李莫愁之血手印在陆家庄出现，大理武三通亦到江南找陆家寻仇，三通在三娘的劝解下，抛开仇怨，带走两子修文与敦儒以避过莫愁追杀。未几，莫愁出现陆家庄，柯镇恶闻得消息赶来相助，但陆氏夫妇已被莫愁打死，并挟持无双与程英，幸药师赶到，救走程英，但无双被莫愁带走，此时杨过到来见地上有毒针，不慎中毒，见欧阳锋，求欧阳锋为之解毒，锋见杨过精灵可爱，教他解毒之法。此时欧阳锋见大鹏飞过，知药师等人在附近，即抛下杨过而去，郭靖等人见杨过身中毒针，一问之下，方知杨过乃杨康之子，即带杨过返客栈疗伤。 半夜，欧阳锋到客栈找杨过，再替他驱去身上余毒，并教杨过练蛤蟆功，岂料被郭靖等人发现，郭靖与欧阳锋火并，两人均被对方击伤，欧阳锋乘势逃去。

郭靖等人返回桃花岛，途中见修文、敦儒在路上哭泣，知悉三娘已死，而三通则不知去向，遂带两人同行，更收众小孩为徒儿，但黄蓉想及当年杨康因她而死，为免养虎为患，诈作杨过由她教导，但只教杨过学习圣贤书，杨过感黄蓉偏私，心中不是味儿。 欧阳锋到桃花岛欲带杨过离去，但被郭靖击退，杨过心中难过，一直惦念欧阳锋。杨过被修文、敦儒欺负，一怒之下用蛤蟆功对付二人，镇恶知杨过懂蛤蟆功，大为气恼，郭靖唯有送杨过往重阳宫学艺。

李莫愁放出谣言谓古墓派拿门人小龙女十八岁生辰比武招亲，惹得江湖中人虎视眈眈，全真教与古墓派有一段渊源，所以全真教挺身保护古墓派。 郭靖命杨过拜丘处机为师，处机命赵志敬教导杨过武功心法，但志敬对杨过有偏见，只教杨过背口诀，不教运功之法，在较技之日，杨过因而出丑，但杨过不服气，以蛤蟆功将鹿清笃击倒，昏死地上。杨过大惊，慌忙跳进古墓，被孙婆婆救起。孙婆婆见杨过身世可怜，欲求小龙女留杨过在古墓暂住，但小龙女不想破坏门规，一口拒绝，孙婆婆不忍杨过独自离去，遂与杨过找志敬晦气，却被众道士重重包围，脱身不得。

孙婆婆被郝大通击至重伤，小龙女现身，逼郝大通自刎，大通敌不过，正想自刎了断，幸丘处机及时赶到，小龙女不敢恋战，带同孙婆婆与杨过离去。孙婆婆临危恳求小龙女收留杨过，照顾杨过一生，小龙女无奈应允收杨过为徒。 三年后，杨过已逐渐长大成人，但对全真派仍恨之入骨，欲将石室内的王重阳画像烧毁，小龙女及时制止，并道出当年祖师林朝英与王重阳旧事：四十多年前，王重阳带兵抗金失败，自困古墓中，林朝英一番好意，七日七夜始将王重阳激离古墓，此后两人成为一对风尘侠侣。朝英一直欲安顿下来，但重阳感匈奴未灭，无以为家，两人因而大战一场，难分高下，卒决定用文斗，朝英胜出后入住古墓，而重阳则建立全真派，朝英为此对重阳恨之入骨，所以定下门规，古墓派弟子须斩断七情六欲。

霍都与志敬合谋对付小龙女，志敬安排霍都与达尔巴匿藏重阳宫内，霍都命赵志敬偷去禅房中的古墓地图，但失手，霍都即诈作与志敬对敌，卒逃去无踪。 杨过知悉小龙女生辰将至，特到重阳宫偷来小鸡，准备养大小鸡后替小龙女庆祝生辰；数月后，杨过果将鸡制成佳肴为小龙女庆祝，但小龙女对鸡已生感情，不禁黯然神伤，及后小龙女猛然醒起祖师遣训，感自己仍有七情六欲。

霍都与达尔巴潜进古墓林中，将杨过捉住，小龙女赶到，用玉蜂对付霍都，霍都被群咬伤，痕痒不堪。而杨过亦被霍都所伤，小龙女忙为杨过疗伤。 杨过假扮老虎，戏弄全真派弟子，弟子以为真有老虎出现，告知尹志平，尹志平与弟子同到林中打虎，杨过慌忙逃去。 杨过到石室取去王重阳的衣饰，假扮王重阳到重阳宫，吓唬鹿清笃等人，但终被尹志平看破真相，遂告知丘处机，此时郭靖与黄蓉到访，闻悉杨过之事，甚感愤怒。

