秋猕大典，康熙下旨能猎杀「白煞灵」的皇子会被任命为大将军王；胤禛刻意帮助胤禵猎得「白煞灵」。李金桂擅闯围场，向胤禛求见儿子弘历遭拒。广慈师太率众徒弟刺杀康熙，却未料康熙将斗蓬披在他人身上而免却一死。

胤禵向康熙献上「白煞灵」，获封大将军王，领兵出征西北；胤禛却被禁于圈禁所，独对高墙。刘勇妻儿被官兵追捕，长子李卫独力抵抗，得了因解救。康熙命胤禛不带银両、只带贴身太监玉坠子，前往江南查明木兰刺客之事。

甘凤池等道出在木兰撤退时得「火凤凰」解围。胤禛在客栈打探江南乱党消息，时而闻得官兵前来捉拿万九，遂查问冤情，却被吕丝儿出言顶撞，胤禛对她留下深刻印象。虞美人潜入胤禛房间搜查却被发现，胤禛派玉坠子尾随。

胤禛得知了因劫走万九的去向，与玉坠子上山查探。王照邀舅公岳钟琪出面，迫吕丝儿与其拜堂成亲，丝儿速逃；胤禛闻知丝儿被逼婚后，以深厚内力击退钟琪。废太子胤礽痴痴呆呆，隆科多向康熙指出胤礽可能被下蛊。

隆科多掘出木头公仔后，被多名黑衣人突袭；刘勇认出其中一人是胤禩手下。吕丝儿拜访胤禛，却撞见年福晋，尴尬不已。了因、虞美人等将金椒子带回曹仁文处，让仁文为甘凤池医治毒伤，适时官兵来至，幸得了因击退众兵。

祭天大典后，胤禩策动众臣请奏康熙立其为太子，康熙拒之，更宣布胤禵号令等同圣令；而往后的祭天大典改由胤禛代理。胤禛应邀到吕留良府作客，却见官兵闯入为御匾一事捉拿吕府人等，胤禛巧妙解围后，往另立御匾。

胤禛邀吕丝儿上山探索铜矿，却被土匪夺走马匹，二人只好在山上借宿一宵。吕留良称胤禛身份可疑，斥骂丝儿。工匠看到胤禛所写的是御笔，不愿为其造匾，胤禛只好亲自刻匾。康熙命胤祥查探木头公仔及胤禩私藏罪犯的事。

玉坠子故意生事被曹仁文手下打伤，获仁文送入药舖医治；坠子走入秘室后遇到甘凤池，却被打伤。吕留良无法拿出御匾正要被官兵押走，胤禛提著御匾前来解围。在山上暂避的东海学生为答谢胤禛供应物资，答允助其采铜。

李才与李金兰随振远镖局镖队前往石门。山中，胤禛与东海学生议论朝政之事，学生竟指当今世上只有吕留良才可当明君，胤禛不禁郁闷。振远镖队途经桐山，被土匪劫走镖车；胤禛得知吕丝儿只身闯入土匪巢穴，前往营救。

胤祥到胤禩府查探，未料胤禩竟带罪犯雅齐布现身，并拿出木头公仔，细数对康熙的不满。适时沙盖龙、沙盖虎前来捉拿雅齐布，胤祥竟出面替胤禩解围。胤禛召见年羹尧，共商继位之事；胤禛亲领羹尧等，上山图破土匪之巢。

土匪与胤禛发生冲突，吕丝儿赶至领年羹尧等入内救援。丝儿不慎被土匪捉住，胤禛甘愿就范；危急之际，姥姥等赶至助众人剿灭土匪。白泰官、虞美人回报甘凤池镖车被劫，凤池始说出内藏之物。康熙任年羹尧为川陕总督。

少林方丈命了因协助甘凤池寻回镖车，了因坚拒被方丈免去监寺之位。吕留良欣赏李才，收留李才母子在府中。凤池闻知胤禛将镖车据为己有，欲利用玉坠子寻找胤禛。留良见胤禛与吕丝儿眉来眼去，拒让丝儿往杭州刻印诗集。

