悟空玉身被众马骝发现，悟空元神回体后立即喝走众马骝。其中一小猴却缠住悟空要他教法术，而这小猴前身原为六耳弥候，生性聪明百厌，因捣乱天庭被贬落凡间。小六耳锲而不拾尾随唐僧，悟空唯有收留它。 八仙送来各式法宝给唐僧傍身。唐僧在照妖镜中发现小六耳真身，正是梦境中遇见的黑白长尾巨猴，于是沙僧、八戒加害六耳令它惊惶逃走。六耳被悟空以前的师父须菩提祖师所救，并收为徒弟栽培。

小六耳跟随须菩提，并常常梦见自己变成大猩猩踩死唐僧，在忧虑之下决定放弃学法术，以免梦境成真。 唐僧师徒借宿高昌国，国王向他们道出高昌国正受兽精控制，并需以进贡宝物来换取平安。好打不平的悟空，为了高昌国人民，向兽精下战书。唐僧师徒与三兽精决斗，三个回合中八戒输了第一个回合，幸悟空在第二、三回合中以法术赢了众兽精。 兽精恼羞成怒，竟与悟空大打出手，终被悟空赶离高昌国，令高昌国百姓终可享受安乐日子。 须菩提奉玉帝之命离开三星洞接任泾河龙王，然而小六耳则决定跟随小鹏女投奔大鹏精。

小六耳跟小鹏女到大鹏精的家，被二精戏弄下吃了过量大宝丹，变成高如山齐的巨猴，还失去常性跑向长安城。 长安城内，太宗下令活捉巨猴，并建筑观兽台，准备中秋赏月观兽。 唐僧为救苍生，派三位弟子兵分三路回长安报信，却遭杨戬率天兵截击。八戒跳入海中，虾兵蟹将向他穷追不舍。至于沙僧在大风沙中盲目狂奔，而悟空却与杨戬大战，不慎一起被困玲珑塔中。 悟空被困在托搭天王的宝塔内，由于答不出智慧尊者的问题无法脱身，沙僧却走错方向跑到乌鸡国，仅得八戒最先游水到长安城，与三兽精齐被太宗封为灭魔大将军，与公主随行出发。

唐僧奇怪命运弄人，为何要派巨兽对付长安？他想起九年前太宗生病，他愿折寿十年救太宗，结果得上天之助，落地府在李建成与李元吉手中救得太宗。但太宗还阳后，仍杀戮无数，于是再遭天谴，惹来巨猿来袭！由于强敌当前，八戒装醉不愿出兵。三兽精密谋将巨猴引入湖中浸死。但巨猴遇水变龙，凶狠无比，八戒急急退兵咸阳城。太宗命程、尉两名将军领兵与八戒会合，务求要在中秋前夕捉到巨猴与各国使节赏月观兽。

智慧尊者出问题考悟空与二郎神，二人无法解答，还是无法离开塔中。三兽精密谋怂恿八戒做先锋，而大鹏精变成公主模样，诱得八戒飘飘然，决心活捉巨龙，但刚一出战，即被巨龙喷火烧至昏倒，更发现被打回原型，变成小猪。三精施法以雷电攻击巨龙，巨龙被三精借雷击中尾巴死穴，受伤从天而降，更一时晕倒，之后竟变为大猩猩，太宗将大猩猩搬入长安城中，却不知引狼入室，面临另一场重大浩劫，致祸国殃民。

太宗认为巨龙是瑞兽，决定广邀宾客赏兽。 唐僧不听观音劝告，亲自回长安阻止浩劫发生。归程中误走入洪荒世界，终不支晕倒，善财童子和惠岸尊者替唐僧向观音求情，观音表示天意难违，眼角更淌下泪水。 观音眼泪化成金色小河流入洪荒世界，把唐僧送到长安。 唐僧见到太宗，表示巨兽乃上天派来惩罚大唐，并指出太宗三大罪孽，劝太宗放弃观兽，惹来太宗大怒。 八戒得悉唐僧已回长安，冲出猪栏奔回长安。于塔内的悟空，令智慧尊者明白大义的道理，于是尊者放走悟空。

