航班上乘客心脏病发，中医师辜清劲出手相救。程嘉应晋升为公型中医诊所的中医服务主任，要负责聘请新一届进修中医师；怎料在面试日重遇前男友清劲……清劲小时候患有哮喘，向嘉应之父程安生求诊。两人从小认识，曾发展成情侣……后来，清劲离港义诊。面试时，两人因对中医价值观不同而唇枪舌剑。一名等候中的应征者突然癫痫发作，应征者中只有袁丝丝、路远志和唐韶光主动上前协助。清劲要施针急救，嘉应阻止清劲……

嘉应翻查疑似骗药材的患者病历时发现有异，到其工作地点劝他就医，竟再遇清劲……清劲希望与嘉应重拾友谊，嘉应拒绝，称两人已是陌生人。清劲、远志、丝丝和韶光成为新一届进修中医师，被分派到不同岗位。清劲被分派到登记处，却不认同中心的规矩；丝丝对在药房做打杂大感不满，私下与被派至治疗室的韶光对调工作。清劲跟诊时向病人解释病情，嘉应却指他剥削其他病人看诊时间。清劲质疑嘉应所开的药方过于谨慎，两人再爆发口角……

清劲私下开危险药材予病人，并为其煎药，嘉应不满清劲擅自更改药方，两人再发生口角……清劲和韶光跟诊，嘉应着二人诊断病况，两人回答不同，嘉应判断与清劲相同。韶光不解，与丝丝讨论，并向清劲请教。惟清劲不直接给予答案，丝丝不满其态度。面瘫小童张颖芯不愿进行针灸，得清劲耐心安慰才愿意接受治疗。丝丝偷偷在外兼职中医被远志发现，其间她不小心跌伤尾龙骨……颖芯某次覆诊遇上嘉应，清劲只好硬着头皮提出跟诊要求。

颖芯之母想颖芯接受外展治疗，嘉应指服务不适用于颖芯。嘉应知清劲必定私下医颖芯，默许此事。颖芯的父母因颖芯面瘫之事争吵，颖芯失控尖叫。颖芯面瘫情况恶化，其父到中心投诉。中心经理伍永霖决定息事宁人，嘉应警告清劲不要自把自为。路玉麟和林杏湖两大名医是远志的祖父母，远志却骗二人，称自己在广州读中医硕士；丝丝因跌伤尾龙骨到路林医馆求医，玉麟要远志为丝丝正骨……嘉应、清劲一同见颖芯，发现其面瘫情况严重……

丝丝、远志到医院中西协作病房帮忙，惟他们只需向病人收费和起针，丝丝有感未能一展所长。丝丝为病人起针，发现少了两支针……两人遇上韶光之父唐泽明，他是医院护士长，言谈间更讽刺中医于医疗界地位低下。清劲、嘉应发现颖芯走失的鹦鹉，通知颖芯一家接回，怎料鹦鹉受惊飞走。颖芯父母再吵架，颖芯哭着请二人停止，嘉应指两人争吵正是颖芯面瘫好不起来的原因。嘉应想起童年时，因她想帮清劲外婆田雪娟还钱，导致父母天天争吵……

第三年进修中医师彭晴望遇上毒瘾少女麦宝，麦宝不愿看诊，更将自己锁在天台。晴望看穿麦宝窘境，为她准备了一套干净衣服。远志和韶光发现丝丝私下替非中西协作病房的昏迷病人施针。清劲的师父段战华来港开讲座，嘉应与清劲到场帮忙……嘉应谦虚向战华请教脉诊，战华要清劲教嘉应。嘉应接受清劲教学，两人关系渐渐缓和。远志和丝丝为昏迷病人针灸时意外被撞破，泽明当众发难指责他们私自进行治疗时，病人突然恢复意识……

