诸葛亮受本静大师所托，解救其寺院灾劫，揭破寺院的玄空勾结黄巾贼郑富拐带童男童女。诸葛亮助被拐女童寻找家人，期间两遇拒嫁周瑜而从东吴逃至荆州的小乔。诸葛亮返回刘表府第，兄长诸葛瑾不满刘表只知拥兵自重，主张投效孙策，叔父诸葛玄反对。刘表之子刘琦与诸葛亮谈论时局，路上邂逅李芷兰，一见倾心。刘琦提议起兵勤王，诛杀曹操，刘表反对。小乔毁坏周瑜的琴，遭其教训，时碰见诸葛亮，谎称遭周瑜轻薄，令诸葛亮与周瑜交手。

小乔趁诸葛亮与周瑜交手之际逃走，遇玄空和郑富，被二人打伤。玄空二人欲对小乔不轨，诸葛亮出现吓退二人。小乔对诸葛亮隐瞒身分，并得其暂时收留在刘府养伤。周瑜担心小乔下落，时鲁肃奉孙策之命到荆州，要周瑜带大乔回东吴。诸葛亮和小乔互相欣赏。刘琮觊觎小乔美色，自夸文才武略更胜诸葛亮，却遭小乔打败。周瑜得知小乔下落，到刘府向刘表要人，与此同时，黄巾贼首领孟获因诸葛亮破坏他捉童男童女之事，找其报仇，把小乔掳走。

周瑜要刘表给他兵马救小乔遭拒。孟获把小乔带回黄巾岭，还禁止手下对付她。孟获对周瑜否认捉了小乔，并诬蔑诸葛亮与小乔有暧昧。周瑜急回东吴，诸葛玄猜想他要率领大军向刘表兴师问罪，讨回小乔。孟获要刘表以二十万両银及诸葛亮来交换小乔，刘琮和蔡瑁借此摆计令刘琦上黄巾岭救小乔，结果刘琦被孟获打下山崖，刘表悲痛，但为顾全大局，仍无奈与孟获交易，事后孟获却食言。孟获与诸葛亮比武，诸葛亮不敌，与小乔被一蒙面人所救。

蒙面人张宝救出诸葛亮和小乔，却拒绝向二人透露姓名。小乔向诸葛亮坦言不喜欢周瑜，提议两人私奔，诸葛亮因不欲夺人所爱而拒绝。刘琦获芷兰兄长李典伟救起，并托他带信通知诸葛亮。刘琮发现刘琦未死，派人假扮黄巾贼欲将其杀掉，诸葛亮及时相救。典伟兄妹的家遭烧毁，刘琦和诸葛亮邀二人到刘府暂住。刘表得知刘琮陷害刘琦之事，对刘琮明言不会废长立幼。小乔离开在即，给诸葛亮送赠香囊。周瑜带大军接小乔回东吴，诸葛亮不舍目送。

张宝为让诸葛亮忘记小乔，给他一本秘笈。诸葛亮看著小乔的锦囊，睹物思人，于是拿起秘笈学习。刘琮和刘琦先后邀芷兰参加百花会，芷兰盛装出席，刘琦目睹她与刘琮举止亲暱。石广元负伤到刘府，适时三名曹操密使闯进百花会捉拿密谋行刺曹操的钦犯，诸葛亮猜出事件与刘琦有关。诸葛亮从广元身上的密函得知皇帝密诏杀曹操，决尽一分力，并邀张宝参加刘琦的英雄大会。会上，张宝被认出是黄巾贼首领，刘琦遭其误导，以为诸葛亮出卖自己。

刘表发现刘琦窝藏广元，决把广元押送许都，交给曹操，并软禁刘琦。刘琮利诱诸葛瑾把刘琦救出，带他营救广元，冀利用曹操密使除掉刘琦。曹操密使押送广元，诸葛瑾带刘琦救人，却发现刘琮出卖自己，遂与刘琦二人把密使杀掉，并一起往许都诛杀曹操。诸葛亮拒拜张宝为师，后在锦囊发现小乔相约见面的字条，为了前往东吴赴约，答应与小乔成亲当日拜入张宝门下。周瑜施计不让诸葛亮与小乔见面，小乔因等不到诸葛亮，欲自尽，被周瑜阻止。