杨过失踪，处机派志敬等追捕，杨过为避开赵、尹，假扮丐帮长老，但杨过不知丐帮与杨康过节，坦言乃杨康之子，众弟子遂群起围攻，杨过莫名其妙，且战且走。杨过掷石子发泄闷气，无意误伤耶律晋，两人打起来，耶律齐见状，忙劝止二人，又见杨过为人坦率，遂带杨过返府中作客，耶律一家上下对杨过武功甚为佩服。 完颜萍到耶律府中寻仇失败，欲引颈自刎，但被耶律齐阻止，耶律燕冷眼旁观，见两人眼中隐含情意，无奈国仇家恨使两人不能一起。杨过惦念小龙女，遂向耶律齐借兵马，假扮蒙古军官上山，岂料途中遇见靖、蓉，被郭靖捉去。

杨过被困在房中，修文、敦儒撩事斗非，杨过用激将法使两人开启门锁，随即运用轻功逃去，郭靖在一旁窥见一切，但不阻止，令黄蓉大为气结。 杨过途中遇见周伯通，两人互相戏弄，伯通好玩，垂涎杨过手中的水晶，杨过知悉伯通乃全真派高手，遂以水晶引诱伯通带他上山，丘处机等人见师叔到来，对伯通非常尊敬，伯通在杨过的驱使下，命全真派上下以后不得与杨过为难，丘等人唯有听命。 杨过返回古墓，小龙女大为喜悦，遂在花丛修炼心经，但心经炼至最后一步时，被尹志平与赵志敬发现，扰乱小龙女练习心法，更叱骂两人干无耻之事，小龙女气极，吐血倒地。

小龙女身受重伤，难有复元机会，自感不能遵照孙婆婆遣言照顾杨过一生，遂拔剑剌向杨过，以同归于尽，杨过左闪右避，卒逃出古墓。 杨过在山下遇见洪凌波，凌波逼杨过带她上终南山找寻古墓，杨过及时点了凌波穴道，不料李莫愁暗中尾随而至，小龙女见避无可避，即按动机关从冰床跌下石室，杨过见小龙女气若游丝，即替小龙女输血。 小龙女知李莫愁把守洞口，命杨过趁机逃走。然后放下断龙石，封闭洞口，但杨过愿与龙女生死与共，不肯离去。

李莫愁困于古墓中，不能离去，欲杀龙女与杨过以泄心头愤恨，但两人早已将生死置于度外。小龙女深爱杨过，要杨过发誓不再喜欢别的女子，杨过如言发誓，但小龙女元气大伤，杨过急抱小龙女往灵室同睡于棺木内，小龙女发现棺木上有重阳真人的字迹，从而找得九阴真经，但不懂真经图文，得物无所用，不料石室内藏有古墓地图，小龙女知悉能逃出古墓，喜极而泣。莫愁知悉小龙女与杨过已找得出口秘密，遂胁迫两人带她与凌波离去，四人翻山涉水，几经辛苦力逃出生天。 小龙女与杨过在山下茅舍暂住，不料遇见欧阳锋，欧阳锋一见杨过，大喜过望，立即要教导杨过练习蛤蟆功，但为怕小龙女偷窥，遂将小龙女点穴，小龙女动弹不得。杨过与欧阳锋练武，一夜未返，不意尹志平到来，用青布蒙著小龙女双眼，将小龙女奸污，小龙女误以为是杨过，翌日醒来娇羞万分，杨过不知小龙女所为何事，一时摸不著头脑。

小龙女主动向杨过提出婚事，杨过不明就里，未有答应，小龙女感受辱遂远走。杨过四处寻觅，闻得附近将有比武，以为与小龙女有关，赶往比武场，只见陆无双与人过招而处于下风，杨过仗义相救，后与周伯通将她戏弄一番。 无双被杨过点穴后，被李莫愁所捉，迫她交还五毒秘传，无双不允，莫愁将她击伤，杨过出现将无双救走，莫愁追擒二人，杨过乃与无双扮成道士，但仍被莫愁认出，莫愁在杀二人之前，痛骂杨过见异思迁，并透露小龙女行踪，使杨过心乱如麻。

莫愁欲趁杨过心乱之时将他杀死，幸得无双相救。无双向杨过诉说身世，藉伤痛之际投入杨过怀中，小龙女窥见，伤心欲绝返回古墓。 杨过与无双逃避，遇完颜萍，正要运父母尸体返乡，并发现耶律齐与耶律燕在暗中保护。一夜，幪面贼潜进完颜萍房中偷去其父母骸骨，使完颜萍大急，耶律齐出手相助，与贼拚打，发现该贼竟是杨过。

