明末，郑成功兵败后，余将军师陈近南复国心切，欲一挫满清锐气，率数心腹伏刺满州第一勇士鳌拜，终事败逃走。其后始知原来近南之结拜兄弟早被鳌拜收买，从中阻挠，近南一怒之下将他杀死，替其亡将报仇。另一方面，近南之手下更感中原清廷势力稳固，劝近南暂退兵台湾，容后再共谋反清策略，但近南坚决留守中原，与一群赤胆忠肝之士成立以「反清复明」为本的天地会，其属下李力世、风际中等亦誓死跟随。 光阴荏苒，十数年后在扬州市丽春院中，妓女韦春花向与儿子韦小宝相依为命，受尽市井之徒欺凌，春花恐其子终日游手好闲，欲向知府程捕头谋一官半职。 知县吴之荣向知府告发《明书辑略》一书有造反之嫌，程捕头知此事非同小可，助庄老爷及早毁灭所有真本，反告吴之荣造谣生事，被官府揭露，遂招杀身之祸，临终向一越狱江洋大盗茅十八表露真正身份，原来其为天地会尹香主，并嘱茅十八代传口讯向鳌拜报仇。 其实小宝早已在知府中偷听一切，顿对茅十八之英勇所为非常钦佩，二人即成为好友，决意结伴赴京刺杀鳌拜。

吴之荣因未能得到半分功名，深心不忿，夜半在京城街头张贴告示，诬告浙江巡抚贪赃枉法，纵容百姓著书谋反。被鳌拜发觉，令吴之荣彻底将一干人等押京发落，使之荣受宠若惊。 茅十八闻讯后，欲从速向天地会通风报讯，小宝不肯跟随，二人争论之时，惊动了老太监海大富。海公公知事有蹊跷，立将二人制服掳走。 十八、小宝醒后，发觉竟身处禁宫中，二人顿感束手无策，海公公逼二人说出陈近南行踪，十八誓死不从，幸而小宝人急智生，乘海公公旧病复发之时，假扮小太监小桂子将大量药粉注入酒中，海公公服后顿即失明，小宝乘机杀小桂子灭口。怎料事后竟被海公公识穿一切，逼小宝继续在宫中假扮小桂子，著他以化尸粉将小桂子毁尸灭迹，而十八也被迫匿藏宫中。 小宝替十八找食物时，无意间遇上康熙，竟误当为太监小玄子，二人话甚投机，童心未泯之余，竟大肆比武一番。

忠臣索尼等上朝启奏，力指鳌拜假公济私，藉《明书辑略》一案抄斩异己者，以达成专横霸政的目的。怎料鳌拜突然怒闯禁宫向康熙解释一切，气焰嚣张，顿使康熙面目无光。索尼目睹一切，力劝康熙逼鳌拜交出政权，及早亲政，康熙一时进退两难。 海公公知小宝嗜赌成性，命他以旁门左道骗取温氏兄弟金钱，直至债台高筑时，可逼他们开放御书房，然后乘机偷取《四十二章经》。 另一方面，小宝向海公公陈述与小玄子比武一事时，海公公感到小玄子实非等闲之辈，遂将一套「大擒拿」功夫传给小宝，用以试探小玄子真正身份。 茅十八自知不便久留宫中，欲假扮太监逃离禁宫。怎料途中遇上天地会中人抢救庄家众人，大事未成，竟误当十八为清廷要员，乘机将他劫去。 康熙认为鳌拜所为过于专横，有损民心，决令他交出兵权。怎料鳌拜自恃势力庞大，对康熙命令视若无睹，更加上朝中大臣对他奉承，康熙更感孤掌难鸣。

小宝藉替温氏兄弟做打扫工作，乘机潜入御书房追寻《四十二章经》下落，怎料刚巧遇上康熙与鳌拜争论国事，始知一向与自己比武的小玄子，原为当今皇帝康熙，不禁惊喜交集。而康熙知真相已露，要求小宝以后排除尊卑关系，私下仍为好友。 鳌拜为铲除政敌后患，竟假传圣旨将忠臣苏克萨哈全家抄斩，康熙阻止不及，深感鳌拜太过专横，遂决意择吉亲政。 怎料康熙亲政首天，朝中大臣均避于上朝，而鳌拜更诈病拒参与亲政大典，康熙一时冲动，怒闯鳌府调查真相，又将满腔怒愤发泄在小宝身上。及后小宝灵机一触，急召一班少年勇士，加紧进行摔角训练，表面上为健力强身，实暗地为对付鳌拜舖路。另一方面，鳌拜发觉康熙态度渐变，以为康熙之所以要亲政，实一时意气用事之举，对他防备渐疏。 原来海公公早已知道康熙身份，向小宝表明态度，以死威胁小宝交出《四十二章经》，小宝顿感不知所措。

