北宋末年，民不聊生。曾为神捕司统领的诸葛正我(林嘉华饰)指望能重掌神捕司伸张正义，奈何奸臣蔡京当道，致令诸葛先生难获徽宗皇帝重用。诸葛先生获徽宗任命，前赴大宋与大理边境送赠古剑给齐王赵昌，诸葛先生带同大弟子无情(林峰饰)前往，诸葛得无情相助，再加上当地的正义捕快，外号铁手(马国明饰)的铁游夏，一宗扑朔迷离的连环凶杀案终于数天内迅速被侦破。铁手欣赏诸葛先生的治世理念，投靠诸葛门下。诸葛先生斗胆向徽宗提出请求，只要协助徽宗寻回大宋的开国宝藏，就让他重开神捕司，徽宗答允诸葛先生所求。此外，外号追命(陈键锋饰)的江湖骗子崔略商因涉嫌杀害爱人小透，面临被处决的命运，诸葛先生欣赏他才能，给他机会重生，终于加入诸葛门下。无情和铁手追查宝藏下落，大连盟盟主凌落石同样觊觎宝藏，故派出武功高强的杀手冷血(吴卓羲饰)狙击众人，双方连番恶斗，本来诸葛先生欲杀冷血以为武林除害，但见冷血并未泯灭人性，于是德报怨救回，冷血答允为诸葛先生誓死效命一年以还救命之恩。

开国宝藏得以寻回，神捕司终获征宗批准而重开。无情、铁手、追命和冷血被任命为司中四大捕快，成为诸葛先生旗下猛将，陆续侦破花石纲官员失踪事件、瘟疫村疯医杀人事件、标局诈欺案、武林帮派孤岛杀人事件等多宗奇案，伸张正义，为民拯命。而诸葛先生与四大神捕的名字也渐渐成为家传互晓的正义象征。但正因为神捕司办案公正严明，不免损害了不少贪官污吏的利益，危害朝中大奸臣蔡京的奸党，故蔡京视神捕司为头号眼中钉，遂跟大连盟盟主凌落石勾结，千方百计暗中打击诸葛先生等人。

凌落石一直企图称霸武林，配合蔡京独揽朝政的野心。落石不断陷害和残害武林正派，蓝天帮帮主蓝破天更惨被害死，其女儿蓝若飞(李诗韵饰)不惜漠视皇法，意图报仇，遂跟神捕司屡生冲突，岂料却因此跟铁手产生一段纠缠不清的感情。另一方面，蔡京还暗中委派女间谍桑芷妍(徐子珊饰)混入神捕司，企图挑拨离间，分化神捕司中人，却因而揭开无情和铁手两家恩怨之谜。诸葛先生陷入冤案，幸而终获平反，四大捕快功不可没，深被朝廷和江湖颂赞，从此人称「四大名捕」。