耶律齐从杨过手中夺回骨灰，使完颜萍有借口违背孝道而下嫁耶律齐。无双却将骨灰偷进杨过之房，恰巧李莫愁追至，要胁她交出秘传，无双诈称藏在骨灰中，此时杨过等追至，找莫愁索回骨灰，但莫愁嫉妒有情人，竟愤然将萍父骨灰撒地，母之骨灰撒海，完颜萍见状伤心欲绝。 无双惹出大祸使杨过十分愤怒，唯有独自离去，途中与郭芙不和，被郭芙捆绑，修文、敦儒欲以无双作饵引莫愁上钓，但莫愁武功高强，将无双劫去。杨过前来相救，中毒掌，杨过用玉女心经疗伤，莫愁见状，乃以杨过作人质逼小龙女交出心经。

欧阳锋经过，把杨过与无双救出。小龙女来到莫愁约定之地，但见四处打斗痕迹，不禁对杨过更为思念。杨过与无双在沙滩共度数日，感情日深，临别时无双把秘传烧去，才依依惜别。 蒙古欲在中原扩展版图，金轮法王为要助蒙古，乃与霍都设计，欲在英雄大会上夺去盟主之位，但恐洪七公阻碍，二人便设计谋害。 欧阳锋自救杨过后，忙乱中又与杨过分离，及后欧阳锋四出找寻杨过，途中遇见霍都，被霍都误指往华山，欧阳锋到山后，遇上雪崩。

雪崩之际，杨过巧遇洪七公，被他救出，七公要试探杨过为人，遂诈死，并嘱咐他看守三日遗体，杨过懵然应允，因而三日没吃没喝，七公见杨过守信，与杨过结友。 欧阳锋从雪崩中脱险，见杨过与七公一起，跟七公比武，不分胜负，此后二人每日定时比武。七公因重伤不能再显身手，遂叫杨过依指示耍出招式，欧阳锋在一旁观看，细思破解之法，却在此时回复神智清醒，与七公兴高采烈之余，相拥大笑后逝去。

杨过路过乡村，见一哑奴被壮汉虐待，为哑奴抱不平，打伤壮汉后，带哑奴一同上路，途中遇见丐帮弟子，要杨过交还哑奴，杨过欲灌醉众弟子，不料酒舖老板在酒中下毒，并通知鲁长老，鲁长老赶至，以打狗阵对付，但杨过亦中酒毒，不支倒地，鲁长老将杨过带返陆家庄与郭靖见，郭靖一见杨过面，大喜，杨过细说七公之事，郭靖甚伤心，嘱咐杨过不许对黄蓉提及，但两人拜祭七公时，无意被黄蓉窥见，黄蓉伤心晕倒。 英雄大会将到，各路英雄陆续齐集陆家庄，全真教中人亦有赴会，杨过见赵、尹等人冷言对待，不甘示弱，言语间各不相让。

郭芙见杨过拜祭欧阳锋，不断耻笑，被杨过斥责，郭芙心有不甘，著修文、敦儒偷去欧阳锋的灵位，杨过大怒，将郭芙掌掴，郭芙一怒而去。 周伯通与达尔巴因小事打起来，达尔巴见伯通身手出神入化，慌忙告知金轮法王，法王利用伯通好玩弱点，以杂技吸引伯通前往，将他困于铁箱内。 小龙女遇见无双，惦记杨过之情更切，无双告知小龙女杨过不断访寻她下落，并欲娶她为妻，小龙女不禁悲喜交集。

郭芙带杨过偷看黄蓉教导鲁长老打狗捧法，杨过将口诀一一背熟，鲁长老知悉，以为黄蓉有意传位予杨过，遂自动向黄蓉请辞，黄蓉往找杨过以打狗捧法对招，动了胎气，杨过忙替黄蓉运气，黄蓉见杨过本性善良，大感欣慰，并与郭靖商量将郭芙许配于他。 英雄大会之日，金轮法王带同霍都、达尔巴到来捣乱，鲁长老被霍都所伤，金轮法王为早得武林盟主之位，决以三场比武定胜负。

黄蓉利用孙子兵法，以郭靖、朱子柳、郝大通对付金轮法王等三人，希望能以二胜一负取得盟主之位。 比武之日，朱子柳将一阳指化为书法与霍都对阵，霍都渐感不敌，金轮法王教以狂风迅雷功，使两人打成平手，杨过欲暗中相助，被金轮发现，怒斥杨过，此时霍都趁朱子柳分神，发放毒钉，朱子柳中毒倒地，杨过感内疚，独自往找霍都取解药，但被拒绝。 众人不敢小覤金轮法王等人武功，对胜负全无把握，渔隐挺身而出应战。群雄宴上杨过遇见小龙女，并准备一同出外游玩，此时渔隐与达尔巴比武，铁桨被截断，飞中小龙女脚部，杨过心疼，痛斥霍都等人，并要与霍都比武。

