珠宝店发生械劫案，飞虎队高级督察展瀚韬，指挥队员捉拿匪徒及营救人质。攻入珠宝店内，却发现现场与图则完全不同；瀚韬将新队员俞学礼与邱骏轩编成一组进行严格体能训练。骏轩未能赶上而学礼求胜心切，竟丢下骏轩直奔终点，被瀚韬责备。警员罗永富查问小混混一兵时遭其首领天宇割喉惨死，学礼不听指示，被瀚韬转往当狙击手。庄卓嬅发现杀警疑犯，展开追逐。卓嬅估计犯罪集团计划在隧道内打劫解款车，瀚韬与飞虎队员部署戒备。

翰韬安排营救人质训练，学礼不满被编派当人质；卓嬅收到线报，有人将从大陆偷渡到港打劫。秦森出外购物回家惊见债主临门，为救妻子出手击退各人。翰韬安排荒岛野外求生训练，骏轩与学礼成功找到求生包，却被翰韬等突袭夺去；同时，卓嬅等正追捕秦森。学礼与骏轩在野外追捕模拟「匪徒」，骏轩竟遇上秦森，更得悉他为了替儿子筹医药费而来港犯案。翰韬向卓嬅陈述报告荒岛上的事和秦森资料；秦森与友人打劫珠宝店，与卓嬅等驳火。

秦森等准备潜逃，忽闻儿子秦豹病情突转危，坚持往医院探望。秦森等冒险潜入医院，却不知卓嬅已部署警员及疏散医院。秦森为儿子手术而要求派护士送呼吸仪器到手术室，飞虎队支援队员苏文强自荐；秦森着医生送儿子回病房，挟持文强要警方备车让三人离开。周刊披露了学礼富家子身分，学礼认定瀚韬得悉其出身故意针对，学恩为救男友向父开口借钱但遭拒绝。瀚韬向慧慧求婚，慧慧得知卓源设计一切，竟向瀚韬提出分手，之后再向卓源示爱。

学礼得悉绑匪要求一亿赎金，决定报警但遭母姊反对；学礼向骏轩求助，拟趁学恩交赎金时与他找出藏参地点，瀚韬无意中得知。卓嬅接手世棠绑架案，认为需尽快救出肉参。学礼向瀚韬请辞，瀚韬接受但表示翌日才生效；着学礼跟随行动。学礼带著镜头爬入气槽深入工场，被绑匪发现。骏轩父兄均为警察，其兄骏生升任总督察并获荣誉勋章，骏生关心弟弟是否为了满足父亲期望而勉强加入警队。另一方面，卓源努力令瀚韬与慧慧复合，却愈帮愈忙。

飞虎队野外训练期间无意中砸烂老妇张婆菜田，骏轩留下联络电话。慧慧表示无家可归，求卓源收留，之后被众人发现二人「同居」。树辉趁假期与妻女乘张婆孙儿佳仔所驾的士游玩，树辉接总部来电先下车，佳仔因吸毒影响神志撞车。卓嬅欲从佳仔口中得知贩卖K仔拆家情报，不得要领。骏轩替张婆将错寄的电费单送回酱油厂，发现该处有古怪；卓嬅与瀚韬相信酱油厂有秘道。骏轩前往接替卓源，突接张婆求助来电，不理瀚韬命令赶往张婆家救人。

飞虎队员耀祖介绍功夫迷陈力恒给瀚韬认识，原来二人早已相识。黑帮秉驹欲霸占果栏地盘，在果栏与力恒父陈兴争执，瀚韬赶至化解危机。慧慧失恋醉倒街头，瀚韬带她回家，惹母亲不满。瀚韬与卓嬅见有女子危站天台欲寻死，但卓嬅营救该女子时，竟指要跟她一起了结生命。芷晴到果栏找力恒，遭秉驹调戏及非礼，力恒赶至打败秉驹手下耀威，但耀威不久伤重身亡，警方追捕力恒。力恒接著发现芷晴被杀悲痛莫名，追杀秉驹，被瀚韬制止。

