赤练仙子李莫愁突然重出江湖，过上挂有「何」字的镖旗，不由分说将所有镖师杀清。原来莫愁今次是为了十五年前，其意中人陆展元抛弃她而与女子何沅君成亲，更被枯荣大师打伤和羞辱而重来找沅君报仇。今日再遇枯荣，莫愁已练成绝世武功，轻易用冰魄银针把枯荣刺伤，枯荣临死前遇武三通叫他通知展元逃难。 三通为人疯疯癫癫，时好时正常，原因是他曾有一要好女子与展元妻何沅君长得极似，但沅君是其义女，故使三通弄到痴痴呆呆。 莫愁找展元要他亲手杀妻，展元不允其要求，莫愁便在陆家留下九个血手印，依照惯例，一手印便是杀一人，展元甚为恐慌。 三通妻三娘带同儿子敦儒与修文来到陆家，因恐三通向展元干出傻事，但三通非常正常，更把展元女无双和侄女程英和他二子带往安全地方。莫愁来，沅君在她面前自尽，莫愁要展元跟她走，但展元又随妻自杀，莫愁再向三娘追问小孩下落，但碍于三通懂得一阳指而离去。

杨过返回破窑，惊见无双、程英、敦儒和修文等人在大吃大喝，于是要他们赔款百两。 莫愁暗中跟著三通夫妇来到破窑，要杀沅君的孽种来泄愤，三通出手阻止但很快便中了毒针倒地，杨过奋不顾身地挡在两女前，中计骗得莫愁答允不杀他，而他马上用手抱紧莫愁，叫各人离去，可惜无双和程英很快又被捉回。 杨过不小心触到莫愁所遗下的毒针，大为惊慌。时西毒欧阳锋来答应替杨过医治，但先要他发誓以后要认他为父，杨过即时应允。 三娘为救夫不惜用口把毒汁吸出，三通又疯疯癫癫地走去，不久三娘中毒丧命，遗下孤子。时郭靖、黄蓉同来找女郭芙，认出杨过是杨康之子，便与武家二子一齐收留起来。 欧阳锋来找杨过医病，遇柯镇恶和郭靖夫妇，双方打起来，欧阳锋与郭靖对掌，同告受伤，镇恶欲趁其伤取其命，但为杨过设的陷阱所击退，且还受了伤。郭靖因也受了伤便与各人返桃花岛休息，杨过觉岛上有家庭温暖，不禁感动落泪。

杨过不像敦儒、修文对郭芙那样托大脚，其实郭芙是对杨过颇有好感，只是杨过太冷淡了。 杨过捉了只黑蟋蟀，武氏兄弟又找来一只，终于由斗蟀演变成打架，二武还冤枉了杨过。郭靖有见及此，收了四人为徒，黄蓉即自荐要亲自向杨过教授武功，郭靖大喜，但其实蓉只不过一直教杨过「大学、中庸」等书，半点功夫也没有教过他。 过了半年，二武找杨过比试武功，杨过根本不敌，但因面子问题便顶硬上，结果二武很快便把对手压倒，杨过差点窒息，危急时竟顺手施展出蛤蟆功来，把修文打晕。郭靖、黄蓉一看出是欧阳锋所教的，便把杨过改送往终南山跟全真教学武，以平息柯镇恶的怒气。 当郭靖与杨过抵终南山脚时，因杨过讲错话令郭靖错手击毁石碑，于是全真弟子便把郭靖误当淫贼看待，最后才弄清楚，一齐合力对付真的淫贼霍都和达尔巴。另一方面，杨过被全真教鹿清笃所擒，他用计把清笃弄至满身粪便，其味无穷。

霍都领教过郭靖的武功后，知道打不过郭靖，借意便与达尔巴离去。而丘处机向大家介绍郭靖的身份后，大家误会便消除。 郭靖向处机问起发生此事之因由，处机便由祖师的历史说起，一直解释到为何现在要帮古墓派龙姑娘退淫贼止。靖听后即与各人向古墓进发，当抵达时，见霍都等被玉蜂群袭击落荒而逃，便知古墓里的龙姑娘功夫不在他们之下。 杨过正式拜师入全真教，被安排跟赵志敬师傅学艺。当靖离去后，志敬即时向杨过报复，拳打脚踢，但杨过的顽强性格也吓怕了他。 处机因要下山协助清净散人对抗莫愁，使杨过的境况更凄凉。果然，当处机离去后，志敬便要杨过去担水斩柴；这还不算，清笃又来对杨过诸多欺凌。杨过因觉身危，于是便乘其不备欲偷走，结果被捉住，代掌门平罚过任伙工。 杨过被清笃每天指派送饭给海、天、虎三囚、三人对杨过的容貌甚为有印象，原来三人以前曾为杨康办事，杨过知道后，向他们追问父亲如何被杀，三人要他设法释放才讲，结果杨过用计救了他们，而他们却说出凶手是郭靖与黄蓉。

