隋朝末年，隋炀帝杨广好大喜功，内外失政，以致人心尽失，群雄割据，烽烟四起，形成一发不可收拾之乱局。

寇仲和徐子陵，原是两个无父无母流浪天涯的小混混，寇仲为人机灵多计、重情重义、雄心壮志、不甘平凡；徐子陵则为人忠厚纯朴、感性细腻、甘于淡泊。两人自少同甘共苦，互相扶持，是一对生死不离的好兄弟。

机缘巧合之下，寇仲和徐子陵得到了武林中人梦寐以求的武功奇书《长生诀》，《长生诀》是打开「杨公宝库」关键，此宝库藏有江湖中人梦寝以求、可令人称霸武林的「邪帝舍利」，双龙因此惹来大野心家宇文化及的连场追捕。而《长生诀》的物主，来自高丽的女刺客傅君婥，为取回《长生诀》把双龙擒住，却发觉双龙是练《长生诀》内功的适合人选，遂逼令双龙练《长生诀》，而双龙亦利用傅君卓来逃避宇文化及的追杀，双方初时互相利用，但经历过共患难的一段日子后，彼此之间竟生出真挚的”母子”感情。傅君婥为了保护寇仲、徐子陵，死于宇文化及刀下。两人悲愤之余，立志学好武功，发誓必杀宇文化及，替傅君婥报仇雪恨。

双龙练成《长生诀》初阶，踏足江湖，被魔门阴癸派首徒婠婠探知《长生诀》在双龙身上，遂引来江湖人士的缠扰追杀，险死还生。寇仲和徐子陵非但多次大难不死，《长生诀》内功加上学来的武功招式，武功反而大增。

寇仲偶遇李世民之妹李秀宁，被李秀宁之美貌深深吸引，为了赢得美人归，寇仲决意投效于李阀门下。寇仲透过李秀宁，同时结识宋阀二小姐宋玉致，因性格关系，两人成了斗气冤家，但感情却在不知不觉之中渐渐滋长。

徐子陵方面，邂逅了慈航静斋圣女师妃暄，被其超尘脱俗之气质吸引，却因师妃暄身负圣女身份，不能涉及儿女私情，两人有缘无份。同时，徐子陵被魔门妖女婠婠缠上，婠婠对徐子陵大感兴趣，对其缠绕不休，既为套取《长生诀》及「杨公宝库」所在，亦对徐子陵生出真情，徐子陵周旋于圣女与妖女之间，矛盾重重。

双龙凭当日傅君婥曾带二人至宝库的记忆，以为鲁妙子遗下的线索，悟出了宝库的入口所在。但黄雀在后，宇文化及在双龙打开宝库后，中途拦截，幸好双龙今非昔比，武功比宇文化及高，合力把宇文化及重创逼退。而双龙墈破库中有库，进入到底部的真正邪王墓，以《长生诀》功力打开机关，释放了「邪帝舍利」武功精元，不料同时引动了冰封的邪王石之轩复活，双方争夺舍利，双龙吸了舍利中的七成功力，石之轩得三成，不敌双龙而遁走。同时，柴绍得悉寇仲得到真正的宝库，感到寇仲的威胁，但秘而不宣，向李秀宁施压催婚，李秀宁为家族利益，终下嫁柴绍。寇仲对李秀宁的感情彻底绝望，化悲愤为力量，加上得到「邪帝舍利」缊藏的武功精元，寇仲争霸的野心更大，誓要击败李世民！

但此时杨虚彦为了唤醒邪王石之轩的魔性，不惜暗杀自己心仪已久的师妃暄，子陵誓死保护师妃暄，二人并试图引导石之轩向善，但石之轩终于利用「邪帝舍利」练成魔门高深武学「不死印」，成为正派大患。寇仲斗心日盛，以「邪帝舍利」功力急速提升武功，又行刑苛军法，霸气渐露，子陵深怕寇仲受「邪帝舍利」的影响，走上专横霸主之途，欲助寇仲夺得和氏璧，以和氏璧的正气来抵消「邪帝舍利」的霸气。

双龙查得和氏璧收于静念禅院，与世民为争夺和氏璧，其间魔门中人加入争夺战，师妃暄及李秀宁为免和氏璧落入魔门手中，从中调停寇仲与世民合作，联手对抗魔门中人，结果和氏璧在正邪击战中粉碎，双龙吞下和氏璧粉未，功力大增，击败了邪王石之轩及阴后祝玉妍。寇仲因和氏璧之功力遏制了「邪帝舍利」乖戾之气，变得心境清明，终于接受子陵、师妃暄以及李秀宁的劝说，放弃争霸之心，决助李世民统一天下。