王道干出使金国，向完颜洪熙奉承，通敌卖国，丘处机痛恨其行为，将他杀死。处机路过牛家村，与郭啸天、杨铁心不打不相惜，三人惺惺相识。时郭妻李萍，杨妻包惜弱同时有孕，处机赠一对短剑予二人腹中块肉，并替他们改名郭靖及杨康，在短剑上刻上名字，啸天与铁心将短剑交换，订下他日诞下胎儿，同性则结义，异性则结为夫妇。 时金兵追捕处机，处机大开杀戒，完颜洪烈大难不死，身受重伤，惜弱好心，替他疗伤，洪烈稍为康复后即逃去。处机离去后，段天德率大批官兵围捕天、心，啸天战死，铁心受伤跌下山崖，李萍为天德所捉，惜弱则被洪烈救走。

洪烈向惜弱骗说铁心已死，惜弱孤苦伶仃，后虽得知洪烈乃金人，但被其诚意所动，与他一起。 处机追杀天德，天德胁持李萍而逃，向焦木大师挑拨离间，由焦木请出江南七怪在醉仙楼与处机比斗，刚巧洪烈亦在场，恐被处机认出而大惊。处机与江南七怪比武，朱聪智胜处机，处机虽认输，但仍赶往法华寺救李萍，七怪追至，再大打出手，两败俱伤之际，天德乘机带李萍逃走，且辣手杀死焦木大师。江南七怪至此才知错怪处机，双方订下盟约，处机寻找惜弱，七怪负责找寻李萍，再传授郭、杨后人武功，二十年后再在醉仙楼比高低。 天德带李萍逃走，途中被金兵捉去做苦工，再遇山贼打劫，天德逃去，李萍于荒野中诞下一子，被蒙古人救走收留。

十年后，李萍母子一直在大漠生活，但李萍感郭靖资质平庸，能为报仇之机甚微，心中失望。铁木真追捕哲别，哲别负伤逃至郭家，郭靖仗义相救，哲别甚感激，铁木真见哲别英勇重义，收他为己用，并同时收留李萍母子。 金国派完颜洪烈及洪熙出使蒙古赐封铁木真及王罕，洪熙乘机挑拨，哲别果中计，向铁木真挑战，铁木真忍让，心中决要对付金人。郭靖与拖雷成为好友，一日，二人一起游玩，遇江南七怪，七怪见终找到郭靖，欢喜若狂，但见其资质平庸，亦甚失望，为试其胆识，约他半夜到山丘见面，怎知郭靖遇上梅超风。 江南七怪与梅超风大打出手，镇恶打瞎超风双眼，超风发出讯号，向陈玄风求救，玄风赶至，将张阿生杀死，郭靖情急下，以匕首将玄风杀死，超风抢走玄风尸体后逃去。七怪痛失阿生，伤心之余，收郭靖为徒。超风发现玄风将《九阴真经》刻在胸前皮肤上，遂将皮割下，决心苦练武功为玄风报仇。

拖雷与都史起争执，导致桑昆对铁木真更不满，铁木真忍气吞声。 六怪传授武功予郭靖，但郭靖未能吸收，毫无进展，六怪失望，尹志平寻至，谓处机已找到杨家后人，六怪见志平武功比郭靖好，对日后取胜机会更担心。 郭靖遇马钰，马钰传授内功心法予郭靖，郭靖武功大进，六怪发觉，知事有蹊跷，决跟著郭靖，柑看谁教他内功。 六怪阴错阳差，误会是超风教郭靖内功，借机利用郭靖杀他们报仇，六怪先下手杀郭靖，幸马钰及时赶至，解释清楚，郭靖才不至枉死。

马钰为免六怪与超风斗至两败俱伤，安排六怪假扮全真七子，将超风吓走。 桑昆联同札木合出手对付铁木真，铁木真势孤力弱，郭靖及时胁持都史，众人才得以脱身。铁木真表面上假装求和，暗地里调兵遣将，终将桑昆等打败，且统一蒙古大漠，被称为成吉思汗，铁木真感郭靖有功，封他为金刀驸马，与华筝订下婚约。 六怪带郭靖赴江南应处机当年之约，铁木真命郭靖伺机杀完颜洪烈。 途中，六怪遇春、夏、秋、冬，见四女行藏怪异，恐有大阴谋，著郭靖独自上路，他们加以追查。