小人赵志敬表面对人说开始教杨过武功，实则只教他口诀。在半年后还派他与清笃比试武功，杨过根本不是清笃的对手，很快就被打到不似人形，但杨过又像上次对二武时一样，临危时使出蛤蟆功将清笃打晕，便马上逃走。 志敬等带人追捕，杨过走入了古墓的范围，玉蜂群马上出击，把志敬等人击退，杨过也为玉蜂刺伤晕倒。后孙婆婆把杨过救回古墓，用蜂浆把他诊治，了解杨过身世后便求小龙女把他收留，但小龙女基于教规加以拒绝。 孙婆婆带同解药与杨过回全真教欲解决杨过的问题，但郝大通指解药是毒药，还一定要孙婆婆把杨过交还。大家你一言、我一语、卒之动起武来，孙婆婆不敌大通处下风，大通不慎错手把孙婆婆打至重伤，小龙女赶至，孙婆婆临终前求小龙女照顾杨过一生，小龙女答允。孙婆婆死去，小龙女迫大通自尽偿还，但为丘处机赶到所阻。小龙女领孙婆婆尸体与杨过回古墓，并收他为徒。尹志平惊见小龙女之美貌，顿起淫心。

小龙女叫杨过睡在寒玉床上，解释是练功最佳地方，又用棋子教他擒拿手，杨过凭天资聪敏，很快就练得头头是道，小龙女甚为欣慰。 若要打败全真教，必读练成玉女心经，但因小龙女碍于不知全真教的口诀和心法便不能练下去。但杨过想起志敬曾迫他背过，于是他们便借此就开始练功。 杨过找了处僻静地方给小龙女练功，当她练至入境时，志平与志敬突为事争拗起来，最后还大打出手，骚扰了小龙女，使其经脉大乱，吐血昏迷，杨过欲杀二人，但由于小龙女伤重，只要他们发过毒誓后即与她回古墓疗伤。 小龙女临死前要先杀杨过，他不欲早死便逃出古墓。至山脚时遇莫愁徒儿洪凌波，凌波向杨过问路如何上终南山，后更要他作向导。 杨过见她朝古墓方向行去，倍觉留神，当凌波迫小龙女交玉女心经时，杨过突出手把凌波点了穴，但莫愁又来到，小龙女因知师姊武功了得，自己又受伤，故教杨过开动机关。

小龙女多次要杨过离开古墓，但他仍要与她齐共生死，以致四人齐齐困在古墓中。 小龙女杨过发誓一生不爱别人，杨过马上照做，于是二人便走入棺材等死，当杨过拉棺盖时，看见王重阳以前刻下的文字，引领他们走入另一个石室，石室中满刻上九阴真经的经文和出古墓之地图，莫愁与徒又来，小龙女不告之有关通道，她们唯有跟著，原来此乃水道，小龙女和杨过用玉女心法中的闭气心法潜咏，莫愁和凌波拼命拉著杨过双脚，出水后莫愁师徒已奄奄一息，小龙女和杨过便找了一处安静地方生活下来。 过了一段日子，玉女剑法配合玉女心经己练成，小龙女和杨过再开始练九阴真经。 一日，欧阳锋突到来，杨过与他相拥问候，欧阳锋要教杨过绝技，但怕小龙女偷看，便出手把她点了穴，而杨过仍不知道。志平来见小龙女不能动弹，用布把她面部遮盖，继而把她占有了，小龙女以为是杨过弄她，待杨过回来时要他当己为妻，杨过不明所以，小龙女见他眉间充满狐疑，掉头便离开了。

