明末崇祯年间，宦官曹化淳权倾朝野并勾结满州，昭仁公主派人行刺淳失败，淳义子左云苓献计，将行刺之事嫁祸予史可法，藉握有仁把柄逼祯下旨杀法。新科状元周世显斥淳诬蔑法而下狱，长平公主施缓兵之计，伺机铲除淳。

左云苓奉旨前往南京杀史可法，途中发现长平派人携密旨欲与法会面，于是加以阻挠，并赶往向法宣旨赐饮毒酒，法无奈遵旨，幸袁崇焕之子若飞出手阻止，并击退苓。飞上京报父仇，途中遇吴三桂抢马，飞知原委后慷慨赠马。

松山军情告急，吴三桂求见曹化淳派兵支援不果。松山失陷，洪承畴被满州多尔衮俘虏。桂带来名画孝敬淳，却得悉松山失陷，于是怒杀太监后逃亡，淳派人追捕，桂不支晕倒为昭仁所救。淳要仁交出桂不果，急召左云苓回京。

多尔衮为洪承畴拒投降而心烦，清太后施美人计令畴归顺。长平痛心畴变节，周世显指责曹化淳是罪魁祸首，于是平与显计划引淳出宫，于寺庙埋下炸药炸死淳。吴三桂答谢昭仁救命之恩，睹仁美貌，一见倾心，令桂梦萦魂牵。

曹化淳被周世显派去之乐师柳敬亭说服出宫，在前往寺庙途中，淳遭昭仁行刺，但仁事败，幸为袁若飞所救，仁芳心暗许。长平召回显告知仁之妄动，显慨叹错失杀淳良机。左云苓利诱飞，飞假意答应为淳效力，却暗中行刺淳。

袁若飞欲杀曹化淳，却误捉与淳勾结的满清德亲王，飞将德及搜出的密函交予长平；平在朝堂上与淳对质，淳否认卖国并杀德灭口。左云苓劝淳与李自成合作，以收渔人之利。昭仁以颜无双逼飞相见，飞被平的学养及风姿吸引。

崇祯要为长平及昭仁招驸马，仁属意袁若飞，于是邀飞出席其寿宴以试探口风，吴三桂此时才知仁喜欢飞，顿感心灰意冷离宫。飞于宴席上抚琴，借曲向平示爱，平虽心仪潇洒俊逸的飞，但知仁心意，惟有以琴声回绝飞的爱意。

袁若飞为阻止吴三桂出家，谎称昭仁喜欢他，桂满心欢喜往找仁，方知被骗。左云苓知李自成麾下猛将刘宗敏好色，特意献上长平、仁画像，哄敏劝成与曹化淳合作。桂奉仁命捉飞入宫相见，飞不欲为难桂，于是入宫却再遇平。

长平与周世显游说袁若飞合力杀曹化淳，平允事成后为飞父翻案并昭告天下。左云苓施美男计接近李自成之女兰芝，芝为苓引见，成答应与淳合作。显、飞练剑，平旁观以找出淳之死门，突感不适，显、飞大为紧张，昭仁呷醋。

袁若飞为长平开出救治药方，崇祯承诺杀死曹化淳后，为飞父昭雪沉寃。昭仁得知飞与周世显行刺淳失败被困，命吴三桂速去救人，桂成功救出二人，并猜出淳之死穴。淳决提早造反，却传来被封为摄政大臣，淳不虞有诈中伏。

袁若飞破曹化淳的死门，终手仞仇人，吴三桂亦歼灭淳余党，崇祯却以无真凭实据为由，搁置为飞父翻案，飞不悦。左云苓以淳的叛国证据，收买守城太监王相尧，著他将证据呈献皇上以得赏赐，又利诱尧作李自成攻城之内应。

崇祯欲招袁若飞为长平的驸马，使飞效命朝廷，左云苓施计挑拨，令飞要杀祯为父报仇，平哀求飞放过祯，飞答允并入宫赴宴。祯于酒中下毒，飞误会平与祯串谋，昭仁得知飞中毒，即救飞离开皇宫。苓趁机著李自成起兵攻京。