康熙见众少年摔角手训练纯熟后，借词召鳌拜指点各人武功，在危急之际，康熙示意众少年向他围殴，小宝乘乱将他制服。康熙惊魂稍定后，急召朝中大臣，宣称鳌拜行刺圣上经过，下旨将他收监，永不释放，并顺带将其余党制服，群臣眼见局面全非，极力讨好康熙，以便从中得到大权。 康熙以小宝护驾除奸有功，立将他提升为首领太监，侍奉皇上起居，还著他与索额图往鳌府办理抄家手续，并嘱他为太后寻出两部《四十二章经》。索额图眼见小宝顿成皇上身边红人，向他巴结一番，定要与他结拜，还以五十万银、一宝衣及宝剑相赠，使小宝万分惊喜。 太后喜获经书后，对小宝赞赏不绝，命宫女蕊初赏赐美点。小宝与蕊初一见如故，并私约外出游玩。 康熙恐鳌拜当众拆穿一事，有损声誉，命小宝出面铲除鳌拜。小宝以蒙汗药毒杀鳌拜后，适逢天地会中人闯入行刺鳌拜，小宝与鳌拜苦战多时，鳌拜几番挣扎后，终被小宝以宝剑刺死。天地会中人以为小宝英勇过人，对他敬佩不已。

天地会中人行刺鳌拜时，惊动了康亲王府侍卫，喝令他们从速投降。天地会各人乘机胁持小宝为人质，将他运出康亲王府，康亲王为顾全小宝安危，未敢轻举妄动。 小宝被运入天地会会堂后，众人为青木堂尹香主沉冤得雪而大肆庆祝一番。小宝当众表白自己身份，并得茅十八及时出现，替他解释一切，众人疑心全消。十八、小宝久别重逢，诉尽别离之情。其后更为香主及承继人一事，彼此争论不休。 此时天地会总舵主陈近南赶至，小宝对他道出自己身世，近南亦颇欣赏其坦率态度。原来当日青木堂中人曾立下一誓约，若谁能杀鳌拜者，众人愿推他为香主，近南遂应誓，小宝惊喜之余，终答允行事。近南更想藉小宝之特殊身份，以便作反清复明之内应，众人皆为之心服。近南更破例收小宝为徒弟，著他要勤加练武。 海公公与小宝反面，以毒药迫他交出经书，小宝欲以假经书瞒骗海公公，终被他识穿，一怒之下将小宝打至重伤昏迷，海公公以为他死去，原来小宝有宝衣护身，大难不死。

康熙亲父顺治当年因偏宠董鄂妃，太后因妒成恨，恶意中伤董鄂妃，顺治一怒之下欲将太后打入冷宫，被其母阻止。太后遂以「化骨绵掌」暗杀董鄂妃及其子康亲王，顺治大受刺激，看破红尘，即假意宣布驾崩，另立康熙为皇帝，而自己则远赴五台山剃度为僧，法名行痴。 顺治对董鄂妃母子之死，仍然耿耿于怀，暗中命海公公调查真相。终皇天不负有心人，被他识穿太后所为，欲将她生擒五台山发落，二人拚命搏斗之际，小宝乘机将海公公杀死。太后恐小宝会泄漏口风，以尚膳总监利诱，还暗中伺候机会将他灭口。 康熙亲政后，感到国事日益繁重，而加上内忧外患，吴三桂等势力日渐强盛，随时有举兵造反的危机，使康熙极其渴望一得力亲信，可共襄政事，却苦无适当人选。 御前侍卫副统领瑞楝奉太后之命，施计向大臣夺回《四十二章经》，刚巧被宫女蕊初撞破，太后顿感愣然。

徐天川偶遇沐王府之白寒枫、寒松兄弟，彼此自持己见，分别拥天地会唐王与沐王府桂王为主，继而动武，徐天川卒被打至重伤，天地会各人推小宝出头，往找沐王府中人理论。 怎料当众人抵达时，发觉白寒松竟已死去，沐王府中人誓死去天地会报仇。后得沐王府苏冈从中缓和气氛，玄贞道人当众分析形势，二派决以后以和为贵，合力反清复明为重。 吴三桂为庆祝康熙亲政，派儿子吴应熊亲上京师进贡，怎料途中与徐天川发生争执，吴应熊含恨在心，派人暗查天川行踪。 小宝自以为身受海公公毒伤，四处找寻解药，蕊初闻讯大表同情，二人一时伤感，抱头痛哭。

天地会中人发觉徐天川被掳走，众人皆以为沐王府所为，玄贞道长灵机一触，暗将沐王府郡主沐剑屏掳去，将她藏于一茯苓花雕猪中运入宫中。小宝童心未泯，乘机将她调戏一番，使她羞愤不已。 康亲王为讨小宝欢心，特邀其为座上客，又为他制造机会结交吴应熊，应熊亦以厚礼相赠小宝。及后小宝无意间在王府后园，发现另一《四十二章经》下落，遂不理一切，暗地据为己有。 沐王府以剑屏失踪多时，众人大表担心。另一方面，剑屏兄长剑声积极谋划假扮平西王府士兵，大举闯进禁宫。 太后为免除后患，派老宫女柳燕刺杀小宝，不成。太后万分焦急之余，决亲自杀小宝灭口，终被他以宝剑刺伤，时刚巧剑声等人入宫捣乱，太后乘乱杀死数名太监，将一切罪状推在刺客身上。 沐王府闯宫一事，惊动了众侍卫，吴立身、刘一舟等走避不及，当场被擒。方怡则伤重晕倒，得小宝抢救，还极力施计替她疗伤，但方怡对他仍心存芥蒂，事事与他作对。