郭靖遇女扮男装之黄蓉，黄蓉行为刁钻古怪，但郭靖一片坦诚，不以为怪，反处处关心黄蓉，黄蓉甚感动。 郭靖沿路上，皆有人预先为他安排好食宿，郭靖甚为奇怪。 侯海通与黄河四鬼找郭靖报仇，黄蓉施计，将海通戏弄一番。 铁心设下擂台，为穆念慈比武招亲，杨康上台挑战，打败念慈，调戏她一番后却又无意娶她，铁心大怒。被杨康打伤，郭靖代抱不平，与杨康大打出手，彭连虎出手助杨康，郭靖不敌，王处一现身相救，时惜弱至，责备杨康闹事，将他带走，铁心未能见到惜弱一面。 杨康借词请罪，请一、靖回府，处一与各人一言不合，与灵智上人比拚，两败俱伤，郭靖救走处一。 处一虽药物疗伤，但药物已被人搜购一空，郭靖担心。

黄蓉突回复女儿身出现，带他潜入工府偷药，发现铁心与念慈已被杨康所囚。 时完颜洪烈正与各高手见面，邀他们代寻《武穆遗书》，郭靖偷药失手，被血蛇纠缠，众高手闻声赶往视察，黄蓉被迫现身阻止。 郭靖与血蛇纠缠，将牠咬伤，尽吸蛇血，血蛇虚脱而死，郭靖得以脱身。 黄蓉被欧阳克等发现，沙通天等逐一留难她，黄蓉凭机智逐一击败。 郭靖往救铁心父女，铁心乍见故人之子，甚惊喜，时惜弱到来释放他们，未认出铁心，但铁心却一眼认出惜弱，心情激动。 郭靖欲救黄蓉，却被梁子翁追杀，郭靖躲入惜弱房，刚巧铁心正来寻惜弱，与她相认，杨康追至，惜弱向他揭穿身世，杨康未能接受，不肯认铁心，惜弱心痛欲自尽而受伤，铁心将她救走。

郭靖寻找黄蓉，再遇子翁，二人纠缠，同跌下一枯井，超风正在井内练功，超风认出郭靖是杀死风之人，大怒之下欲杀他，这时通海及江南六怪两批人纷至，黄蓉又讹称黄药师在附近，吓得超风将郭靖释放，黄蓉声称超风身上有《九阴真经》，令通海等人围战超风，她与靖、六怪则逃脱。 铁心带弱、慈走，遇处机及马钰，马钰误中连虎毒掌，众人 逃至与处人会合，被杨康率众高手包围，铁心夫妇不欲连累他人，自尽而死，铁心临终将念慈许配予郭靖。 处机不忿败于欧阳克等人手上，与他们订下中秋于嘉兴烟雨楼再比高下。 处机欲买铁心遗愿，命郭靖与念慈结婚。郭靖拒绝，声称心中只有黄蓉一人，六怪不满郭靖与黄蓉一起，加以反对，黄蓉突出现，带走郭靖。

杨康未能接受自己是汉人之事实，借酒消愁，念慈遇见，加以开解，杨康被其诚意打动，欲重新做人，但始终忘不掉昔日之富贵荣华，决重返完颜洪烈处，念慈大失所望。完颜洪烈对杨康仍疼爱，推荐他为钦使，到临安与大宋宰相谈判。超风决随杨康同行。 郭靖、黄蓉巧遇洪七公，黄蓉以美食作饵，诱得七公答允授降龙十八掌予郭靖。

一日，七公教靖、蓉练功时，忽被毒蛇阵所困。 欧阳克迷恋黄蓉美色，欲加轻薄，七公破其毒蛇阵，教训欧阳克，欧阳克败走。 黄蓉巧遇念慈，心中不忿念慈被许配与郭靖，将她戏弄一番，念慈表明并不爱靖，且已心有所属，黄蓉才减去醋意。 七公教晓郭靖十五式降龙十八掌后，决与郭靖待暂别，郭靖、黄蓉依依不舍。 念慈夜探杨康，杨康惊喜不已，向念慈表明，重投金国只是苦肉之计，并答允日后必娶她为妻。 靖、蓉结识陆乘风，三人甚投契，乘风邀他们到归云庄暂往。一夜，靖、蓉发现乘风捉住杨康囚禁，二人决静观其变。

