乾隆二年，苗人作乱，八皇爷率兵平定乱局。翡翠为逃避清兵追杀，纵身入河，获李金桂所救；八皇爷寻至，竟免金桂与翡翠一死。翡翠诞下女儿，将半块玉珮送予金桂后，匆匆而去。八皇爷回朝复命，告诉乾隆遇见金桂与陈家洛，乾隆答应亲自前往接亲娘回宫。韩冲劝阻乾隆，却未果，只好派沈玉妍往劝金桂离开，以免影响乾隆的皇位；金桂深明大义，跟乾隆重逢后，自杀而亡。八皇爷见状欲行刺乾隆，却被韩冲击毙。乾隆拾得翡翠的半块玉珮。

乾隆御驾亲征喀什噶尔回族，夺得可兰经凯旋而归。乾隆被刺客行刺，力敌众贼。顾春霖对刺客严刑迫供后，混入红花会集会，却被识破，更遭文燕来刺盲。春霖为免家人受到牵连，进殿恳求告老还乡，乾隆恩准。乾隆深知朝中已被红花会的势力渗透，决化名高天赐微服往江南查探，并只带雷总管一人随行。乾隆初遇卖唱的空空儿，却被她盗走腰间的半块玉珮。红花会老总舵主逝世，众当家推举韩天仇继任总舵主；方世玉感不服，欲挑战天仇的武功。

韩天仇与方世玉比武，世玉见势不对竟亮出暗刃，却被文燕来打伤，世玉终承认落败。天仇斥燕来放走顾春霖，着其斩草除根。空空儿发现乾隆的半块玉珮与自己的半块玉珮实属一对，遂假装卖身葬父接近乾隆，乾隆见她可怜送上银両，却无意带走她；空空儿穷追不舍，说服乾隆让她随行。乾隆惊见春霖一家惨遭燕来毒手，双方打斗间，燕来手下纷纷中暗器而亡，燕来则放软被擒，乾隆惊讶。乾隆命雷总管押燕来回京处置，并写信引荐韩年福入官场。

神秘人夜袭文燕来，燕来自言有愧于他，但为成就红花会大业，才迫不得已做出此事，神秘人闻言却转身而去。乾隆见周逸清因偷书被捕，竟出钱替其解围，二人因而结缘。陈总兵之子恃权妄为，欲赶走客栈食客，乾隆看不过眼，出手教训陈公子。方世玉识英雄重英雄，诚邀乾隆到府上暂避，更明言自己是红花会的人。乾隆获世玉引见韩天仇，天仇暗中试探乾隆等人，一度怀疑他们是官府奸细，欲杀之，后见捕头前来追捕乾隆，因而消除疑虑。

回族长老哈达与公主马香蕾到访灵隐山庄，跟红花会结盟抗清；哈达更表明夺回可兰经之人，可娶香蕾为妻。乾隆与韩天仇均被香蕾的美貌所吸引。陈公子伤重不治，陈总兵怒不可遏，领重兵包围灵隐山庄。陈总兵使计擒获苗翠花，迫天仇在限时内交出乾隆，乾隆闻言指出与杭州巡府是知交，可修书求他派兵相助。方世玉冒险送信，得空空儿暗中护送。巡抚斩杀陈总兵，替乾隆解围。空空儿、周逸清无意中发现乾隆玉玺，大惊，向乾隆跪地请罪……

周逸清跪求成为乾隆的干儿子，获乾隆答允。刘镛为隐藏文燕来的消息，将他秘密囚禁在枯井。雷总管向刘镛引见韩年福，刘镛答应让他暂留府上，再作安排。方世玉带空空儿出外游玩，坦言一早察觉她是女儿家。乾隆邀马香蕾月下泛舟，惟香蕾慨叹要为族人取回可兰经，只好拒之。乾隆向香蕾辞行，香蕾甚感不舍。韩天仇接报指可兰经正由京城运往云南大理寺，遂亲自出马夺回经书；哈达却发现经书是假的。原来真的可兰经已暗中送到乾隆手上……

乾隆假装被官兵打伤，获韩天仇救回灵隐山庄。乾隆向哈达送上可兰经，却将功劳归于天仇。天仇深知乾隆亦对香蕾倾心，却不解他为何让出迎娶香蕾的机会。天仇为试探乾隆，要他刺杀雷总管，乾隆只得借词拖延。白眉道人假意邀乾隆等人外出饮酒，让乾隆碰上雷总管；乾隆迫不得已出手，却又假装事败，天仇与白眉更添疑心。空空儿为替乾隆解忧，将实情告诉雷总管，雷总管决定留书自刎。天仇收到雷总管首级，终消除疑虑，招揽乾隆为五当家。