太后派瑞栋暗杀小宝，亦反被小宝以宝剑杀死，继而将他毁尸灭迹。及后小宝向太后宣称瑞栋已往五台山，假若有何不测，瑞楝定会返宫向康熙陈述一切来由，太后一时亦忌他数分。 索额图向刺客严刑逼供，吴立身死口坚持为平西王所主使，康熙始终怀疑事情虚实，遂派小宝从中调查，并着他向吴应熊试探，小宝亦因此从中取利。 沐剑声向天地会交出徐天川下落，原来当时天川实被应熊所掳走，幸得沐王府各人义薄云天，极力将他抢救出来，天地会中人深感歉意。小宝欲替天川赎罪，答允替剑声救出人质。 小宝伺机以蒙汗药毒晕侍卫，几番波折下将吴、刘等人救出禁宫，剑声亦答允既往不究。小宝亦随机应变，将刼狱一切罪状推在太后身上，众侍卫亦不敢妄加追问。

韦小宝以自己身中海公公之毒，一时伤感，向天地会中人泣不成声，近南念在师徒之情，以内力替小宝迫出毒性，使小宝得以康复，近南并嘱小宝要勤加练功，以便早日尽清毒气。 贾老六与吴应熊发生冲突，被应熊手下毒打，近南等为出寃屈之气，乘应熊嫖妓之际，欲暗杀他，一挫吴三桂锐气，适逢沐王府吴立身、柳大洪等拟向应熊一报杀沐公爷之仇，从中阻挠，迫天地会交出应熊。近南以二派同仇敌忾，免伤彼此感情，毅然让出应熊给沐王府发落，吴立身等亦对近南甚为钦佩。 刘一舟为挑拨吴三桂与康熙的关系，假意宣扬康熙将应熊斩首示众，康熙闻讯大怒，命多隆查个水落石出。 杨溢之见其主应熊被掳走，顿心急如焚，一直以为是康熙所为，亲向他请求释放应熊，康熙一怒之下将他收监。小宝故意放走溢之，助他闯沐王府拯救应熊，同时，他亦引多隆围攻沐王府，近南赶至合力打退清兵，剑声等感恩图报，乘机与天地会立誓，合力图谋诛杀吴三桂。

太后恐小宝有反害之心，命他专责于慈宁宫侍奉自己，并派一老宫女柳燕严密监视其行动。小宝灵机一触，以《四十二章经》威胁太后换取逃脱机会，太后遂派柳燕紧随小宝往取经书，怎料二人争持不下之际，小宝竟将柳燕杀死，带同方怡、剑屏连夜逃离禁宫。 小宝惊魂稍定后，转回住所取出一切贵重财物与经书，竟一时童心未泯，欲以柳燕断腿恐吓太后，后竟发现太后与一男扮女装之宫女言行有异，小宝乘虚偷去另外四部经书。 怎料忽然一老宫女陶宫娥乘乱行刺太后，经几番搏斗后，小宝率以宝剑杀死男宫女，太后亦伤重昏迷。

康熙感到事有蹊跷，将众侍卫调离慈宁宫，连夜暗地调查一切，发现太后将男宫女抛下枯井内毁尸灭迹，并听到她迫众太监严守秘密。 小宝恐太后迟早会对康熙不利，乘机向他陈述一切利害关系，并将自己身世秘密一一道出。康熙大为所动，暗传太医协助调查真相，发觉当年孝康皇后实被太后以「化骨绵掌」所杀，康熙经小宝激励下，化悲愤为力量，命多隆率兵封锁慈宁宫，太后大为震怒。 康熙怀疑太后一直受人制肘，暗派小宝独自远赴五台山向顺治调查真况，小宝无奈答应。另一方面，康熙急召建宁公主回京，着意监视其行动，并削弱太后亲弟贝勒府兵权，以防太后有谋反行动。 小宝离京前，暗将手上五本经书藏于天地会大本营中。小宝恐方怡、剑屏二人路途有险，著徐天川护送二人往石家庄与沐王府中人重聚。二女得知小宝真正身份后，对他另眼相看，又感彼此离别在即，顿感依依不舍。 太后指使建宁公主向贝勒府中人通风报讯，乘机阻截小宝。幸得陶宫娥及时相救，小宝得以脱身。

小宝、陶宫娥二人话甚投契，宫娥得知小宝为天地会青木堂主后，对他大为放心。毅然说出原来当年满州入侵中原时，抢掠大批金银珠宝，分放在一秘密地方。顺治却将此地形势，绘成一大地图，分放于八部《四十二章经》里， 小宝恍然大悟，原来各派一直争相找寻宝藏所在，以便筹足经费进行组织义军。 方怡抵石家庄后，渐觉对小宝芳心暗许，而刘一舟偶然得知方怡、小宝之婚约后，大发雷霆，与小宝大肆理论，幸吴立身及时阻止，并教训刘一舟一顿。 原来太后一直为神龙教属下，暗地派人追小宝交出经书，不果，遂掳走方怡、剑屏二人。小宝幸得庄家三少奶相救，得以脱险，并将婢女双儿相赠。