观兽当日，猩猩破笼而出，狂性大发，举脚要踩唐僧之际，悟空三师兄弟及时赶到，将巨兽制服。悟空并将三兽精押往天庭，受玉帝责罚。太宗觉引来巨猴杀人罪孽深重，欲退位，被唐僧说服再做个好皇帝。小六耳被唐僧带往见观音，观音命小六耳留在紫竹林静心忏悔。至于八戒则获观音甘露回复面目，于是唐僧师徒可继续取经行程。唐僧师徒来到通天河畔，唐僧凡人难以渡河，来到观音庙，见供奉的乃是提篮观音。

唐僧解释，观音当年曾化身为渔家女，渡化村民避过天火焚城一劫。 唐僧走到陈家庄化缘，眼见陈庄主的一对幼儿正送往祭祀灵感大王。八戒、悟空即变成童男童女，打退灵感大王。 唐僧苦等多时无法渡通天河，忽见下雪冰桥出现河上。师徒走上冰桥过河，冰面忽裂开并著火，于是冰桥下陷。悟空跃上半空，沙僧、八戒及唐僧则齐堕水河之中。 悟空、八戒及沙僧在岸边相遇，独不见唐僧，悟空想到唐僧必定被灵感大王捉走。

八戒、沙僧向灵感大王宣战，把灵感大王引出水面，灵感大王敌不过悟空，逃回河宫，死也不出来，悟空无可奈何。 悟空往紫竹林请教观音，原来灵感大王是观音莲花池中的金鱼修练成精，于是观音轻易到河边把他收服。村民对观音提篮法相叩头礼拜。 龟仙人九千岁答应载唐僧等人过河，悟空则私自答应帮九千岁问佛祖他的期限。 五庄观镇元子赴瑶池大会前吩咐弟子清、明以九千年人参果招呼唐僧师徒。

清、明却私自吞人参果，八戒知悉后叫悟空将树上的人参果打落，故此人参果吸了唐僧等人的仙气，化成小孩。四个人参果小孩抢去镇元子的四件法宝，并救走其他人参果。人参果被天雷所击后，面目变得狰狞，化为妖邪，人参果以紫金红葫芦收走金、银角大王，自己却变成食人妖金、银角大王，开始为非作歹。悟空等发现后，决定插手此事。

八戒被法宝葫芦吸走，金、银角大王更伺机食唐僧肉以增强法力，得道成仙。 银角大王化成受伤道士，以七星剑召来山神，用山压住悟空，并以葫芦吸走沙僧，继而将唐僧带走。 悟空脱困后，决定先抢回四件法宝。于是他先变成道士，又以一假葫芦与精、伶二妖斗法，再变回苍蝇随二妖去压龙洞，抢回另一法宝幌金绳。

悟空把老妖的幌金绳骗到手，企图以幌金绳绑住银角大王，但却反绑自己。悟空元神出窍，再挑战莲花洞，但被吸入葫芦内。金角大王正欲向八戒开刀之际，悟空用偷来三件法宝于洞外挑战，但金角大王的芭蕉扇威力无比，悟空惟有诈降，乘机把金角吸入葫芦内。悟空将法宝归还镇元子，镇元子竟把唐僧吸入葫芦内，要胁悟空救回人参果，而人参果最后得观音出手救回。

唐僧师徒到神猴将军亭，遇见小云雀变成少女，向众人讲述神猴感人的事迹。其后小云雀被猎人射伤，她的人形雀身把猎人吓得目瞪口呆，后更被捉去拍卖，而两名富商更因想拥有小云雀而告上宫府。悟空等变成巡按，教训富商；将小云雀救出。悟空救了小云雀，小云雀对他渐生爱慕，并缠著悟空取西经。村民把将军亭改为大圣亭，激怒了神候。黄眉老祖乘机挑拨神猴与悟空一较高下。