崇祯担心李自成攻京，即借比武选驸马为名，以招揽武艺超群者为朝廷效命。刘宗敏垂涎公主美色，偷偷入京参选，却败给假扮头陀的袁若飞。飞胜出后举剑杀祯，周世显、吴三桂拦阻不及，长平即扑出为祯以身挡剑，飞愕然。

袁若飞刺伤长平后逃离，却遇刘宗敏纠缠，要跟飞再较高下，敏输得心服口服，二人结义为兄弟，飞随敏回李自成军营。崇祯采纳六安真人之计，假传平死讯，引飞自投罗网。飞中计被擒，周世显奉命杀飞，但暗中设法营救飞。

周世显知崇祯派人监视他，于是将长平给他的假死药，要袁若飞服下，再秘密将飞送至柳敬亭家养伤。出使满清的周宝伦无功而还，并指多尔衮要祯派出皇族为使，方启和谈。左云苓得知平将出使满清，潜入宫中杀平为淳报仇。

左云苓要杀长平，袁若飞出手相救，苓以飞未死之秘密换取脱身。周世显不忍平往苦寒之地，愿假意与平结婚，以驸马身份代平出使。崇祯将昭仁许配吴三桂，并封桂为大将军，镇守山海关。飞送独弦琴给平试真情，平退回琴。

昭仁得知袁若飞未死，与两侍婢至迎香阁找飞不果，转往李自成的军营，途中却被刘宗敏擒获。敏见仁貌美动色心，但得知仁是飞之救命恩人，又误以为仁是飞的未婚妻，即力保其安全。吴三桂潜入成军营挟持李兰芝以交换仁。

吴三桂挟持李兰芝，昭仁赶至，命桂放了芝并自愿留下，桂无奈回宫复命。长平求袁若飞救仁，飞回李自成的军营后，刘宗敏竟擅作主张，欲撮合仁、飞婚事，于是向飞灌酒，岂料飞酒醉三分醒，拒与仁成亲，仁羞愤自杀身亡。

吴三桂得知昭仁死讯，大受刺激，神智不清。周世显出使满清，洪承畴要显换上满服方可见多尔衮，显宁抵冷亦不从。长平得知靖国公田继东府中，有一歌姬陈圆圆貌似仁，即请旨要东交出圆。显为见衮，遵从要其牧马的要求。

昭仁死后，聂小倩与费贞娥随袁若飞留在刘宗敏的军营，左云苓趁机接近倩，倩芳心暗许。苓骗倩偷去飞宝剑，再用此剑行刺李兰芝并嫁祸飞。芝大难不死，李自成欲查问飞，却见飞爤醉如泥，宋献策觉事有蹊跷，决追查真相。

陈圆圆答应长平假扮昭仁，助吴三桂治愈心病。田继东闯吴府欲抢回圆，并伤桂，平要斩东，田妃赶至救弟，原来平只是对东小惩大戒。周世显救了多尔衮之女端格格，得端引见，显向衮陈述形势与利害，衮答应考虑与明议和。

吴三桂康复并得知陈圆圆的真正身份，爱上了圆，圆亦欣赏桂之痴心情长，二人共谐连理。崇祯告知长平，周世显与清已签订和约，但为巩固边关军力，命桂镇守山海关。圆与桂新婚燕尔，但皇命难违，圆连夜赶制战袍送别桂。

端格格的未婚夫阿巴泰见端与周世显一起，大动肝火，要挑战显，显技胜一筹，多尔衮为安抚泰及显示清之风度，放显回明。长平得知李自成将攻打京城，柳敬亭请缨游说袁若飞杀成不果。成下令发炮攻城，崇祯慨叹天亡大明。

崇祯赐毒酒予众妃嫔，又著六安真人与长平带太子逃离京城，图谋复国，祯写下罪己诏后，于煤山自缢身亡。左云苓要将祯碎尸万断，袁若飞阻止。周世显从吴三桂口中得知京城境况，悲愤不已。六安不怀好意，平处境堪虞。

长平嘱咐皇弟往扬州找史可法，自己则对付六安真人，可惜被六安制服，六安垂涎平美色意图不轨，幸为东海神尼所救。周世显誓言手仞李自成，以报国仇家恨。平万念皆空，决定拜尼为师，尼却要平背出师门的心法才答允。