胤禛向吕丝儿表明爱意，正欲轻吻丝儿，却被姥姥打走。虞美人送棺强邀胤禛会见甘凤池，胤禛与凤池以武会友后，指引凤池寻获镖车。胤禩自戴枷锁向康熙请罪，又命马齐率众大臣跪在五门为其撑腰，康熙无奈放走胤禩。

李卫纵火及擅闯牢狱救走刘勇，却巧遇康熙被擒，康熙见父子情深释放二人。胤禩借救火护驾为名，率兵直闯禁宫却被禁军阻挡。广慈问了因是否愿意共策反清复明大计，却被拒绝。胤禛夜闯少林寺遭打伤，幸得广慈出手救治。

吕丝儿假装在房间内上吊，迫使吕留良答应让她前往杭州。胤禛为查探了因，愿在少林寺戴发修行。胤禛自荐为了因送饭，却见了因嗜酒如命，欲借此套出木兰刺驾之事。疯狗二刺杀胤禩反被擒，狗二贪财答应为胤禩效命。

刘勇拒说出胤禛与李金桂的关系惨被疯狗二击毙，适时金桂目睹一切。胤禛欲以迷酒迷晕了因却反被灌醉及点穴，其后了因竟提著胤禛一只鞋离去。少林弟子惊见方丈被杀，身旁却放有胤禛的鞋，众弟子擒住胤禛大兴问罪。

了因成为少林方丈后，扬言要对胤禛严刑迫供，却被雅齐布阻止，原来他认出胤禛是四皇子。胤禛表明已认出了因是木兰刺客之一，要了因将功补过，诱其他同党自投罗网。雅齐布聘张丑刺杀胤禛，图为胤禩扫除继位的障碍。

虞美人看到山璧上刻有「望儿归」三字，曹寅道出二十年前康熙游江南却与十七格格失散而设立此碑。隆科多收到胤禛急件后，请求康熙宣旨南巡少林，以诱江南乱党自投罗网。美人替曹寅回宫取药被追捕，却误闯康熙书房。

虞美人换上「火凤凰」装扮，击败沙盖虎后获康熙赐予回心丸，怎料美人回到曹寅处，却发现盒里的只是红枣、当归；曹寅终一命呜呼。胤禛精神不振，了因得知是张丑暗中施术，遂设法解救胤禛。吕丝儿寻至少林与胤禛重逢。

沈在宽在胤禛的枕头下找出符咒；胤禛听从吕丝儿所指取出经书以抵抗张丑的妖术，重拾安眠。胤禛、了因将雅齐布击毙，又设计引张丑入铜人阵后捕之。丝儿问胤禛所赠的玉带本属何人，胤禛直言是四贝勒，却瞒说是其好友。

广慈师太得知了因被揭发意图刺杀康熙而被捕，速领众人往少林营救。胤禛向年羹尧说出圣驾登坛只是诱饵之计，适时却惊悉父皇竟亲自前来，速往接驾。广慈等人夜闯水牢，始发现中计而身陷铜人阵，更被逐一制伏。

康熙要了因亲手处决乱党，以证投效之心；虞美人将康熙挟持，怎料广慈竟道出美人是二十年前失踪的十七格格。东海学生乘乱解放乱党后，却被火枪队重重围困，胤禛道出只要美人愿意回宫，便会放众人下山，美人无奈允之。

胤禛为少林之事向康熙请罪，却获盛赞智仁勇兼备。胤禩为得帝位，决装作顺从康熙。虞美人不吃不喝，唯有吕丝儿能劝之。胤禛向康熙提议带美人往承德山庄暂住，让她学懂宫仪礼节。德妃怒斥丝儿教坏美人，丝儿巧词辩之。