杨过以打狗捧法、玉女剑法及九阴真功分别打败霍都及达尔巴，金轮法王旁观一切，要与小龙女比试，杨过忙助小龙女对付对付金轮法王，却被金轮法王所伤，郭靖及时飞跃而出击出一掌，金轮法王被震伤，羞愤而去。 郭靖设宴为杨过庆祝，宣布将郭芙许配之事，但杨过断然拒绝，小龙女更声言要做杨过的妻子，二人动身离去。郭芙被杨过拒绝，羞愤难当，收拾行装返桃花岛，却被金轮法王捉去，黄蓉赶来救郭芙，但金轮法王武功高强，人多势众，幸杨过与小龙女到来，使出玉女剑法，将金轮法王击退。

杨过与小龙女一片好意，清理铁枪庙附近墓碑，赫然见丘处机替杨康立的墓碑上写不肖子杨康，令杨过看后大受刺激，即找来石匠替杨康重立新墓，并询问当日替杨康立碑经过，但闻当日杨康暴尸荒野，无人执事，悲恸万分，遂与小龙女携手往重阳宫向丘处机问明真相。 小龙女与杨过几经辛苦走进重阳宫，但丘处机等早已下山，杨过不信，大闹重阳宫，到处书写不肖道士丘处机字样。赵志敬乘机煽动点火，命徒弟摆出天罡北斗阵围攻，杨过与小龙女以玉女素心剑法应战，将众弟子一一打伤，始凄然离去。

各路英雄一致推举郭靖为武林盟主，郭靖推辞不得，只好承担重任，以重召群雄进行抗蒙大业。郭芙悄悄离家，被金轮法王绑架，黄蓉与修文、敦儒赶到，与金轮法王火并，受伤倒地，幸杨过与小龙女及时赶到，以双剑合壁使用玉女剑法对付，金轮法王受伤，愤然离去。 杨过向黄蓉追问杀父仇人，但黄蓉有心隐瞒，令杨过不得要领，遂与小龙女找郭靖问明一切。途中，小龙女不忍二人关系累及杨过，悄然离去，杨过四处寻觅，神智不清下坠下悬崖，幸为程英救起，程英带上人皮面具，相貌奇丑，令杨过错愕不已。

无双在茶居遇见李莫愁，幸得傻姑所救，得以脱险，无双急奔往程英住处，程英布奇门遁甲阵式，希望能将莫愁困住，莫愁破阵，猛然向三人狂攻，此时傻姑与黄药师及时赶到，药师以琴声震伤洪凌波与莫愁，而傻姑因见杨过之样貌酷似杨康，不禁大吵大闹，杨过一分神，亦被琴声所伤。药师知悉杨过与小龙女之事，对杨过的行为大为赞赏，结为朋友，遂教以绝艺，令杨过武功再进一步。 傻姑被莫愁五毒神掌所伤，杨过乘机假扮杨康质问杀父仇人，但傻姑只说乃姑姑所杀，杨过不知姑姑所指何人，大为气恼。

杨过再次扮杨康鬼魂吓傻姑，终得知黄蓉与郭靖乃杀父仇人，愤激万分，誓要报仇雪恨。杨过感郭靖、黄蓉武功高强，不易报仇，大感颓唐，欲一死了之，途中遇马光佐，杨过将心事一一吐出，不意被达尔巴偷听，告知金轮法王，金轮法王遂利用杨过杀郭靖，诈称合力杀郭靖报仇，杨过不虞有诈，并在法王提点下，将所学武功融会贯通，自创新招。 金轮法王带杨过到忽必烈军营，忽必烈为杨过引见潇湘子、尹克西、尼摩星、马光佐四人，杨过见四人贪图名利，耻与之为伍。此时，周伯通被公孙绿萼等人追踪而至。

公孙绿萼等把伯通困于鱼网，被绿萼等人带往绝情谷，杨过等来到绝情谷，却被绿萼盛情款待。翌晨杨过起床出户，遇见绿萼，两人闲聊，十分投契，杨过意外中了情花毒。伯通逃走，又再捣乱，公孙止迫伯通交回四宝，但伯通自言未有作贼，在众人围攻下逃去。 一夜，杨过闻琴声，知是小龙女所奏，往察看，果见小龙女，无奈小龙女已经死心，对他佯作不识，到公孙止处逃避杨过，几番纠缠下弄来相思之苦，使情花毒发作，杨过与小龙女同时吐血。

小龙女被禁锢在绝情谷中，为著杨过的安全，为势所迫，不能相认。后来杨过得知公孙止要娶小龙女为妻，大为焦急，决意设法救小龙女出绝情谷。公孙止知道杨过与小龙女的关系后，一怒之下，要与二人比武，二人若胜出才可以走出绝情谷，杨过与小龙女誓生死与共。公孙止在比武中，暗用情花伤二人。小龙女求公孙止拿出解药，公孙止定要与小龙女成亲后，始以解药相救。 公孙绿萼了解小龙女与杨过情深，为成全好事，偷入石室释放杨过，其后更入解药房中偷取解药，但被公孙止发觉，遂将二人双双推入秘洞。杨过在找寻通道出口时，无意中发现情花毒的解药绝情丹在身上，知道是周伯通所为。