杨过因不知小龙女误以为失身于自己而触怒了她，使她一气之下便走去，在杨过正要追她之际，义父又来攘了一番，使他失去了姑姑的踪影。 杨过追至一茶寮，听说有一白衣女子不由分说地打人，杨过以为是小龙女，后来才知不是，但此女子和姑姑有几分相似，又使古墓剑法，而且所打的又是全真道士，于是便暗中出手相助。原来此人便是陆展元女儿无双，她正逃避师傅莫愁所追捕。因她行动不便，杨过就一直陪她逃命，更经常对人说无双是他的老婆。 一次，无双被几个牛鼻子打断了肋骨，杨过便要为她接骨，无双初次在男子面前赤裸身体，十分难为情，而杨过又首次看见女子的身躯，立时目定口呆。此后两人关系更为密切。 杨过为助无双逃避莫愁所追，使设计认识蒙古大官耶律楚材，更与无双住在军营中。在营中又遇上金国女子完颜萍来报父仇，于是又教她如何打败楚材之子耶律齐，使完颜萍甚为感激。 正当杨过与完颜萍倾谈之际，程英突来告诉杨过莫愁已捉了无双，于是杨过便和几位美女齐往营救。

杨过与程英、耶律燕和完颜萍等追及莫愁，双方大打起来，不久，耶律齐又来到，莫愁已觉吃力，程英趁机点了洪凌波的穴道，把无双救出，莫愁大怒，但又见郭芙与二武到来助阵，深恐郭靖、黄蓉所离不远，即落荒逃去。 各人合力打走莫愁，齐齐痛饮庆功。二武故意讥笑杨过，郭芙又冷语说无双是低三下四之流，杨过与无双便愤然离去。翌日，无双起床后失去杨过踪影，即马上四出找寻。 杨过来到华山，遇上九指神丐洪七公，七公教他吃生蜈蚣，杨过照吃，七公觉他甚似自己，故意假死试杨过，杨过一直守候身旁，恶匪藏边五丑来到，杨过还奋力保护七公的尸首，使七公十分欣慰。 欧阳锋突然出现，傻傻癫癫地对著七公，连自己是谁也不知。七公故意刺激他，于是便与七公打起上来。杨过左右做人难，两位老人家打到累时又停下休息，过后又再打过，杨过恐防出了意外，欲制止他们比斗。

杨过终想出由他自己身扮二人，叫二人各说出招数，由他演出。七公传了他打狗棍法，欧阳锋花了几天才把七公最精彩的一招破了，但不久，二老因体力虚脱，双双死去。 杨过闻郭靖黄蓉开英雄大会，即时赶去。遇见全真道士，杨过便有意在郭靖前使各人无面。郭靖再向黄蓉提起女儿与杨过之婚事，黄蓉也有意如此。郭芙要在武氏兄弟和杨过之间择一为夫，十分头痛，黄蓉更有意说出郭芙的心意，知芙对杨过钟情。 黄蓉有了身孕，与杨过交谈时突感不适，杨过即用内力输入黄蓉体内，黄蓉对他的内功甚感惊讶。 这次英雄大会，黄蓉是将丐帮帮主交予鲁有脚继任，除此之外，大家还要选出武林盟主，大家都赞成由洪七公出任，突然间霍都与达尔巴跟金轮法王到来要做盟主，协以比武决定。 杨过突见小龙女出现，他不理什么英雄大会，即与小龙女相拥细语，旁若无人。

郭靖派朱子柳打首仗，起初子柳占上风，可惜被暗器所伤，更输了第一回合。于是再派武三通上阵，三通也不敌，更被霍都连人掷向小龙女身旁。因姑姑被骚扰，杨过大怒，把霍都戏弄至极，杨过再战霍都，达尔巴等，轻易用打狗捧法和九阴真经把他们一一打败。 郭靖当众把女儿郭芙与杨过的亲事提出，杨过一口拒绝，更声称小龙女才是他妻，不理众人便离去。靖大怒，芙甚无面即时追杨过而去。 芙骂杨过，但杨过没理他。后芙遇法王等人，不敌被捉。蓉与二武来救，因蓉有身孕，根本不是法王对手。幸好杨过与小龙女到来，二人合全真与玉女剑法把法王打退救出郭芙。蓉谓天色已晚，顺请二人回家度宿。 晚上，蓉来找小龙女倾谈，说杨过终有一日不甘寂寞的。翌日小龙女果然放下过儿又独自离去。杨过醒后，又要四出找她。 杨过与黄蓉再过法王，因今次杨过落了单，根本不能与法王较量，黄蓉教杨过打狗棒之心诀，但法王有意要一次杀死二人。

