「御医」，顾名思义，是专门为中国历代帝皇治病的御用医师。能够成为一代「御医」，本应是从事医师行业者的最高荣誉。然而「伴君如伴虎」，手握帝皇性命安危的「御医」，成功为帝皇驱除百病，固然能够平步青云，万一药石无灵，帝皇不治，杀头大罪亦随之而来，工作如履薄冰！

清朝末年，面对时代洪流，弃旧立新似是当前大势，作为「末代」御医，救得了皇帝性命，却无力主宰国家兴亡！

治慈禧「怪病」　成一代御医

「戊戌变法」失败，光绪被囚于瀛台，慈禧太后再次垂帘听政。北京城内一位医师杜仲（郭晋安饰），生性自负，恃才傲物，对到来求医之达官贵人也不屑逢迎，不时摆出臭脸，却因医术高明反而得到一众权贵青睐。其时慈禧太后(罗兰饰)身染「怪病」，杜仲奉命入宫，凭著敏锐触觉迅速治好之。慈禧对杜仲大为欣赏，破格封杜仲为御医。

「空降」太医院　　救皇帝性命

杜仲进入太医院后，获指派专责宫中奇难杂症，凭著天赋一一拆解「悬案」。其后，杜仲又因揭破皇帝光绪（敖嘉年饰）遭人慢性下毒，得到皇上的信任。杜仲发觉光绪实是有为君主，可惜处处受人制肘，有志难伸，遂设法令他重新振作，自己却不自觉卷入连场政治风暴……

发妻与知己 情义两难全

杜仲当年为报救父之因，迎娶世交残障女儿洪百合(贾晓晨饰)为妻，惟妻子不能生育，杜仲遵从家人和岳父意见纳跌打馆继承人伏苓（杨怡饰）为妾。成亲当晚，伏苓竟与情郎私奔，杜仲眼见伏苓宁死不屈大为感动，写下休书成全二人。惜伏苓南下广州后遭情郎抛弃，继而投身革命行列，从事情报工作。

伏苓奉命返回京城，与杜仲重遇，因经常上门为其妻百合按摩推拿而成为好友。伏苓觑准杜仲的御医身份，经常出入皇宫，遂利用杜仲穿针引线，借着与杜仲合力医病，与潜入宫中收集情报。二人合力破解了不少「医案」，日久生情……

随著八国联军攻入京城，杜仲和伏苓历经生死，终确认彼此深情，惟伏苓深怕革命党员身份祸及杜仲，只得按捺爱意。然而纸始终包不了火，伏苓身份终被揭开，杜仲内心挣扎。同时，革命党人为免杜仲揭露秘密，竟命伏苓杀人灭口……