杨过与公孙绿萼被推下深洞后，无意发现公孙止之妻裘千尺。原来十多年前裘千尺曾识破公孙止与一婢女奸情，卒被公孙止迫害，双脚筋脉全断，被困在洞中，养成阴险猜疑性格，并誓要杀死公孙止报仇。杨过与公孙绿萼合力将裘千尺救出深洞后，途中再遇樊一翁，杨过将樊一翁击败。 裘千尺计划向公孙止报仇，于是假扮其兄，掩人耳目，正当此时公孙止以情花毒解药迫小龙女成婚，杨过立刻将自己之解药给小龙女服用。公孙止决斗裘千尺，不敌，伺机逃去。裘千尺以另一解药逼杨过与公孙绿萼成婚，杨过不允，公孙绿萼向母亲求情，裘千尺遂给半粒解药予杨过，然后以郭靖与黄蓉人头作代价，事成后才给另外半粒解药杨过，于是杨过与小龙女急忙赶往襄阳报杀父之仇。

杨过与小龙女入襄阳城后，与郭靖、黄蓉见面，黄蓉自知不能阻止两人成婚，亦欣然招待他们，唯郭芙因妒成恨，处处为难二人，卒受父母责备。 正当杨过与小龙女准备行动时，黄蓉察觉二人神色有异，开始怀疑二人，劝郭靖事事小心提防。直至一夜当杨过动起杀机时，被郭靖发觉，误以为他练功走火入魔，运功助杨过康复。杨过终向郭靖问及其父真正死因，郭靖直言自己与此事有关，不过劝杨过暂以国家大事为重，容后再作解释。 蒙古大军进攻襄阳城，郭靖带兵出城迎战，义释放百夫长，杨过见郭靖心存大义，危急中救郭靖回城，郭靖亦欣然得一得力助手。另一方面，忽必烈感到势力薄弱，于是想勾结杨过谋害郭靖。

郭靖感激杨过救命之恩，想以绝技「上天梯」传授他，这样却招来武氏兄弟嫉妒，加上以前在桃花岛上旧怨，怀恨在心。杨过与小龙女在后园与忽必烈探子密议杀害郭靖事宜，被武氏兄弟无意偷听到，向郭靖告密，反被郭靖夫妇责备。 鉴于郭芙与武氏兄弟处于三角关系，为博取郭靖夫妇欢心，修文及敦儒意想到襄阳城外取忽必烈人头，但反被蒙古军擒住，忽必烈以请帖邀郭靖到军中一聚，郭靖本想与杨过及小龙女同行，但被黄蓉反对，表面上想小龙女代为照料自己，实用意以她作为人质，提防杨过伤害郭靖。

正当郭靖、杨过被困蒙古军中，得到冯默风的解围，二人得机逃脱。混乱中郭靖为救杨过，身受重伤昏迷山间，后更将杨康死因说出，杨过不忍杀害郭靖，卒不记旧仇，重返襄阳城。二人安然归来后，黄蓉等对武氏兄弟厉然责备，二人大感不满。郭靖夫妇与杨过更前嫌冰释。 另一方面，众人知道杨过伤势情况，大为担心，但杨过却把生死置于度外，决定留在襄阳城清除金轮法王，为民除害。小龙女更感到大家相聚日少，伤心不已。黄蓉为报答杨过数次救命之恩，遂答允以自己人头交给小龙女，以换取解药，但希望杨过能尽力保护郭靖安危。

武氏兄弟为争郭芙为妻至白热化，二人决定相约出襄阳城一决胜负。郭靖身受重伤，而黄蓉更临盆在即，金轮法王乘机追杀郭靖，杨过挺身迎战，以利剑剌伤法王，还声称剑带剧毒，使金轮法王半信半疑，杨过趁机施用调虎离山之计引开法王，后法王知上当，追杀杨过。 黄蓉胎气作动，郭芙一时束手无策，找得小龙女接生，结果产下双胞胎，取名郭襄及郭破虏。小龙女为挽回黄蓉性命及替杨过取得解药，于是抱郭襄到绝情谷，欲以她交换解药，怎料途中遇上金轮法王，小龙女与杨过联手迎战金轮法王。此时刚巧李莫愁路过，见小龙女手抱郭襄，以为郭襄是小龙女与杨过所生的，一怒之下，抢走郭襄。

李莫愁抢走郭襄，杨过与金轮法王追杀之，混战中金轮法王被冰魄银针所伤，杨过与李莫愁护著郭襄避入一山洞。 李莫愁胁持郭襄，杨过坦言自己有生之日无多，希望她能尽心照顾郭襄，并早日将女婴交回黄蓉，李莫愁坚持不允。但郭襄苦于饥饿，哭啼不止，二人迫不得已四出找奶，李莫愁更乘机枉杀无辜，杨过不值她所为，大表不满。但见她照顾郭襄颇为用心，甚为安慰。 武三通重回襄阳城，得知武氏兄弟只为了郭芙而明争暗斗，大为愤怒，要立刻出城劝阻二人。