张宝向周瑜下战书，孙策请鲁肃邀黄承彦帮忙。诸葛亮不满张宝，与之分道扬镳，并坦言从未考虑拜其为师。与周瑜决战前夕，张宝要杀小乔，周瑜为救小乔而受伤，幸承彦相救，张宝约承彦翌日与周瑜一同赴战。张宝不再勉强诸葛亮拜师，但希望他帮忙做两件事。决战日，周瑜暗算张宝，为诸葛亮破坏。周瑜派人杀诸葛亮，得黄瑛相救。诸葛亮返回荆州，知悉被刘琮和蔡瑁诬陷救走刘琦及杀掉曹操密使，遂回刘府说明一切，却被刘表收监并判斩首。

刘表处斩诸葛亮和诸葛玄，典伟劫法场不果，幸黄瑛父女救走二人。典伟劫法场面临处斩，刘琮派人将其救出，以讨芷兰欢心，另方面却诬陷诸葛亮叔侄救走典伟。典伟欲带芷兰随诸葛亮叔侄往许都找刘琦，芷兰拒绝，却在典伟等起程之际，她突称被刘琮抛弃而同往许都。刘琦、广元等与国舅董承商谈诛杀曹操之事。刘琦在许都看见诸葛亮，找其报仇，诸葛亮解释一切。芷兰要杀刘琦，却因广元出现而未能下手。曹操出巡，刘琦等人趁机行刺却失败。

刘备在徐州兵败，有意投靠曹操，关羽和张飞反对，刘备说出真正的目的。曹操派使者往见刘备，张飞和关羽不满使者态度嚣张，将其教训。董承提议游说刘备襄助诛杀曹操，于是刘琦约见刘备；刘备得知刘琦众人有皇帝的密函衣带诏，遂加入董承的阵营。董承向汉献帝奏明刘备乃汉室后代，献帝对刘备礼待有加，还加官晋爵，曹操不爽。曹操邀刘备到府中煮酒，畅论国事，席间向其施下马威，事后刘备劝刘琦等人思静而后动，并计划乘夜离开许都。

张辽奉曹操之命诛杀刘备，发现对方已离开。曹操的头风病令群医束手无策，诸葛亮想到找人假扮大夫刺杀曹操，诸葛瑾自愿请缨，却于行刺时突然向曹操投诚。曹操为行刺之事收押董承全家，并要诸葛瑾假意回去伺机取衣带诏。刘琦一行人引开曹操的注意，让诸葛亮去取衣带诏；众人被张辽带兵拦截，因而得知遭诸葛瑾出卖，广元和典伟牺牲。另边厢，诸葛亮取得衣带诏，适时曹操出现，两人交手，诸葛亮为黄瑛父女所救，衣带诏却落入曹操手中。

曹操命诸葛瑾带兵捉拿刘琦及诸葛玄，黄瑛父女赶至相救，诸葛瑾不敌而逃，遇诸葛亮拦截，遭其断臂。曹操藉衣带诏一事逼献帝杀董承。诸葛玄死去，临终前劝诸葛亮隐居避世。芷兰刺伤刘琦，并向诸葛亮说出已怀有刘琮骨肉；黄瑛父女带诸葛亮等人到草庐暂住。诸葛瑾投靠孟获，并建议他投靠周瑜。城中发现多具无头孩童尸体，周瑜以为是张宝所为，诸葛瑾化名求见，称有办法对付张宝，并向周瑜推荐孟获。孟获向周瑜展示五行大阵，张宝出现。