神猴变成佛祖引唐僧师徒等到假雷音寺，神猴自认不比悟空差，决与悟空比试，假若悟空三个时辰内走不出金铙，便由神猴取代悟空取西经。悟空在铙内不能脱身，想以汗水变成云，在绕内架起觔斗云，将唐僧等人一起载走。唐僧师徒乘著金铙飞到罗刹国找牛魔王。

牛魔王用牛角撬金铙不果，唯有让八戒、沙僧找乌鸦精借四不像听谛来毁金铙。但乌鸦精因被牛魔王抛弃，对他因爱成恨，令沙僧与八戒无功而回。牛魔王唯有亲自带悟空找乌鸦。 神猴被勾魂使者押入地府，閰王指他作孽太多，除去其仙籍。神候大闹地府，接又闯入渤海龙宫抢去擎天柱，令翻江倒海，生灵涂炭，并升起「超天大圣」的大旗与悟空对立。 牛魔王与悟空来到乌鸦草堂，乌鸦让听谛将金铙踩烂后，却弃乌鸦而去。

神猴挑战悟空，悟空使计将金刚箍套在神猴头上，于是神猴被制服，并被弥勒佛收入两极葫芦受苦思过。 乌鸦精拾起葫芦，葫芦中的神猴为求脱身，献计乌鸦变成铁扇公主，破坏铁扇公主名节，争取入宫。 假铁扇公主勾引八戒，令牛魔王大发雷霆。

真铁扇公主出现，悟空也分不出谁真谁假。 除了真假铁扇公主，又有真假皇帝、皇后及善财童子，弄得各人束手无策。 黄眉老祖挣脱枷锁寻回葫芦，并替神猴取得万妖金丹以对付悟空，而他更在万妖之国加入了魔道，成为妖精。

真假公主争吵不休，乌鸦迁怒于葫芦精，把葫芦抛出外，葫芦精则献计悟空，使乌鸦、小云雀打回原形，令铁扇公主当众羞辱。葫芦精煽风点火，誓要替乌鸦报仇，骗得乌鸦召来听谛，将葫芦踩烂。 葫芦被听谛踩破，神猴从葫芦走出，食下黄眉老祖带来的万妖金丹，法力大增，更先后将乌鸦、牛魔王、公主及听谛吞下，继而集各人的法力与悟空决战。神猴不敌，将众出人呕出，并真气尽散，变回马骝仔。马骝仔被万妖女王所救，得以恢复神猴模样。 至于公主与乌鸦劫后冰释前嫌，众人为牛魔王迎娶乌鸦大办喜事，却不知神猴快将杀到。

万妖女王为成全神猴，把自己的万年蛇丹赠给神猴，使他练成惊天地泣鬼神的法术，只有六大高手联手才可将他打败。其中五名高人则是悟空、牛魔王、乌鸦、铁扇公主及听谛。 小云雀得九千岁卜卦，得知神猴已法力无边，需要六大高手联手才可将他制服。

小云雀赶回报讯，惜众人皆不理会。 神猴想尽快分开五大高手，派梦魔离间铁扇公主与乌鸦，并乘机将乌鸦及听谛吞下。 牛魔王、铁扇公主与悟空分道后，被神猴吞入肚。小云雀在海边再遇九千岁一家，得知九千岁是第六位高手，在小云雀哀求下终答应出手对付神猴。 神猴挑战悟空，将悟空打致遍体鳞伤，唐僧师徒更被神猴困在洪荒世界内。

沙僧遁地前往求观音相助，但观音正在雷音寺参加孟兰盆佛法大会，听佛祖讲经。由于沙僧找不到观音，便背起庙中观音像跑回救师父，最后在路上不支晕倒。 唐僧师徒悟出要靠自己，于是悟空答应让位给神猴取西经，但要求神猴需将众人呕出。不过神猴却只呕出牛魔王夫妇，留了听谛于肚内。 悟空法力尽失，变回马骝，在花果山路上遇见九千岁及小云雀。