周世显行刺李自成失败被擒，宋献策劝显归顺不果。长平背出部分经文，令旧病痊愈，尼答应收平为俗家弟子。左云苓虽成为驸马，却失去兵马大元帅之位，心有不甘。罗虎在周钟家搜括不到钱银，绑钟游街示众，策著虎收手。

聂小倩告知左云苓怀有其骨肉，并要苓助她救周世显，苓给倩通行令，却暗中通知罗虎。倩与费贞娥救出显时遇虎，双方大打出手，苓竟暗放飞刀杀倩。周钟因女儿探监时被狱卒污辱，慨叹为官清廉却落得如此下场，愤而自杀。

吴三桂、刘宗敏两军在山海关对峙，多尔衮知桂的粮草不足，乘机派使者劝桂投靠满清，联手对付敏遭拒。罗虎到吴府搜括财物，垂涎陈圆圆美色，要娶圆为妻；费贞娥以移花接木之计，助吴家逃出京城，临行前向周世显表白。

费贞娥代陈圆圆嫁虎，成亲时趁机杀虎不果，与虎同归于尽。周世显与圆等人逃离京城，显为找长平，与众人分道扬镳找史可法帮忙。圆与吴三桂父母被刘宗敏擒获，敏见圆貌似仁，并得知圆为桂妻竟迫婚，更斩桂父逼桂投降。

吴三桂父被斩，桂怒不可遏，决定夜袭刘宗敏，岂料遭副将出买，中了空城计，损兵折将。敏借酒意闯入陈圆圆帐营却醉倒，圆施计找柳敬亭帮忙保贞节。袁若飞找到东海神尼，得悉长平已下山。平重遇皇弟却遭雌雄公子暗算。

长平与雌雄公子大打出手，阴阳教主来至，把受伤昏倒的平带返教坛。多尔衮借粮草给吴三桂，让桂与刘宗敏自相残杀，欲收渔人之利。李自成知周世显组军对付他，左云苓请缨出战遭宋献策阻，苓不满杀策。平与皇弟终重逢。

吴三桂派亲兵潜入刘宗敏军营，欲将信交给陈圆圆，却被敏截获，并冒圆之名回信给桂，指她已移情别恋，桂大怒，誓报杀父夺妻之仇。长平与弟欲离开阴阳教，雌雄公子施计，逼平与教主结婚；袁若飞得知此事，向教主挑战。

袁若飞杀死阴阳教主，却中了阴阳掌，不支倒地，长平带飞至皇陵躲藏疗伤。李兰芝陪李自成往请陈圆圆劝吴三桂不要降清，二人离开后，左云苓出现欲对圆意图不轨，被折返的芝撞破，苓杀芝灭口，并盗取玉壐后，逃出城外。

长平为救袁若飞，不惜肉帛相见，以内功为飞疗伤。吴三桂为报杀父之仇，夺妻之恨，向多尔衮借兵剿刘宗敏，并答应衮让洪承畴为主帅。左云苓投靠满清，向衮献上玉壐，衮封苓为侍卫都统。桂引清兵入关，李自成全军覆没。

刘宗敏与李自成被清兵追捕，相约破庙会合，成至破庙遇周世显，清兵追至，二人合力撃退清兵，成弃剑，显却放过成。柳敬亭在多尔衮面前唱歌骂清及吴三桂，被挖双目。陈圆圆得知桂已降清，坚决离开桂，并以余生照顾亭。

李自成不慎跌入捉老虎的陷阱，自觉气数已尽，以剑自刎。左云苓左右逢源，分别为太后和多尔衮监视对方。周世显遇上宝儿，随宝回皇陵，见长平衣衫不整，误会平与袁若飞有染而离去。显欲杀衮，却救了险被污辱的端格格。

周世显杀多尔衮不果被擒，端格格劫法场救走了显，衮却出告示指显已正法。长平以为显已死，顿觉生无可恋。衮手握兵权，太后为保儿子帝位，不理叔嫂名份，答应下嫁衮。左云苓救出井下怪人江香生，得生传授蛤蟆功。