杨过与李莫愁藏身山洞，杨过四出找寻食物而遇上神雕，从洞壁上得知神雕主人独孤求败生平，钦佩不已。杨过遇见武三通，知道他因二子为情决斗难过，于是讹称郭靖已将郭芙许配给自己，武氏兄弟信以为真，答应以后不见郭芙，兄弟间前嫌冰释，老父大为安慰。小龙女赶至偷听一切，但不为谣言所动。 武三通三父子遇见李莫愁，武氏兄弟为报杀母之仇，三人围攻李莫愁，卒被李莫愁冰魄银针所伤。杨过以为自己命不久矣，替武氏兄弟吮毒，反被毒伤至昏迷。后得天竺神僧诊断后，发觉冰魄银针毒与情花毒相违抗，故杨过得以保住性命，但唯一活命之法就是要与小龙女斩断情丝，使小龙女进退两难。赵志敬与尹志平入城助郭靖抗蒙，小龙女无意间听到被迷奸之真相，悲愤不已。

小龙女悲愤莫名，实行追杀赵志敬与尹志平，途中再遇金轮法王，法王欲除后患，要追杀小龙女之际，忽必烈追至，金轮法王不敢下手。忽必烈鉴于进攻襄阳城处处受阻，大志未酬，遂遣金轮法王拉拢尹志平与赵志敬二人，尹志平不肯，赵志敬不满而起杀机，但被金轮法王阻止，对志敬说出纵尹志平死去，志敬亦不能出任教长。 小龙女隐居野外，巧遇周伯通，二人志趣相投，嬉戏于野间。周伯通四处闹事，要盗走蒙古军队军旗，金轮法王下令捉拿周伯通。

周伯通四处找军旗不果，金轮法王放毒蜘蛛伤他，小龙女在山洞以毒蜂针以毒攻毒救周伯通，两人相处融洽，周伯通还教小龙女一心二用法。金轮法王与赵志敬守在洞口，有待周伯通一死，便可将小龙女击败，还用毒蜘蛛阵围攻洞口，小龙女以玉蜂群吓走金轮法王。 耶律齐为报杀父之仇，假扮士兵潜入蒙古军营剌杀忽必烈，被周伯通阻止，嘱耶律齐往襄阳投靠郭靖，并暗中在他背上写上「耶律齐要报仇」等字，耶律齐遇见鲁有脚，被误会要向郭靖报仇，大打出手。 郭芙千方百计亲近武氏兄弟，但遭拒绝，后得知此事与杨过有关，找杨过理论，还声称杨过为救自己，将郭襄放到绝情谷去换取解药，还将小龙女被奸真相告之，杨过气愤不已。

郭芙与杨过因武氏兄弟决斗一事发生冲突，郭芙一怒之下用君子剑斩断杨过手臂，杨过盛怒之下狂奔上山，途中再遇神雕，神雕以蛇胆替杨过疗伤，康复后，带杨过到绝崖上取独孤求败遣剑，一起在剑冢平台上练剑。 自杨过出走后，郭芙自知闯下大祸，后悔莫及，为讨得郭靖欢心，特意从军中捉来蒙古奸细，后坦然对父母说出经过，郭靖大为愤怒，要将郭芙手臂斩断，以示惩戒，黄蓉坦护郭芙，特意请来柯镇恶代郭芙求情，不果，于是黄蓉带同郭芙逃离襄阳城，待一段时间后，郭靖下了一口气才回襄阳。

黄蓉送郭芙出城后，替她到市集采购食物，怎料在市中遇上李莫愁抱著郭襄买东西，黄蓉约李莫愁决斗，想施计以籐布置五行八卦阵抢走郭襄，怎料在混乱中，黄蓉以冰魄银针伤李莫愁时，发觉郭襄竟已被人偷走。 尹志平与赵志敬得到金轮法王护送返重阳宫后，在一偶然机会重遇小龙女，时小龙女以自己被奸一事，耿耿于怀，一直追杀二人，结果被丘处机等人解围，小龙女被击重伤。 全真教鉴于蒙古大敌当前，长老们迫于闭关一段日子，以便练出一种新武功来抵御外敌，另立尹志平为全真教掌门。忽必烈为实现吞宋计划，令赵志敬迫尹志平让出掌门一位，但被全真弟子极力反对。

小龙女身受重伤，伤心失望之余，尽最后努力继续追杀尹志平与赵志敬，卒被金轮法王阻止。另一方面，尹志平感到良心难过，反与小龙女合抗金轮法王，双双被困地底机关，后被全真五子救出，金轮法王迫尹志平说出恶行真相，众人大表惊讶。志平羞愧万分，自尽而死。丘处机发觉赵志敬竟负欺师叛教之罪名，严加教训。 原来当日黄蓉与李莫愁决斗时，郭襄乃被杨过抱走，杨过跟著到处找小龙女踪迹。后竟在重阳宫遇见小龙女，二人喜极而泣，誓生死与共，杨过不理一切，硬与小龙女即时拜堂，但小龙女感到自己既伤重及已失身，心存芥蒂。