众人害怕被嘉应追究责任，未料她只是提醒下星期是出科试，不合格者不能开诊。远志在路林医馆，遇上丝丝之母求医。嘉应继续接受清劲的脉诊训练，两人因相处牵引旧情……清劲回想当年嘉应曾提及后悔读中医，自责阻碍其前路。韶光出科试失败，泽明得知后忧心其将来，希望她换跑道；嘉应的师兄张镌祺出现，以自身做例子证明中医有钱途。泽明要求韶光补考合格，否则要辞职转行。嘉应着韶光思考中医可会适合她，清劲更觉嘉应后悔读中医。

韶光终通过补考，她为了不依靠家人，决定搬离泽明的单位，远志提议韶光与丝丝暂租住青年旅舍。麦宝覆诊但态度不合作，晴望误会她恶习未除，麦宝受屈离去……清劲收到病人指名预约更获升职，晴望因而失去升职名额。清劲提出拒绝升职，却被嘉应指称离地。永霖要嘉应加开一科中西协作病房，有机会让晴望留任。嘉应、清劲与新中西协作负责西医开会，对方提出各种限制中医治疗的规矩。清劲偶遇生父成家杰；嘉应发现女病人关颖璇企跳……

嘉应为救人堕楼，留院观察。嘉应、清劲在医院梯间发现痉挛发作的颖璇。丝丝意外得知远志追求自由，向家人讹称在广州读硕士。远志请求丝丝不要揭穿他，丝丝同意守密。嘉应和清劲劝服颖璇接受中西医协作治疗，以控制痉挛病情。远志告诉丝丝，她的母亲曾因脚伤到路林医馆治病，更指其母可能患上柏金逊症。丝丝发现母亲为替她赚学费，身兼数职导至颈部劳损，内疚自己太专注工作而忽略家人……远志安慰丝丝要爱得及时，丝丝感悟。

丝丝决定搬回老家。清劲为颖璇诊症，嘉应怀疑颖璇脑内有血管瘤，提议西医成子谦为颖璇照MRI，子谦指责嘉应越界。嘉应行为反常，清劲找镌祺打探原因。嘉应向清劲说出当年帮不到好友令她很后悔，更质疑自己不是一个好中医。颖璇确诊脑内有血管瘤，但位置接近脑干而不能动手术切除。嘉应感叹颖璇和当年好友病情一样，害怕医不好颖璇，清劲鼓励指嘉应已和当年不一样。几经努力，清劲和嘉应终找到医治颖璇的方向，但遭到西医的阻止。

颖璇肝酵素飙升，未有证据显示与中药有关，惟所有中西协作项目被暂停。嘉应和清劲探望颖璇，遇上其主诊医生方奕菲……家杰认出清劲是其儿子，忆起当年往事……医院召开会议，奕菲要求涉事中医引咎辞职。嘉应有感于现行西医主导下的体制内，中医无力反抗，决心辞职。韶光、丝丝和远志从泽明口中得知颖璇肝酵素飙升或与西药有关，想为中医和嘉应讨回公道，怎料奕菲无意澄清。众人越想越不服气，决定一同辞职。

众人辞职，但发现前路茫茫……嘉应、清劲和晴望决定一起开中医诊所，丝丝、远志和韶光也决定入股，六人开办「六君子」中医馆。清劲遇上当年在泰缅义诊时教过针灸的青年班汉，班汉是中医学生，因崇拜清劲而加入医馆帮忙；医馆顺利开张。麦宝毒瘾发作找上医馆，丝丝问诊，麦宝却摆出不愿合作的态度，被丝丝数落一番。麦宝不堪受辱夺门而出，及后遇上寻她多时的晴望，晴望向麦宝保证这次一定会帮她。麦宝被晴望言行感动，终相信他。

晴望让麦宝暂住青年旅舍，众人亲切，麦宝感窝心。医馆生意不似预期，丝丝提议拍片作网上宣传，但成效一般。嘉应建议丝丝三人与晴望一同为志愿机构作青年戒毒治疗，吸毒青年的出现却引起其他病人恐慌。晴望替麦宝作戒毒治疗，又送盆栽，希望她坚持戒毒。嘉应提议将戒毒服务转为外展，班汉大为激动，指责嘉应带头歧视戒毒人士。嘉应向清劲询问班汉背景，清劲不想多说。嘉应主动找班汉道歉，得知他在泰缅的经历，及清劲的医者仁心……