悟空幸得九千岁助他飞上天宫找救兵恢复法力，但遭杨戬阻拦。 取经路上，唐僧师徒受尽神猴凌辱，八戒、沙僧更要违善作恶，望悟空恢复法力后再对付神猴。某天神猴向众人展示他与听谛融合而练成的麒麟脚，却发现脚下有一疤痕。 唐僧解释麒麟脚上的疤痕是大象忏悔自己争做百兽之王，将铁链穿过脚背，把自己困在地府而形成，但神猴听后不为所动。

牛魔王、乌鸦练成神功，但悟空却意志消沉，众人不知如何是好。 神猴决定把唐僧师徒捉回万妖国变成妖精，八戒传讯乌鸦召集高手伏击神猴。 金刚棒以大黑熊激发起悟空本身潜能。于是悟空重振雄风，与四大高手联合击中神猴弱点，神猴真气尽泄，气绝于万妖女王怀中。

唐僧师徒到一村落，遇上黑熊精捣乱，幸得金池和尚援手收复失地。金池知道唐僧是太宗御弟，殷劝地请唐僧师徒到禅院落脚。金池的观音禅院非常金碧辉煌，他一心以为唐僧等人必带有珍贵宝物。但唐僧唯一的法宝便是当年取西经，经观音两次试炼后赠与的锦襕袈裟，金池对之垂涎不已，并生贪念。

悟空八戒窥看到襌院弟子准备火烧房舍，悟空即向众神借来法宝，误将大火反烧襌院。 悟空跑去找金池算账，金池慌忙逃到黑风洞内找黑熊精，但黑熊精信口开河，指唐僧抢走袈裟。黑熊精曾为高僧感化，潜心学佛，他误以为金池是自己苦候多时的高僧，对他誓死相随，并决定帮金池讨回公道。 黑熊精挑战唐僧师徒以讨回袈裟，他以一股蛮劲赢了沙僧及八戒。

黑熊精败了沙僧及八戒后，更歪曲佛理，与悟空斗快捉地府的鬼上来，令地府经历了一场鬼哭神号的大捣乱。 唐僧不想悟空与黑熊精再胡闹下去，毅然将袈裟交给黑熊精。 黑熊精为金池举行佛衣大会，但金池心虚，怕在佛衣大会出丑，竟想逃避。 唐僧知悉金池自尽，决定折回救金池。当金池逃走寻死之际，被沙僧、八戒及唐僧在悬崖发现其踪影，一齐跌进山崖，幸得悟空一手接著。

金池又想到身穿袈裟在佛衣大会引火自焚，于是黑熊精更捉著唐僧，要胁众人集体自焚以脱离苦海，悟空急急以元神出窍上天庭求助。 观音洒下甘露令大火熄灭，救回众生，并向众人讲述当年佛祖悟道及得道的经过，以启发黑熊及金池向佛。 黑熊及时悔改，被观音封为守山大将军，但金池仍执迷不悟，指骂观音。

玉帝派杨戬率征剿灭万妖国，杨戬在与万妖女王一战之下各有所伤。 杨戬虽负伤在身，仍照常到桃山探望因犯天条被困山中的母亲雪亮。杨戬一心积德为母赎罪，雪亮甚感安慰。 唐僧在为村民讲道时，天气骤然变冷，更下起大雪。悟空请来祝融等众仙驱寒，却被杨戬阻止。悟空与杨戬打了起来。这时唐僧被雪妖冰清掳走。玉帝命杨戬为主帅，悟空为副帅，合力擒妖，营救唐僧。

杨戬与悟空奉玉帝命去救唐僧，二人先合力医好哮天犬的鼻伤，利用牠的嗅觉找寻唐僧、冰清的去向。 杨戬一心要让自己立下大功，救母出桃山，竟妄顾唐僧安危，更想引来万妖女王，希望一网打尽，此外更阻止九千岁向悟空透露唐僧线索。 悟空唯有与八戒变成狗虱，附在哮天犬身上，跟随追寻唐僧。 冰清向唐僧讲出自己本为玉帝女儿，与雪亮同掌施雪，却触犯天条被罚做雪山五年，静思己过。冰清忍受不了被罚，终于入了万妖国，唐僧对她表示同情。