霍都向忽必烈讹称蒙古大败于重阳宫，藉言大报溃败之仇，向忽必烈要求一万精兵，后被识破，愤然逃去。忽必烈恐全真弟子拢合武林杰士稳守襄阳，有碍吞宋大计，遂以大炮队轰向重阳宫以挫其锐气，耶律齐闻讯即到重阳宫告密，全真五子遣众弟子半夜下终南山反攻蒙古大军，而自己则死守重阳宫，誓与重阳宫共存亡。 武三通率武氏兄弟等人到绝情谷取情花毒解药，被公孙止阻止，时公孙止以为自己重伤全为杨过所为，一直怀有报复之心，于是乘机向武氏等人追问杨过下落，因而得知杨过行踪。时小龙女与杨过双双在古墓疗伤，绝望之际，杨过无意中发现林朝英遣物中，载有一种寒玉石可疗重伤。

杨过替小龙女追寻玉床疗伤法，冒险到重阳宫找寻王重阳遣物，怎料重阳宫正被火烧到倒塌的时候，丘处机向杨过坦然说出并无此物，并告诫杨过不要轻言生死，要以国事为重。杨过下山途中，被公孙止截击，轻易将公孙止打败，顿使公孙止再受剌激，挟持完颜萍与郭芙为己妻，幸耶律齐及时将二女救走。 李莫愁潜进古墓偷取玉女心经，武氏父子与完颜萍同仇敌忾，合力从水路潜入古墓，追杀李莫愁，被李莫愁困于石室中。李莫愁转出入古墓时，巧遇杨过、小龙女二人互以内力疗伤，乘机以银针伤二人，以逼二人交出玉女心经，被杨过施计囚于石棺中。后武氏父子与郭芙赶到，郭芙误以毒针伤小龙女，使杨过更为愤怒，赶走他们。

杨过、小龙女二人离开古墓后，藏身于一木屋中，后丐帮马、彭二长老路经借宿。原来彭长老为想成为南派丐帮帮主，竟与蒙古军秘密计划侵宋活动，马长老借此威胁彭长老传授慑魂大法，彭长老不允，马长老遂起杀机，被杨过识破。其后一灯大师与裘千仞纷至，裘千仞忽狂性大发，彭长老乘机以慑魂大法假抄裘千以铁掌功杀马长老，裘千仞清醒后极觉惭愧。 杨过绝望之余希望一灯大师治疗小龙女，可惜一灯大师伤重未愈，遂以一药丸暂保小龙女性命，指出惟有天竺神僧才有救命之法，于是一齐前往绝情谷救天竺神僧。

周伯通携全真教经书南奔，途中遇见郭芙被李莫愁所制，于是假扮女妆解去郭芙穴道。其后还令全真弟子五年之内光复全真教。郭芙被李莫愁追杀之际，突为公孙止擒拿为妻，郭芙施美人计灌醉公孙止，终得周伯通之助脱离险境。另一方面，郭芙因任性而受耶律齐谴责，大为内疚，间接使二人感情突进。 李莫愁追杀周伯通时，被傻姑困于陷阱中，程英为报师父黄药师被辱之仇，以玉箫剑法攻打李莫愁，不敌，李莫愁反以银针杀傻姑。李莫愁在绝情谷中围攻程英，在混乱中，杨过飞身入情花丛中抢救程英，李莫愁中情花毒身受重伤。

一灯大师率众替杨过向裘千尺解释，裘千尺拒绝交出另半粒绝情丹，并乘机刺杀黄蓉，被黄蓉施计劝服。裘千尺为报杀兄之仇，欲以毒伤郭芙，被杨过所救。郭芙知道自己一直误会杨过，大为内疚，当众向杨过认错。 杨过到绝情谷密室救出朱子柳与天竺神僧后，发觉天竺神僧为寻解情花毒之方，不惜以身试毒，处于昏迷之境。李莫愁施展美人计迫公孙止交出绝情丹，公孙止试图陷公孙绿萼于情花丛，迫裘千尺交出解药。公孙绿萼得知后，万念俱灰，决定自我牺牲，成全小龙女与杨过二人，使二人感动不已。

公孙止误杀亲女后恼羞成怒，讹称裘千尺勾结外敌剿灭绝情谷，用渔网刀阵围攻黄蓉与裘千尺等人。李莫愁乘机逃走时，以冰魄银针杀害天竺神僧，众人非常愤怒，合力对抗李莫愁与公孙止。李莫愁终因情花毒发作而死，裘千尺与公孙止亦在搏斗中双双坠下深渊而死。 杨过得到半粒绝情丹后，毅然掉下深崖，使众人大为惊愕。黄蓉了解到天竺神僧临终前手执断肠草，于是领悟到此为情花解药，于是摘下交给小龙女。小龙女在矛盾的心情下，觉得与杨过一起会使他加重负担，于是悄然离开众人。杨过四出找寻小龙女踪迹，绝望之余在悬崖上见小龙女刻下十六年后重见的字样。