在杨过受伤之际，程英赶至，用弹子神功救出他们。靖责芙不是，黄药师闻杨过其人，甚为读赏。后靖知蒙古军进逼襄阳，即与蓉赶往退敌。 英服侍杨过，十分细心。杨过知她的情意。不久，无双到来，杨过才知程英的身份，更在她不备把其面具脱去，见程英之容貌觉得甚美。 无双又遇莫愁，三人合力对付。无双叫杨过赶紧读熟五毒蛇传，又与英不约而同地把展元留下的半条手巾交杨过作护身符，可见二人对杨过之情意。 正当三人对付莫愁之际，黄药师与傻姑到来，莫愁不敌药师，愤怒而去。 药师与杨过一见如故，成为好友。傻姑见杨过如见鬼，原来杨过似父，傻姑是眼见杨康之死的。杨过设计逼问，方知那凶手叫姑姑。 药师离去，莫愁又来留下血掌印，杨过想出用大铁剪对付莫愁之尘拂，即找一冯铁匠打造一把。

原来那铁匠正是药师以前的幼徒冯默风，眼见其师被辱，师妹被欺，即与各人联手对付莫愁。莫愁的尘拂被刺热的铁剪烧去，又见杨过使出药师的玉箫剑法和弹指神功，即时走了。 杨过扮鬼再吓傻姑，得悉杀父仇人是郭靖与黄蓉，誓要为父报仇。 周伯通吃霸王餐被追逃至一山洞内遇见小龙女，觉她有如仙女，又见她能睡在绳上，要小龙女教他，小龙女即觉伯通十分有趣。 小龙女在练功时因过分思念杨过以致走火入魔，吐血昏迷。绝情谷谷主公孙止采药经过看见、被小龙女之美色所迷，即命其徒一翁把她抱回谷内，再用稀有的七星草把小跑女救治，小龙女已察觉公孙止不止对她如普通朋友。果然，不久公孙止病倒，要求小龙女嫁给他，小龙女见公孙止有恩于她，又想忘记过儿便答应，其实公孙止是装病而矣。 伯过四出找小龙女。随一翁跟至绝情谷，知小龙女要嫁给公孙止，马上加以劝阻。

因小龙女嫁意已决，伯通力劝无效，但他对公孙止甚无好感，于是便在谷中四处捣乱，把公孙止气坏，一翁等便要缉拿伯通回来。 杨过为报父仇，不惜与法王协议互助。法王更提醒他若要报仇必先要有一门精的武功，杨过被他一言惊醒。法王又带杨过往见忽必烈，席中还有英雄如潇湘子、尼摩星、马光佐等人。席间，伯通突来骚扰，原来是被一翁所追，言语间杨过知伯通的身份与自己有关系，见伯通被一翁用渔网所擒，便与群雄追去。 抵谷后，各人得到公孙止女见绿萼礼貌地款待。小龙女求谷主放了伯通，但他要等婚后才算，所以小龙女便私自放了老顽童。 杨过在谷中四处游览，绿萼做他向导。当她向杨过介绍情花时，杨过不慎被刺。当杨过想起意中人时，心里即会产生痛楚的感觉，二人你一言、我一语，杨过又无意地在绿萼身上播下情种，使她著迷。 伯通又东奔西逃，因被指偷了东西，伯通竟当众脱个清光以求清白，把绿萼吓坏了。

老顽童在绝情谷生事后，又溜之大吉。谷主带著小龙女出来亮相，杨过惊见爱人，发狂地扑向姑姑。起初，小龙女为要过儿死心，竟假装不认识他，但见他激至吐血，即与杨过相拥相认。一翁以为杨过与伯通一样来搞事，出手想把他驱赶，可惜最后连胡子也保不了。 杨过与小龙女联手对抗公孙止，他们选了一对君子淑女剑，原本是可轻易取胜的，可惜杨过与小龙女一会心时，情花毒便使杨过痛至晕倒，公孙止马上把他收押，要小龙女答允与他成亲才给解药。 绿萼因知解药只得一粒，但杨过与小龙女齐中毒，姑相信其父是骗小龙女的，她私放了杨过，还往丹药房找解药，可惜被父知道，父老羞成怒，要杀了她，杨过想出手相救，但被公孙止开陷阱跌落山洞里。 二人在山洞里遇见一断了手脚筋的女人，细说起来原来是绿萼的生母裘千尺，千尺向女儿说出其父的败行，使她对父改观。 杨过想出向洞顶爬走的办法脱险。

千尺向女儿说出其父的败行，使她对父改观。杨过想出向洞顶爬走的办法脱险，突然一翁现身并袭击千尺，杨过收服一翁并和盘托出事实的始末。 公孙止欲迎娶小龙女的如意算盘既打不响，伪善原形毕露，遂与杨过决一死战，败走。 千尺不但以绝情丹要胁杨过娶绿萼，更命他于限期内杀死郭靖和黄蓉，唯杨过早已与小龙女情定今生。 途中杨过和小龙女巧遇先后法王和忽必烈，杨过向忽必烈自告奋勇率领蒙军出征齐国，消灭郭靖以报父仇。