杨戬追至，悟空、八戒亦现身，冰清乘杨戬与悟空纠缠间逃去。 杨戬拉悟空、八戒上天庭见玉帝，却被八戒数落他的恶行，使玉帝扣去他二大功德。 八戒取笑杨戬，却被杨戬变成大肥猪。悟空亦将哮天犬变成普通狗。 八戒将向吕洞宾借来的画困住哮天犬，并与悟空跟踪杨戬来到桃山，才知道雪亮是杨戬母亲。雪亮求悟空、八戒放过杨戬，并讲出当年与杨戬之父杨柏的一段情。

雪亮说出与杨柏结为夫妻后，玉帝知悉后大怒，命天兵把有孕的雪亮压在桃山下，杨柏日夕相伴并病逝于山前。 雪亮产下杨戬，玉帝命姜子牙收杨戬为徒，八百年来杨戬南征北战，只为立功救出雪亮。 这时传来天兵天将来缉拿杨戬消息，杨戬不顾一切，劈山救母，悟空、八戒与杨戬化敌为友。

杨戬不愿与姜子牙为敌，变成凡夫俗子，只求师父放走自己和母亲。 玉帝再派李靖同哪来捉杨戬，悟空代杨戬出头，在玲珑塔连闯七关让李靖收兵。 唐僧杨戬一行人遇冰清，以为冰清已改邪归正，随她到客栈见万妖女王扮成的云姑。雪亮的完全信赖，令冰清心中有愧。悟空以照妖镜照出云姑的大蟒妖真身，大蟒妖以毒气喷向雪亮及冰清后逃去。 雪亮、冰清被玉帝打入十八层地狱，杨戬废寝忘餐地为她念往生咒，孝心感动人神及众仙，齐加入念咒，雪亮冰清终冲出十八层地狱，重回天庭，并得玉帝授以新职。

唐僧梦见自己婴孩时被弃置于木盆随水漂流，还有被和尚救起的情景。他在乌鸡国见到石碑上刻著的“清水河正是他梦中之河。 唐僧在禅院井边得水鬼陈光蕊告知，陈于廿多年前被妖精害死，抢去妻儿，而妖精现己做了乌鸡国皇帝。 悟空欲令陈光蕊复活，但惨死水中的人须靠亲人召魂。可惜，陈夫人被锁在宫中，其子又不知所踪。眼见陈光蕊复活无望，唐僧对著尸体念经，陈光蕊竟悠悠醒来，众人错愕。

陈光蕊醒来后，谢过唐僧，悟空带他到皇宫与陈夫人相认。夫妻相见，喜极而泣，陈夫人说出当年已把婴孩放于木盆中随水送走。 唐僧平静指出自己便是那婴孩。一家团聚，欢喜不已，却遇判官来索取陈光蕊的命，悟空欲加阻止，唐僧竟叫判官带走陈光蕊。众人对唐僧此举大为不满。唐僧到地府陪父亲吃饭，以偿他心愿，并向众人解释生死循环乃因果所致，只有坦然面对才能脱离苦海。陈光蕊顿然领悟，父子依依作别。

唐僧染上风寒，但势利神医不肯医治。沙僧为师父采药，救下刺猬精。朱紫国皇帝身染奇病，以半壁江山聘请神医。悟空不想朱紫国百姓落入神医手中，出言会将皇帝医好。 悟空、八戒变成苍蝇飞进皇帝肚中，探取病情，再以龙马尿调药医好皇帝。 皇帝愁眉不展，指皇后被金毛犼掳去。此外，刺猬精听闻悟空是神医，要求悟空替其情郎金毛犼治病。

刺猬精讲出金毛犼戴上一紫金铃后性格大变，无恶不作。金毛犼被神医怂恿，捉去唐僧以医皇后的顽疾。但悟空指自己才能医好皇后，并暗地里说服了皇后脱下软甲，假与金毛犼成亲。 八戒扮成皇后把金毛犼灌醉，却除不掉他的紫金铃，悟空即变为木蚤咬醒金毛犼，于是八戒趁金毛犼脱下紫金铃沐浴时把紫金铃偷走。 悟空忽戴上紫金铃，变得野性难驯，口出狂言，幸得观音及时助他除下紫金铃和除去心魔。