张宝打败孟获，却要他向周瑜谎称打败自己，孟获因此成功投靠周瑜。诸葛瑾向小乔称诸葛亮仍喜欢她，企图使她重投诸葛亮怀抱，令周瑜出手对付诸葛亮。诸葛亮来到草庐后心情开朗，刘琦则获芷兰悉心照顾，并决定伤愈后，带芷兰回刘琮身边。周瑜费心营造与小乔是天赐良缘，但仍未能让小乔答允婚事。黄瑛为帮诸葛亮，到东吴找小乔，遭诸葛瑾及孟获捉去。承彦到东吴找黄瑛，并要周瑜别让她与小乔见面，孟获和诸葛瑾却故意让小乔找到黄瑛。

刘琦惋惜芷兰对刘琮死心塌地，并劝诸葛亮别再逃避小乔。黄瑛带小乔回来，诸葛亮却要小乔返回周瑜身边，小乔跳崖自尽。诸葛亮与孟获替小乔疗伤，遭周瑜攻击，小乔舍身相救，伤势加剧，须于十天内找到华佗医治。曹操为衣带诏之事要刘表交出刘琦，另派兵进攻东吴，周瑜却只顾照顾小乔。刘琦与芷兰返回荆州，刘琮得知芷兰有孕，认为两人有染。曹操缉拿刘琦，刘表私下将其放走。刘琮欲对芷兰不轨而遭刺伤，芷兰逃走时晕倒，为刘琦所救。

曹操大军压境，周瑜被迫回去与孙策商量对策。诸葛亮偕黄瑛不眠不休找华佗，庞统因华佗正为叔父庞德公医治，拒透露其所在，后被诸葛亮打败，只好带他去见华佗。周瑜瓦解曹军攻势，眼看胜券在握，请求孙策让他离开探望小乔，孙策体谅，代其出征，虽将敌人击退，却误中毒箭，只有华佗能救。周瑜因华佗正替小乔疗伤而牺牲孙策，孙策死去，临终前托周瑜辅助幼弟孙权。鲁肃责周瑜害死孙策，周瑜以东吴江山威胁其保守秘密，鲁肃被迫就范。

华佗治愈小乔，诸葛亮打算送她回周瑜府，黄瑛责其过于执著，终将其打动，小乔却不辞而别。周瑜迎接孙权，孙权向他引见诸葛瑾。小乔晕倒，为孟获所救。诸葛亮重遇刘琦，得知他与芷兰结为夫妇。孟获捉走村里小孩，诸葛亮为救小孩遭其所擒，因而重遇小乔。诸葛亮向小乔剖白情意，愿与她远走天涯，两人后为刘琦所救，并互相交换订情信物。周瑜得孟获告知诸葛亮下落，以村民及刘琦夫妇逼使他与小乔束手就擒，更令小乔为救诸葛亮而献身。

周瑜要小乔跟他成亲，小乔答允，却要他先放了诸葛亮，并发誓不会中途派人将其暗杀，周瑜依言许诺。周瑜利用孟获杀诸葛亮，孟获却将其放走，周瑜早料到有此一著，派人布下天罗地网诛杀诸葛亮。诸葛亮大难不死，遇张宝相救。刘琦从小乔口中得知她与诸葛亮的遭遇，后遇到诸葛亮与张宝，诸葛亮深知张宝武功高强，拒绝随刘琦逃走。曹操计划对付刘备，并决定先杀张飞，手下程昱提议派魏延以斗酒为名，约战张飞，并乘其酒醉将之杀掉。

魏延杀张飞失败，被刘备收押。张飞佩服魏延酒量，提出与他决斗，若他得胜可不再追究刺杀之事，结果两人不分胜负，张飞私放魏延离去。魏延假装向刘备投诚，并送密函予曹操表明诈降之事，曹操遂调动大军攻打刘备。魏延设下陷阱谋害张飞，后得知曹操要杀自己，遂改变主意往救张飞。刘备要关羽保护两位夫人离开，曹操命人追截，关羽为了刘备两位夫人，同意归降曹操。曹操放出流言中伤关羽，离间他与刘备的感情，但刘备坚信关羽的为人。