韩天仇命乾隆往抢夺朝廷与洋人的枪械交易。刘心兰获韩年福解开心病，刘镛决将心兰许配予他。刘镛接旨杀死文燕来，年福闻言自荐执刑。一轮虐打后，燕来被年福掉进海中，却又获红花会的人暗中相救。马香蕾不愿嫁给天仇，求乾隆带她远走，惟乾隆因有苦衷未能答允，香蕾伤心而去。白眉道人写请帖邀红花会成员出席天仇与香蕾的婚事，空空儿秘密抄写出红花会名册后，奉命转交刘镛手上。刘镛信任年福，将乾隆潜伏红花会及名册一事相告……

文燕来闯入刘镛府第夺走红花会名册，被官兵围捕，韩年福见势不妙，佯装上前追捕，好让燕来逃脱；刘心兰在旁看出端倪，事后拆穿年福的身份，却承诺会为他保守秘密。空空儿追上燕来，把他打下悬崖。红花会举行祭祖仪式，乾隆瞥见祭坛上供奉了李金桂的灵位。乾隆与天仇把酒谈天，问及灵位之事，竟得悉天仇便是弟弟陈家洛。香蕾再次求乾隆带她远走，却未果。燕来重伤获救，将乾隆潜伏红花会及名册一事告诉苗翠花，适时燕来中镖而亡。

苗翠花当众跟乾隆对质，却被乾隆巧妙辩之，翠花只好着方世玉带同文燕来的尸首离开红花会。翠花向世玉道出其身世，世玉始知燕来是自己亲父，立誓要手刃杀父仇人。朝廷大军杀入灵隐山庄，天仇与白眉道人被重重包围，天仇为白眉掩护，继而被生擒。击破红花会后，乾隆论功行赏，周逸清索要官职；空空儿却只求回复自由身。乾隆缅怀儿时与天仇之间的乐事，惟天仇始终认定娘亲被乾隆迫死，誓不罢休；乾隆不忍对付天仇，命人放走他。

乾隆对身怀龙胎的皇后关怀备至。乾隆按照红花会名册将朝中叛贼一网打尽，唯独未能查出单翼蜻蜓的真正身份。刘镛夸奖韩年福，乾隆决封年福为顾命大臣。马香蕾瞥见乾隆就是当今皇帝，愤然掴他一巴掌，更坚拒接受乾隆。皇后闻得乾隆为香蕾忧心忡忡，竟为香蕾亲自下厨，香蕾深被打动，终愿意进食。乾隆为讨好香蕾，欲在宫中兴建回教寺，又派刘镛出使回族结盟。韩天仇意志消沉，欲自杀，白眉道人及时阻止，并指可借助回族力量卷土重来。

太后斥乾隆兴建回教寺有失国体，惟乾隆一意孤行。空空儿讹称被乾隆抛弃，方世玉与苗翠花好心收留她。周逸清喜欢亚菊，借故亲近她。韩天仇、白眉道人说服哈尔族长与其合作抗清；此时刘镛携可兰经来至，提出两族议和，并邀哈尔参加乾隆与马香蕾的婚礼。哈尔召集族人商讨后，决赞成议和方案。天仇闻言感灰心，悄悄而去。空空儿遇见白眉，求他勿苦苦相逼，却未果，幸得世玉、翠花维护，让白眉失望而去。世玉得翠花首肯，与空空儿订婚。

马香蕾得悉乾隆为她兴建了回教寺，以及邀得兄长哈尔族长出席她与乾隆的婚礼，终展露欢颜。大婚之日，白眉道人现身行刺乾隆，却未能得手，落荒而逃。方世玉与空空儿在山上游玩，意外发现身受重伤的白眉，空空儿以德报怨，用毒蛇吸走其体内剧毒，救他一命，白眉大感意外。周逸清撞见亚菊与亚牛约会，伤心不已。乾隆带同皇后欣赏香蕾的舞艺后，乾隆应香蕾所求到湖边泛舟；此时皇后却不慎摔倒，众人大惊。太后闻言怪罪香蕾。

韩天仇在酒楼碰见恶汉调戏李凤姐，出手解围。韩年福召集红花会会众，宣称天仇与白眉道人已双双去世，遂公开自己单翼蜻蜓的身份，并自荐继任新舵主；此时白眉现身对质，年福自责错信情报，自刺一剑赎罪。皇后产下畸胎，太医猜测可能因早前宫中动土触怒神明所致。皇后为免此事外泄，竟将房内的人全部杀光；及后太后前来了解，即命人秘密处理畸胎及尸体，并宣称太子已经夭折。太后告诉乾隆畸胎真相，欲赐死香蕾，乾隆力保香蕾性命……