杨康命念慈找超风相救，刚巧欧阳克正以青蛇阵逼超风交出《九阴真经》，神秘人助超风破阵，欧阳克抢走念慈后逃去。 裘千丈假冒裘千仞到归云庄，以掩眼法装成一身好武功，乘风等不察，招待他留宿。 六怪闻得梅超风会对付归云庄，赶往相认，与郭靖重遇，黄蓉与六怪一言不合，再起争执，郭靖左右为难。 千丈与郭靖比武，被郭靖试出他武功实十分平庸，众人感意外之际，超风寻至，千丈为脱身，假称药师已死，黄蓉心痛晕倒。 朱聪察觉有异，向千丈审问，经查出全是一片胡言，众人放走千丈。 超风要杀郭靖报仇，郭靖打伤超风，神秘人将她救走。过程中，朱聪将用人皮卷著之刻有杨康二字之匕首偷了交给郭靖，却不知人皮刻有九阴真经。

翌晨，超风突再出现，向郭靖挑战，镇恶发现神秘人暗中助超风，加以揭穿，原来神秘人就是药师。 超风向药师忏悔，药师命她做三件事，师才原谅她，超风答允。 药师要杀郭靖，黄蓉为救郭靖，假装跳海自尽，引走药师。 郭靖发现与杨康一起被囚的人就是段天德，一怒杀他报仇，天德死前说出一切是洪烈主谋，杨康诧异。 郭靖游说杨康一起北上杀洪烈报仇，杨康同意，途中，食宿被人安排妥当，郭靖调查，发现那人就是黄蓉。 欧阳克欲强娶程遥迦，郭靖、黄蓉遇见，加以阻拦，欧阳克打败郭靖，七公突出现，收郭靖为徒，且即席将其余三式降龙十八掌教予他，郭靖终打败欧阳克。 金人追杀拖雷等人，郭靖发现，加以授手，原来带兵者乃洪烈，杨康故意放走洪烈，带他到一义庄。

洪烈利诱杨康回归，杨康答允，二人之谈话，却被因欧阳克囚禁在棺中之念慈听到，念慈见杨康认贼作父，甚心痛。 靖、蓉寻至义庄，洪烈早已逃去，杨康砌词掩饰，之后，众人发现念慈，将她救出，杨康知恶行被念慈识穿，向她巧言令色一番，念慈不相信，忿而离去。 杨康跟踪念慈，向她甜言蜜语，念慈为情所困，再被杨康欺骗，答应为他守秘。 郭靖与黄蓉往桃花岛见药师，甫抵步，黄蓉即被药师囚禁，郭靖被困于桃花阵内，兜兜转转，撞见周伯通。 药师欲以箫声诱伯通出山洞，伯通本受迷惑，但郭靖却运功相助，令他清醒，药师对郭靖更不满。 郭靖向伯通说出身世，伯通大感有趣，与郭靖结拜为兄弟，且说出被困山洞之因由。 原来廿多年前，东邪、西毒、南帝、北丐及中神通五人华山论剑，争夺《九阴真经》，结果由王重阳胜出，取得真经。 但王重阳一直未有练《九阴真经》武功，更诈死试探各人反应，欧阳锋果然乘机欲夺经，王重阳破其蛤蟆功，欧阳锋负伤而逃。 王重阳命伯通将《九阴真经》上下册分别埋藏后便圆寂，伯通埋好上册后，遇黄药师、冯蘅夫妇，冯蘅以超人记忆力，骗得《九阴真经》下册。 及后超风、玄风盗走真经，冯蘅再默经，心力交瘁，难产而死，药师怪罪于伯通，逼他交出上册，二人比武，不分胜负。

伯通自困山洞十五年，药师想尽办法亦不能赶他出洞。 欧阳克到桃花岛提亲，黄蓉不满，戏弄他一番。 伯通偶然机会下，发现郭靖竟怀有那幅人皮《九阴真经》。 伯通找到《九阴真经》，甚为高兴，欲传授经内武功予郭靖，郭靖拒绝。 超风为遵药师之命，杀死秉有懂白骨阴阳爪之人，欲杀杨康，但因一念之仁，反杨康所捉，加以囚禁，严刑拷打，逼她说出九阴真经之武功，超风守口如瓶。念慈不忍，暗中放走超风，被杨康怒斥一顿。 伯通向郭靖讹称自创了一套伯通神经，将它教予郭靖，其实是《九阴真经》，郭靖不知就里，加以苦练。