康熙见胤禩性情变得温驯，欣喜不已。胤禛偕虞美人、吕丝儿等抵达承德山庄，美人仍冷对宫仪礼节，被胤禛怒斥漠视身边人的感受。胤禛带丝儿到木兰狩猎，丝儿巧与李金桂相遇；金桂哭求胤禛替其雪冤，惟胤禛默然离去。

虞美人举行归宗仪式，康熙欣喜不已。吕丝儿趁康熙带众人到木兰狩猎，私自往寻李金桂，却与胤禵交手；胤禛制止后带丝儿到尼庵，丝儿见金桂无事始知错怪胤禛。康熙重获念珠，向德妃表示它戴在谁人手中，便是继位之人。

胤禛、胤禵因李金桂闯殿而大打出手，胤禩见状击鼓助庆，康熙被气至晕倒。康熙命胤禵返西北，又着胤禛往盛京祭祖。胤禛忍受胤禩的冷嘲热讽替胤禵饯行，胤禵深受感动。德妃盼胤禛扶助胤禵登上皇位，胤禛心中不是味儿。

张丑说出弘历与康熙命中互相呼应，胤禩得知后命疯狗二往杀弘历。吕留良有意安排李才与丝儿的婚事，以阻丝儿嫁给胤禛。张丑算出康熙大限将至，着胤禩掌控宫中内外。隆科多见胤禩蠢蠢欲动，命了因携血滴子守在乾清宫。

虞美人担心胤禩对康熙不利，向胤祥求助。了因说出对美人的爱意；美人命了因速往解救胤禛。疯狗二先后偷袭胤禛营地未果；张丑施妖术捉住弘历以挟胤禛，了因赶至救出弘历。康熙知美人挂念曹仁文，称可答应二人婚事。

美人偷听到胤禩许以封彊晋爵，游说隆科多让张丑为康熙医病。张丑推算出康熙移驾畅春园，病情必会恶化，胤禩闻言后暗中安排。德妃哭诉梦见胤禵遇险，康熙命人召回胤禵。胤禛举行祭天仪式后回京，见康熙精神每况愈下。

隆科多说出曾被胤禩利诱合作，又将截获康熙给胤禵的密召转交胤禛，劝说胤禛下定决心。胤禛欲请广慈师徒助阵与胤禩对抗，吕丝儿代赴杭州把信件送到广慈手上。广慈等逼了因切下二指以偿还叛师之罪后，决答应襄助胤禛。

隆科多宣旨命胤禛主持祭天大典，胤褆不服却被康熙圈禁。广慈分派徒儿们把守宫中各处保护胤禛等。胤禵收到胤禩密函后领军回京，惟在川陕关卡被年羹尧拒之门外；羹尧受胤禵十万大军所胁答允让胤禵带同几位近卫过关。

张丑趁弘历回府途中袭之，怎料发现轿中竟是广慈师徒，张丑终被击毙。康熙将手上的念珠转交胤禛；隆科多宣旨康熙将皇位传予胤禛后，康熙驾崩。胤禩调动各路兵马图入城；隆科多成功关闭城门后，却见胤禵回到城外。

胤禛册封隆科多、胤祥、马齐为总理大臣，胤禩则为首席总理大臣。胤禛此举实为明升暗削，借以分化胤禩的党羽。德妃因夺嫡传言质问胤禛，胤禛感气结。胤禵潜入城后约见胤禩，却不欢而散。了因偷袭胤禵未果被认出身份。

十二格格拒陷害胤禛，被胤禩派杀手伏击，幸获救。胤禛受众官查问康熙的起居言行；监笔陷于胤禛、胤禩两难之间竟服毒自尽。德妃因胤禵未被加封，跟胤禛对质。胤禛决改元雍正，胤字的贝勒改允，德妃徽号为仁寿皇太后。

登基大典后，雍正闻知允禵手持甘州大营殉阵将士灵位跪在乾清宫前，即移往相见。允禵控诉雍正主使了因刺杀他，又拿出一份康熙诏书要雍正打开，仁寿皇太后为怕两兄弟相争，渔人得利，抢去诏书烧毁；允禵终向皇兄跪拜。