周逸清登门向亚菊提亲，亚菊父母贪钱，答应劝服亚菊。亚菊与亚牛相约私奔，王伯暗中利诱亚牛一走了之。乾隆得悉法师虐待马香蕾，赶往制止，并将法师处斩；太后愤然跟乾隆对质，两母子不欢而散。白眉道人得空空儿悉心照料，大受感动，决与她结为义父女。白眉更提议让方世玉、空空儿立刻成亲，苗翠花允之。此时官兵突袭，空空儿迫不得已使出飞刀，为众人解围。翠花认出飞刀是杀死文燕来的凶器，要世玉杀死空空儿，惟世玉不忍下手……

周逸清与亚菊举行婚礼，却见亚菊宁死不嫁，逸清明白爱情无可勉强。乾隆为替亲娘李金桂另起山坟，决意微服出巡。刘镛担心乾隆安危，着韩年福暗中调派人手护驾。刘心兰指红花会已荡然无存，劝年福此行全心护驾，惟年福却执意要报雍正当年杀害其父年羹尧的仇。恶霸在酒楼调戏李凤姐，乾隆出手教训恶霸后，匆匆而去。韩天仇在凤姐口中闻得此事，怀疑乾隆微服而至，欲往报仇。乾隆因被控伤人而被带到衙门，适时年福现身为乾隆摆平事件。

县官为讨好乾隆，借故将李凤姐带来。乾隆单刀直入向凤姐求婚，更自揭是当今皇帝，凤姐又惊又喜。乾隆与凤姐共度一宵后，着凤姐先回家，待他办事后，会前往迎接她。方世玉遍寻空空儿未果，愁眉不展。空空儿失意酒醉被人抢劫，获乾隆所救，大感窝心，决一心一意服侍乾隆。韩天仇欲伏击乾隆，被空空儿察觉，幸得白眉道人相救。乾隆得悉空空儿与世玉的事，设计帮助她。皇后假装染上怪病，太后认定是马香蕾暗中下蛊，后更搜出邪门公仔。

马香蕾被太后判处绞刑，刘镛推说要顾全大体，必须暗中在宫外处死香蕾。刘镛押香蕾到府上，下令把她推入水井。方世玉离家出走，寻找空空儿下落。乾隆登上恒山观赏日出，韩天仇、白眉道人暗设炸药，却被流浪狗弄破好事，未能引爆炸药。黑衣人向乾隆投掷飞镖，空空儿接住飞镖后随即还击，却误中副车，击中世玉。空空儿为世玉医治毒伤，却未料木桶早早被人施毒，忽见世玉一命呜呼，空空儿自责害死世玉。乾隆接获密函，惊悉香蕾出事……

空空儿道出当年先母翡翠获李金桂所救，她为了报恩，一直守护在乾隆身边。空空儿推著方世玉的尸首回去找苗翠花，更欲随世玉殉情，却被翠花阻止，并指要查出毒害世玉的真凶。韩年福密会韩天仇，竟骗说乾隆欲对马香蕾不利，借此挑拨天仇的恨意。乾隆祭母后，起程回京。天仇为行刺乾隆，不惜自损声带，惟最终仍事败被擒。李凤姐苦等乾隆未果，郁结成病。乾隆回京后，喜悉刘镛原来偷偷将香蕾收藏在井里，乾隆继而带香蕾入宫求太后宽恕。

皇后甚表懊悔，向乾隆、马香蕾道出陷害香蕾的缘由。香蕾自责令宫廷不得安宁，恳求乾隆允许她回乡，乾隆忍痛答应。李龙击鼓求见乾隆，却被官差重打；乾隆闻讯，记起当日曾许诺接李凤姐入宫。乾隆释放韩天仇，并着他带香蕾离开，二人终于和解。天仇发现香蕾被杀，即被韩年福当场逮获；乾隆欲处死天仇，刘镛却指案中疑点重重。周逸清奉命接凤姐入宫，凤姐见李龙因她被打至残废，竟拒绝入宫。天仇决意退隐江湖，将红花会交托白眉道人。

（大结局）刘心兰不愿得失刘镛与韩年福任何一人，竟留下「无头蟋蟀缠草根」七字后，自寻短见。年福自觉有负心兰，对出下联「单翼蜻蜓摧花蕾」，自揭是年羹尧之子后，自轰脑门毙命。乾隆寻得韩天仇，并说出马香蕾是被单翼蜻蜓所杀；此时白眉道人现身承认是单翼蜻蜓，却坚称乾隆才是杀死香蕾的真凶。天仇设计试探二人，白眉作贼心虚，露出马脚。乾隆与天仇合二人之力，仍不敌白眉，此时空空儿赶至，揭穿白眉是十四皇叔，并将其击毙。