欧阳锋到桃花岛向药师提亲，药师不理黄蓉反对，竟然答允，师、锋并比拼内功，七公赶至，并加入战团，三人势均力敌，欲罢不能，险酿成同归于尽之局面，却被郭靖误打误撞，加以解围。 七公替郭靖向药师提亲，药师免伤和气，决定由郭靖与欧阳克比试三场，谁胜出便谁娶黄蓉。 药师定下三局两胜制让郭靖与欧阳克比试，头两局两人各胜一场，第三局，药师让两人看一次《九阴真经》，然后加以背诵，七公与黄蓉以为郭靖必输无疑，甚为激气。 怎知，郭靖一看《九阴真经》，竟就是伯通传授给他的武功，逐能畅顺地由头背到尾。 药师怀疑郭靖偷练《九阴真经》，郭靖加以解释，刚巧伯通寻至，伯通为激药师，竟胡说郭靖是立心练《九阴真经》，郭靖百词莫辩。

药师一怒之下，逐众人离开桃花岛，锋、克乘自己的船离去，药帅安排一旧船予七公等，伯通不忿，带各人偷上另一豪华大船离去，怎知此船乃药师准备与妻同葬大海之用，结构简陋，一出大海便沉没，欧阳锋救起各人。 欧阳锋逼伯通默出《九阴真经》，伯通不肯，宁跳回大海中，欧阳锋再向郭靖威逼，七公教郭靖写假经予欧阳锋。

七公到船舱偷饮酒，偷听到欧阳锋与欧阳克密谋在郭靖默出《九阴真经》后，便将二人烧死，七公暗作打算。 是夜，欧阳锋放火烧船，七公带郭靖及时抢走小艇逃去，却遥见黄蓉寻至，上了火船，郭靖大急，唯有将船回航。 七公重上火船。与欧阳锋恶斗，欧阳锋险遭烈火烧死，七公不忍，加以援手，欧阳锋却乘机向七公下毒手，七公被打至重伤堕海，黄蓉命欧阳克合力将七公救上火船，郭靖与欧阳锋拚命，与火船一起沉没于大海中。 黄蓉以为郭靖已葬身大海，心中悲痛，但仍细心照顾七公之伤势，三人漂至一荒岛，七公虽能保性命，但内功尽失，遂将打狗棒法授予黄蓉，命她接烊丐帮，黄蓉施计，将欧阳克打进海里失去踪影。 郭靖与欧阳锋同在一木排上漂浮，郭靖以为七、蓉已死，甚难过，而欧阳锋开始练假《九阴真经》。 黄蓉欲寻黑珍珠替七公治伤，重遇欧阳克。 欧阳克欲对黄蓉不利，黄蓉施计，令欧阳克被一巨石压断双腿。

郭靖、欧阳锋漂流王荒岛，重遇七公与黄蓉，七公声称欧阳克已死，欧阳锋大怒，要杀三人报仇，黄蓉才说出欧阳克未死。 欧阳克身受重伤，且被巨石所压，不能弹动，欧阳锋甚为痛心，命靖、蓉一起推开大石，但未能成功，欧阳锋心急如焚，要各人想办法救欧阳克，黄蓉等拖延了事。 欧阳锋想出巨石绞盘绞起大石，但仍未能成功，最后，凭黄蓉之机智，终于救出欧阳克。 七公为免欧阳锋随意加害，假装成因练九阴真经而恢复功力，欧阳锋信以为真，勤练《九阴真经》。 欧阳锋命郭靖、黄蓉扎一木排让他与欧阳克离开荒岛，黄蓉故意以活结扎木排，令它容易被海浪冲散。 锋、克离去，郭靖等再扎一木排离去，途中遇锋、克于大海中漂浮，郭靖不忍见死不救，加以授手。