吕丝儿向雍正拜别后，起程回江南。雍正力数允禵罪状，允禵知错自请往遵化守陵。虞美人闯入允禩府盗取瓷片被发现，幸得曹仁文相救，美人喜出望外，二人更互表心迹。丝儿回家后得知吕留良已上山出家，即赶往阻止。

吕丝儿阻止吕留良剃度未果。李卫到尼庵找李金桂，得知父亲刘勇是遭人杀害。李卫上报一本收录了允禩、允禵密谋起事之名册，求见圣上；雍正命李卫继续留在允禵身边担任内应。雍正命玉坠子到石门请留良主持博学鸿儒科。

玉坠子奉命抵达吕府，欲请吕留良主持博学鸿儒科，却得悉留良已削发出家。姥姥怕得失雍正，决亲自偕同吕毅中上京谢恩。雍正按照名册捉拿有意谋反的官员。雍正前赴木兰探见李金桂；允禩命疯狗二往杀金桂，以嫁祸雍正。

允禩为公报私仇，执意派兵围剿广慈师徒。疯狗二突袭李金桂得手，金桂负伤认出狗二是杀刘勇的凶手。狗二讹称受雍正主使后欲杀李才，吕丝儿及时阻止；双方打斗间李才将狗二推下悬崖。二人返尼庵后，却惊见金桂已入棺。

广慈师太召集天地会作后盾，并往日月屯助阵。姥姥呈上吕留良的头发代其为拒任官职请罪，雍正深明其意未作留难。留良怕雍正迟早召丝儿入宫，急安排丝儿与李才的婚事，让二人先过文定，待李才出人头地后，再拜堂成亲。

李才与吕丝儿举行过文定之礼，雍正竟亲自到贺。天地会之士趁机行刺未果，雍正竟要李才对出其所开的上联，否则惊驾之罪要由李才一力承担。十阿哥在日月屯不顾圣喻擅自勒令开火。吕留良向雍正留下一首诗后，突然病逝。

吕丝儿惊悉吕留良是自杀而亡，悲痛不已。虞美人盗印伪造圣旨后逃出宫外，原来雍正特意让其得手。日月屯之战一触即发，广慈闯进大营却被允禩射伤。广慈表示愿一死，以换日月屯的安宁；美人携圣旨赶至，命允禩撤兵。

允禩向雍正对质，始惊悉圣诏上的皇印是属康熙年代。十阿哥宣称带太医来医治允禵，实则让允禵逃离景陵，却未料被李卫出卖而事败。仁寿皇太后得知雍正下令处死允禵，欲往营救，却被雍正以死相阻。最终皇太后撞柱而亡。

允禵被处死之际，玉坠子携同圣旨阻止。雍正告诉允禵已免其一死，惟要削籍为民。李才在东海书院讲课，却不断谈论雍正，丝儿担心。年羹尧被参多本，雍正召羹尧入京本欲将其缉拿，却受制于羹尧势力之大，只得从长计议。

李才受吕丝儿鼓吹下欲报考乡试，姥姥等欲从中阻止。曹仁文与虞美人举行婚宴，却闻说广慈患病未能到贺，遂前往探之。了因向广慈索要混元经被拒，竟杀死广慈。仁文与美人揭发了因杀害广慈，惟双方激战后被了因逃脱。

雍正对吕丝儿念念不忘，命玉坠子将古琴送予丝儿。李才母子留信后欲不辞而别，却被丝儿撞见。丝儿直斥李才欲退还文定，遂向其表明心意；又决心带李才母子走出吕府。年贵妃病入膏肓，却表明希望雍正纳丝儿入宫。

年贵妃临终前为年羹尧向雍正求情。了因找允禩欲取回少林宝典，却被游说投诚。羹尧截获李卫密函，却见信中尽是美言大加赞赏，并连同亲撰的字画送回京，却一时大意写错字词，变成对皇上不敬之意；羹尧被贬杭州守门官。