十五年后，一天郭芙与郭襄、破虏三人在客栈听到神雕大侠仗义事迹，郭襄为之神往，遂不理郭芙劝阻，跟随大头鬼到西山一睹神雕大侠风采。 神雕大侠得知史氏幼弟被霍都所伤，遂答应与郭襄亲到黑龙潭找九尾灵狐以供疗伤，被瑛姑以寒阴箭所拒，后一灯大师向瑛姑请罪，瑛姑要以周伯通为交换九尾灵狐条件。杨过唯有以传授黯然销魂掌要求周伯通见瑛姑一面。 周伯通与瑛姑二人见面后，悲喜交集，周伯通顿感尴尬非常。另一方面，郭襄对神雕大侠渐生好感，要求神雕大侠揭开面具以真面目示人。

郭襄见到杨过真面目后，渐对他产生爱意，要杨过为她庆祝生日。郭襄回到襄阳城后，郭芙向父母告知一切，使郭襄受到责备。郭襄向鲁有脚倾诉，二人甚为投契。后鲁有脚突被暗杀，众人疑为霍都所为，丐帮中人誓要为帮主报仇。 杨过无意间在铁鎗庙中得知亡父杨康生平，决意为民请命，以为杨康赎罪。杨过与郭襄分手后，与大头鬼结伴至嘉庆，旧地重游，无限感慨。另一方面，预计与小龙女重聚之日渐近，兴奋莫名，并计划与小龙女在农村隐居。

正当郭靖、黄蓉召开英雄大会时，郭襄在房中召开小英雄宴，召集多个邪派高手为自己庆祝生日。黄蓉无意间听到杨过将为郭襄贺寿的消息，恐杨过心存报复之心，大为不安，决定提早推选新任丐帮帮主，以防杨过乘机捣乱。郭襄生辰之日，杨过以二千蒙古军尸体左耳及火烧二十万大军粮草为礼物，顿使黄蓉疑念全消。 霍都在丐帮大会中乔装丐帮弟子，打败耶律齐拟争夺帮主之位，被达尔巴识破。霍都突袭郭芙，被杨过与黄药师制服。黄蓉向郭襄交代杨过身世，郭襄恐杨过知道小龙女非为南海神尼所救，生自尽之念，于是出走欲劝杨过，却于途中被金轮法王所擒。

黄蓉担心郭襄下落，四出找寻爱女踪迹，不果，失望之余巧遇周伯通，无意间发现玉蜂上均有「我在绝情谷底」字样，联想到是小龙女所刻，于是决定到绝情谷找寻小龙女。 金轮法王欲收郭襄为徒，郭襄定要金轮法王打赢杨过方答应，金轮法王于是前往约战杨过。黄药师与杨过交谈时，说出根本无南海神尼其人，杨过失望之余，与药师分手后借酒消愁，后得神雕劝服，信心大增，决意到绝情谷找寻小龙女芳踪。杨过到绝情谷后，苦候小龙女不果，万念俱灰，遂向悬崖跳下，郭襄赶至，亦随之跳下。

郭襄与杨过在崖底相遇后，力劝杨过不要自尽，杨过大为感动，令神雕背著郭襄上崖。郭襄上崖后发觉金轮法王已被黄蓉制服，众人于是设法下崖抢救杨过，金轮法王骗得郭襄为其解开穴道，更强行劫走郭襄。黄蓉等找郭襄不果，得闻襄城危急，决定返城助郭靖抗蒙古大军。 杨过在崖底发现玉蜂，于是决定潜入潭底秘道中，终在幽谷中重遇小龙女，二人相见仿如隔世，尽诉离别之情。神雕伤心之余亦跳下悬崖，后得杨过所救，杨过得知郭襄身处险境，决意上崖拯救郭襄。

金轮法王挟持郭襄迫令郭靖投降，黄药师等均无法杀入蒙古军重围救出郭襄，郭靖决定弃郭襄全力保卫襄阳城。后杨过及时赶至与小龙女合力杀金轮法王，郭襄得与家人重聚。耶律齐死守襄阳城门，被蒙古大军围攻，后得杨过解围，合力赶至蒙古大军，襄阳城暂得安享太平。 众人上华山拜祭洪七公与欧阳锋，均感到华山五绝所存无几，感慨万分，黄蓉拟选出新五绝为东邪、西狂、南僧、北侠、中顽童。杨过与小龙女决意退出江湖隐居，众人均感依依不舍。郭襄目睹二人离去，万千感慨，眼泪夺眶而出。