郭靖等人在木排上漂浮，终遇上洪烈之大船而被救，欧阳锋反面无情，欲杀七公等三人，七公以《九阴真经》一段译文作要胁，欧阳锋才暂且不杀三人。 洪烈热情招待欧阳锋，加以笼络，灵智上人等不忿，欧阳锋出手教训上人一顿，杨康见欧阳锋武功高强，欲拜他为师，欧阳锋拒绝。 杨康为讨好欧阳锋，辣手逼郭靖等说出译文，郭靖见杨康为求名利不择手段，大为痛心，杨康为逼郭靖屈服，将七公抛下大海中，郭靖悲痛，仍不屈服，杨康欲杀黄蓉，伯通及时赶至，救回七公及黄蓉，并迫使欧阳锋答允放走他们。 黄蓉走后，药师寻至，上人言出不逊，药师教训他，上人不忿，竟讹称黄蓉已葬身大海，药师信以为真，悲愤而去。 黄蓉等返回大陆，途经牛家村，遇上傻姑，在其房内发现一密室内有曲灵风之尸体，蓉甚疑惑。 七公自知不久于人世，欲再尝皇宫御膳之菜肴，众人潜入皇宫，捉著御厨，亲手炮制，蓉、靖往买材料时，再遇洪烈等人。

郭靖偷听到洪烈等人欲盗取武穆遗书，心中大怒，决加以阻止。 靖、蓉等在御花园游览，发现水濂洞后有一秘洞，二人奇怪之际，洪烈率众寻至，原来他们查出《武穆遗书》藏在秘洞之内，欧阳锋等人见靖、蓉亦在，加以围攻，靖、蓉不敌，黄蓉且战且走，且高声叫嚷，欲惊动守卫，藉混乱脱身。 欧阳锋为探测郭靖武功底子，并未即时下杀手，郭靖拚命与欧阳锋对打，是时杨康找到了《武穆遗书》书盒。心想大功告成，竟向郭靖下毒手，郭靖身受重伤，洪烈等逃去。 黄蓉千辛万苦，救郭靖至曲家之密室内，依郭靖所教之法，要在密室内疗伤七日七夜，不能中断，黄蓉本想杀傻姑灭口，郭靖阻止。 洪烈等人刚巧亦逃至，众人打开书盒，发现内里空空如也，欧阳锋再入宫寻找，留下洪烈等人，黄蓉扮鬼，将他们吓走，留下欧阳克一人。稍后，遥迦与冠英又分别寻至。侯通海以为遥迦及冠英是厉鬼化身，要杀二人，迦、英不敌，志平至，联手打败通海，将他捆绑。三人倾谈下，得知此行目的同是找郭靖，遂决定同往家牛村。

冠英等找不到郭靖而折返，冠英说出找郭靖之原因，是因为药师误会六怪杀死黄蓉，要杀他们报仇，特意通知，怎知英、平一言不合而反面，双方大打出手，遥迦左右为难。 此时，杨康等人折返，将冠英等三人捉住，傻姑嘲笑他们，通海打傻姑，药师突出现，打走杨康等人，赶走志平，并撮合英、迦立即成亲。 伯通与欧阳锋互相追逐，在店前经过，药师见到，加入追逐。 店内剩下英、迦，欧阳克乘二人不备，将二人擒拿，且发现蓉、靖在密室，欲攻进，被黄蓉打走。 欧阳克无法闯进密室，欲对迦无礼，念慈至，加以阻拦，反被欧阳克所捉，要污辱她，杨康至，辣手杀死欧阳克，将其尸体埋好，傻姑目睹一切。 英、迦与康、慈分别离去后，拖雷与华筝又至，黄蓉得知华筝竟是郭靖之未婚妻，大感惊愕。 郭靖说出与华筝乃未婚夫妻，但表明心中只有黄蓉一个，黄蓉甜在心头。 杨康向拖雷等讹称郭靖已遭段天德杀害，拖雷等信以为真，便为郭靖报仇。时全真七子及志平至，发现伯通被师、锋追赶，谭处端、郝大通及刘处玄赶往相助。

处机重遇杨康，严词教训他一顿，二乞至，见杨康身怀打狗棒，误会他是七公之友，请他与念慈同赴丐帮君山大会。 简、彭、梁三净衣派长老接见杨康，杨康凭打狗棒讹称七公已将帮主之位传给了他，三长老欲利用杨康打击污衣派，遂对杨康加以笼络。 全真七子遇裘千丈，千丈骗说伯通已被药师杀死，七子悲愤不已。 七子遇超风，大打出手，超风不敌。药师至，与七子恶斗。欧阳锋偷袭七子及药师，处端惨死，超风亦因吉救药师而受重伤，临终自断双手，被药师重收为徒。 药师正因超风之死而悲愤，六怪寻至，药师要杀六怪泄愤，六怪不敌，郭靖睹状，不理自己危险，破密室而出，阻止药师杀六怪。 郭靖因乱动真气而走火入魔，药师运功替他疗伤，将他医好。 黄蓉带药师入密室，发现灵风生前从皇宫偷出不少宝物，黄蓉收起一与岳飞有关之画，送予郭靖。