小宝抵五台山清凉寺后，扮成一富家子弟，定要少林寺方丈澄心大师率寺内全体僧侣并列，以便进行布施，但小宝却未能找到顺治下落，小宝唯失望而退。 适逢西藏喇嘛教巴颜怒闯清凉寺，大肆搜查顺治踪影，双儿从中将他制服。小宝趁机苦求玉林大师说出顺治下落，玉林大师坚决不允，小宝将计就计，欲先施计偷走顺治。 怎料太后倒已首先找到顺治下落，逼他交出经书，小宝乘机向他陈述一切秘密，将康熙苦况一一陈述，使顺治大为伤感，但碍于少林律例下，迫于将一切凡尘俗事置于脑后。

巴颜以火攻，逼玉林大师交出顺治，众人无法可施，幸得少林四大金刚及时抢救，顺治得以脱险。 顺治未能尽忘尘俗事，心感不安，遂着小宝带走《四十二章经》作为证物，并嘱康熙以后爱民为重，还劝以「永不加赋」为原则。 神龙教矮头陀对小宝所持经书眼见心谋，但因小宝一直受四大金刚严加保护，无机会下手。及后洪教主逼方怡引小宝到神龙岛，令方怡一直心存内疚，剑屏知情后亦对方怡责备一番。 陆高轩迫小宝说出全部经书下落，方怡、剑屏出面抢走小宝，但小宝误会方怡一直以功名为重，出卖自己的安危。

洪教主夫人苏荃以美色迷惑教主，乘机操揽大权，重用五龙少年，并极力排斥教中老臣，使众元老为之不服，继而纷起反抗苏荃。另一方面，小宝极力讨好苏荃，表面上千依百顺，甚得教主夫妻垂青，决重用他为新任白龙使。 苏荃利用小宝的重任，暗迫他服下毒药「豹胎易筋丸」，然后令他返京追寻八部经书下落。另一方面，苏荃为使小宝专心行事，特软禁剑屏、方怡。小宝虽心存不服，但亦唯有联同矮头陀、陆高轩回京。 正当康熙对小宝安危焦急万分之际，小宝及时进京向他道出顺治近况，并将顺治训示传予康熙。康熙手持经书，一时触景伤情，悲从中来。怎料建宁公主一直偷窥个中情景，康熙一时震怒斥骂建宁，建宁心有不服，向太后求助。

建宁受太后之命至御书房偷取经书，刚巧遇小宝，一时好胜心起，对小宝拳打脚踢，小宝不理一切，以蛮力将她制服，建宁顿感无限的痛快，苦随小宝继续与他比武。 小宝暗中与建宁玩耍，被太后撞破，太后乘机使开建宁，欲将小宝教训一顿。怎料二人搏斗之际，小宝无意跌出五龙令，太后顿知小宝底细，对他异常依顺，并将宝丸「雪参玉蟾丸」献上。 康熙暗派小宝前赴少林寺剃度为僧，并着他顺带暗携密谕，小宝无奈率双儿行事，建宁大表依依不舍。 吴应熊游说李自成遗将王屋派司徒伯雷，合力商讨进行反清活动，伯雷等早料三桂另有阴谋，不敢毅然答允，应熊因此心存芥蒂。 王屋派连夜闯清兵军营，终被制服，小宝被曾柔美貎所吸引，故意放走人质，众人大表惊愕。另一方面，小宝得悉吴三桂有图谋造反之意，专意向康熙上奏，康熙为掩人耳目，假意传下圣旨，严斥小宝行事鲁莽，小宝大为不服。

小宝充当少林寺高僧后，终日无所事事，与双儿嬉戏，被阿珂、阿琪撞上，以为小宝存心调戏良家妇女，三人几番争执后，小宝竟出手侮辱阿珂，被晦聪严厉责备，将他送入寺内疗伤，而小宝则被阿珂之美态所深深吸引，多次欲向其解释，但又恐二人因此乘机向他报仇，遂向澄观谋求对付招数。 阿珂、阿琪对小宝含恨在心，一直伺机向他报复，后跟踪小宝至一妓院中大吵大闹，小宝竟混入妓院中脱身。阿珂受屈未伸，竟意图自尽以表清白，后被噶尔丹三子及时阻止，替其向少林众僧调查真相。其后得杨溢之证实小宝为宫中太监，阿珂含羞而逃。 曾柔无意间发现吴应熊意图谋反自立的阴谋，顿觉被利用，一时怒火中烧，与应熊大肆理论，赵齐贤及时调停，将她交给小宝，小宝也乐得有美当前。怎料好景不常，小宝接到康熙密旨，令他即赴五台山，充当清凉寺住持，二人迫于分手。

吴三桂勾结蒙古及西藏众喇嘛围攻五台山，意图劫走顺治作为人质，以威胁康熙交出帝位。小宝获悉后千辛万苦游说玉林、顺治及早离去，顺治自知罪孽深重，为平天下纷争，欲与玉林自焚了断。 小宝恐有失康熙所望，在众喇嘛僧重重围困下，以偷龙转凤之法将顺治、玉林等偷运下山，顺治感到小宝能不伤性命而脱险，对他称赞不已。 原来康熙早已闻得吴三桂图谋造反一事，对父皇之安危焦虑万分，遂不惜长途跋涉远赴五台山，小宝尽法制造机会使他与顺治会面。顺、康父子久别重逢，不禁相拥而泣，顺治千叮万嘱康熙要以国民生活为重，并将满清宝藏秘密说出，劝康熙他朝一日民变成功，可及时退出关外。 康熙含泪离去后，突被激发起万丈雄心，立志为中兴国家干一番大功绩，并着小宝与他回京，尽力协助政事。