关羽质问曹操为何放出谣言中伤自己，曹操否认其事。刘备打算到荆州投靠刘表，遇刘琦夫妇，刘备慨叹刘琦失去昔日的豪情壮志，甘心匿居山村荒野当一名村夫。刘表得悉刘琦下落，蔡瑁遂教唆刘琮杀刘表，以成为荆州之主，刘琮因骨肉之情而拒绝。刘表得知刘备有意投靠，打算把荆州让予给他，刘琮不满，请缨迎接刘备，实则趁机铲除对方，可是为刘琦破坏。刘备改投靠东吴，孙权要周瑜与张飞切磋武艺，结果周瑜输掉，更遭孙权当众落面。

张宝带诸葛亮到七星岛并将其打至垂危，以求取可以续命及增强功力的七星谱，却因未能接下七星大师七招而事败。张宝遇庞统叔侄，提出与德公联手拿取七星谱共同修练，事后却把七星谱据为己有。诸葛亮获七星大师以毕生功力救回，却因七星岛整年被大风暴包围，与庞统叔侄被困七星岛。小乔有孕，服药打掉胎儿，周瑜一怒下说出诸葛亮早已被他派人杀掉，小乔大受打击，此时张宝出现，要她依七星谱摆下七星阵让他续命，事后带她去见诸葛亮。

大乔希望周瑜原谅小乔，但周瑜拒绝主动找小乔回来。刘备建议孙权出兵诛伐曹操，周瑜反对，被孙权要求交出兵权，却拒绝听命。孙权不满周瑜不放自己在眼内，诸葛瑾提出先培植势力，再慢慢削弱周瑜兵权。诸葛亮为了离开七星岛，拜德公为师。承彦与鲁肃合谋，向黄瑛谎称诸葛亮已与小乔双宿双栖，黄瑛不信，决定到东吴查探。张宝练七星阵最后一式时，周瑜来找小乔，却发现张宝在庙内，遂带弓箭手将其杀掉，但小乔也为救张宝而中箭身亡。

周瑜与大乔父女拜祭小乔时，被黄瑛袭击，承彦赶至阻止。德公教诸葛亮观看星象。十万黄巾贼聚集于东吴边境外，要替张宝报仇，孙权不让周瑜出战，反而让张飞领兵对付，于是周瑜刻意安排五千老弱残兵给张飞，结果张飞仍能以寡敌众，凯旋归来。张飞不满周瑜嚣张，在魏延怂恿下一起刺杀周瑜却事败。周瑜以为孙权主使张飞二人杀自己，孙权否认，并把刘备交由其发落。周瑜藉处斩刘备，引得张飞和魏延现身，并以刘备作胁，使二人束手就擒。

关羽救走刘备、张飞和魏延。德公把毕生所学传授给诸葛亮和庞统，并为二人起别号为卧龙及凤雏。诸葛亮和庞统冲出七星岛，返回东吴，惊悉小乔已去世两年。其实小乔尚在人间，一直被周瑜关起来。诸葛亮责周瑜没有珍惜小乔，周瑜反指是他把小乔害死。周瑜把诸葛亮来了东吴一事告诉小乔。姜维偷黄瑛的钱包被发现，幸得黄瑛不予追究，其后姜维拜黄瑛为师。承彦教姜维功夫，却认为他非学武奇才，成就有限。黄瑛和姜维上山观星，遇诸葛亮。

诸葛亮为小乔之死变得颓丧，为了不让人担心，听从承彦的建议暂到深山隐居，黄瑛想念他。姜维企图撮合黄瑛和庞统，险令黄瑛对庞统有所误会。周瑜忌惮诸葛亮，找吕蒙和陆逊保护自己，却令诸葛瑾猜想他有作反之意。诸葛瑾查得周瑜经常到一古塔，于是带人往调查，小乔借此机会逃掉。小乔身受重伤，著大乔取回七星谱续命。庞统与黄瑛去找诸葛亮，发现他有所改变，武功还突飞猛进，庞统遂决定回七星岛苦练武功。黄瑛劝诸葛亮搬回来遭拒。

