满清先祖努尔哈赤一族受明朝压迫，赤的姐夫阿台起义反抗。时赤投靠辽东总兵李成梁，却被梁的手下尼堪外兰指他为奸细而被追杀，赤跳崖逃生受伤，幸得敌对部族叶赫相救，并获贝勒杨吉奴招为婿，欲藉联婚化解两族仇恨。

李成梁要阿台谢罪遭拒，梁军大开杀戒，努尔哈赤的家人亦被杀害。赤向朝廷告状，只获赔偿及让他承袭爷爷的官职。赤矢志报仇，其族人得悉尼堪外兰联同各部族对付赤，竟离他而去；赤与兰的敌人结盟，不料盟友临阵退缩。

努尔哈赤虽兵不满百，却气势如虹，直捣尼堪外兰大军，兰落荒而逃。赤弟舒尔哈齐图团结建州各部，李成梁得悉后杀掉与赤亲近的杨吉奴，欲杀一儆百。梁向赤问罪，赤巧言善辩而逃过一劫。赤渐渐扩张势力，兰又密谋杀他。

尼堪外兰著巴穆尼杀努尔哈赤，安费扬古胁持尼之子，赤得以保命。尼联合四城主攻赤，赤起兵反击。赤叔父龙敦之子不战而逃，赤处死他，敦竟杀赤的妹夫报复，赤矢志报仇。尼战败逃去，与兰欲捉赤子褚英，却误捉古之子。

尼堪外兰与巴穆尼以安费扬古之子作胁，逼古杀努尔哈赤。古救子不果，只好将一切告之赤。赤施计成功救古子，可惜古子早已被喂食毒药，终离世，古愤然杀尼。兰走投无路下欲投靠李成梁，梁却出卖他，赤与古终手刃仇人。

努尔哈赤顺利统一建州女真各部，于费阿拉城称王，部下渐变得庸懒，赤亦因犒赏不公而令表叔索尔果不满，果带队离开，可是途中果被杀。赤自我检讨，决心定立国制，册封五人为大臣，惟独舒尔哈齐不被重用，齐大感不满。

努尔哈赤册封舒尔哈齐，惜齐仍耿耿于怀。赤入京弹劾李成梁，梁被调回京师。赤与叶赫的孟古成婚日，古兄布斋等人图谋瓜分赤的城池，赤拒。古诞下儿子皇太极。斋与九部联盟攻打赤，此时龙敦指古为奸细，成功挑起民愤。

孟古含冤莫白，获舒尔哈齐等人担保才息民怨。布斋大军压境，努尔哈赤率军对抗，杀掉斋，并俘掳纳兰布禄及乌拉的布占泰。多年后，乌拉发生夺位之争，赤决定放泰回去继位，并将齐女许配予泰，望能控制乌拉，令齐大怒。

努尔哈赤派人接收布占泰的部民，叶赫游说泰伏击赤军，赤军奋力还战，舒尔哈齐却擅离职守，事后被逼把兵权交予儿子阿敏。李成梁复职，欲以齐来牵制赤。泰藉扈伦四部结盟作胁，成功逼赤把女儿穆库什嫁给他，什痛恨赤。

布占泰让阿巴亥与努尔哈赤联姻，赤对亥极冷淡；穆库什伤心出嫁，扬言不会原谅赤。赤派兵攻打哈达，舒尔哈齐自荐出征，赤答允。齐行兵失当，赤遂亲自领兵，终获全胜。事后齐逃亡失败而遭囚禁，孟古替齐向赤求情不果。

孟古病逝，临终前托阿巴亥照顾皇太极，努尔哈赤悲痛下暂停征伐。赤探望舒尔哈齐，齐发狂欲杀赤，结果为赤所杀。赤立褚英为嗣子并派他领兵攻打叶赫，叶赫求和，英竟下令屠城。英与五大臣不和，龙敦遂怂恿英整治他们。

布占泰与叶赫的金台石联手对付努尔哈赤，泰更凌虐穆库什，什向赤求救，赤亲征成功救出什。泰逃往叶赫，赤派禇英带兵进攻。泰与石求得明军相助，英欲与明军交锋而与众臣起冲突，遂命皇太极与明军交涉，要极劝退明军。

明军拒退兵，皇太极私向努尔哈赤禀报，赤遂命禇英停战，英对极含恨在心。穆库什与旧情人图尔格再续前缘，却遭布占泰偷袭，什遇害身亡，赤赶至怒杀泰。英专横跋扈把持朝政，众阿哥与五大臣遭他逼害，众人决拼死反抗。