雍正破格提升李卫为浙江巡抚；鄂尔泰藉李才所写的对联隐含反清之意，迫李卫查办亲弟。李卫说服万九帮忙以金椒粉迷晕了因后，将其捉拿。李卫将年羹尧的钦赐黄马褂革除。雍正收到丝儿来信求助，亲赴杭州审理李才之案。

雍正亲审李才却见他坚持己见，向丝儿慨叹欲救无从。立斩之日，甘凤池见刽子手两度斩不入了因，自荐代之。李才准备受斩，丝儿突闯刑场；玉坠子携圣旨赶至，命李才上京赴考。隆科多力数年羹尧罪行，雍正下旨命其自尽。

年羹尧接旨后上吊自尽。景陵中，长白二虎刺杀雍正未果，却意外地将十二格格杀死。允祥在二虎入住的客栈中搜出印有廉亲王府铸的赤金锭；允䄉现身指证允禩，雍正下旨削除允禩宗籍。李才高中状元，雍正命其在宫中办事。

雍正查出隆科多私藏宗室玉牒的抄本，加上涉及结党私营、贪赃舞弊等罪，遂将隆科多圈禁。允禩、允禟死于非命，雍正着允祥查明二人死因，允祥却在途中遭遇意外不醒人事。隆科多告诉李才当年篡改康熙予允禵的密诏之事。

玉坠子送食物予隆科多，却惊见隆科多已死。岳钟琪邀曹仁文医治腰伤，表面上有意商讨谋反之事，实则另有打算；仁文察觉有异速逃。虞美人闻知雍正挂念，回宫与兄长相见。美人受李才所托，警告吕丝儿暂勿夜出劫富济贫。

李才隐瞒浙江汇报之事被揭发，雍正速命人带李才离宫。李才冒险回吕府，说出岳钟琪检举曾静等结党谋反，并涉及吕留良所写的文章，让吕府上下均受牵连，军机处已颁令围剿石门；他又劝说丝儿上京找雍正，化解石门之劫。

吕丝儿入宫向雍正求情，雍正坦言无法推翻大清律例，但已在谋反罪的律法中新增若女许嫁已定则归其夫一条，以保其命。雍正又将信物交予丝儿以阻止李卫发动攻势，岂料丝儿连夜赶返石门，却惊见吕府上下已被满门抄斩。

李才重遇曹仁文等人，仁文指吕丝儿刻意避开众人，专心练功，以向雍正报仇。李才被官兵留难，丝儿现身解救后，却坚决要与李才断绝关系。雍正举行祭孔大典，丝儿刺驾未果，雍正看出刺客是丝儿后速命侍卫留活口。

吕丝儿伪装成考生入宫应试，趁机刺杀雍正未果，此时天地动摇，丝儿只好撤离。雍正迁离京城避灾，丝儿再度刺杀雍正未果，雍正却称愿死在丝儿手里。丝儿要雍正在一年半限期内改革吏治，雍正以死反胁丝儿入宫担任侍读。

雍正在吕丝儿协助下，勤于改革吏治。弘历从木兰打猎后回宫，被雍正道破其此行实为寻找生母李金桂的棺木。弘历追问下，丝儿说出金桂可能未死，并赴木兰查探，终在尼庵重遇金桂。弘历得悉后赶去，却得知李卫接走金桂。

吕丝儿安排下，弘历终与李金桂母子相认。宗人府命玉坠子暗杀丝儿，坠子陷入两难终自杀而亡。一年半大限已到，雍正视死如归，惟丝儿不忍下手要将限期延后。李才因撰写大清三朝演义，被宗人府严刑拷问；丝儿入牢探之。

（大结局）吕丝儿见李才情深义重，委身牢中为李才留种。大限之期，雍正视死如归，着丝儿报仇；丝儿提著雍正首级绝尘而去。弘历即位，改元乾隆。乾隆廿年，弘历闻说黄山有一对老神仙，貌似雍正与丝儿，遂上山寻之……