黄瑛和姜维返家，发现一片狼藉，后找到重伤的承彦，并得知他遭仇家司马懿所伤。司马懿说出承彦淫人妻子，黄瑛难以置信，一怒而去。承彦为了断与司马懿的恩怨，自断经脉，临终前把黄瑛许配给诸葛亮，诸葛亮答允照顾黄瑛。小乔凭著修练七星谱，迅速复元，适时周瑜带著人马来到，却被小乔打败。刘琦和芷兰前往荆州，路上遇到姜维，因而重遇诸葛亮。黄瑛和芷兰遇见小乔，小乔向二人打探诸葛亮的下落，黄瑛竟谎称他已离开，要四海为家。

黄瑛担心小乔折返，向诸葛亮提议离开草庐。小乔锲而不舍找诸葛亮，并请清溪居士指引，对方却劝小乔顺应天意。刘琦夫妇回荆州探望刘表途中遇袭，为小乔所救；刘琦几经挣扎，终说出诸葛亮的下落，小乔返回草庐，却大失所望。刘琮得知派人刺杀刘琦失败，蔡瑁提出杀掉刘表也可成为荆州之主，刘琮本拒绝，后因为担心之前强抢妇女闹出人命，刘表会秉公办理，为了自保，遂毒杀刘表。刘琦回到荆州，得知刘表可能是遭人害死，同意开棺验尸。

刘琦带刘琮到刘表坟前，为刘表的死与其对质，刘琮发毒誓拒认毒杀刘表。刘琦带妻儿离开荆州，决再不回来。黄瑛千方百计不让小乔和诸葛亮相遇，两人始终缘悭一面。司马懿捉走黄瑛，更将其毁容。黄瑛为毁容而自惭形秽，诸葛亮为表诚意，与她马上成亲。小乔终与诸葛亮相见，诸葛亮喜见她仍在生，却无法丢下黄瑛不理，小乔只好离去，并因得知周瑜自她走后变得颓丧，终日借酒浇愁，返回其身边。孙权召见大臣要罢免周瑜军权，时周瑜出现。

周瑜交出军权，众臣却不敢自认可取代他，诸葛瑾见状，只好要周瑜继续接掌都督之职。数年过去，曹操势力越加扩张，天下群雄皆慑于其威势，只求偏安自保，唯独刘备、张飞率领大军负隅顽抗，可惜仍被曹操大军杀败，以致溃不成军，刘备遂决定暂时解散大军。刘备遇玄机道长，得其指点找卧龙为军师。刘备与关羽、张飞找卧龙，遇姜维，遭其戏弄。刘、关、张三人三顾草庐，终得见卧龙诸葛亮，刘备与诸葛亮谈论天下局势，并请得诸葛亮出山。

诸葛亮向黄瑛解释出山原因，承诺天下三分确立时会急流勇退。刘备拜诸葛亮为军师，关羽和张飞质疑诸葛亮的能力。张飞因打人被诸葛亮惩处，获赵子龙营救。子龙等人不服诸葛亮，诸葛亮以武服众。蔡瑁日益坐大，遭刘琮抄家，蔡瑁威胁公开其谋害刘表之事，刘琮遂判他处斩，但因母亲求情而作罢。糜夫人为刘备诞子刘禅又名阿斗。曹操向刘备进攻，子龙奉命带刘备家眷离开，途中糜夫人受伤，把阿斗交托子龙后自尽，子龙抱著阿斗杀出重围。

诸葛亮用五行八卦之术布下疑兵阵，令刘备的军队成功撤退。曹操为了抢先刘备夺取荆州，向刘琮下战书，蔡瑁劝刘琮投降，刘琮无奈同意，更应曹操要求领棺归降，最后刘琮与母亲却同遭对方杀害。曹操打算挥军进攻东吴，并因曹军不擅水战，命蔡瑁训练水师。诸葛亮向刘备提议与东吴联盟抗曹，还请缨出使，最后凭著三寸不烂之舌，成功使孙权答应结盟。周瑜带诸葛亮见小乔，两人互相交还当日的订情信物。诸葛亮突然遇袭，袭击者竟是庞统。

