故事背景是明未清初，根据野史及民间传说改编而成，大致以反清复明为故事骨干。讲述十三妹原名何玉凤(黄杏秀)，自被朝廷抄家之后，经历祸患，一改以往的佻皮性格，处事果断。一次劫法场，连伤十三斧手，但终不敌受伤，被九难师太(李琳琳)救走，因此被称为十三妹。另一忠臣安大人(陈有后)也遭抄家，只有其子安龙飞(汤镇业)逃出生天。十三妹与安龙飞是青梅竹马，终结伴逃亡。众人路上巧遇逃婚双格格(翁美玲)，九难师太洞悉双格格乃康熙之胞妹，欲藉行剌康熙，双格格不懂世情，身份已被悉破。