拖雷等人被欧阳锋所捉，郭靖等及时赶至相救，傻姑说出欧阳克被杀一事，欧阳锋甚悲愤，心知不是药师对手，唯有逃去。 药师得知郭靖与华筝有婚约，要郭靖立即在华筝及黄蓉之间作出抉择，郭靖为遵守诺言，声言他日杀洪烈后，必定回大漠娶华筝，黄蓉黯然。 靖、蓉无意间从画中查出武穆遗书藏在铁掌峰第二节，二人决定先赴君山大会，再往铁掌峰取画。 杨康派人捉住靖、蓉，在君山大会，诬陷二人杀七公，要杀二人报仇。

鲁有脚怀疑，加以阻止，混乱之际，裘千仞至，与杨康狼狈为奸，欲将丐帮归顺子金，有脚等反对，千仞欲下杀手。 郭靖及时解穴，阻千仞杀有脚，黄蓉指出杨康乃假冒帮主，且以打狗捧法抢回打狗棒，杨康见事败，与千仞逃去，彭长老不服黄蓉，欲以摄心法对付她，反被黄蓉收服，黄蓉正式接任为丐帮帮主。 靖、蓉再遇千丈，误以为他是千仞，欲对付他，千丈约他们上铁掌帮才比试，黄蓉决乖机上铁掌峰寻找《武穆遗书》。 杨康与洪烈往访千仞，欲入铁掌帮禁地寻找《武穆遗书》，千仞阻绝，杨康暗中搜索。 靖、蓉夜闯铁掌峰，被千仞发现，加以追杀，靖、蓉不敌，黄蓉受重伤，且战且退，躲入一山洞内。 此时，千丈正在洞内寻宝，将《武穆遗书》丢在一旁，康、慈拾到遗书躲在一旁，靖、蓉至，黄蓉欲杀千丈，千丈衰求，说出假扮千仞一事，黄蓉才不杀他。 千仞以烟攻洞内，靖、蓉呼召双雕，载他们逃走，千丈欲跟随，失手跌死。

杨康得到《武穆遗书》，满心欢喜，甜言蜜语欺骗念慈，二人发生肉体关系。 念慈发现杨康原来一直与洪烈狼狈为奸，大为悲愤，乘杨康不觉，将《武穆遗书》抢走，洪烈立即派人追捕念慈。 靖、蓉逃至一密林内，发现是以五行布阵，黄蓉指点靖破阵，抵一石座，见到刘瑛正埋头计数，黄蓉加以指点，助刘瑛解决难题，刘瑛收留二人，刘瑛检视黄蓉伤势，指她只可活多三日，郭靖甚担心。 刘瑛指出有一人救黄蓉，给他们三个锦囊，指使他们上路寻找此人，靖、蓉决定一试。 靖、蓉依刘瑛指示，分别扳开第一、第二个锦囊，才知道要求助之人原来是南帝段智兴。

靖、蓉先遇到渔、樵、耕、读四人阻拦，凭郭靖之武功及黄蓉之机智，二人一一过关，最后终见到智兴，才发现他早已出家，法号一灯。 一灯得悉黄落受伤经过，且知道是瑛姑指使她到来求医，仍决定运功相救，渔、樵、耕、读纷纷阻止，一灯也不理会。 一灯运功助黄蓉疗伤，千辛万苦，终医好黄蓉，靖、蓉至此才得知一灯为医黄蓉而耗尽功力，黄蓉赠九花玉露丸子一灯进补，但原来瑛姑早已在丸内落毒，一灯服后毒发晕倒。 天竺僧及时替一灯除毒，一灯保住性命，渔、樵、耕、读说出一灯因救黄蓉而五年内武功尽失，瑛姑大可趁此机会报仇，黄蓉才知被瑛姑利用。 一灯并未怪责黄蓉，且说出与瑛姑结怨经过。