长平一心求死，东海神尼假意成全，平服药后呈假死状，袁若飞以为平已死，遵平遗托护送太子找史可法扶助复国。左云苓得「先天罡气」秘笈，并学会吸龙大法，将江香生之功力据为己有。多尔衮命人寻端格格、周世显下落。

长平昏睡多日醒来，东海神尼将一身武功传给平。袁若飞被左云苓之毒蛇咬伤，飞为保命自断右臂；宝儿欲施调虎离山之计，引开苓却失手被擒，飞趁机带太子逃去。周世显与端格格中了元颜文沾和铁木燕妮之计，显被囚天牢。

袁若飞将太子交史可法后，隐姓埋名寄居石大嫂经营的客栈。长平奉师命救出周世显及宝儿，但不准平与显相认。多尔衮命左云苓捉显和宝，苓落脚于石之客栈，并发现两人行踪，苓遂派手下于夜里迷魂两人，却被飞暗下杀手。

左云苓计划刺杀史可法，并决定于王员外设宴上动手，但被袁若飞得悉，暗中破坏，铁木燕妮行刺失败被捕。清兵围困扬州，法拚死守城。苓向多尔衮献计，利用端格格捉周世显，继而引法出城，将法杀死，扬州便可不攻自破。

周世显应端格格之约至客栈，左云苓早已埋下伏击，刚巧袁若飞砍柴回来，将苓打退。端偷出宫至史府找显，却被误作奸细，遭乱箭穿心，临死前告知显，多尔衮将下令发炮攻城。显与史可法往求飞带太子逃出扬州城，飞答应。

袁若飞成功带太子逃离扬州城。扬州失守，史可法奋战到底，可惜终被左云苓擒获，法宁死不降，并说出端格格的死讯，多尔衮怒极下令杀法及屠城十日。周世显受重伤，得石大嫂及村民舍命送出城外，并得张伯父子两番相救。

张伯父子为救周世显被清兵杀死。长平听闻扬州失守，担心皇弟安危，下山打探。左云苓发现袁若飞、宝儿及太子行踪，趁飞不在时欲捉太子，宝奋力保护，终被苓杀死，飞悲愤。柳敬亭与陈圆圆生活贫困，卖唱维生，重遇平。

太子被元颜文沾和铁木燕妮捉去，长平与袁若飞尾随救人，妮被飞打伤，左云苓假意救妮却吸去其功力，又哄骗沾将功力转移给他。吴三桂在客栈找到陈圆圆，时周世显也在，显即刺杀桂惜失败被擒，圆要桂释放显，并拒复合。

周世显晕倒维摩庵前，长平与师姐妙清将显扶入庵内疗伤，平告知清一切，著清勿让显知其未死之事。柳敬亭与陈圆圆四处躲避吴三桂，偶遇田继东，东邀二人回家暂住，其实东欲将圆占为己有，更用计骗亭离开圆，伺机杀亭。

柳敬亭遭田继东仆人杀死。东海神尼指左云苓练成先天罡气，著长平带同可克制其武功的玄寒剑找袁若飞，合力对付苓。吴三桂得悉东奸计，带走陈圆圆，但圆决意离开桂。平携剑至维摩庵，嗜剑如命的妙清，竟将剑偷龙转凤。

袁若飞与长平联手对付左云苓，苓将玄寒剑打断，并捉了飞，平负伤逃回维摩庵，妙清此时才知因一己之贪欲，铸成大错，遂自刎以赎罪。东海神尼不顾身体抱恙，决定与平往救飞。陈圆圆没有足够银両付面钱，鸨母乘虚而入。

陈圆圆欲自尽，鸨母阻止并诱骗圆至妓院接客，圆遂讹称患痲疯病，才逃出生天，后得戏班班主收留。东海神尼年老体弱终圆寂，长平在墓前遇上周世显，平即逃，显几经辛苦，平才肯与显相认。袁若飞将被生葬，显急谋计策。

（大结局）长平为救袁若飞，答应多尔衮与周世显举行婚礼，但要衮释放太子及飞，并将先帝葬入皇陵；显与平将内力传给飞以对付左云苓后，大婚日二人服毒殉国。飞不负所托，将苓杀死。陈圆圆演出禁剧时，遭吴三桂杀死。