此剧虽名为「楚留香之蝙蝠传奇」，其实由古龙两本楚留香小说《借尸还魂》及《蝙蝠传奇》，再加改编合成。

修心养性的楚留香(苗侨伟)，与三位红颜知己避居世外。但楚留香静极思动，又适逢好友左轻侯生辰，遂借此再度重出俗世，与三美到左家道贺。

到左家后，发生怪事连篇，原来左家独女恋上世仇薛家之子薛斌，两人竟诈死以调解两家宿怨。此事被楚留香查悉，为成其好事，就暗中给与他们帮助。可惜此事恰巧给桑小静(翁美玲)知悉，并无意间泄露给左轻侯知道，惹得左轻侯错手误杀女儿，薛斌殉情自尽。而楚留香亦因插手此事，涉嫌盗取薛家宝剑，及被江湖中人误会他杀死武林名人，几遭杀身之祸。

及后，楚留香再遇好友中原一点红(惠天赐)，获悉一点红的妻子被一个以蝙蝠公子为首的神秘组织所杀，以期中原一点红重出江湖为之效命。楚留香有见及此，为己为人，决定追查真相。其实蝙蝠公子乃原随云(任达华)的化身，他本身有一段耐人寻味的身世，他之所以组织蝙蝠宫，亦有原委。

最后，当楚留香洞悉一切后，与原随云惟有作一场生死决斗。