神秘血手印令陆家庄危机重重，大理武三通亦到江南，引出一段年轻时之感情纠葛，李莫愁大闹陆家庄，陆氏夫妇被杀，武三通两子武修文及武敦儒，陆家遗孤陆无双及表妹程英等众小孩幸得逃命，但李莫愁仍穷追不舍，誓要赶尽杀绝。郭靖、黄蓉与师父柯镇恶及女儿郭芙离开桃花岛到江南，途中得知陆家惨变，赶往查看，在一破寮之中遇到杨康之子杨过，郭靖对杨过流离失所，甚感内疚，决带杨过在身边，此际亦与武三通及众小孩会面，众人会面准备回桃花岛安身。

杨过自幼流离，对父亲之死一直不得明白，心中极欲得知真相，在遇郭靖之前，偶遇西毒欧阳锋，两人成为好友，这时欧阳锋已失忆、精神错乱，及后更收杨过为义子传「蛤蟆功」。桃花岛上郭靖本欲授杨过武功，但黄蓉察觉杨过天资聪敏，乃学武奇材，但因其父当年之阴险毒辣，令黄蓉对杨过存有戒心，而当年杨康之死，黄蓉亦有责，故此劝郭靖让杨过交其授武，实在只教杨过四书五经，希望令杨过知书识礼，免步其父之后尘，但此事杨过并未了解，反误会黄蓉心存偏私，早有恨意，与武氏兄弟及郭芙亦时有争执，更无意中使出蛤蟆功打伤武氏兄弟，被柯镇恶揭发，柯镇恶对欧阳锋极为憎恨，迫郭靖逐走杨过，郭靖在右为难，终决定带杨过上重阳宫学艺。

蒙古王子霍都南下中原，暗藏一重大阴谋，表面欲拉拢中原武林人士，平息武林纷争，途中遇到周伯通，巧施妙计，令周伯通大为折服，一直欲迫小龙女交出「玉女心经」，江湖人亦纷纷上路。郭靖与杨过，到重阳宫山下与重阳宫弟子误会，破剑阵，终到重阳宫，遇到武林高手上山参加征婚。霍都与周伯通亦出现，重阳宫生事变，幸得郭靖力压群雄，霍都怯于郭靖神勇，不敢造次，与郭靖联手平息纷争，托词下山而去，郭靖将杨过交重阳宫大弟子赵志敬为徒，即飘然下山而去。

杨过在重阳宫饱受白眼，赵志敬对杨过亦诸多虐待，杨过在一次逃出宫外，误入古墓，众弟子追截之际，幸得古墓中人孙婆婆解救，带入古墓，见到小龙女，重阳宫众弟子要取杨过杀死孙婆婆，小龙女终将众人打退，最后收杨过为徒。小龙女与杨过在古墓相依，并传杨过古墓派武功，一恍眼已三年有多，杨过亦长大，在古墓之中发现王重阳与林朝英之无奈恋情，小龙女与杨过亦不知不觉之中产生了师徒关系之外的情意。

霍都事隔三年多之后，重上重阳宫常同高手准备入古墓搜寻王重阳与林朝英相恋之证据（此目的乃欲借此要胁全真教，从而达到控制中原武林之目的），但被杨过发现，初斗霍都，不敌，幸得小龙女用毒蜂将霍都等人打退。杨过对全真教众道士早就存有报复之心，如今学武有成，竟假扮王重阳在重阳宫生事，弄得全真教鸡犬不宁，以为祖师显灵，及后揭发乃杨过所为，对杨过更不满，杨过虽在古墓中与小龙女学艺，但难忍古墓中之枯燥生活，内心对父之死仍存有好奇之心，遂别小龙女出江湖，下山之后与陆无双重遇，陆无双此际正逃避李莫愁之追捕（李莫愁早年捉住陆无双，收其为徒，陆无双盗去李莫愁之《五毒秘传》而去）。