禇英遭受指控，努尔哈赤愤而把他软禁。明军阻止赤攻打叶赫，赤遂励精图治，制订八旗制等种种制度，欲养精蓄锐。禇英不得民心，赤有意另立嗣子，龙敦故意挑拨四大贝勒的感情，欲使他们骨肉相残，赤得悉后遂把敦放逐。

禇英被囚两年，他受龙敦唆摆而向努尔哈赤下毒咒，赤发现后无奈把英处死。女真族羽翼已丰，赤决定建立后金国，改元天命。明朝对赤虎视眈眈，更对他一再欺压，赤遂对明发兵，更特意借此观察两贝勒代善与皇太极的表现。

努尔哈赤攻打抚顺，皇太极施计不费兵力，成功夺得城池。赤请得名臣后人范文程出任谋士，顿如虎添翼，加强赤入主中原的野心。极献计攻打沈辽，怎料明军此时联合叶赫等诸部，挥军直指赫图阿拉城，欲一举歼灭后金国。

明军来势汹汹，努尔哈赤面临空前危机，惟有背水一战。赤心神大乱，幸得阿巴亥安抚激励，终于回复斗志。赤以寡敌众，于萨尔浒之战中将明军逐一歼灭。明御史熊廷弼接掌辽东，决意重整旗鼓；另方面，赤遂趁机铲除叶赫。

努尔哈赤统一女真各部，皇太极贪功欲吞并辽阳，被熊廷弼击败，几乎全军覆没。代善待人宽厚，甚得赤欢心，于是极收买阿敏指证善与阿巴亥有私情。赤得悉后愤然把亥软禁，再削去善的权力。善含冤莫白，始知遭极陷害。

熊廷弼养精蓄锐欲反攻努尔哈赤，岂料壮志未酬，竟遭朝廷问斩，袁崇焕决继承其遗志。赤攻陷广宁，不久汉人策动谋反。赤重遇当年舍命救他的小梨花，花下毒欲杀赤以替汉人报仇，却被安费扬古识破，古与花同告中毒身亡。

努尔哈赤迁都沈阳，进一步与明为敌。袁崇焕于宁远整顿军纪，朝廷却降旨将他调走，焕不惜抗旨留守。赤对焕劝降失败，决定发兵攻打宁远，岂料惨败，额亦都更不幸阵亡，赤遂亲征扬言血洗宁远，可惜首尝败战，负伤而回。

努尔哈赤前往别院静养，阿巴亥求得鄂尔果尼让她暗中服侍赤；亥冒死与赤见面，两人终于和好。赤于回沈阳途中病逝，亥遂暂时掌政，并由八大亲王扶助。皇太极为争权讹传赤之遗命，逼亥为赤殉葬，亥为长伴赤而甘心赴死。

努尔哈赤死后汗位悬空，八大亲王商议后，终推举皇太极继位。庄妃向极议论时势精辟中肯，惜忠言逆耳，惹极不悦。众贝勒各怀鬼胎，极面对内忧外患，遂步步为艰。极多番派人与袁崇焕交涉议和不果，两人见面终达成共识。

袁崇焕以和议作掩饰，暗中加紧防御后金，皇太极得悉后亲征宁远，却战败而回。阿敏与莽古尔泰对极不满，私论极而被处分。崇祯帝即位，他下放权力予焕，让他收服辽东；焕为与极议和而杀守将毛文龙，不料极竟偷袭京城。

袁崇焕回朝救驾，范文程施反间计，让崇祯误会焕有异心，焕被处死。皇太极重用程，并引用汉人之制度。阿敏与极的冲突加剧，敏被派往驻守永平；明军来袭永平，极命敏把城内的汉人带回沈阳，敏竟因汉人造反而愤然屠城。

阿敏滥杀百姓，皇太极夺回其权位，交予敏弟济尔哈朗。极病倒，庄妃悉心侍候，终获极的宠幸。敏派人刺杀极不果，极疑为敏所为，把他囚禁。阿巴亥之子多尔衮接掌兄长阿济格之位而成为旗主，他处心积虑，誓要夺回汗位。

多尔衮欲先除去代善与莽古尔泰，遂随皇太极出征，并于战场上身先士卒，结果受伤。泰因让衮充当死士而遭极问罪，他更因醉酒，于御前拔刀，最终被极降为一般贝勒。衮趁机提议废除善与极并坐议政的权力，让极一独尊大。

皇太极仿明设立六部，由多尔衮等人执掌，莽古尔泰感气愤，望藉女儿与极长子豪格的婚事而东山再起。极质问衮于八旗中安插人手之事，衮巧言解释，反被极赞赏。泰故意揭发衮弟多铎与范文程妻子的奸情，欲一挫衮之锐气。

