本片是1990年由程小东执导、徐克监制的奇幻武侠经典。本片虽沿用《聂小倩》角色，但剧情完全脱离首部曲，从“人鬼恋”转向“乱世降妖”的政治寓言。影片通过“巨尸索命”、“正气山庄”等奇观场景，以及“普渡慈航”化身如来佛祖的颠覆性设定，构建了一个“人间无道，妖魔当朝”的暗黑世界。其动作设计融合道术符咒与飞天遁地，视觉风格诡谲华丽，是香港电影黄金时代将神怪、武侠与特技结合的代表作。

宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）分别后，回到满目疮痍的人间。因被误认为通缉犯，他无辜入狱，幸得狱中奇人“通天博学士”诸葛卧龙相助逃出生天。逃亡途中，宁采臣结识了昆仑派后学术士知秋一叶（张学友 饰），两人误打误撞投宿于传闻闹鬼的“正气山庄”。山庄内，他们遭遇一群伪装成鬼怪的义士，实为忠臣傅天仇（刘兆铭 饰）之女傅清风（王祖贤 饰）、傅月池（李嘉欣 饰）及其部下，众人计划在此埋伏，营救被奸臣陷害、正押解上京的父亲。

傅清风容貌与聂小倩一模一样，宁采臣误以为小倩转世，甘愿被误认为“诸葛卧龙前辈”留下相助。众人设计救出傅天仇，却发现自己面对的不只是人间奸佞——当朝国师“普渡慈航”实为千年蜈蚣精，它吞噬朝臣精气，化身佛祖迷惑众生。左千户（李子雄 饰）察觉真相后倒戈，与宁采臣、知秋一叶、傅家姐妹及重出江湖的燕赤霞联手，在“索命梵音”中决战普渡慈航。最终，众人虽铲除妖孽，但知秋一叶因元神出窍无法归位而牺牲。乱世未平，宁采臣与傅清风携手离去，继续在人间道中漂泊。