杨过往襄阳城找郭靖，过儿手起刀落之际内心多番挣扎。郭靖虽向杨过提起其父之死另有内情，唯过儿对真相仍心存怀疑，夜里郭靖不但发现杨过行刺自己，更一度误会他走火入魔，遂向他运功迫驱邪。蒙古大军突然杀到，杨过危急关头终决定飞出城门救郭靖，忽必烈见势不对遂暂时退兵。蓉始觉过儿行为有异，遂向郭靖了解事件。敦儒和修文两兄弟为博郭芙欢心，打扮成黑衣人偷袭蒙古军营事败，于是杨过与郭靖往救二人。

当杨过醒时，已与郭靖齐被救回襄阳。黄蓉与女儿齐对杨过连声感激。 杨过欲与小龙女离去，但郭靖收到法王的战书，心恐郭靖内伤未愈不能对抗，又再留下。 小龙女向黄蓉说出杨过中毒的前后。黄蓉决定产后自行送上人头给杨过去换解药。 武氏兄弟被各人骂后，竟出城决斗。 法王突来，杨过出来会他，乘他不备先刺了他一刀，还告法王刀锋已喂剧毒。 法王来时还叫人到处放火，火向靖房烧去，杨过赶往通知，又把一藏僧化装成郭靖般背走出城，法王以为真即追往。同一时间，黄蓉产下一女名襄，小龙女即抱了婴儿走了出去，但黄蓉还未产完，再多添一男婴名破虏。 原来小龙女想用襄儿换取解药，途中过杨过与法王，法王即想抢夺靖女以作威胁之用。 杨过与小龙女因手抱婴孩，故被法王有机可乘。莫愁与徒路过见到，以为此婴是师妹与杨过所出，又加入抢夺。

莫愁与杨过抱著襄走入山洞内，法王不敢走入，在外用火攻，杨过用计诱法王入来，法王不备中了埋在地上的银针，即坐地运功。 襄儿一出娘胎未尝半点奶味，杨过找来一头雌性金钱豹，用豹奶来喂育襄儿。 杨过与莫愁路过见二武决斗，其父三通则如热锅上的蚂蚁，故杨过便用法激励二人：他向二武说出已答允郭芙的婚事，又再在二人面前展示郭靖、黄蓉和药师所传之武功，使二人不再为郭芙而决斗。但整个过程被藏身石后的小龙女听到，心如刀割，静静离去。 莫愁用银针伤了三通，杨过觉得自己时日无多，便为三通用口吸出毒汁，不久便晕去。 小龙女回去向靖道别，又向郭芙祝福能与杨过白头到老，使郭芙觉得莫名其妙。在离去之时，听见来作客的全真教尹志平和赵志敬说起志平如何污辱自己之事，即时入内向志平求证，当志平证实是他所做时，小龙女发呆地离去。 二武抱杨过回来，正好天竺大师来到，即往绝情谷取情花研制解药。

小龙女直跟志平和志敬，二人甚为心慌。 武氏兄弟对郭芙说起杨过要娶她之事，郭芙大怒即找杨过算帐，郭芙与杨过言语间互不相让，郭芙执起杨过之君子剑向他刺起，本来一个郭芙是没可能伤到杨过的，但因他受伤，一提气便失去平衡，眼见利剑劈落，即用左手去挡，结果左手被斩了下来。杨过忍痛拿著断肢离去。 郭靖知郭芙如此，怒要杀死她，黄蓉即加以劝阻，并将女儿收藏在极隐蔽的地方。 杨过在荒野埋好断肢后遇上巨雕力战大蟒蛇，他助巨雕杀死了蟒蛇，巨雕见他受了伤竟把蛇胆给杨过吃，又把他抱回山洞休息。 杨过醒后，巨雕引他至剑魔独孤求败所居的山洞处，后又至剑冢，把埋藏在地下的三把宝剑交予杨过，更迫他用最重的玄铁剑和牠一起对招，不久，杨过的剑术又进了一大步。 小龙女直跟著志平和志敬二人到一酒楼，志平往小龙女前自尽，法王等人突来把志平的剑打落，更乘杨过不在要杀小龙女，幸好老顽童周伯通又刚巧出现。