嘉应为避雨留宿清劲家中，之后两人关系变得暧昧。清劲藉工作约嘉应到二人当年交往曾去过的餐厅，嘉应暗自期待……名人卫迅贤邀清劲为他和其妻孙娜娜医治不孕。丝丝劝远志表明路家传人身分以增加客源，远志拒绝。王一宇与苏敏嫣结婚多年，但敏嫣多次流产，希望嘉应为她医治不孕。清劲感悟不是所有孩子都于父母期盼下出生。母亲施玉玲质问嘉应，她可会是跟清劲复合，更道出当年嘉应的父亲程安生，对清劲的母亲辜晓瞳有所愧疚……

远志以玉麟传授的手法治疗骨伤患者，风评甚佳。韶光向日本大师求学啪骨。嘉应为敏嫣调理身体，为人工受孕做准备。清劲为娜娜医治不孕，但迅贤缺席……丝丝提出保障医馆建议，清劲认为医师应将病人安危放于首位而非自保。麦宝因经痛致电晴望求助，晴望在医院抛下母亲韩纹希，赶至麦宝的院舍看望，麦宝心甜。娜娜与迅贤、敏嫣和一宇两对夫妇分别成功成孕，四人满心欢喜多谢清劲和嘉应。然而，数日后娜娜作小产，向清劲坦承曾流产……

迅贤责怪清劲护胎不力，娜娜感激清劲为她守密，在迅贤面前力保清劲……远志以路林医馆招徕生意，被表姐辛之桃发现，她答应替远志隐瞒。丝丝加入镌祺的诊所挂单。嘉应感冒发烧，清劲欲赶往照料，特意到镌祺的诊所拿取嘉应家锁匙。镌祺质问清劲以甚么身分照顾嘉应，清劲指他会向嘉应亲自交代……清劲带粥到嘉应家，更向嘉应深情告白多年来的真心，但明白嘉应仍在病榻，着嘉应不需立即给他回应。嘉应主动吻向清劲……

镌祺看出嘉应、清劲尚未复合。清劲上门为娜娜安胎，遭迅贤不礼貌对待……清劲为娜娜苦思良策，嘉应为清劲舒缓情绪，气氛暧昧。嘉应欲向清劲坦白秘密，未料娜娜来电求助。迅贤被拍到出轨证据；娜娜出现小产征兆……娜娜、迅贤开直播，娜娜当众指责迅贤出轨，众人哗然。迅贤怪罪清劲，更发出律师信，令医馆口碑和生意一落千丈。镌祺见嘉应为医馆生意烦恼，介绍嘉应到商场义诊，又帮众人推销保健药品，清劲见状自惭形秽。

纹希找上医馆，要收回市值租金。纹希直指她有癌症，要求晴望离职陪伴，但晴望坚决不从。清劲为挽回业绩，向镌祺请教如何吸客。远志决定向玉麟和杏湖说出真相，希望能以路家传人的身分帮医馆增加业绩……清劲意外从玉玲口中得知其母曾喝堕胎药一事，无法接受母亲的选择，更指他不会容许亲生骨肉受伤害。嘉应下定决心与清劲划清界线，清劲不解。麦宝向晴望表白失败，更被其出狱的父亲强行掳走，晴望想追回麦宝，却突然倒地不起。

远志将搬回家，丝丝劝他不要为义气牺牲亲情。杏湖到访医馆，见光顾的客人竟都是来瘦身、追星，对远志感失望。晴望接麦宝出院，麦宝指责晴望失约令她遭遇事故。嘉应不忍清劲为保医馆改变其行医原则，清劲却不愿放弃医馆和嘉应。清劲在泰缅义诊的旧照片中意外瞥见嘉应身影，借词要向嘉应拿回当年遗下的医书。嘉应不疑让他自行拿走，不料连录音机也被取走。嘉应欲阻止清劲收听当中录音，但来迟一步，清劲终于知悉她一直隐藏的秘密。

