱咐彦昌发奋，彦昌终醒觉，重新勤奋读书。

一日，彦昌家中无米，为喂沉香，往偷羊奶被发现。小翠路过，见彦昌因偷羊奶被被村人追打，仗义帮助，彦昌才得以脱身。 彦昌发奋读书，钱财见他志诚，代为照顾沉香，使彦昌得以顺利考试，高中状元，被皇帝封为京师府尹。太师欲加笼络，彦昌拒绝。 宰相设宴招待彦昌，彦昌、小翠因而重遇，宰相并邀彦昌父子入住相府，使沉香有人照顾，彦昌答允。 小翠对彦昌日久生情，无奈彦昌未忘琼花，故宰相虽加撮合，彦昌仍未敢用情。一日，彦昌、小翠到花市，太师欲对小翠轻薄，彦昌挺身阻止，太师为夺取小翠，说服皇帝赐婚。 皇帝代太师向宰相提亲，宰相情急之下，讹称小翠已许配予彦昌，太师无功而退。

彦昌坚拒与小翠成亲，小翠伤心之余自杀获救，宰相等人责备彦昌，彦昌亦掩不住内心真情，终答允与小翠结婚。 彦昌、小翠成婚后，小翠产下一子，名沉玉。转眼间，沉香、沉玉长大成人，顽皮好动，经常遭彦昌责罚。 玉帝自被大魔神所伤后，元气大损，未能复原。李靖说服得王母下令圣母交出宝莲灯给玉帝炼药治疗。圣母为大局著想而未肯答允，遂大打出手，玉帝赶至，平息风波。

一日，沉香、沉玉遇太师之子欺凌百姓，看不过眼，因而发生争执，沉香打伤太师子，太师获悉，决向彦昌兴问罪之师。 太师率众至刘府兴问罪之师，沉香、沉玉诈伤反诬陷太师子，太师唯有离去。及后彦昌发现沉香、沉玉之计谋，大怒，责罚二人。 太师为除去宰相及彦昌，请求皇帝答允让他重修各功臣之祖坟，欲借此破坏宰相之祖坟风水。 太师从黑木处求得道符，欲将它贴于宰相之祖坟以破坏风水，却因心慌，跌下一枯井，撞正正冰闭全身经脉的大魔神。 大魔神逼太师服下断肠丹，要他每逢月圆之夜送童男童女给他吸血疗伤，大魔神亦教太师以千年人参、首乌及九尾狐狸眼给一女子服下，自可迷惑皇帝。

太师用计找到人参、首乌及狐眼，给其妹妹咏兰服下，咏兰往迷惑皇帝，皇帝果然对她著迷，纳她为妃。 皇帝抱病，由太师代理朝政，太师乘机作弄宰相及彦昌，二人敢怒不敢言。 月圆之夜，太师食言，拒送童男童女给大魔神，大魔神施计惩戒太师。太师为应付大魔神，利用天牢之死囚为他捉童男童女。

太师为应付大魔神，利用天牢之死囚为他捉童男童女，然后杀死囚灭口。 太师为恐彦昌识破其恶行，想出一石二鸟之计，限彦昌一个月内查出童男童女失踪原因，否则废其官职。 沉香、沉玉见彦昌为查案劳碌奔波，决于月圆之夜四出巡查追寻线索，遇上太师子带歌妓返家，误会他抢童男童女，打了他一顿，但亦令太师知道二人所为。 太师子伏击沉香、沉玉，反被二人打落井中，遇著大魔神练功，被大魔神所杀后吸取元神，大魔神回复功力。

太师丧子，欲杀大魔神，不果，大魔神反叫太师去杀沉香兄弟，以为其子报仇。 琼花无法破大魔阵的法出洞，杨戬指只有与琼花最亲的沉香能持斧劈山救母。此时太师至，以沉香、沉玉杀其子，迫彦昌绑子上殿。二人争上殿，抽过生死筹后，决定将沉玉绑上殿。太师于殿上押走沉玉后，又诬陷彦昌杀童男童女，捉拿彦昌。 杨戬与沉香往找鬼山，得石老之助，知鬼山只于每年七月十四日升上死湖水面一次，二人尚要等五日。

沉香在路上无意中听到有人讲述他连累父亲被捉的事，虽知是敌人设下的圈套，沉香还是忍不住到天牢救父，却中了太师圈套，幸得杨戬所救，杨戬要将彦昌一家救走，但彦昌不肯走。 沉香与杨戬上得鬼山，却无法拔出鬼斧，鬼王出现，迫沉香自断一臂才给他鬼斧，沉香义无反顾断臂。原来鬼王只是试他孝心，于是送他鬼斧，沉香与杨戬终来到华山绝路。 大魔神集齐群魔，开始进攻天庭。

大魔神集齐群魔进攻天庭，四大金刚与八仙都不敌，华山圣母出手阻止，但仍不敌大魔神。 沉香以鬼斧劈开华山，终于救出琼花，琼花终于沉香重聚，二人欣喜不已。 琼花要到五百年后打败大魔神，并将宝莲灯一片花瓣交给沉香，令他救出彦昌。最后，大魔神终被二合为一的圣母击败。