法王向伯通打赌问他能否再次偷到军旗，伯通因觉好玩，一口答应，更叫小龙女陪他。 法王收买了志敬，若志敬能得伯通的好感，即有机会成为掌门。故法王说了军旗所在，再叫志敬往通水，其实此乃陷阱，果然伯通被毒蜘蛛咬了一口，幸好小龙女把他救走才免一死。 二人逃入山洞，法主追入，小龙女向法王撒金针，法王随手把伯通作挡箭牌，但也慌忙逃出山洞。伯通先中蛛毒，又再中金针蜂毒，竟然大为好转，可能是两种毒素相克。法王叫志敬先回终南山等其好消息。 伯通向小龙女说起能左右手对打，小龙女向伯通请教，很快便学成。她打开一瓶玉蜂蜜，引来成千上万的蜂群，蜂群不惜舍身袭击法王放在洞口的蜂蛛，使伯通和小龙女能逃出来。 法王欲杀伯通和小龙女，但小龙女因被练成左右手制法，即同时使出全真剑法和玉女剑法。法王不敌落荒而逃。小龙女决意回古墓长住。 另一方面，杨过在风雷谷日夜苦练玄铁剑，终能发挥到如天神般的威霸武功。

杨过的巨雕日夜练，终练成天下无敌之玄铁剑法。他们痛饮一晚，杨过向雕兄道别后即下山找郭芙报仇和寻访姑姑之下落。至襄阳，一切依旧。杨过至郭宅探听郭芙的所在，见郭靖为了找郭芙也暴跳如雷。当晚，郭靖与杨过分别跟随黄蓉外出，果然找到郭芙所栖身之所。郭靖狂怒冲入责芙，黄蓉即使二人先回府才算。 夜深，杨过见郭靖跪拜杨门列祖谢罪，再入郭芙房要亲手斩断她一臂偿还，杨过觉郭靖之行为实是大丈夫所为。正当郭靖手起刀落之际，黄蓉跳入点了郭靖的穴道，即带芙离去。黄蓉欲叫郭芙返桃花岛找柯镇恶劝父，便替她备点干粮用作上路。 黄蓉往街上买点心之际见莫愁抱女婴，知是襄儿，即欲抱抱，但莫愁不肯，黄蓉唯有硬来。为免伤及婴孩，莫愁先把她放在树下。双方比斗，结果莫愁不敌反中自己银针，临死前还叫黄蓉好好照顾师妹之女。黄蓉见她对女儿那么好便将实情说出及为她诊治，但当二人想抱回襄儿时已不见了，料想是杨过抱走了她，即时追往。 公孙止盲了一眼又娶不到小龙女，连绝情谷也拱手让了给千尺，甚为不忿。路上遇见完颜萍和耶律燕二妹，觉得有多少像小龙女一样清秀，即加以调戏轻薄。

耶律齐闻妹与完颜萍的呼叫声即往救之，但被公孙止打至遍体鳞伤。不久，武氏兄弟、三通、黄蓉与莫愁分别到来，公孙止慌忙逃去。众人推黄蓉为首齐上终南山找杨过，三通与莫愁的恩怨暂时搁置。杨过抱了襄儿回到古墓，但不见姑姑芳踪，甚为不快。又闻重阳宫内人声嘈吵，即往。 志平被五子推为掌教，志敬十分不服。蒙古派使者来策封全真教，志平推却了。志敬威胁志平要把掌门之位让他，志平无奈照办，但当志敬新任掌教时即接受蒙古的策封，志平马上与众人声讨他。小龙女突然出现，要亲手杀志平，但也要先杀志敬，志敬因怕了她便找法王出头，法王与小龙女拼命，但不敌为小龙女所伤。杨过看见姑姑，马上与她相拥，法王乘机偷袭小龙女使她受伤，杨过大怒，三两下便把法王、霍都、达尔巴擒住，霍都乘机逃去，只有达尔巴保护法王，杨过也放他们一条生路。志平在小龙女前自尽了结一生。杨过用剑押著孙不二要即时与小龙女在重阳真人前拜堂成亲。