诸葛亮得知德公已死，希望庞统一起为刘备效力，刘备在诸葛亮举荐下拜庞统为左军师。诸葛亮想出以连环计破曹军，并派庞统向曹操献上连环船之计，还作法借得东风令火烧连环船之计成功；作法期间，周瑜派人杀诸葛亮，小乔阻止。曹操兵败逃返荆州，遇关羽拦截，关羽顾念昔日之情，放走曹操等人，但荆州已在诸葛亮的计策下被刘备大军攻占。小乔因周瑜谋害诸葛亮而离开，周瑜挽留不果。周瑜病倒，却因拒交出兵权，答应孙权领兵攻打荆州。

诸葛亮打败周瑜的大军，并劝周瑜急流勇退。周瑜交出军权，孙权任命鲁肃代替都督之职，诸葛瑾不忿。周瑜血脉尽虚，吐血身亡。刘备占据荆州不还，鲁肃奉命讨回，诸葛亮找来刘琦帮忙，刘琦以荆州继位人身分把荆州主政权交给刘备，鲁肃无功而还。孟获成为南蛮大王，为与东吴联盟而拜访孙权。诸葛瑾请孟获帮忙夺取东吴兵权，而为了取得孙权信任，二人计划杀掉刘琦以夺回荆州。小乔得知孙权要杀刘琦，赶往通风报信，此时孟获也找到刘琦。

孟获为了小乔而放过刘琦，但要他发誓有生之年永不踏足荆州。小乔因为孟获放了刘琦，答应跟他去南蛮，两人结为义兄妹。鲁肃再向刘备要求讨回荆州，诸葛亮想出缓兵之计。刘备安排关羽、张飞相亲，两人小登科之日，诸葛亮提出归隐田园，与妻团聚，众人挽留不果。庞统善用兵法，助刘备迅速连下巴蜀八郡，巴蜀请求孟获派兵相助。庞统探望诸葛亮，并治好黄瑛的容貌。玄机忠告庞统凡事要留有余地，而诸葛亮夜观星象，发现西蜀会折一军师。

姜维携诸葛亮的信往见刘备，信上通知庞统巴蜀会折一军师，刘备提议按兵不动，庞统本同意，后在张飞怂恿下，决定再攻巴蜀。庞统大举出兵，势如破竹，还把孟获打败。诸葛亮再观星象，发现庞统有杀身之祸，遂赶往巴蜀，但庞统中了孟获之计，命丧落凤坡。诸葛亮助刘备夺得巴蜀，完成庞统遗志，决定退隐，并给刘备三个锦囊，若孙权再犯荆州，可依锦囊行事。鲁肃求见刘备，刘备依锦囊要他向关羽拿兵符；关羽拒交兵符，还胁持鲁肃欲离开。

吕蒙为擒关羽竟杀掉鲁肃，后却被关羽打败。吕蒙阵前拥兵叛变，擅自攻打荆州，孙权顺势封他为都督。刘备依第二个锦囊攻打汉中，由关羽镇守荆州。吕蒙想出破城之计，利用关羽的妇人之仁使其开城，智取荆州，生擒关羽。孙权因关羽宁死不降，将其杀掉，并计划嫁祸曹操，让刘备和曹操自相残杀。孙权把关羽的首级献给曹操，曹操悲痛，命司马懿将其安葬。曹操头风病发作，华佗称要开刀医治，曹操竟处死他。司马懿露出真面目，出手杀曹操。