当年瑛姑仍智兴之贵妃，一次伯通随重阳到访，伯通与瑛姑产生一夜孽缘，事后伯通不顾而去，智兴心中早已不快，及后瑛姑诞下一子，突被神秘人打伤，瑛姑向智兴求助，智兴狠心不救，瑛姑不忍爱子痛苦，将他一刀刺死，声言必找智兴报仇，智兴后悔，看破红尘，因而落发出家。 瑛姑闯至，众人拦阻不及，瑛姑一刀刺落一灯身上。 瑛姑刺伤由郭靖假扮之一灯，心中百感交集，时真正一灯出现，且任由瑛姑处置，瑛姑杀不落手，悲愤而去。 一灯命天竺僧替郭靖翻译出《九阴真经》内的一段梵文，原来该段乃《九阴真经》之总纲，郭靖因而对真经之武功加深了解，武功又再上一层楼。一灯发现此段文字可有助疗伤，靖、蓉想到七公康复有望，甚为欢喜。 欧阳锋捉住杨康，认为他是杀欧阳克之凶手，要杀他报仇，杨康为自保，讹称杀欧阳克者是靖、蓉二人，欧阳锋被杨康欺骗，誓杀靖、蓉。 郭靖、黄蓉从双雕身上发现血迹，猜想到桃花岛可能有事发生，二人遂赶往桃花岛。

途中遇念慈，念慈将《武穆遗书》交回给郭靖。 郭靖、黄蓉遇裘千仞，发现瑛姑被他所囚，二人救出瑛姑，瑛姑发现千仞原来就是杀子凶手，与他拚命，千仞逃去，瑛姑穷追不舍。 靖、蓉继续上路，遇伯通与梁子翁等人纠缠，从而救出七公与镇恶，怎料镇恶却突然向黄蓉下杀手。 郭靖及时阻止镇恶杀黄蓉，镇恶厉言责备郭靖，定要他杀黄蓉，郭靖不肯，镇恶大怒离去。

七公与靖、蓉说出分手后之遭遇，郭靖将真经之总纲告之七公，七公伤势大为好转，靖、蓉遂与七公分手，继续赶往桃花岛。 黄蓉心中感到不祥之兆，向郭靖提出在桃花岛长相厮守，郭靖答允。 二人抵达桃花岛，赫然发现朱聪、宝驹、金发及小莹之尸体，郭靖大为悲愤，发现各人是被白骨爪杀死，因而认定是药师所为，之后，郭靖发现垂死之希仁，临终写出「十」字，郭靖更认定药师是杀人凶手，誓要杀他报仇，黄蓉虽对此事有怀疑，却无从解释，郭靖独自离开桃花岛，黄蓉黯然神伤。 处机抵达醉仙楼，想起当年与七怪比武之往事，无限唏嘘之际，忽遇郭靖，得知五怪惨死，处机甚悲愤，时药师出现，众人大打出手。 众人追追逐逐，一直打至烟雨楼内，全真六子联同志平及镇恶以天罡北斗阵对付药师，郭靖却发现七公亦在楼内，七公劝郭靖切勿冲动。 全真六子等人不敌药师，郭靖加以援手，且向六子解释伯通未死一事，六子愕然，时黄蓉、杨康及欧阳锋等先后抵达。

杨康反面不认处机为师，欧阳锋又从中挑拨离间，各人众产生大混战，但忽然一阵大雾袭来，七公等退入烟雨楼内，杨康以毒蛇阵及火攻围困众人，幸镇恶能认路，带各人脱险，六子往打探伯通下落，七公故意制造机会予靖、蓉单独相处。 靖、蓉相对无言之际，忽遇镇恶被官兵追捕，立即相救，黄蓉带镇恶逃至铁枪庙，细心照料其伤势，镇恶对她稍改观。 半夜，杨康等人带同傻姑至，黄蓉为求真相，不惜冒险现身，向杨康质问，果发现五怪之死与他有关。 黄蓉揭穿五怪被杀真相，认为是欧阳锋及杨康所为，嫁祸予药师，欧阳锋直认不讳，镇恶听到，大为惊愕。

