韦小宝（梁朝伟饰）刁钻聪明，自小随母居杨州妓院，备受市井欺凌。一日，小宝因义气相助天地会人打退清兵，而被老太监私禁宫中。小宝逃走心切，误杀小太监，无奈只有冒充小太监，留在宫中，竟因此结识了少年皇帝康熙（刘德华饰），成莫逆之交。

康熙英明果断，他要求小宝协助消灭奸臣。事成之际，适逢天地会人劫狱，混乱中，小宝被掳。误会冰释后，小宝因杀奸有功，成宫中红人，又得天地会总舵主暗中收为弟子，同时更要他伺机刺杀康熙，小宝感左右为难。

小宝无意得悉神龙教人假扮太后潜伏宫中十多年，企图尽取大清命脉藏宝图，而真太后则被囚禁，老皇帝顺治犹在出家为僧。康熙闻讯大惊，联合小宝，几经艰险，救出太后。同时，又派小宝往寺中保护顺治。小宝在途中巧遇少女阿珂（商天娥饰），神魂颠倒，将她留在寺中疗伤，弄至满城风雨。秘密终被泄露，接连的刺杀行动，均幸得小宝巧施妙计，逢凶化吉。顺治终脱险，与康熙父子重聚。康熙又命小宝率大军剿灭神龙教，但小宝却为亲信出卖，反被掳，幸小宝人急智生，挑拨神龙教人自相残杀，再建一功。

小宝衣锦还乡，重遇阿珂，适逢阿珂为郑公子抛弃，小宝决心代为惩戒，弄至妓院大乱，更与七位女子同时牵上关系，后得七女同时下嫁，享尽齐人之福。不久，康熙命小宝消灭天地会，小宝始知康熙早洞悉自己秘密。在正义与友情不能并存之下，小宝拒康熙，被康熙收进天牢。