九难为报家仇国恨，毅然向行刺康熙，不敌，竟挟持小宝作为人质，康熙等人以为小宝会因此凶多吉少。 原来当年李自成攻破京城后，长平公主为避受满洲人凌辱，从此剃度为尼，法号九难，一直为存报仇之念而勤加练武，等候机会行刺康熙。直至此次行刺不遂后，九难感怀过去，带小宝偷潜入宫，小宝对她的身份顿起疑心，乘机向她引见陶宫娥，始知原来陶宫娥是长平当年的近身宫婢，主仆二人抱头痛哭，尽诉别离之情。 康熙回京后，发觉经书顿失，大为震怒，一时冲动向太后大肆质问，太后不肯交出，但康熙因早受顺治所嘱，未敢对她赶尽杀绝。 九难报仇心切，欲与陶宫娥暗取八部《四十二章经》，一方面可大破满清龙脉，其次可实行复明的计划。小宝碍于与康熙之友情，苦苦哀求九难莫伤害康熙，并极力协助九难对付太后。

小宝、九难夜闯慈宁宫时，发觉原来太后乃明朝一败将之女毛东珠所假扮，多年来将真太后囚禁于宫内一密柜内，迫她说出经书秘密，九难惊诧之余，立将东珠武功全废，命陶宫娥密切监视其行动。 小宝在一偶然机会下，发觉阿珂竟为九难之徒弟，小宝更感意乱情迷，尽力设法亲近阿珂，对九难阿谀奉承。九难亦颇欣赏小宝之才干，决意利用他协助反清行动，而阿珂对小宝仍怀恨在心，处处为难他，但九难事事袒护小宝，使阿珂不服。 小宝为向阿珂表现其英雄气慨，假意让数名流氓袭击自己，怎料途中被郑王府郑克塽所救，阿珂被克塽翩翩风度所吸引，顿对他芳心暗许，二人话甚投契，小宝见之醋意大生。 各家门派齐集岳王庙召开「杀龟大会」，合力商讨诛灭吴三桂。众人推举近南为总军师，唯克塽独力反对，兼推举其师父冯锡范为盟主，小宝乘机指使天地会中人恶言中伤克塽，使他尴尬万分。

西藏喇嘛桑结力逼九难交出经书，九难乘机将地图碎片交予小宝，后终得小宝施计以蒙汗药及化尸粉吓退众喇嘛，九难对小宝临危不乱的胆色极为欣赏，收为门下。克塽、阿珂则感到小宝所作所为乃市井无赖之行径，对他更为反感。 小宝眼见阿珂、克塽二人朝夕相对，感情进展神速，遂设法向沐王府挑拨。吴立身果然中计，痛打克塽一顿，并在阿珂面前，故意中伤克塽在外拈花惹草，使阿珂大为震怒。后吴立身更将计就计，强迫小宝与阿珂拜堂成亲。 平西王府杨溢之奉命调查各派反吴三桂一事，小宝乘机唆摆他掳走克塽，幸而冯锡范及时相救，克塽得以脱身。 小宝奉九难之命回宫追寻其余经书下落，康熙向他追问被行剌一事，小宝将一切罪行推卸在三桂与克塽身上，康熙勃然大怒，深思对付二人策略。

小宝向康熙道出真假太后一事，二人即闯慈宁宫调查真相，高头陀知形势不利，乘乱抱走东珠，康熙与真太后重聚天伦，喜极而泣。康熙为嘉奖小宝之英勇行为，擢升他为一等子爵。 康熙迫康亲王交出经书，小宝假装对康亲王极为关心，以一假经书交给康亲王，使他信以为真，大为感动。 克塽一直担心近南势力扩张，影响其延平王府地位，遂暗中行刺近南，以一挫天地会锐气。小宝乘乱以石灰粉制服二人，反被近南斥对国姓爷不敬，众人均暗感不服。 小宝为达成天地会各人所愿，另一方面又可在康熙面前立功，特派多隆生擒克塽师徒治罪。康熙计从心生，决亲自假扮近南敌人救出二人，欲乘机向天地会挑拨是非，间接挑起二派纷争，坐收渔人之利。

康熙派小宝到云南调查吴三桂谋反内情，为免引起平西王府的疑心，特将建宁下嫁应熊。建宁获悉后大受刺激，向太后大吐苦水，但太后却表现得极为冷淡。建宁遂将一腔怒愤发泄在小宝身上，激情中更向他表示爱意，并严禁小宝另结新欢，小宝顿不知所措。 小宝自知「豹胎易筋丸」药效已届，立派矮头陀与陆高轩从速向苏荃献上经书，洪教主大表赞赏，立释放剑屏与众人重叙。苏荃却心知事有蹊跷，暗派矮头陀与陆高轩跟踪小宝。另一方面，近南为计划对付三桂，特派天川等假扮小宝随从，以便协助行事。 建宁在往云南途中，一时深闺寂寞，欲将小宝玩弄一番，怎料二人弄假成真，情不自禁下竟发生关系。 剑声无意间发现天地会计划后，不理会吴立身的劝告，与柳大洪下手欲强将建宁掳走，借此陷害三桂。