黄蓉质问欧阳锋为何要对付药师，欧阳锋说出是为欧阳克报仇，黄蓉揭穿欧阳克是杨康所杀，杨康否认，但黄蓉有傻姑做人证，杨康情急之下，欲杀黄蓉灭口，阴差阳错，反中了希仁留在黄蓉软猬甲上的蛇毒，毒发而死。洪烈等人黯然离去，欧阳锋则以镇恶之性命，要胁黄蓉留下，替他翻译《九阴真经》。 镇恶遇郭靖，将真相告知，郭靖担心黄蓉安危，四出寻找其下落，并著有脚发散丐帮弟子帮助追查。 郭靖一路北上，遇铁木真军队，与李萍重逢，铁木真欲立即将他与华筝举行婚礼，郭靖拒绝，声言必须先找到黄蓉下落。

铁木真改打花刺子模，封郭靖为先锋，不赤等不忿，铁木真布关郭靖实力，有脚向郭靖献计，郭靖终顺利过关。 郭靖率领大军攻打花刺子模，沿途上，有脚助他调兵遣将，解决所有行军上之难题，郭靖战无不胜。 郭靖见有脚突然变得聪明，心中产生疑惑，怀疑背后另有人主使，有脚坚决否认。 欧阳锋突闯军营，向郭靖追问黄蓉下落，郭靖声称不知情，但与欧阳锋约法三章，欧阳锋不准伤害黄蓉，郭靖则会放过欧阳锋三次。 郭靖猜出黄蓉必是藏在军营内，但又没法找到她出来，烦恼不已。 欧阳锋再袭军营，郭靖依有脚所献之计，将他两度擒住，戏弄一番后才释放。 郭靖用计，终逼到黄蓉现身相见，二人互诉别离情。

黄蓉发现欧阳锋正偷偷监视，黄蓉故意说出假《九阴真经》，且困欧阳锋于绝崖上，欧阳锋以衣衫做降落伞逃去，黄蓉凭此灵机一触，助郭靖攻破花刺子模。洪烈自刎而死。 铁木真下令屠城三日，郭靖不忍，求铁木真改变主意，铁木真虽不满，但仍答允。 黄蓉误会郭靖对华筝余情未了，一怒而走，欧阳锋乘机追捕她，失足跌入浮沙之中，郭靖追至，以为黄蓉已葬身浮沙之中，甚为悲痛，一时失神，被欧阳锋所伤。 欧阳锋逼郭靖与他比武，欲从中了解《九阴真经》之武功，刚巧周伯通追杀裘千仞而至，混乱间郭靖得以逃脱。 铁木真下令攻打金国，派郭靖、拖雷及窝阔台分别出征，郭靖却无意中识穿铁木真在打攻金国后，便会攻打大宋，靖、萍不肯，决悄悄愉走，为华筝知悉，告知铁木真。 铁木真天将李萍捉去，以其性命威胁郭靖就范，李萍为免郭靖为难，自尽而死，郭靖悲愤，突围逃去。

郭靖遇处机，处机带他上华山参加论剑大会，郭靖经巨变后，对人生产生疑惑，决定今生不再用武功。 子翁袭击郭靖，郭靖自卫而杀死子翁，心中更添迷惑。 郭靖遇欧阳锋，跟踪他而重见黄蓉，二人劫后重逢，欢喜不已。 药师等人齐集，正研究比武之法，欧阳锋突出现，向众人下杀手。 欧阳锋逆练九阴真经，功力大增，师、七及一灯等联手，俱不敌欧阳锋，黄蓉著郭靖出手，郭靖却坚持不用武功，黄蓉没计可施之下，见欧阳锋已有走火入魔、神智不清之态，遂用计将欧阳锋逼疯，令他连自己是谁也不知道，被自己之影子吓至落荒而逃。 黄蓉正欲替药师等疗伤之际，千仞突至，欲趁各人受伤而杀死各人，黄蓉不散，郭靖依然不肯出手，危急之际，伯通追至，却被千仞之巨蛇吓晕，千仞正得意之际，瑛姑追至，抱千仞跳崖，欲同归于尽，郭靖不忍见死不救，出手相救。

千仞在一灯点化后，痛悟前非，跟随一灯离去，瑛姑则穷追伯通不舍。 靖、蓉随师、七回桃花岛途中，得知蒙古兵进攻襄阳，靖、蓉赶往通知，途中遇念慈遭彭连虎施暴，黄蓉杀连虎，郭靖得知念慈为杨康产下一子，替他命名杨过。靖、蓉抵襄阳，但吕知县竟挟带私逃，靖、蓉决留在襄阳守城，但双方兵力悬殊，靖、蓉处于劣势。