多尔衮为多铎向皇太极求情，愿与铎出征蒙古以赎罪。极善待汉人，惹代善等贝勒不满，满汉之间的冲突不断发生。莽古尔泰恨极数典忘祖，暗中欲将他推翻。衮三兄弟成功戴罪立功，平息风波。衮上奏善抗旨，极与善起冲突。

皇太极拒上朝，代善无奈向他请罪，终获原谅。莽古尔泰设局杀极，善惊闻儿子参与此事，带兵赶往救极，并杀泰灭口以掩饰一切。极得传国玉玺后，经多番商讨，决定称帝，改号大清。多尔衮令皇权独大，其势力亦与日俱增。

豪格向庄妃指多尔衮心术不正，望她劝皇太极小心，庄却为衮辩解。衮利用皇太极的宠臣冷僧机搜集群臣罪状，并对众人施压，惹来众人不满。衮对庄生情并向她表白，庄痛斥他。极知悉衮对庄居心叵测，暗中对衮加以提防。

多尔衮功高盖主，态度目中无人，更竟肆无忌惮地缠著庄妃。崇祯派出猛将洪承畴阻止皇太极入关，极欲派衮上阵，衮拒，极烦恼不已，豪格遂自告奋勇挂帅出征。极外出为宸妃祈福后，偶遇一名高僧而获知其享寿，令他忐忑。

豪格生擒洪承畴，皇太极欲使他归顺大清，庄妃施计，软硬兼施下成功劝服畴。畴献计使明朝乱上加乱，极遂趁机发兵进攻。极病重，借狩猎为名离宫休养，结果惹多尔衮、代善等人猜疑，极决定假装无恙回来，惜终被衮识破。

多尔衮打探皇太极的病情后伺机行动，欲与豪格争夺帝位。极在庄妃照顾下避见群臣，此时阿巴泰贝勒大胜明军，凯旋而归，极答允出席其庆功宴。衮于席间故意向极敬酒，令极病情加深。极驾崩，临终前并未宣布继位人选。

皇太极死后，庄妃与皇后失去依靠，决意确立威信以自保。豪格与多尔衮各自拉拢人马拥护自己，支持格的鳌拜与衮兄长阿济格起冲突，拜误伤格。衮联同代善逼庄惩治拜之罪，并追问继位者谁属，庄舌战众人，暂时平息纷乱。

豪格与多尔衮势力相当，两人中谁若继位皆兵戎相见，令大清基业尽毁。庄妃得范文程指点，决另立幼子福临，并由衮辅政，格为大局著想甘愿放弃皇位。衮知大势已去，遂煽动代善反对临，另方面却指证硕托谋反以向善报仇。

福临登基后改元顺治，庄妃荣升太后，多尔衮则任摄政王，继续独揽专权。明朝受李自成的叛军牵制，衮欲趁势进攻，却为吴三桂所阻。衮对庄死心不息，庄要衮带领满清入主中原，并扶助治成材后才肯下嫁他，衮皆一口答应。

李自成攻陷京师令明朝覆亡，吴三桂之妾陈圆圆遭成将捉去，桂向多尔衮求助，引清兵入关而成功救圆，却败了一身名节。大清定鼎北京，衮向庄太后重提婚事被拒，遂荒废朝政，害得多铎病逝，豪格对衮不满，二人势成水火。

多尔衮将豪格囚禁并把他饿死，又施计向庄太后逼婚，庄为了顺治，无奈就范。多年后，治长大成人，衮努力改过终令庄对他改观，可惜此时衮突然中风，撒手人寰。治执政后却表现慵懒，阿济格趁机作乱，逼治封他作摄政王。

阿济格以下犯上，旋即被囚禁。顺治因此揭发多尔衮生前欲篡夺皇位，遂将衮抄家并褫夺其名号，更命人把他鞭尸泄愤。庄太后为治迎娶皇后，可是此婚事原来乃衮生前所撮合，治因而讨厌皇后，宠幸佟妃，其后治更决意废后。

顺治任意妄为，施政只凭个人喜恶，私下又掠夺人妻，害至表弟含辱自尽。治因纵欲过度而病倒，庄太后遂临朝执政，把治宠信的奸臣冷僧机处死。庄又请多名相士为治算命，皆指出治英年早逝。治得悉机被杀，遂与庄起冲突。

庄太后安插人手监视顺治，治不甘受制，故意重用宦官吴良辅，又荒废政事，与庄针锋相对。江南名妓董小宛与冒辟疆相爱，洪承畴却征召宛进宫，宛为救疆，惟有从命。治对宛一见倾心，宛借此要治把畴处死，方肯作其妃子。