清劲梦见他没去义诊，与嘉应组成幸福家庭，醒来后悔不已。晴望为令麦宝重拾对人生的希望，辞去医师工作陪伴她，两人愉快约会。麦宝得知她的照片没有外流，并一直明白晴望的好意。麦宝偷吻晴望后，作最后告白……众人得悉晴望近日反常的原因，决定装作不知情。纹希同意让晴望回医馆应诊；晴望坚持工作，与大家欢笑玩闹。晴望重回与麦宝约会之地，实现两人的承诺……众人投暗票决定医馆的未来，最终以大比数解散医馆。

医馆结业，镌祺向嘉应表白多年爱慕之情。远志回归路林医馆；韶光和丝丝转投镌祺的诊所工作，韶光更因啪骨有成，业绩比丝丝好。嘉应回教研中心任职高级中医师；清劲选择当游牧中医，日间驾着电单车到处看病，晚上则义诊。镌祺对丝丝的业绩感失望，丝丝感压力。嘉应到公立医院中西医协作中风复康病房工作，泽明带来一位新病人，嘉应细阅病历后认为病情适合中医治疗，正式接收病人诊治，未料及后遇上病人心脏病猝死……

嘉应就病人猝死接受调查，暂时被停职。嘉应向清劲说出心底话，个中包括身为中医师却不被社会信任及被质疑。清劲有感而发，请战华帮忙成立非牟利中医机构，更透过班汉邀请嘉应一同义诊。远志由玉麟和杏湖陪诊，但远志的表现令两老失望。远志向丝丝与韶光吐苦水。远志和丝丝酩酊大醉，情愫流转……嘉应于义诊期间见到贫苦小市民的疾苦。雪娟发生意外昏迷不醒，清劲想为她施针，但因程序问题被医院拒绝，清劲顿感无力，幸得嘉应鼓励。

远志、韶光喝醉的丑态被班汉偷拍上传群组，丝丝见两人亲密照感妒忌……清劲、嘉应和战华商讨雪娟病情，清劲得知只有在休假中的家杰，有能力为雪娟做手术。远志发现玉麟患上柏金逊症……清劲求家杰为雪娟做手术，却被拒绝。嘉应察觉家杰有异常；清劲猜出家杰因头晕目眩而不敢动手术，请求家杰给他一个机会证明中医学的成效，家杰勉强答应。丝丝出任湿诊大师的针灸助理，意外发现他使用类固醇针。丝丝向镌祺报告，镌祺却要她守秘！

丝丝发现远志与韶光行为鬼祟，顿时醋意大发……清劲替家杰医好怪病，不料雪娟身体对麻醉药过敏。清劲等提出以针刺麻醉做手术，但被家杰一口拒绝。丝丝见病童因类固醇针而产生强烈后遗症，顿感不安……清劲邀请众人一同参与由他创建的非牟利中医机构。清劲为雪娟争取针麻手术，但中西医协作手术的会议突然被取消，原来有记者抹黑嘉应，更翻出安生行山中风身亡之事大造文章，令嘉应陷入无力与自责，身体也出现毛病……

(大结局)死因聆讯当日，清劲到嘉应家，竟发现她昏睡不醒……玉麟和杏湖发现远志压力过大，忆起当年远志之父因不想承继医馆而离家出走。两老如今想放远志自由，远志大惊；远志及后醒悟传承路林医馆的方法，恳求杏湖和玉麟再给他一次机会，两老首肯。清劲从嘉应的录音了解到她一直承受的压力与痛苦，清劲带嘉应到安生行山出事地点，要她面对心结……嘉应出席死因庭聆讯，家属猛烈指责，情况对嘉应不利，嘉应选择亲自盘问证人……