建宁被掳后饱遭欺凌，情急下向剑声出言讥讽，逼他乘吴三桂出巡时，与他拚一死战，柳大洪等均以剑声为沐家唯一承继人，恐他不敌，极力阻止他参与行动。 小宝以建宁失踪多时，对她安危焦急万分，怎料三桂突闯至硬要觐见建宁，小宝无法挡驾，幸大洪等忽赶至行刺三桂，扰攘一轮后，三桂等人将沐王府众人击败。 剑屏恐建宁被掳一事会连累小宝，暗中释放建宁，但剑声因沐王府伤亡惨重，对公主怀恨在心，极力阻止剑屏行事，幸得双儿及时赶至，将剑声制服而带走建宁。小宝得与建宁重聚，二人喜极而泣。 杨溢之偶悉吴三桂与罗刹国、蒙古西藏喇嘛联盟反清一事，大为惊愕，因他知罗刹人一向反口覆舌、见利忘义，遂知会平西王妃陈圆圆劝三桂警惕提防，怎料三桂竟忠言逆耳，恐溢之会泄漏口风，决意杀他灭口。

小宝见溢之死状惨然，知事有蹊跷，遂亲自向蒙古侠罕帖摩明查暗访，发现三桂之重大阴谋。小宝乘机着张康年偷运罕帖摩回京，以备日后作为三桂谋反的证人。为免三桂从中阻挠，又命玄贞道人假扮罕帖摩于妓院争风被杀，以移花接木之法偷运尸体。三桂细心调查后，洞悉小宝阴谋，决意派兵抢回罕帖摩。 另一方面，小宝假传圣旨，三桂误以为康熙早知谋反一事，向他暗示已有防御之计策，对小宝顿起戒心。再加上小宝三番四次出言讥讽，三桂暂不敢轻举妄动，并欲以珍宝拉拢小宝，表面上对他仍热情殷勤招待。 建宁与小宝夜半幽会时，应熊假传庭园失火消息，突闯建宁寝室护驾。建宁灵机一触，竟反告应熊乘虚对她非礼，以短刀将他阉割。

三桂知道应熊闯下弥天大祸，连忙向建宁陪罪，建宁假装伤心欲绝，欲当场轻生，三桂一时措手不及，小宝乘机代为解围。 应熊向三桂道出真相，使他勃然大怒，认为此事乃康熙从中摆布。三桂自知处境势成骑虎，欲有待小宝率众回京时，将一干人等赶尽杀绝，最后可乘势起兵造反。 陈圆圆屡劝三桂无效，万念俱灰之际，决意出家修行，三桂亲往劝之，不为所动。怎料九难忽然带同阿珂行刺三桂，九难不敌身受重伤，但阿珂则被制服。圆圆一看之下惊悉阿珂身份，但阿珂终不肯相认。 九难受伤迫于投靠小宝，说出阿珂被三桂囚禁，小宝焦急万分，欲亲往平西王府抢回人质，怎料三桂事先设下陷阱，引小宝救出剑屏。小宝自知身份揭穿，对阿珂安危更表担心。 圆圆屡向三桂哀求释放阿珂不遂，向小宝说出阿珂实是她与李自成所生的私生女，后被九难抢去养育成人，好让阿珂行刺三桂，圆圆还请求小宝助阿珂脱险。

正当三桂揭发圆圆与李自成的私情之际，九难突再向三人报仇，迫三桂、自成二人自相残杀，圆圆一时进退两难。 小宝眼见形势险要，即挟持应熊为人质，逼三桂释放众人离开云南。圆圆亦自觉罪孽深重，劝阿珂以小宝为归宿，自己则从此剃度为尼，但阿珂不忍受辱含泪而去。 李自成难过不堪，设法四处找寻阿珂解释，怎料阿珂正被三桂派兵围攻，自成几经搏斗后，终不敌被杀，幸得冯锡范及时相救，阿珂得以脱险。正当阿珂极为伤心之际，克塽将自成之死嫁祸小宝，阿珂决向小宝报仇。 高头陀请求三桂代向洪教主取「豹胎易筋丸」解药，三桂灵机一触，乘机威胁高头陀活捉小宝，使他大感为难。 锡范为削弱天地会势力，迫小宝交出陈近南，而天地会中人早料锡范阴谋，施计引他到城西药王庙，而阿珂始知一直被锡范利用引出小宝，大感愤怒。

天地会众人将锡范及克塽制服后，发觉二人存心陷害近南，欲将二人铲除，近南及时阻止，运功替克塽疗伤，后为存大局，不理众人劝告而即时赴台湾向郑王交代一切。 小宝被高头陀以武力迫他交出解药，于是向近南求救，说出加入神龙教经过，近南不但谅解他，还嘱他紧记宝图详情，以便日后从详计划反清任务。 原来矮头陀与陆高轩一直密切监视小宝行踪，小宝发觉后恐吓二人一番，并答允日后将全部经书交回洪教主，二人顿放下心头大石。 小宝回京觐见康熙时，发觉原来他对三桂造反一事早有准备，特派人速铸大炮数百。另一方面，双儿正好将宝图碎片一一砌好，小宝见之欢喜若狂。