顺治欲杀洪承畴，畴向治求情而终获释。治因得不到董小宛而荒废朝事，庄太后惟有摄政以整顿纲纪。治感身为帝皇之苦，遂萌生出世之念。庄听闻治私藏汉女，下令搜宫，宛获济尔哈朗帮忙而假装官宦之女，获庄封为董鄂妃。

董鄂妃决意留下来辅助顺治，治虽有心改过，但处理政务时却屡感挫败，政事遂交由庄太后独力打理。庄处理国事感心力交瘁，此时济尔哈朗病逝，庄更感朝中乏人，于是她封鳌拜、索尼等四人为议事大臣，让他们共辅朝政。

鳌拜暗中结党，与索尼互相倾轧。吴三桂消灭明室余孽有功而获封藩王，陈圆圆劝他辞官却被拒。董鄂妃怀有龙孕，临盆时碰巧三阿哥玄烨病重，顺治只惦念著鄂妃，令庄太后不悦。治欲立鄂妃的四阿哥为太子，与庄再起冲突。

顺治执意封四阿哥为太子，庄太后最终让步，岂料四阿哥此时突然夭折，治痛心疾首，更怀疑是庄痛下毒手。董鄂妃悲痛下遽然而逝，治万念俱灰，决定出家，惜无法成事，最终因患天花而病逝。玄烨其后继位，改元为康熙。

康熙年幼登基，庄太后荣升太皇太后，鳌拜等四人则出任辅政大臣。拜权倾朝野，与吴良辅勾结敛财，被熙身边的统领发现，两人遂陷害统领，将他杀害。熙深深不忿，太皇太后命洪承畴对付辅，畴却不敢从命并要求辞官归去。

吴良辅偷运宫中宝物，被康熙人赃并获，熙处斩他。鳌拜向熙问罪，太皇太后怕拜对熙不利，故对拜忍让。拜越来越狂妄，先诬害曾得罪他的传教士汤若望，继而擅批奏章，处斩上奏废除圈地政策的大臣，熙感愤恨却无力反抗。

太皇太后得范文程死前提醒，遂决意让康熙成婚。熙婚后亲政，废去议政大臣之职。鳌拜含恨在心，处死与他为敌的大臣苏克隆哈，太皇太后著熙忍耐伺机还击。熙长大成人，时水灾为患，他微服离宫体察民情，岂料突然遇袭。

康熙遇袭获卫婵相救，熙对婵一见钟情。原来偷袭事件乃鳌拜之弟主使。熙暗中壮大势力，一方面提拔吴六一为禁军统领，让他掌握京师兵权，另方面熙与摔角手勤练摔跤，似有图谋。拜收豪格之孙为义子，密谋部署当摄政王。

康熙微服出宫对卫婵展开追求，遭鳌拜监视行踪，因而大感不悦。熙故意假装爱玩蟋蟀、摔跤，令拜掉以轻心。拜毒杀熙不果，于是发兵谋反，与熙兵刃相见。太皇太后著熙施计制敌，熙引拜往练武厅，欲与摔角手合力制服他。

康熙将鳌拜的党羽逐个击破，并把拜捉拿，成功粉碎拜叛变的阴谋。熙与卫婵两情相悦，欲立她为妃，可惜因婵为汉女而不能入宫。婵被病父催促下嫁表兄，熙不能违背祖训，有口难言，婵伤心不已；婵父病逝后，婵不知去向。

康熙有意撤藩，适时尚可喜请奏告老还乡，熙即禁止喜子之信世袭爵位。吴三桂欲试探熙之心意，著耿精忠亦提出请辞，明珠一度隐瞒此事，并与索额图为撤藩之事各执一词。熙执意撤藩，太皇太后与他起冲突，幸两人终和好。

吴三桂向熙请辞欲再试探其心意，不料熙竟允其所奏。康熙冷待皇后，太皇太后得悉后插手此事，反令熙更讨厌皇后。熙逼桂尽快撤藩回京，桂思前想后，决定联同尚可喜、耿精忠与熙对抗，并打著反清复明之口号直捣北京。

吴三桂之师势如破竹，康熙故意收回对尚可喜与耿精忠撤藩的命令，成功令喜变节，不料尚之信却夺父权继续谋反。熙认为桂等三人各怀鬼胎，决定先对付忠与信。两人被逐一击破，桂兵败如山倒，熙更下令将吴应熊一家处决。