司马懿说出自己的阴谋，并杀掉曹操。刘备、张飞得知关羽死讯，激愤莫名，刘备依最后一个锦囊派人找诸葛亮。诸葛亮与刘备等人遥祭关羽，此时司马懿带来关羽的灵柩，指关羽乃孙权所杀。刘备决定攻打东吴，为诸葛亮劝止，但张飞坚持要替关羽报仇，私自带兵攻打荆州。张飞杀掉吕蒙，欲乘胜追击，夺回荆州，将士不满，合谋杀掉张飞，并带其首级归顺孙权。孙权把张飞首级送回给刘备，刘备决意攻打东吴，惜节节败退至白帝城，还身染重病。

诸葛亮偕黄瑛、姜维赶往白帝城，刘备临终托孤，希望诸葛亮辅助阿斗，并指魏延心术不正，著他小心提防。魏延建议诸葛亮把江山据为己有，事后诸葛亮指其有叛乱之心，诱他叛主，下令处斩，未料被魏延迅速应变，巧言瞒过众人，只好作罢。诸葛亮忧虑能领军的大将寥寥可数，在黄瑛提议下栽培姜维。司马懿怂恿曹丕篡汉自立，威逼利诱献帝让位，曹丕称帝，国号大魏；孙权、刘禅亦分别自立为帝，魏、蜀、吴三国鼎立，诸葛亮成为蜀汉丞相。

百毒神魔在南蛮的河中下毒，要小乔下嫁，小乔以七星谱秘笈交换得解药，并使百毒神魔死去。因下毒一事，孟获为确保南蛮安全，决挥军进中原，取肥沃之地。诸葛亮等人发现南蛮有进侵之意，商议后决定出征南蛮，此时黄瑛有孕，却隐瞒不说。因南蛮兵避而不战，诸葛亮只好派兵诱敌，姜维大意险死，却因而得知藤甲兵的厉害。诸葛亮发现黄瑛有孕，要她回巴蜀，却因路途遥远，被迫作罢。诸葛亮得知孟获是南蛮大王，提议订立和约，孟获拒绝。

由于藤甲兵难破，诸葛亮率领大军在高山扎营，以守为攻。黄瑛留书出走，避居深山研究破藤甲兵之法，诸葛亮命姜维带兵追截，不果。黄瑛失踪，诸葛亮冒险入南蛮查探消息，为小乔发现，并得知黄瑛不在军营。数月过去，因粮草不足，诸葛亮被迫撤兵，途中黄瑛回来，提出使用霹雳火对付藤甲兵，二十万藤甲兵因而被烧死。孟获为藤甲兵之事掳走黄瑛，要诸葛亮自绑到南蛮军营。姜维往救黄瑛，中计被擒。孟获派人把黄瑛、姜维的断指给诸葛亮。

魏延主张诸葛亮自绑到南蛮军营，诸葛亮看穿其意。诸葛亮决定自绑，小乔串通子龙掳走自己，用她来威胁孟获释放诸葛亮。黄瑛决定诞下孩儿后离开，成全小乔和诸葛亮，却于诞下儿子后难产死去。小乔欲离开，姜维说出她是诸葛亮一生最爱的人，打动她留下。诸葛亮与孟获打赌能连续打败他七次，孟获输掉，承诺有生之年再不进袭中原。诸葛亮领军北伐，司马懿提出与东吴结盟，孙权把结盟之事交给陆逊处理，并要诸葛瑾协助，两人却意见分歧。

（大结局）玄机警告诸葛亮若再使用霹雳火，将遭天谴。司马懿囤兵祁山谷口，阻止诸葛亮出兵中原，诸葛亮领军五闯祁山，始终无功而退。诸葛亮苦心栽培姜维，欲立他为继承人，魏延不满。诸葛亮与小乔携子上山采千年灵芝，因浓雾滞留山上，过了一段开心日子。东吴准备攻蜀，诸葛亮决以身犯险，使用霹雳火歼灭曹魏大军，却逢大雨。诸葛亮因天讉垂危，练七星阵续命，遭魏延和司马懿破坏；诸葛亮托子龙照顾姜维，偕小乔上山等候大限之期。