文强虽为后勤支援队员，仍努力不懈锻炼体能，希望有天加入飞虎队；霞姐为免儿子少聪再误入歧途，到酒吧求云超聘请儿子；少聪首天上班便迟到早退且态度恶劣，令宝莲不满。瀚韬与众队员替文强庆祝生日，文强在走廊遭黑帮分子国文调戏；瀚韬更发现少聪跟国文一起。宝莲揭发少聪偷酒吧的钱，云超竟替少聪隐瞒罪行，宝莲愤而离家出走。卓嬅欲向少聪套取国文与其老大亨叔内讧的消息，被云超干预。少聪加入黑帮，被迫成为杀手。

警方接报指有绑架集团欲对投资银行举办的「富二代投资研习团」团员埋手，瀚韬派学礼及继光担任卧底暗中保护。马拉富二代舒子铭常惹麻烦，警方无奈告知子铭绑架集团企图，子铭充耳不闻。研习团的旅游车遭枪击，瀚韬发现同袍徐健康及研习团领队的尸体。学礼与继光随大伙儿让绑架集团带走，学礼担心继光身分败露；子铭、子丽因父亲病重住院未交出赎金，与学礼、继光同被困。学礼家人交出赎金，但学礼获释后趁机制服将匪徒并折返营救。

卓源与瀚韬设计令卓嬅接受心理治疗但无功而回。卓嬅参与中学同学聚会重遇师妹Kary，Kary为临床心理专家，卓嬅放心接受治疗。Kary与朋友打War Game，竟用真人当活靶，令男友世荣忧虑。卓嬅调查气枪杀人案，向世荣套取改装气枪资料，世荣向Kary透露警方已介入。卓嬅服用Kary处方的药物后精神恍惚且有幻听。Kary邮购真枪零件改装后再找真人当活靶。瀚韬对Kary起疑，Kary向卓嬅及瀚韬下毒手。

树辉将再为人父准备调职离队，瀚韬感其继任人剑飞未胜任副主管，遂要求树辉多留一个月。树辉在捣破涉嫌绑架的匪徒巢穴时被手榴弹炸至重伤昏迷；树辉妻阿盈归咎于瀚韬。继培到警署落口供，其保安经理坚成曾担任飞虎队，陪伴左右。瀚韬犯错，日锋将他调任后勤支援。日锋与坚成聚旧，邀请他参观队员受训情况。警方情报科得悉继培从事非法勾当，请坚成当卧底。日锋等按坚成提供资料，于继培交易时拘捕涉案两帮人，过程中双方不断驳火。

卓嬅侦查非法收受外围赌博的巢穴时，有人堕楼身亡。学礼送文强回围村收租，遇文强儿时玩伴邓福齐，福齐投考警察不成，却爱以警察自居维持村内治安。学礼与队员到围村替齐母修葺被村中恶霸搞垮的瓜棚，发现村长儿子有田利用福齐，骗去齐母田地屋契。有田在云超之酒吧调戏慧慧，卓源挺身保护慧慧，惹怒有田。卓嬅调查得知堕楼男子李润秋赢得非法外围巨款，其死疑与有田有关。有田恼怒卓嬅令自己丢脸，挟持齐母来迫福齐枪击卓嬅。

瀚韬与卓嬅一起钓鱼，众人以为二人发展情侣关系。卓嬅接报银行劫匪挟持人质，飞虎队制伏劫匪后，发现女职员身系计时炸弹；另一方面，被疏散的银行职员古德胜突然被手提电话炸死。卓嬅发现德胜为两年前珠宝店爆炸案中的证人，认为两案有关联，并勾起未婚夫邦惨死回忆。瀚韬介绍任职中学教师的电子工程教授启维给卓嬅。未几又有炸弹凶案，卓嬅到启维家中搜查时竟发现邦被炸死的剪报。卓嬅用尽方法向启维施压，却又接报炸弹狂徒再现。

(大结局)瀚韬迟迟未向卓嬅表白，宝莲与卓源等邀约卓嬅吃饭试探。贼王天宇与囚犯打斗后送院，被天宇妻美玲成功劫狱救走。原来美玲挟持城中首富蒋柏尧怀孕的妻子，逼使他窝藏天宇。卓嬅得悉蒋柏尧太太罕有地缺席其慈善基金活动，遂到蒋家查询。飞虎队部署捉天宇但被他发觉，追捕期间，瀚韬险被天宇所杀。美玲受重伤花容尽毁。骏轩获瀚韬推荐到英国深造，向父报喜后被天宇捉走。天宇引瀚韬进入死亡陷阱，更以骏轩逼瀚韬向美玲认错。