杨过与小龙女旁若无人地拜了堂，一切礼节抛在脑后。周伯通学了半桶水的引蜂绝技，反被蜂群追来重阳宫上。杨过趁各人忙著向伯通问好之际，在藏经阁找来一个木箱，把小龙女藏于内潜水返古墓。 二人在师祖声声与重阳真人信中知道寒玉床能驱毒，更在西毒欧阳锋的武功中洞悉到逆转经脉的好处，于是杨过便与姑姑齐齐逆练玉女心经，又用寒玉床把小龙女的病日渐消除。 伯通用巨钟罩著志敬，更引蜂群把他刺死。黄蓉等人到重阳宫，与伯通聚旧，原来耶律齐竟是伯通徒儿。不久蒙古军要打上山，各人便离去。黄蓉等人便向古墓进发。因黄蓉与完颜萍不熟水性，没有跟莫愁等人潜入古墓。一上水，莫愁即用机关囚困各人。当莫愁找到杨过与小龙女时，正是他们最关键时刻，幸好杨过武功高强，反借莫愁内力把小龙女的要穴冲开，但小龙女又中了她的五毒掌。杨过又用计把莫愁困在石棺材中。 当杨过为小龙女驱毒时各人又来到，二人藏身于另一右棺内，但因杨过的衣角仍露在外，郭芙以为他是莫愁，即用银针掷向他们。

杨过因身中银针以致不能为小龙女解毒，反使毒走遍她全身，于是杨过便大怒，抢了襄儿与小龙女走去。莫愁突破棺而出也逃去了。杨过与小龙女避雪于一屋中，晚上有多人来借宿，先有霍都，后有一灯大师和慈恩。慈恩被心魔所累经常要杀人，今晚更要杀一灯，杨过出来劝阻，慈恩才不至犯错。一灯见杨过和小龙女中了剧毒，即与各人往绝情谷望天竺能救到他们。 莫愁为要逃出情花阵，不惜杀死凌波，但也被凌波临死前一齐拖落情花中。绿萼提示杨过往救天竺和子柳，原来天竺为找解药不惜自尝情花毒。千尺叫慈恩杀黄蓉为兄报仇，原来慈恩正是千仞，幸好黄蓉用计把慈恩改变思想，不致胡乱杀人。千尺与绿萼突然不知所终。

杨过所中的情花毒日渐严重。绿萼无意听到父要利用她迫千尺交解药，用意是用解药救莫愁以讨她欢心。于是绿萼为救杨过竟将计就计自中情花毒向母求解药。天竺僧醒了，在情花旁仔细看其他杂草。莫愁乘他不备竟用银针把天竺杀了。黄蓉为过儿求解药，自愿硬接千尺枣钉三口，在绿萼取解药给黄蓉之际，公孙止突来抢夺；杨过要杀死他，他即胁持绿萼，绿萼恐解药失去即自尽以期杨过出手杀公孙止，公孙止见女儿已死即逃去，小龙女马上追他，至山崖边追及，她奋不顾身几经辛苦才把解药拿到手，但杨过为要与她齐齐死去竟随手把药抛入深谷。各人齐把情花烧去，莫愁发狂地走入火中，活生生地自我了结。

黄蓉叫小龙女劝过儿试食断肠草。翌日，小龙女一言不发走了。杨过追至断肠崖见爱妻刻石说十六年后再见，杨过极之伤心，蓉看出是小龙女之计，即劝服过儿尝试断肠草。 杨过果然逃出死门关，蓉等人赶回襄阳，只有程英、无双留下来陪杨过。 时光飞逝，转眼十六寒暑匆匆已过，耶律齐与郭芙已结成夫妇，而坊间亦出现了一位武功盖世的神雕大侠，此人正是杨过。 郭襄亦长大成人，且有豪气作风。一日她闻说大侠事迹，甚感兴趣，更跟了一长须老怪去遇神雕大侠。原来此老怪便是樊一翁，与另四人合成山西一窟鬼，今日便是他们与杨过决斗的日子。但他们行经万狩山庄时被阻，原因是万狩山庄各人正合力提拿九尾灵狐作其三哥医病之用，但因窟鬼出现灵狐便逃脱了。杨过与众鬼之仇怨很快便了结，因见他们为灵狐事发生争执，便出面协助。

郭襄更要跟随杨过同往黑龙潭捉狐，但过仍不知襄的身份。至黑龙潭，灵狐躲在一女子身旁，此人名刘瑛，瑛要襄陪她十年才肯交出灵狐。正在此际，一灯擡慈恩来求瑛原谅他，瑛拒见二人，过便用啸声迫瑛出来，最后瑛要见伯通才肯，原来瑛、伯通、一灯与慈恩四人有著微妙关系。 过与襄找到伯通后，过用黯然销魂掌来劝服他往见刘瑛。 当瑛见伯通时，悲喜交集，与慈恩当年的恩怨和一灯的过节亦一笔勾销。慈恩得到瑛的原谅，含笑死去。三人亦开始在百花谷长住。 杨过在谈笑间知道襄的身份，对她千般爱护，更退出玉蜂针作为信物，更允为襄庆祝生日。