皇后诞下儿子胤礽后离世，康熙为安定人心，立礽为太子。吴三桂自立称帝，登基日却病逝，其孙吴世璠继位，旋即被清兵消灭。此后熙勤于政事，安内攘外，索额图与明珠却明争暗斗，各怀鬼胎。珠为朝廷办货，竟重遇卫婵。

卫婵与康熙重逢，终得悉其身份及苦衷，遂决意冒死入宫与熙一起。德嫔为熙诞下胤禛，无意间发现熙行踪神秘，并向太皇太后透露了口风。太皇太后终发现婵，并待婵诞下胤禩后赶她离宫，更宣称已将她处斩，令熙悲愤不已。

康熙寄情国事并纵情声色，图忘却悲痛，可是熙的挚友纳兰性德不久病逝，令熙倍感哀伤。熙励精图治令满清国势日隆，明珠却营私舞弊并暗中争权，熙得悉后大怒。熙忙于国事，疏于照顾众王子，让太皇太后不满，更遭责备。

明珠贪赃枉法，索额图等官员上奏其罪状，康熙念及与珠子纳兰性德之交情，终免珠抄家之罪，只把他贬为内务大臣，图却仍对珠及其党羽穷追猛打。众阿哥缺乏教导，熙遂决定亲身施教，望众子能文武全才，父子间感情大进。

太皇太后病危，康熙寝食不安，惜太皇太后终病逝。不久佟贵妃亦病逝，德嫔获封为德妃，由她打理后宫。卫婵原来未死，她托明珠安排与熙见面，并与胤禩重逢。婵获封为良妃，她得悉德当年害她与熙分离，遂对德含恨在心。

良妃夺回胤禩，惜禩对她甚感生疏。太皇太后忌辰，德妃临盆缺席，良伺机赶德出宫，幸康熙接报赶往阻止。熙向良晓以大义，良与德终和好。众阿哥长大成人，熙与胤褆亲征噶尔丹，政务交太子胤礽打理，索额图遂趁机弄权。

索额图与明珠起争执，于是图向胤礽诬陷珠，结果珠被革职；康熙出征期间接到大臣之奏表，决定托病召礽前来教训一番。礽欲处斩珠等大臣，幸胤禩请良妃帮忙，终劝服礽放过众人。熙征战回来惊闻珠已告老还乡，龙颜大怒。

康熙为明珠一事，责备胤礽，望他悔改。噶尔丹再度作乱，熙与胤禛及胤禩出征，命礽留守。熙命礽送子母炮到营地，礽却漫不经心，胤禔遂私提火炮运往前线，礽为此与褆起冲突。礽结党营私，挑起官员仇杀，时熙凯旋而归。

康熙得悉朝中大乱，遂怪责胤礽与胤禔。胤禛及胤禩往年羮尧的军营视察，二人同看上年翠薇。礽与索额图拉拢大臣营私舞弊，禔、禩遂暗中与他们对抗。熙南巡时发现图中饱私囊的罪证，但念著他过往的功劳，最终放他一马。

胤禔指太子党欲对付他，康熙决定把索额图贬为庶民。年羮尧试探胤禛及胤禩后，替妹翠薇选择禛为对象。胤礽窥探熙的动静，被废太子之位，禛为他求情亦遭囚禁。禔与禩皆欲成为太子，熙却阻止众大臣提名禔，禔向熙控诉。

良妃替胤禛求情，禛获释。胤禔提出与胤禩合作，以共享天下为条件。众臣举立禩为太子，康熙反对。禩派人刺杀胤礽事败，禔向礽下咒亦被熙揭发，遂供出禩的阴谋，二人被判罪。礽恢复太子之位，禛与年羮尧密谋与他抗衡。

胤礽故态复萌，胤禟找胤禛商量应对之策，禛却假装不问政事。良妃病逝，胤禩获释，他欲与众阿哥对付礽，禛却决意保持中立。禩与礽先后遇刺，斗争越演越烈。礽感众人不服自己，向康熙提出欲与他分理政事，熙龙颜大怒。

康熙废去胤礽太子之位，胤禛决定乘时而起。胤禩等人欲逼熙册立禩为太子，熙大怒而拒绝治病。禛长跪求熙就医，又因揭发礽的阴谋有功，获熙大为赞赏。禩欲铲除禛，更逼熙退位，德妃暗中目睹此事，找禛营救熙，禩被擒。

（大结局）胤禩事败被囚，胤禛自此大权在握，除逼迫胤祉等阿哥，更与胤禵争帝位。禵把禛的野心告之康熙，险遭禛杀害，幸德妃求情才得以保命。熙命禛代他前往祭天，暗中写下诏书欲传位予禵，不料被禛得知并篡改诏书。