正当小宝、双儿查出宝图汉译地名，意欲远赴鹿鼎寻宝之际，康熙突封小宝为钦差大臣，表面上嘱他上长白山祭天为名，实质乘虚攻入神龙岛活捉毛东珠， 小宝自知不敌神龙教中人，一时不知所措。 克塽带阿珂引见郑皇爷妻董夫人，怎料董夫人嫌弃阿珂身世背景，对她态度甚为冷淡。克塽在锡范影响下，要以王府声誉为重，另立正室。阿珂闻讯大受刺激，终含泪而去。 原来董夫人一直对克塽异常偏爱，极力推举他为延平郡王，不惜将郡皇爷及大公子软禁，近南闻讯忿忿不平。而董夫人恐近南会从中阻挠，遂暗中挑拨锡范，痛打近南。 小宝为免惊动延平王府，特派风际中等远赴台湾救出近南。近南感延平王府内閧形势，心感伤痛，誓死早日成功反清，全力协助克塽重振声威。 小宝在郑成功遗将施琅策划下，兵分三路海攻神龙岛，怎料苏荃早有戒备，以毒药迫方怡为饵，设下陷阱将小宝捉去。

小宝被押去向教主解释一切，小宝乘机将一切罪状嫁祸于高头陀身上，并反告矮头陀与陆高轩疏于职责，苏荃听后半信半疑，著小宝从速交出经书。 小宝见形势不利，遂不惜冒险，与双儿逃离神龙岛，几经辛苦始逃至鹿鼎山。怎料途中遇上洪教主与夏相国二人，正在密谋商议拉拢罗刹国彼得王子联盟反清计划，并协助彼得暗杀其姊妹苏菲亚公主以夺取兵权。小宝识穿一切后，暗助苏菲亚脱险，并将一切经过真相向她陈述，使她恍然大悟。 苏菲亚为确实彼得阴谋，特召洪教主、夏相国到会，旁敲侧击试探二人，小宝乘机取出彼得手谕为证物，二人无词以对，苏菲亚遂立即回国向彼得算帐。

吴三桂联同耿精忠、尚可喜向康熙上表表示撤藩，用以试探康熙反应，康熙一时不知应对。小宝突向他声称已拉拢罗刹国为邦交国，可借此联手对抗叛军，康熙如获至宝，遂允三藩所求。 应熊为免引起康熙疑心，假意请求小宝劝康熙收回撒藩成命，但小宝则置诸脑后。另一方面，应熊恐三桂造反后自己会沦为俘虏，假意相约小宝与他野外赛马，借此机会逃回云南，怎知小宝暗中施计弄伤应熊坐骑，应熊逃走不遂之余，被康熙押返京城收监。 洪教主率陆高轩等到客栈取经书，不果，刚巧遇上剑屏，苏荃乘机将她擒住，迫小宝交回经书。 小宝奉康熙之命与吴六奇铲平王屋派，原来当时司徒白雷已被三桂手下灭口，小宝趁机劝王屋派壮兵加入天地会，而曾柔乔装待卫终日与小宝为伴，伺机向三桂报仇。

阿珂自从离开延平王府后，生活潦倒，后巧遇克塽，克塽以甜言蜜语骗得阿珂与他和好如初，并欲联手找小宝算帐。 小宝抵扬州后，心情极为兴奋，以昔日装束重返丽春院与母韦春花重聚。怎料洪教主偕同苏荃、方怡等假扮妓院侍婢，欲向小宝报仇，幸小宝人急智生，以蒙汗药毒晕众人。机缘巧合下，苏荃、方怡、沐剑屏、双儿、阿珂、曾柔等六人分别被点穴或迷晕，小宝一不做、二不休以大床将六女全部带回钦差府，尽享温柔。事后众女竟因误会大打出手，局面混乱不堪。 克塽因此认为阿珂为不知廉耻的人，对她不加理会，一怒之下拂袖而去，阿珂大为失望。 小宝见双儿为庄家家仇未报而郁郁寡欢，遂造谣反告吴之荣为三桂同党，亲押吴之荣往庄家发落。途中双儿与吴六奇话甚投契，决结义金兰，六奇以一火鎗送予双儿。

归辛树一家三口夜闯平西王府，向三桂索取「千年野山人参」疗伤，三桂欣然付出，三人感恩图报，决义助三桂刺杀小宝。 怎料三人刺杀途中被吴六奇阻止，归忠忙乱中将六奇杀死，双儿悲痛欲绝。后得近南向辛树等陈述是非由来，原来辛树早对近南为人甚为钦佩，听后内疚不已，欲以死谢罪，近南及时阻止，劝其应回家共商反清事宜。 近南与沐王府、王屋派等策谋起兵详情，归辛树三人不理各派劝阻，欲先行了断康熙。小宝恐康熙会因此惨遭不测，遂派人暗中通知康熙，稍后更将一切罪名嫁祸给三桂。 正当三桂起兵造反，以致数地失守之际，建宁发觉自己已怀小宝骨肉，遂要求康熙早将应熊处死以断祸根，而康熙更觉此举可一挫三桂锐气，遂下令依计行事。 归氏入宫行动时，小宝迫令东珠假扮康熙匿于轿里，指使辛树向轿中人行刺。