东海龙王寿诞，邀请唐僧师徒前往饮宴。四海龙王各自炫耀自己的宝物：玲珑剔透镜、月光宝盒、七情六欲石及莲花宝贝。此时众人赫然见从莲花宝贝走出的莲花仙子与万妖女王一般模样，悟空欲棒打她却被阻止。 老少蜘蛛精、白骨精、黑熊精、狮子精等为成仙成佛而大做善事，唐僧见他们所做不得其法，便诚心向六妖讲道。 万妖女王用美色诱惑东海龙王去偷三宝，悟空亦想用月光宝盒回到过去开心一番，然后收心养性去成佛。悟空等人从万妖女王手中抢去三宝。

八戒、悟空捧著三宝，忽被珍珠公主抢去，四海龙王亦出现，争相枪回自己宝物，悟空、八戒见状即走。 东海龙王决定纳万妖女王为西宫，强留下三宝作为贺礼，珍珠公主一怒之下离开皇宫。 珍珠公主求悟空去烧毁三宝，指宝物乃魔界中物，曾为龙宫带来诸多不幸。悟空等人到龙宫抢去龙王宝物，并以玲珑剔透镜照出万妖女王真身。龙王怒要上天庭状告悟空。

悟空、八戒及六妖利用月光宝盒穿梭时空，唐僧一见，面色铁青地叫奉玉帝命前来的李靖带走三宝，李靖却将宝物归还东海龙王。 八戒情迷心窍，与六妖到龙宫再借月光宝盒找嫦娥，六妖却打伤龙王。龙王负伤来问罪，悟空代八戒出头，强词夺理赶走了龙王。唐僧见状，伤心带泪离去。 唐僧痛心地与悟空断绝师徒关系，悟空、八戒沙僧跪在庙外求他原谅。万妖女王趁机向庙内唐僧下手，唐僧倒在血泊中，她则狂笑而去。

悟空以月光宝盒穿梭时空，改变历史，在万妖女王杀死唐僧前救回他，随即烧毁了月光宝盒。 东海龙王知宝盒被毁大怒，找来蚧仙人严刑烤问，使他讲出使用另一宝物七情六欲石的咒语。 万妖女王抢去七情六欲石，控制了龙宫众人，使龙王拔剑自刎，受控制的九千岁，珍珠及龙王之冤魂齐在天庭指证悟空杀死龙王。 悟空百词莫辩，挟持玉帝后决定与唐僧断绝师徒关系。万妖女王欲等悟空被斩后率兵攻打花果山。 悟空被玉帝通缉，天地不容，去到哪里都有无数神妖来对付他。

悟空仇恨愈来愈大，大打天兵将发泄，又加入了六妖阵容。 唐僧、八戒及沙僧不去取经，往找悟空，悟空假装入邪道也赶走不了他们，唐僧答允在日落前攀过六妖山，以诚意感动了悟空重归正道，并一同找观音指引。观音指悟空必须洗尽内心七情六欲，才能对付魔石，安然过关，收成正果。 蜘蛛精、白骨精及黑熊精帮悟空到龙宫查明真相，反被魔石控制，准备袭击唐僧。

悟空回到六妖庙，及时阻止了三精杀害唐僧，悟空怒闯龙宫，被万妖女王以魔石一照而受制于她，举棒欲打唐僧。万妖女王以魔石照唐僧，却出现一个佛字，然后砰然爆炸，悟空恢复本性。万妖女王受神候幻象牵制，要与悟空同归于尽，当她在在「转世轮」见到神猴已参透红尘，不禁惨然，原来一切均是自己心魔作崇。 观音以杨枝甘露助三精还阳，万妖女王亦带著众妖来皈依，唐僧为众妖剃度。唐僧师徒历尽辛苦，但见大雷音寺已在望了。