襄返家后也没有向父母提起遇见神雕大侠。 鲁有脚外出刺探军情，被霍都假扮何恩我杀了，连打狗棒亦失去。靖又设英雄大会，一班老江湖突来与襄对饮，蓉觉奇怪，因为就算连郭靖黄蓉也不能请他们到来。于是便提早选立帮主，经一番比武后，暂时以耶律齐领先。同日，也是襄的生日，杨过派人送来三份礼物，第一份是蒙古军的左耳，郭靖看见甚为高兴；第二份是放火烧了蒙军粮仓，远在襄阳也能看见。正当此时，霍都假扮的何思我又出现。

霍都居然打败了耶律齐要做帮主，杨过的第三份礼又到，原来是达尔巴，他拆穿霍都的身份并把他打倒。郭芙以为他已丧命，欲掀开其面具之际，霍突然发难袭击芙，靖与蓉想出手亦已太迟，突然从不同方向射出两粒石子把霍都打死，救了郭芙，原来是外公黄药师和杨过不约而同所发。 郭靖见了过儿武功如此了得，又享负大侠盛名，欲与他痛饮畅谈，但他因要找寻小龙女便只能寒暄数句就离去了。后杨过在药师口中知道没有南海神尼此人，心如刀割，独自离去。 郭襄恐怕大哥会自寻短见，便欲用第三枝玉锋针求他切勿如此。在途中她遇上法王，法王诱骗了她随他而往。 杨过不经意地到了铁枪庙，遇上柯镇恶，在镇恶口中知道父亲以前做了很多错事，更觉郭靖为人光明正大，便向镇恶道歉。 法王被郭襄的机灵所感动，有意收她为徒，襄要他战败杨过才答应。实则是要他带自己往绝情谷。 黄蓉知襄儿被掳去，即联同伯通、一灯等人齐往绝情谷找她。 杨过在绝情谷上等了很久仍未见爱妻出见，知道她大概在十六年前已因中毒太深死去，心觉一切已无意思，便在崖顶跳下欲与小龙女同葬于此。此际，襄儿刚来到，见大哥跳了下去，也一齐随他自尽。

杨过与郭襄分别先后跌落潭底，杨过对郭襄如此随他找死甚觉不值，即时为她驱寒急救。另一方面，黄蓉等人来到见襄堕崖，即联手要杀法王，蓉吹口哨召来两只巨雕帮手，岂料雄雕被法王打伤堕崖，雌雕便奋不顾身地扑下救牠，至崖底时见襄，雌雕先把雄雕救上，再把襄儿带回，各人才知杨过仍在下面，可惜雌雕见雄雕死了，牠也冲在乱石中死去，因而雌雕不能落崖再救杨过。法王因人多不敌，终被制服，蓉等爬下山崖救杨过，叫襄儿在上面看管法王。 当各人爬至潭底时，不见了杨过的踪影，到底过儿去了哪里呢？各人甚觉奇怪，唯有爬回谷顶再作打算。但当返回谷顶时，襄儿及法王又不见了，原来是法王用计骗襄儿为他解穴，再把襄儿掳去。

杨过在潭底无意间发现一小屋并重遇朝思慕想的小龙女，二人百感交集。 众人见寻杨居士不果，加上襄儿又不幸堕入法王手中，遂决定回襄阳与郭靖再商量计策。 忽必烈领队攻占齐国，郭靖和耶律齐苦守襄阳城。法王将郭襄绑在战车高架上来要胁郭靖投降，郭靖等人出城欲救郭襄却失败；众人眼看郭襄被烧，杨过感郭襄身处险境，带著小龙女前往解救。杨过与金轮国师展开生死战，最终击败金轮国师；但金轮国师却因保护郭襄而死。耶律齐被蒙古军包围，郭芙给杨过跪下求他救夫。 杨过救襄儿时法王伺机偷袭，过儿突施黯然销魂掌把法王杀死。杨过以高强武功，在万军之中杀死了忽必烈，蒙军顿时崩溃，解了襄阳围困。 芙向过儿表示歉意，从此二人不再计较。杨过与众人往华山拜祭洪七公和欧阳锋，众人推举江湖新五子之位，并提议以周伯通为首。 杨过与小龙女功成身退，从此两袖清风，只留下神雕侠侣之美谈在世间流传。