康熙发觉小宝为天地会份子后，向他质问，小宝大惊失色，极力替自己掩饰，康熙不为所动。康熙表示会逐一消灭天地会、沐王府等反清组织，同时派多隆将小宝软禁，以防他向天地会通风报讯。 归氏三人连夜暗闯禁宫行刺康熙，众侍卫方寸大乱，幸小宝及时冒死保护。康熙大为感动，力劝小宝协助铲除反清组织。 小宝不忍天地会兄弟遭受损伤，连夜将多隆制服，以建宁公主为人质，施计救出近南等人。康熙闻讯勃然大怒，下令全国通缉小宝等人。 正当小宝逃往「通吃岛」途中，洪教主乘机阻拦，逼他交出经书。幸陆高轩等乘乱反抗教主，但几番苦斗后陆高轩等人均被打死，时教主发现苏荃已怀小宝骨肉，大受刺激下盛怒而死。

小宝带同苏荃、方怡、曾柔、建宁、沐屏五女远赴通吃岛隠居，一直过着逍遥自在的生活，众人皆能互助互爱，唯建宁不时醋意大发，对众人搬弄是非。 怎料一夜，冯锡范师徒追杀近南至岛上，几番搏斗下，近南终不敌被杀，临终嘱小宝切莫伤害克塽，要为国姓爷后继着想。 小宝发觉风际中原为清廷奸细，一直将天地会秘密出卖给康熙，一怒之下施展暗器将他制服，怎料风际中临急以双儿作人质，其后为双儿以火枪杀死。 小宝无意间知道阿珂已怀自己的骨肉，对她更表怜爱，但阿珂毕竟仍心存内疚，终得众人劝告下，与小宝终成美眷。 平西王军被清兵炮攻溃不成军，三桂被追逼得走投无路，遂亲到三圣庵投靠圆圆，怎料康熙忽然派兵捉走三桂，三桂以为圆圆存心出卖自己，顿感心灰意冷。康熙生擒三桂后，对他严加盘问，三桂坚决不答，康熙无奈下旨将他收押天牢。

多年来康熙一直派张康年遍寻小宝踪迹，终在通吃岛发现小宝，时小宝已育三子，乐也融融。康年坦言康熙对于往事既往不咎，并希望他早日回京协助歼灭天地会，但小宝为存道义，不欲因功利而出卖天地会。 康熙以小宝拒其所请，深深不忿，特派索额图领兵往岛上严密监视小宝全家行动，小宝终无奈返京朝圣。 小宝回京后，即被康熙封为「二等鹿鼎公」，享尽富贵荣华，但千叮万嘱小宝莫伤害克塽一家。另一方面，康熙旋即向外宣扬小宝实为贪图名利，竟诛师灭会。天地会中人信以为真，茅十八更一时冲动，怒闯爵爷府质问小宝，小宝束手无策之际，康熙派人捉茅十八入宫。 小宝极力向天地会兄弟解释真相，但未被接受，众人为要小宝表明清白，限他三日内救出茅十八，小宝一时不知所措。 小宝无奈要求康熙释放茅十八，但康熙不为所动，还要小宝从速将茅十八处死。

小宝周旋天地会与康熙间，一时进退两难，欲向康熙上奏辞官返扬州，康熙不答应。 天地会为逼小宝当总舵主一职，故意掳走克塽，将罪状嫁祸小宝身上，康熙信以为真，以小宝全家性命，威胁小宝交出克塽。原来天地会中人竟在严刑逼供下，错手打死克塽，小宝将计就计，收买张康年等制服锡范，以救走茅十八。 康熙洞悉小宝一切诡计后，先将小宝全家挟持入宫，逼小宝三日内交出克塽与锡范。 小宝迫于无奈求助于天地会，众人施计先将克塽尸体埋于郑家后院，然后诬告克塽因与冯妻鬼混，锡范揭破将克塽灭口。怎料康熙竟不为所骗，严责小宝一顿，并声言于午夜前铲除天地会。

小宝欲施展激将法使康熙回心转意，怎料二人言语间竟反目成仇，康熙一怒之下将小宝重打后收监。 正当众兵置妥火炮攻天地会之际，康熙突改变主意，使众大臣大失所望，太后闻讯对他严加责备，劝他应以大清律法为重，下令将小宝革职斩决以示惩戒。 康熙在友情与国法下，终为存国君威严，假意下令处决小宝。另一方面，正当太后派人灌小宝饮毒酒时，康熙假扮刺客救出小宝，小宝大为感动，临走将鹿鼎山宝藏地图送予康熙。 怎料康熙突然派兵围攻天地会，众人以为被小宝出卖，茅十八乘机追杀小宝至一悬崖，小宝七妻赶至时，目睹茅十八将小宝抛下悬崖，众妻为之悲痛欲绝……