桃花岛上之郭靖夫妇与徒儿武氏兄弟亦已长大成人，武氏兄弟对郭芙已生情愫，产生一段微妙之三角关系，郭靖夫妇以为杨过在全真教学艺有成，遂一块上重阳宫探杨过。

杨过助陆无双避过李莫愁之后，重遇义父欧阳锋，恍如隔世，杨过难舍小龙女，再回古墓，两人苦练「玉女剑法」，但被尹志平与赵志敬偷窥破功，尹志平对小龙女早有爱意，赵志敬出手伤小龙女，杨过与负伤之小龙女重回古墓，小龙女心明杨过难忍古墓寂寞，赶杨过走，杨过终离开，此际竟遇到李莫愁与洪凌波（李莫愁之徒儿），无意中带两人入古墓，小龙女发现李等人，大惊，与杨过抵抗，但因受伤不敌，李莫愁迫小龙女交出「玉女心经」，两人幸而发现秘道，离开古墓，杨过放下断龙石，阻止李莫愁之追杀。

小龙女逃出古墓与杨过分散，竟遇到痴傻之西毒欧阳锋点中穴道，幸得杨过出现，就在杨过与义父聚旧情之际，尹志平在花丛之中发现昏迷之小龙女，一时欲火焚身，迷奸小龙女，小龙女以为是杨过，所以甘心献身。尹志平本欲舍去自身全真教之名声前途不顾，回山准备留书出走，背叛师门，但临行之际偷听得杨过与小龙女一席话，小龙女对杨过吐真情，杨过一时之间难明其中深意，但尹志平则心伤欲碎，终回重阳宫，惟此事被赵志敬得悉，及后成为要胁尹志平之重要把柄。

小龙女对杨过吐露爱意，但杨过反应含糊，小龙女一时伤心，偷偷离开，杨过发现小龙女失踪，四下找寻，时再遇陆无双，两人为逃避李莫愁，历尽艰险，杨过对陆无双好感，陆无双对杨过亦产生爱意，但杨过最后发现内心实深爱小龙女，与无双保持兄妹之情。杨过找寻小龙女遇到耶律齐，两人成好友，其时完颜萍万里追杀耶律楚材，被耶律齐打败，完颜萍伤心失意，遇到杨过，杨过教完颜萍三绝招，颜萍再刺耶律齐，却下不了手，完颜萍无奈离去。

杨过与周伯通再遇，与杨过成好友，而周伯通决带杨过上重阳宫。周伯通与杨过上重阳宫之际，途中遇到郭靖夫妇等人，杨过隐瞒过去，再见桃花岛之旧友，但格格不相入，时郭芙有武氏兄弟追求，十分烦恼，再见杨过之后，对杨过产生好感，但杨过对小龙女思念情切，对郭芙并无好感，令郭芙产生恨意，一夜，杨过偷偷离开。杨过离开郭靖等人之后，在山之中发现藏边五丑伏击洪七公，杨过助洪七公对付他们，两人成友，其间欧阳锋亦在山锋出现，两老相遇，比试武功，连斗七夜，力竭身亡，杨过对两老之死深感难过，而在两人之比武过程间学得不少绝妙神功。

杨过误中霍都使下的圈套，令他落在丐帮手上，之后带往见郭靖，杨过把洪七公已死的经过告知，令郭靖极伤心难过，此时黄蓉怀有身孕，欲将丐帮帮主之位传给鲁有脚。

在英雄会中，金轮法王突然出现，并向郭靖下战书，借此希望成为武林盟主，把整个中原的武林高手控制，可惜突然小龙女与杨过出现，二人合力把金轮法王打败，最终令金轮法王气愤离开。英雄会完结后，小龙女当众表示，要杨过做其丈夫，郭靖等人得悉后指其大逆不道，有违传统道德，但杨过及小龙女不理会众人之反对，同返古墓。